gnu: libressl: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 3.3.3.

gnu: qalculate-gtk: Update to 3.19.0.

* gnu/packages/maths.scm (qalculate-gtk): Update to 3.19.0.
[phases]: Remove 'add-pot-file.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: libqalculate: Update to 3.19.0.

* gnu/packages/maths (libqalculate): Update to 3.19.0.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: password-store: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Update to 1.7.4.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-emms: Update to 7.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emms): Update to 7.3.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-ivy-rich: Update to 0.1.6-2.600b818.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-rich): Update to 0.1.6-2.600b818.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-vc-hgcmd: Update to 1.14.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vc-hgcmd): Update to 1.14.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-ivy-posframe: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-posframe): Update to 0.6.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-ytel-show.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ytel-show): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-ytel.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ytel): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-doom-snippets.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-snippets): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-reverse-im.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-reverse-im): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: lagrange: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/web-browser.scm (lagrange): Update to 1.5.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: grub-efi: Enable the stack protector.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub-efi)[arguments]:
Add "--enable-stack-protector" to #:configure-flags.

gnu: grub: Update to 2.06.

[source]: Remove upstreamed patches.
* gnu/packages/patches/grub-setup-root.patch: Update patch.
* gnu/packages/patches/grub-verifiers-Blocklist-fallout-cleanup.patch,
gnu/packages/patches/grub-cross-system-i686.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

installer: Improve install device detection.

* gnu/installer/parted.scm (non-install-devices): Improve the detection by
assuming that any device with the ISO9660 label is the installation device.

gnu: libopensmtpd, opensmtpd-filter-dkimsign: Add source URI.

* gnu/packages/mail.scm (libopensmtpd, opensmtpd-filter-dkimsign)
[source]: Add a URI that might work in Tasmania and 's further upstream
regardless.

gnu: liquid-dsp: Make reproducibility explicit.

* gnu/packages/radio.scm (liquid-dsp)[native-inputs]: Add automake.
  [arguments]: Add flag to disable SIMD instructions to 'configure-flags'.

gnu: svt-hevc: Update upstream hash.

The v1.5.1 was moved in place (meditate on that) but the change is harmless.
See <http://issues.guix.gnu.org/48966>.

* gnu/packages/video.scm (svt-hevc)[source]: Adjust hash accordingly.

gnu: sudo: Update to 1.9.7p1.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.7p1.

Revert "gnu: liburcu: Omit static library."

This reverts commit 702affc6d70dfec926ee5a0badce217a7044f9eb.  It's too
much trouble to add a :static output just for bcachefs-progs/static.

etc: indent-code.el: Remove any existing tabs.

* etc/indent-code.el (main): Call UNTABIFY on the sexp or entire buffer.

installer: Check partitions UUIDs.

* gnu/installer/parted.scm (&cannot-read-uuid): New condition.
(cannot-read-uuid?, cannot-read-uuid-partition): New procedures.
(check-user-partitions): Check that all user-partitions have a valid UUID,
raide the above condition otherwise.
* gnu/installer/newt/partition.scm (run-disk-page): Run an error page if the
&cannot-read-uuid condition is raised.

installer: Print user partitions.

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-partitioning-page): Print
user-partitions to syslog.

gnu: mpdris2: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/mpd.scm (mpdris2): Update to 0.9.1.

Signed-off-by: Lars-Dominik Braun <lars@6xq.net>

gnu: Add xkbset.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xkbset): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmediainfo: Fix usage of libcurl and libtinyxml2.

* gnu/packages/video.scm (libmediainfo): Fix usage of libcurl and libtinyxml2.
[arguments]: Add configure-flags.
[native-inputs]: Move zlib, tinyxml2, curl, libzen to ...
[propagated-inputs]: ... Here.
(mediainfo):
[native-inputs]: Remove zlib, libzen. Move libmediainfo to ...
[inputs]: ... Here.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Move some of the work to the build side.

When running:

  guix environment --ad-hoc gnome --no-grafts --search-paths

this reduces wall-clock time by ~5%.  The number of object cache lookups
goes down from 96K to 89K.  (Note that 'gnome' is an interesting example
because it has many propagated inputs, which themselves have propagated
inputs too, which would lead to a long input list and a long manifest in
the 'profile-derivation' gexp.)

* guix/profiles.scm (profile-derivation)[inputs, search-paths]: Remove.
[extra-inputs]: New variable.
[builder]: Adjust call to 'build-profile'.
* guix/build/profiles.scm (manifest-sexp->inputs+search-paths): New
procedure.
(build-profile): Remove 'inputs' parameter; make 'manifest' the 2nd
positional parameter and add #:extra-inputs.  Call
'manifest-sexp->inputs+search-paths' to obtain 'inputs' and
'search-paths'.

git: Update the mtime of the just-updated checkout.

Reported by zimoun <zimon.toutoune@gmail.com>.

Previously, the mtime of CACHE-DIRECTORY may or may not have been
updated after a pull.  Thus, 'maybe-remove-expired-cache-entries' could
potentially delete CACHE-DIRECTORY right before it's returned.

* guix/git.scm (update-cached-checkout): Call 'utime' on CACHE-DIRECTORY.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.272.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.272.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.272.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.272.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.236.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.236.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.194.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.194.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.125.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.125.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.43.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.43.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.12.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.12-version): Update to 5.12.10.
(linux-libre-5.12-pristine-source): Update hash.

gnu: soapyhackrf: Update to 0.3.3-2.8d2e7be.

* gnu/packages/radio.scm (soapyhackrf): Update to 0.3.3-2.8d2e7be.

gnu: thermald: Update to 2.4.6.

* gnu/packages/admin.scm (thermald): Update to 2.4.6.

gnu: dtc: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.6.1.

gnu: squashfs-tools: Install some documentation.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools)[arguments]: Add a new
'install-documentation phase.  Remove an obsolete #t whilst here.

gnu: squashfs-tools: Support Zstandard compression.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools)[arguments]:
Add "ZSTD_SUPPORT=1" to #:make-flags.
[inputs]: Add zstd:lib.

gnu: squashfs-tools: Build from upstream git.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools)[source]: Use GIT-FETCH
and GIT-FILE-NAME.

gnu: klavaro: Update to 3.13.

* gnu/packages/education.scm (klavaro): Update to 3.13.

gnu: opensmtpd-filter-dkimsign: Support ed25519 signatures.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-filter-dkimsign)[arguments]:
Define HAVE_ED25519 in #:make-flags.
[arguments]: Rename 'inherit-ownership phase to 'patch-Makefile.gnu and
patch a hard-coded ‘pkg-config’ command.
[inputs]: Replace libressl with openssl.

gnu: opensmtpd-filter-dkimsign: Update to 0.5.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-filter-dkimsign): Update to 0.5.
[source]: Use the upstream release tarball now.
[arguments]: Adjust #:make-flags to new upstream Makefile.gnu.
Remove obsolete custom 'unpack and 'install phases.
Add a new 'inherit-ownership phase.
[native-inputs]: Remove Arch Linux Makefile.  Add mandoc.  Remove the
libopensmtpd sources in favour of…
[inputs]: …the real thing.

gnu: libopensmtpd: Make public.

Now that it's a fancy official release and all.

* gnu/packages/mail.scm (libopensmtpd): DEFINE-PUBLIC.

gnu: libopensmtpd: Update to 0.7.

* gnu/packages/mail.scm (libopensmtpd): Update to 0.7.
[source]: URL-FETCH a release tarball.
[arguments]: Remove obsolete 'create-output-directories,
'install-header-file, and 'install-man-page phases.
[native-inputs]: Add mandoc.

gnu: newsboat: Update to 2.23.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat): Update to 2.23.
[arguments]: Build with rust-1.46.
[cargo-inputs]: Replace rust-gettext-rs-0.5 with 0.6, rust-rand-0.7 with
0.8. Add rust-percent-encoding-2, rust-xdg-2. Move rust-cxx-build-0.5 ...
[cargo-development-inputs]: ... to here.

gnu: Add rust-cxx-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cxx-1): New variable.
(rust-cxx-0.5): Inherit from rust-cxx-1.

gnu: Add rust-cxx-build-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cxx-build-1): New variable.
(rust-cxx-build-0.5): Inherit from rust-cxx-build-1).

gnu: Add rust-gettext-rs-0.6.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gettext-rs-0.6): New variable.

gnu: Add rust-gettext-rs-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gettext-rs-0.7): New variable.
(rust-gettext-rs-0.5): Inherit from rust-gettext-rs-0.7.

gnu: Add rust-cxxbridge-macro-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cxxbridge-macro-1): New variable.
(rust-cxxbridge-macro-0.5): Inherit from rust-cxxbridge-macro-1.

gnu: Add rust-cxxbridge-flags-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cxxbridge-flags-1): New variable.
(rust-cxxbridge-flags-0.5): Inherit from rust-cxxbridge-flags-1.

gnu: Add rust-cxx-gen-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cxx-gen-0.7): New variable.
(rust-cxx-gen-0.6): Inherit from ruxt-cxx-gen-0.7.

gnu: Add rust-clang-ast-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clang-ast-0.1): New variable.

gnu: Add rust-clang-ast-test-suite-0.0.0.

* ngu/packages/crates-io.scm (rust-clang-ast-test-suite-0.0.0): New
variable.

gnu: Add rust-gettext-rs-0.21.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gettext-rs-0.21): New variable.
(rust-gettest-rs-0.19): Inherit from rust-gettext-rs-0.21.

gnu: rust-once-cell-1: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-once-cell-1): Update to 1.7.2.

gnu: rust-section-testing-0.0: Update to 0.0.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-section-testing): Update to 0.0.5.

gnu: gptfdisk: Update to 1.0.8.

* gnu/packages/disk.scm (gptfdisk): Update to 1.0.8.

gnu: tsukundere: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/game-development.scm (tsukundere): Update to 0.3.1.
[native-inputs]: Add gettext.

gnu: qsstv: Fix hamlib support.

* gnu/packages/radio.scm (qsstv)[arguments]: Add 'fix-newer-hamlib-support'
  phase.

Revert "gnu: sdcv: Add 'STARDICT_DATA_DIR' search path spec."

This reverts commit 7dd1a2174a8376c521dcf271e3b76f64096074fe.
It has been reported, that this patch does not work as intended.
See <https://bugs.gnu.org/45645>.

gnu: docker: Replace tini by tini-static.

The dynamically linked tini could fail in some environments, causing 'docker
run' to exit with the following unhelpful error message:

  standard_init_linux.go:219: exec user process caused: no such file or
  directory

Use the statically linked tini binary instead, which should work everywhere.

* gnu/packages/docker.scm (docker)[phases]{patch-paths}: Replace 'tini' by
'tini-static'.

gnu: tini: Update to 0.19.0 and provide tini-static.

* gnu/packages/docker.scm (tini): Update to 0.19.0.  Remove trailing #t.
[phases]: Remove argument.
[configure-flags]: New argument, to clear the CMAKE_INSTALL_RPATH option.

services: laminar: Create parent directory for unix socket.

* gnu/services/ci.scm (laminar-activation): New function.
(laminar-service-type): Extend activation-service-type with
laminar-activation.

gnu: maradns: Update to 3.5.0020.

* gnu/packages/dns.scm (maradns): Update to 3.5.0020.

gnu: yadifa: Enable the TCP manager.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa)[arguments]: Add "--enable-tcp-manager" to #:configure-flags.

gnu: yadifa: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa): Update to 2.5.0.

gnu: liburcu: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): Update to 0.13.0.

gnu: liburcu: Omit static library.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu)[arguments]:
Pass "--disable-static" to ./configure.

gnu: Add siggen.

* gnu/packages/audio.scm (siggen): New variable.

gnu: nginx: Build with support for a few more modules.

I think this is generally useful. Personally, I want the HTTP gzip static and
gunzip ones for serving gzip compressed log files, and I spotted that the HTTP
sub and addition ones are easy to enable as well.

* gnu/packages/web.scm (nginx)[arguments]: Add the following configure flags:
--with-http_gzip_static_module, --with-http_gunzip_module,
--with-http_addition_module, --with-http_sub_module.

gnu: sbcl-iolib: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-iolib): Update to 0.8.4.

gnu: fcitx5-chinese-addons: Update to 5.0.6.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-chinese-addons): Update to 5.0.6.

gnu: fcitx5-configtool: Update to 5.0.5.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-configtool): Update to 5.0.5.

gnu: fcitx5-gtk: Update to 5.0.7.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-gtk): Update to 5.0.7.
[inputs]: Add fmt.

gnu: fcitx5-qt: Update to 5.0.6.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-qt): Update to 5.0.6.

gnu: fcitx5: Update to fcitx5.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5): Update to fcitx5.
[native-inputs]: Add gcc-9.

gnu: fcitx5-lua: Update to 5.0.5.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-lua): Update to 5.0.5.

gnu: libime: Fix grammar in descriptions.

* gnu/packages/fcitx5.scm (libime)[synopsis, description]: Exchange s.

gnu: libime: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/fcitx5.scm (libime): Update to 1.0.7.

gnu: dialog: Fix the license.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog)[license]: Remove erroneously
included GPL3.

lint: Check for trailing whitespace in description.

* guix/lint.scm (check-description-style): Check for trailing whitespace.
* tests/lint.scm: ("description: trailing whitespace"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: Check for trailing whitespace in synopsis.

* guix/lint.scm (check-synopsis-style): Check for trailing whitespace.
* tests/lint.scm ("synopsis: contains trailing whitespace"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: polkit: Add replacement for CVE-2021-3560.

* gnu/packages/patches/polkit-CVE-2021-3560.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/polkit.scm (polkit/fixed): New variable.
(polkit)[replacement]: New field.

transformations: '--with-latest' correctly handles already-latest case.

Previously, '--with-latest' would wrongfully print:

  warning: could not determine latest upstream release of 'xyz'

when 'xyz' is already the latest version.  This fixes that.

* guix/transformations.scm (transform-package-latest): Use
'package-latest-release' instead of 'package-latest-release*'.

gnu: pigx-sars-cov2-ww: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-sars-cov2-ww): Update to 0.0.2.
[inputs]: Add wget.

gnu: renpy: Update to 7.4.5.

* gnu/packages/game-development.scm (python2-pygame-sdl2): Bump renpy-version.
(python2-renpy): Update to 7.4.5.

gnu: python-pyzmq: Update to 22.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyzmq): Update to 22.1.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pyzmq: Enable tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyzmq)[arguments]: Remove #:tests?. Add
new 'build-extensions' phase to build Cython extensions before tests.
[native-inputs]: Remove python-nose. Add python-cython and python-pytest.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-toolz: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-toolz): Update to 0.11.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-toolz: Enable tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-toolz)[arguments]: Remove #:tests?.
Override check phase.
[native-inputs]: Add python-pytest.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ptpython: Update to 3.0.17.

* gnu/packages/python-xyz.scm (ptpython): Update to 3.0.17.
[propagated-inputs]: Add python-black.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-prompt-toolkit: Update to 3.0.18.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-prompt-toolkit): Update to 3.0.18.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python2-pendulum: Remove package.

* gnu/packages/time.scm (python2-pendulum): Remove variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python2-partd: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-partd): Remove variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python2-orator: Remove package.

* gnu/packages/database.scm (python2-orator): Remove variable.
(python-orator)[properties]: Remove field.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python2-numpy-documentation: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-numpy-documentation): Remove variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>