superlu-dist: Upgrade to 6.1.0.

* gnu/packages/patches/superlu-dist-awpm-grid.patch: New file.
* gnu/packages/maths.scm (superlu-dist)[source]: Upgrade to 6.0.0.  Remove
extraneous 'use-modules' in snippet.
[build-system]: Change to cmake-build-system.
[propagated-inputs]:   Replace pt-scotch with pt-scotch32 to match integer
sizes.  Add "parmetis" input, from pt-scotch32.  Move lapack to ...
[inputs]: ...here.  Add openblas and combinatorial-blas.
[arguments]: Replace 'configure' phase with #:configure-flags.  Add
'set-c++-standard' and 'omp-setup' phases.  Remove
'create-install-directories, 'check', and 'install' phases, which are now
handled by cmake.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.

scotch: Upgrade to 6.0.6.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): Upgrade to 6.0.6.
[source]: Remove patches that have been fixed upstream.
[arguments]: Add 'install-metis' phase.
[outputs]: New field.
(pt-scotch, pt-scotch32)[arguments]: Add 'mpi-setup' phase.  Use 'invoke'.
* gnu/packages/patches/scotch-graph-diam-64.patch,
gnu/packages/patches/scotch-graph-induce-type-64.patch,
gnu/packages/patches/scotch-test-threading.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/scotch-integer-declarations.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust as necessary.

gnu: Add Combinatorial BLAS.

* gnu/packages/maths.scm (combinatorial-blas): New variable.
* gnu/packages/patches/combinatorial-blas-awpm.patch,
gnu/packages/patches/combinatorial-blas-io-fix.patch: New files
* gnu/local.mk(dist_patch_DATA): Add them.

linux-modules: module-soft-dependencies: Remove colon from section names.

Follow-up to 1a5f46621b44aa1458ad7acd4eca5fe1d4574f92.

* gnu/build/linux-modules.scm (module-soft-dependencies): Remove colon from
section names.

linux-modules: Add module-soft-dependencies.

* gnu/build/linux-modules.scm (not-softdep-whitespace): New variable.
(module-soft-dependencies): New procedure.

gnu: Add stepmania.

* gnu/packages/games.scm (stepmania):
* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-for-stepmania): New variables.

gnu: kcoreaddons: Fix broken test.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcoreaddons)[arguments]: Add build phase
"fix-broken-test".

gnu: infiniband-diags: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/fabric-management.scm (infiniband-diags)[arguments]: Remove
"autotools" phase.

gnu: gpgme: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.12.0.

gnu: gpgme: Add patch to fix qgpgme tests.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[source]: Add upstream patch.

gnu: pcb-rnd: Use INVOKE.

* gnu/packages/engineering.scm (pcb-rnd)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: proplib: Use INVOKE.

* gnu/packages/embedded.scm (proplib)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: jimtcl: Use INVOKE.

* gnu/packages/embedded.scm (jimtcl)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: greenisland: Use INVOKE.

* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland)[arguments]: Use INVOKE in
check phase.

gnu: assword: Use INVOKE.

* gnu/packages/password-utils.scm (assword)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-oslosphinx: Use INVOKE.

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslosphinx)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-reno: Use INVOKE.

* gnu/packages/openstack.scm (python-reno)[arguments]: Use INVOKE.
[native-inputs]: Replace "git" with "git-minimal".

gnu: Add ghc-libmpd.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-libmpd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

weather: Add '--coverage'.

* guix/scripts/weather.scm (show-help, %options): Add '--coverage'.
(package-partition-boundary, package->output-mapping)
(substitute-oracle, report-package-coverage-per-system)
(report-package-coverage): New procedures.
(guix-weather): Honor '--coverage'.
* doc/guix.texi (Invoking guix weather): Document it.

refresh: Better account for private and generated packages.

Until now, private and generated packages (e.g., those created by
'texlive-union') we missing from the list passed to 'node-back-edges',
which would lead to inaccurate dependent counts.

Previously we'd get:

  $ guix refresh -l texlive-fonts-cm
  Building the following 80 packages would ensure 116 dependent packages
  are rebuilt: …

Now we have:

  $ Building the following 240 packages would ensure 597 dependent
  packages are rebuilt: …

* guix/scripts/refresh.scm (list-dependents): Call 'package-closure'.

refresh: Fix format string that would lead '-l' to print incorrect numbers.

The skip "~*" argument was misplaced, leading the number of dependents
to be skipped (instead of the number of covering packages.)  Thus, we'd
get:

  $ guix refresh -l ocaml4.02-ppx-deriving@4.1
  Building the following package would ensure 1 dependent packages are rebuilt: bap@1.3.0

instead of:

  Building the following package would ensure 26 dependent packages are rebuilt: bap@1.3.0

* guix/scripts/refresh.scm (list-dependents): Move "~*" in the right
place, to skip (length covering) rather than (length dependents).

weather: Ignore deprecated packages but not hidden packages.

* guix/scripts/weather.scm (all-packages): Pass #:select? to
'fold-packages'.

packages: Add 'package-closure'.

* guix/packages.scm (package-closure): New procedure.
* tests/packages.scm ("package-closure"): New test.

gnu: python-pyopenssl: Update to 19.0.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pyopenssl): Update to 19.0.0.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python2-pyqt-4: Use INVOKE.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt-4)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: qwt: Use INVOKE.

* gnu/packages/qt.scm (qwt)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ldb: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (ldb)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: tevent: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (tevent)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: talloc/static: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (talloc/static)[arguments]: Use INVOKE in the build
phase.

gnu: tre: Use INVOKE.

* gnu/packages/regex.scm (tre)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-rdflib: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/rdf.scm (python-rdflib)[source]: Use PYPI-URI.
[arguments]: Use INVOKE in commented build phase.

gnu: ocaml-utop: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-utop)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ocaml-zed: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zed)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-zarith: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zarith)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: camlp4-4.02: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp4-4.02)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-4.01: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.01)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-4.02: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.02)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: tomsfastmath: Use INVOKE.

* gnu/packages/multiprecision.scm (tomsfastmath)[arguments]: Use INVOKE in
"check" phase.

gnu: freetalk: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/messaging.scm (freetalk)[arguments]: Remove "autogen" phase.

gnu: perl-net-psyc: Update to 1.3.

* gnu/packages/messaging.scm (perl-net-psyc): Update to 1.3.
[native-inputs]: Add unzip.
[arguments]: Use INVOKE in build phase.

gnu: dino: Update to 0.0-4.8e14ac6.

* gnu/packages/messaging.scm (dino): Update to 0.0-4.8e14ac6.
[arguments]: Use INVOKE in build phases.
[inputs]: Add qrencode; replace sqlite with sqlite-with-column-metadata.

gnu: bitlbee-discord: Do not run autogen.sh in custom autogen phase.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee-discord)[arguments]: Rename "autogen"
phase to "patch-autogen"; don't invoke "autogen.sh" script as it is invoked in
the "bootstrap" phase; return #T from "patch-autogen" phase.

gnu: bitlbee: Use INVOKE.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ccl: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Use INVOKE and return #T from build
phases.

gnu: python-lirc: Update to 1.2.1-2.c28708b.

* gnu/packages/lirc.scm (python-lirc, python2-lirc): Update to
1.2.1-2.c28708b.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-pygpgme: Use INVOKE.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-pygpgme)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: brdf-explorer: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/graphics.scm (brdf-explorer)[arguments]: Use INVOKE and return #T.

gnu: ncftp: Use INVOKE.

* gnu/packages/ftp.scm (ncftp)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: libxdg-basedir: Don't run autogen.sh manually.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libxdg-basedir)[arguments]: Rename "autogen"
phase to "patch-autogen"; remove invocation of "autogen.sh" script as it will
be executed in the "bootstrap" phase.

gnu: entr: Update to 4.1.

* gnu/packages/entr.scm (entr): Update to 4.1.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: coq-interval: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-interval)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: coq-coquelicot: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-coquelicot)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: imb: Use INVOKE.

* gnu/packages/benchmark.scm (imb)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: synergy: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy): Update to 1.10.1.
[source]: Fetch from git.
[arguments]: Remove "unpack-aux-src", custom "check" phase, custom "install"
phase.
[inputs]: Add avahi and qtbase.

gnu: antiword: Use INVOKE.

* gnu/packages/textutils.scm (antiword)[arguments]: Use INVOKE in install phase.

gnu: uucp: Use INVOKE.

* gnu/packages/uucp.scm (uucp)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: wicd: Use INVOKE.

* gnu/packages/wicd.scm (wicd)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: awesome: Use INVOKE.

* gnu/packages/wm.scm (awesome)[arguments]: Return #T from check phase.

gnu: xfconf: Use INVOKE.

* gnu/packages/xfce.scm (xfconf)[arguments]: Unconditionally return #T from
check phase.

gnu: libnl: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/linux.scm (libnl)[arguments]: Use INVOKE and unconditionally
return #T from all build phases.

gnu: coq-mathcomp: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-mathcomp)[arguments]: Unconditionally return #T
from build phases.

gnu: coq-gappa: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-gappa)[arguments]: Unconditionally return #T from
build phases by using INVOKE.

gnu: proof-general: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (proof-general)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: eschalot: Use INVOKE.

* gnu/packages/crypto.scm (eschalot)[arguments]: Unconditionally return #T
from check phase.

gnu: ansible: Update to 2.7.6.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.7.6.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: emacspeak: Update to 49.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacspeak): Update to 49.0.
[arguments]: In the 'install' phase, fix the launch script substitution.

gnu: cmst: Use INVOKE.

* gnu/packages/connman.scm (cmst)[arguments]: Unconditionally return #T from
build phases.

gnu: sloccount: Use INVOKE.

* gnu/packages/code.scm (sloccount)[arguments]: Use INVOKE and unconditionally
return #T from build phases.

gnu: axoloti-patcher: Use INVOKE.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-patcher)[arguments]: Use INVOKE and
unconditionally return #T from build phase.

gnu: axoloti-runtime: Use INVOKE.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-runtime)[arguments]: Use INVOKE and return
  #T from build phases unconditionally.

gnu: clamav: Unconditionally return #T from build phase.

* gnu/packages/antivirus.scm (clamav)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: anthy: Unconditionally return #T from check phase.

* gnu/packages/anthy.scm (anthy)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: git-repo: Unconditionally return #T from "check" phase.

* gnu/packages/android.scm (git-repo)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: flint: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/algebra.scm (flint)[arguments]: Use INVOKE in "configure"
phases.

records: Make 'report-duplicate-field-specifier' available at expansion-time.

Fixes a regression in 'guix pack -R' introduced with commit
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884.  The imported modules of
'c-compiler' would be compiled in this order: first (guix records),
then (guix search-paths).  Consequently,
'report-duplicate-field-specifier' would be reported as unbound while
compiling (guix search-paths), leading to a build failure.

* guix/records.scm (report-invalid-field-specifier)
(report-duplicate-field-specifier): Move within 'eval-expand'.

tests: Remove duplicate field initializers.

Fixes a regression introduced in
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884, whereby many tests in
'tests/packages.scm' would trigger a syntax error due to duplicate field
intializers in forms like:

  (dummy-package "foo" (version "0"))

* guix/tests.scm (dummy-package, dummy-origin): Rewrite to inherit from
a base record.  This restores the semantics from before
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884.
* tests/services.scm ("instantiate-missing-services, indirect"): Remove
duplicate 'extensions' field.

gnu: milkytracker: Add RtMidi and zziplib support.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[inputs]: Add rtmidi and zziplib.

gnu: cdogs-sdl: Update to 0.6.9.

* gnu/packages/games.scm (cdogs-sdl): Update to 0.6.9.

gnu: pari-gp: Address TeX errors.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp)[native-inputs]: Replace texlive-tiny with
texlive-union of texlive-fonts-amsfonts and texlive-latex-amsfonts.
[arguments]: Use INVOKE in configure phase.

gnu: texlive-fonts-amsfonts: Build more fonts.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-amsfonts)[arguments]: Convert afm files
to tfm; also build missing tfm files via fontinst.
[native-inputs]: Replace texlive-fonts-cm, texlive-metafont-base, and
texlive-bin with a texlive-union of texlive-tex-fontinst-base,
texlive-fonts-cm, and texlive-metafont-base; add amsfonts-plain, amsfonts-map,
and amsfonts-afm.

gnu: Add texlive-tex-fontinst-base.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-tex-fontinst-base): New variable.

licenses: Add lppl1.1+.

* guix/licenses.scm (lppl1.1+): New variable.

gnu: texlive-latex-fancyvrb: Build fvrb-ex.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-fancyvrb)[arguments]: Supply
tex-format.

gnu: texlive-fonts-cm: Build bitmap fonts at 600dpi.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-cm)[arguments]: Build pk files and
install them.

gnu: texlive-latex-base: Put fewer paths on TEXINPUTS.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-base)[arguments]: Use double slash for
recursive directory search instead of FIND-FILES.

gnu: catimg: Simplify.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg)[arguments]: Rename custom
"configure" phase to "patch-convert"; remove custom "build" phase; move
"install-script" phase after "install"; simplify phases.

gnu: wine: Hard-code vulkan loader.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[arguments]: Add 'wrap-executable phase.
* gnu/packages/wine.scm (wine64)[arguments]: Add 'wrap-executable
phase. Copy the real wine-preloader instead of the wrapped version.
* gnu/packages/wine.scm (wine-minimal)[arguments]: Don't inherit phases. Add
'patch-dlopen-paths phase.

gnu: wine: Add vkd3d support.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[inputs]: Add vkd3d.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging)[inputs]: Remove vkd3d, inherit from
wine instead.

gnu: vkd3d: Use wine-minimal.

* gnu/packages/vulkan.scm (vkd3d): Use wine-minimal instead of wine.

gnu: Add wine-minimal.

* gnu/packages/wine.scm (wine-minimal): New variable.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.30.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.30.0.

gnu: gnucash-docs: Fix source URI.

The source URI was renamed from "gnucash-docs-3.4-1.tar.gz" to
"gnucash-docs-3.4a.tar.gz".  The content is identical since the hash hasn't
changed.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash-docs)[source]: Update URI to match
  upstream change.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.95.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.95.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.152.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.152.

gnu: linux-libre: Make CRYPTO_CRC32C a built-in on arm64.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34162>
Reported by Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

Note that CRYPTO_CRC32C was already a built-in in our default
configurations for other systems.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.19-arm64.conf
(CONFIG_CRYPTO_CRC32C): Change from 'm' to 'y'.

gnu: Add ghc-c2hs.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-c2hs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-xwidgets.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-xwidgets): new variable

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Don't report "build failed:" for daemon error messages.

Until now we'd get things like:

  guix build: error: build failed: build of `/gnu/store/….drv' failed

or:

  $ guix gc -d /sdf
  guix gc: error: build failed: path `/sdf' is not in the store

which is kinda ridiculous.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Remove "build failed:" prefix
for 'store-protocol-error?'.

deduplication: Ignore EMLINK.

Until now 'guix offload' would fail (transient failure) upon EMLINK.

* guix/store/deduplication.scm (replace-with-link)
(deduplicate): Ignore EMLINK.

gnu: Add ocaml-craml.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-craml): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>