doc: Update url to singularity before link rot occurs.

* doc/guix.texi: Update url to singularity before link rot occurs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix: edit: Make nano the default editor.

* guix/scripts/edit.scm: Make nano the default editor.

Nano is sensible default, as it is installed by base system.
For development, user can set custom value for $EDITOR.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: crate: Gracefully handle non-existent crates.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40891>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* guix/import/crate.scm (crate->guix-package): Wrap value of
'version-number' and 'version*' in (and crate ...).

tests: Remove trailing commas in JSON tests.

These commas are rejected by Guile-JSON 3.5.0.

* tests/crate.scm (test-foo-dependencies)
(test-root-dependencies, test-intermediate-1-dependencies)
(test-intermediate-2-dependencies): Remove trailing commas.
* tests/gem.scm (test-bar-json): Likewise.
* tests/pypi.scm (test-json): Likewise.

gnu: Update minimap2 to 2.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minimap2): Update to 2.17.

gnu: Add sbcl-stumpwm-swm-gaps.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-swm-gaps): New variable.

gnu: tarsplitter: Fix typo in description (spilt/split).

* gnu/packages/compression.scm (tarsplitter)[description]: Fix typo.

doc: guix: Fix grammar in "Debugging Build Failures"

* doc/guix.texi (Debugging Build Failures): Fix grammar.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add wf-recorder.

* gnu/packages/video.scm (wf-recorder): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: ktsuss: Use setuid "su" and "sudo" commands.

This has ktsudo actually gain root access.

* gnu/packages/admin.scm (ktsuss)[arguments]: Instead of <sudo>/bin/{su,sudo}
file names, use the setuid' verrsions.

gnu: herbstluftwm: Update to 0.8.1

 * gnu/packages/wm.scm: herbstluftwm: Update to 0.8.1

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: fldigi: Update to 4.1.12.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): Update to 4.1.12.

file-systems: mount the PID cgroup filesystem.

* gnu/system/file-systems.scm (%control-groups): Add "pids".
* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Resolve a TODO.

This has allowed me to make a specific configuration of nsjail work.

gnu: Add python-scikit-rebate.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-rebate): New variable.

gnu: Add python-deeptools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptools): New variable.

gnu: Add python-deeptoolsintervals.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptoolsintervals): New variable.

gnu: Add python-bitarray.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bitarray): New variable.

gnu: Add r-cummerbund.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cummerbund): New variable.

gnu: Add r-inum.

* gnu/packages/cran.scm (r-inum): New variable.

gnu: Add r-ggpmisc.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): New variable.

gnu: Add r-coverageview.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-coverageview): New variable.

gnu: Add peek.

* gnu/packages/video.scm (peek): New variable.

gnu: emacs-org-reveal: Fix syntax error in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-reveal)[description]: Fix Texinfo
syntax error.

gnu: Add texlive-inconsolata.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-inconsolata): New variable.

gnu: Add r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg38.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg38): New variable.

gnu: Add r-karyoploter.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-karyoploter): New variable.

gnu: Add r-bezier.

* gnu/packages/cran.scm (r-bezier): New variable.

gnu: Add r-ideoviz.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ideoviz): New variable.

gnu: Add r-ecp.

* gnu/packages/cran.scm (r-ecp): New variable.

gnu: Add r-reordercluster.

* gnu/packages/cran.scm (r-reordercluster): New variable.

gnu: liblinphone: Move documentation and tester to separate outputs.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[outputs]: Add a "doc" and "tester"
outputs.
[phases]: Add a separate-outputs phase.  Move the
glib-or-gtk-compile-schemas and glib-or-gtk-wrap phases after it.

gnu: liblinphone: Fix the input type of some dependencies.

Libraries being linked to such as libxml2, libiconv and zlib should appear as
'inputs' rather than 'native-inputs'.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[native-inputs]: Move libiconv,
libxml2 and zlib to...
[inputs]: ...here.  Move eudev, python-pystache and python-six to
native-inputs.

gnu: liblinphone: Remove hicolor-icon-theme and murrine inputs.

Icon themes and theme engines are best left for the users to select and
install themselves.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[inputs]: Remove hicolor-icon-theme.
[propagated-inputs]: Remove murrine.

gnu: Add loadable module to wireguard-linux-compat.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat)[build-system]: Replace
'gnu-build-system' by 'linux-module-build-system'.
[outputs]: Add 'kernel-patch'.
[arguments]: Adjust the build system. Add phases 'change-directory' and
'reset-cwd'. Rename phases 'build' to 'build-patch' and 'install' to
'install-patch'.
[description]: Mention the loadable module.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

channels: Use a declarative profile.

* guix/channels.scm (package-cache-file): Use 'profile' instead of
'profile-derivation'.

services: system: Initial entries are non-monadic.

* gnu/system.scm (operating-system-directory-base-entries): Return a
regular, non-monadic value.
* gnu/services.scm (system-derivation): Adjust accordingly.
* gnu/system/linux-container.scm (container-essential-services): Likewise.

pack: Use a declarative profile.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Use a declarative profile instead
of 'profile-derivation'.

services: profile: Use a declarative profile.

* gnu/services.scm (packages->profile-entry): Use 'profile' instead of
'profile-derivation'.

system: 'operating-system-directory-base-entries' uses 'profile'.

* gnu/system.scm (operating-system-directory-base-entries): Use a
declarative profile instead of 'profile-derivation'.

profiles: Add lowerable <profile> record type.

* guix/profiles.scm (<profile>): New record type.
* tests/profiles.scm ("<profile>"): New test.

gnu: r-snplocs-hsapiens-dbsnp144-grch37: Fix description.

* gnu/packages/bioconductor.scm: Use two spaces after ending a sentence.

gnu: Add r-snplocs-hsapiens-dbsnp144-grch37.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-snplocs-hsapiens-dbsnp144-grch37): New
  variable.

gnu: Add hackneyed-x11-cursors.

* gnu/packages/xorg.scm (hackneyed-x11-cursors): New variable.

gnu: Add r-motifbreakr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifbreakr): New variable.

gnu: Add r-motifdb.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifdb): New variable.

gnu: Add r-pasilla.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pasilla): New variable.

gnu: guile3.0-chickadee: Rename to guile3.0-chickadee.

This avoids having to packages, both called guile-chickadee.

* gnu/packages/game-development.scm (guile3.0-chickadee)[name]: Change from
guile-chickadee to guile3.0-chickadee.

reconfigure: Don't call build-derivations for upgrade-services test

This commit adjusts the upgrade-services system test to not build anything
when computing the derivation for the system test.  I came across this when
looking at issues computing the system test derivations to store in the Guix
Data Service.

* gnu/tests/reconfigure.scm (run-upgrade-services-test): Remove the use of,
and definition for ensure-service-file.

substitute: Close port at the end of http-multiple-get.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Add close-port call.

substitute: Make http-multiple-get batch size configurable.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Add batch-size parameter.

substitute: Use the same port for multiple request batches.

In http-multiple-get.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Switch port to p in one
occurrence.

gnu: Add tarsplitter.

* gnu/packages/compression.scm (tarsplitter): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add rav1e.

* gnu/packages/video.scm (rav1e): New variable.
* gnu/packages/rust-apps.scm (rust-cbindgen-0.12, rust-cargo-c): New
variables.
* gnu/packages/crates-io.scm: Various new packages and upgrades.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python-scanpy: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scanpy): Update to 1.4.6.
[arguments]: Add another network based test to skip.
[propagated-inputs]: Add python-tqdm.

gnu: python-publicsuffix2: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-publicsuffix2): Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: nim: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/nim.scm (nim)[arguments]: Provide explicit destination in calls
to FORMAT.

gnu: tpacpi-bat: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/linux.scm (tpacpi-bat)[arguments]: Provide explicit destination
in calls to FORMAT.

gnu: nmoldyn: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/chemistry.scm (nmoldyn)[arguments]: Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: calcurse: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/calcurse.scm (calcurse)[arguments]: Provide explicit
destination in calls to FORMAT.

gnu: thinkfan: Adjust for Guile 3.0.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan)[arguments]: Provide explicit destination
in calls to FORMAT (destination is no longer optional with Guile 3).

gnu: Add sylpheed.

* gnu/packages/mail.scm (sylpheed): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add xarchiver.

* gnu/packages/compression (xarchiver): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add python-osc.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-osc): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: hugin: Update to 2019.2.0.

* gnu/packages/photo.scm (hugin): Update to 2019.2.0.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: maradns: Fix cross compilation.

* gnu/packages/dns.scm (maradns)[arguments]: Build make_32bit_tables for the
host.

vm: Remove unused import.

* gnu/system/vm.scm: Do not import (gnu packages make-bootstrap).

gnu: perl-glib: Update to 1.3292.

* gnu/packages/glib.scm (perl-glib): Update to 1.3292.

gnu: svt-av1: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/video.scm (svt-av1): Update to 0.8.2.

gnu: arm-trusted-firmware: Update to 2.3.

* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware): Update to 2.3.
  [source]: Remove hdcp patch.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-disable-hdcp.patch: Remove patch.
* gnu/local.mk: Update accordingly.

gnu: Add sbcl-stumpwm-globalwindows.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-globalwindows): New variable.

doc: guix: Fix some markup.

* doc/guix.texi (Build Systems):
(Base Services):
(X Window):
(Printing Services):
(Mail Services):
(Messaging Services):
(LDAP Services):
(Virtualization Services):
(Version Control Services): Use @samp, @code and double quotes where
appropriate.

doc: cookbook: Fix quotes.

* doc/guix-cookbook.texi (Basic setup with manifests):
(Default profile):
(The benefits of manifests): Use proper quotes in regular texts.

gnu: pavucontrol: Fix icons.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pavucontrol): Fix icons.
[build-system]: Use glib-or-gtk-build-system instead of gnu-build-system.
[inputs]: Add adwaita-icon-theme.  Re-order inputs.

Since the adwaita icon theme is hard-coded in the application, there is
no choice for the user anyway. So added adwaita-icon-theme to inputs and
changed build-system to glib-or-gtk to fix loading of icons.

gnu: fontmanager: Update to 0.7.7.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontmanager): Update to 0.7.7.

gnu: python-webob: Update to 1.8.3

* gnu/packages/python-web.scm (python-webob): Update to 1.8.3.

gnu: python-pastedeploy: Update to 2.1.0

* gnu/packages/python-web.scm (python-pastedeploy): Update to 2.1.0.
[arguments]: Add test-target.
[native-inputs]: Replace python-nose with python-pytest and python-pytest-runner.

gnu: elixir: Update to 1.10.3.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.10.3.

gnu: flowee: Update to 2020.03.2

* gnu/packages/finance.scm (flowee): Update to 2020.03.2

gnu: texlive-latex-pdfx: Fix typo.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-pdfx)[description]: Fix typo.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

gnu: python-reportlib: Update to 3.5.42.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlib): Update to 3.5.42.

gnu: python-reportlib: Add missing libraries.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlib)[arguments]: Add
'use-system-libart' configure flag. Add custom phase to find libraries.
[inputs]: Add libart-lgpl, font-curve-files.

gnu: Add osicat.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (closicat, sbcl-osicat): New variables.

gnu: webkitgtk: Update to 2.28.2.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.28.2.

gnu: linux-libre@5.6: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.6): Update to 5.6.7.

gnu: u-boot: Update to 2020.04.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot): Update to 2020.04.
  [native-inputs]: Replace sdl with sdl2.

Co-authored-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: Add maradns.

* gnu/packages/dns.scm (maradns): New variable.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.177.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.177.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.220.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.220.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.220.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.220.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: pdfpc: Upgrade to 4.4.0

* gnu/packages/pdf.scm (pdfpc): Upgrade to 4.4.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pytest-timeout: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-timeout): Update to 1.3.4.
[arguments]: Override check phase.
[native-inputs]: Add PYTHON-PEXPECT.

gnu: Add ktsuss.

* gnu/packages/admin.scm (ktsuss): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: spacefm: Add dependencies for extra functionality.

* gnu/packages/lxde.scm (spacefm): Add dependencies for extra functionality.

Adding these inputs and making required changes to build-system+arguments;
provides icons, privilege-management and disk-management.

doc: cookbook: Use @file for file names and extensions.

* doc/guix-cookbook.texi (@samp{GUIX_PACKAGE_PATH}):
(Extended example):
(Setting up a bind mount):
(Basic setup with manifests):
(Default profile): Use @file instead of @samp or @code for file names and
extensions.

doc: cookbook: Fix misuses of double spacing.

* doc/guix-cookbook.texi (Extended example):
(StumpWM):
(Basic setup with manifests): Prevent Texinfo from ending a sentence where it
should not.
(Setting up a bind mount): Add two spaces where needed.

gnu: guix: Update to 7dd0539.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.7dd0539.

doc: Ensure guix-daemon is built before creating guix-daemon.1.

* doc/local.mk ($(srcdir)/%D%/guix-daemon.1): Depend on guix-daemon$(EXEEXT)
instead of its source code.

gnu: biber: Downgrade to 2.11.

Biber 2.12 is incompatible with biblatex 3.11, which is what's currently
packaged.  This is a followup to 41a010875ba4108e666f11fc111cf5bb5dcf5464.

* gnu/packages/tex.scm (biber): Downgrade to 2.11.

gnu: biber: Address test failures.

* gnu/packages/patches/biber-sortinithash.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/tex.scm (biber)[source]: Use it.