services: Explicitly refer to Shadow when requiring the 'nologin' shell.

* gnu/services/avahi.scm (avahi-service): Change 'shell' to a gexp
  referring to "nologin" in the SHADOW package.
* gnu/services/dbus.scm (dbus-service): Likewise.
* gnu/services/networking.scm (ntp-service, tor-service): Likewise.

system: Populate /etc/shells with the list of all the shells in use.

Reported by Andy Wingo <wingo@pobox.com>.

* gnu/system.scm (user-shells, shells-file): New procedures.
  (etc-directory): Add #:shell parameter.  Use 'shells-file' instead of
  'text-file'.
  (operating-system-etc-directory): Call 'user-shells' and pass #:shells
  to 'etc-directory'.

gnu: Add libsrtp.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Set CONFIG_DEVMEM=y

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Set CONFIG_DEVMEM=y.

Signed-off-by: Jason Self <j@jxself.org>

gnu: mig: Update to 1.5

* gnu/packages/hurd.scm (mig): Update to version 1.5.

gnu: hurd-headers: Update to 0.6

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-headers): Update to version 0.6.

gnu: gnumach-headers: Update to 1.5

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach-headers): Update to version 1.5.

gnu: Add FASTX Toolkit.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastx-toolkit): New variable.

gnu: Add libgtextutils.

* gnu/packages/textutils.scm (libgtextutils): New variable.

gnu: tbb: Set library rpath.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[arguments]: Add the rpath for lib directory of
  output to LDFLAGS.

gnu: mu: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to version 0.9.12.

doc: Add section on installation from a binary tarball.

* doc/guix.texi (Binary Installation): New section.

profiles: Generalize "hooks" for 'profile-derivation'.

* guix/profiles.scm (info-dir-file): Remove (null? (manifest-entries
  manifest)) test.
  (ca-certificate-bundle): Likewise.
  (ghc-package-cache-file): Turn 'if' into 'and', and remove second
  arm.
  (%default-profile-hooks): New variable.
  (profile-derivation): Remove #:info-dir?, #:ghc-package-cache?, and
  #:ca-certificate-bundle?.  Add #:hooks.  Iterate over HOOKS.  Adjust
  'inputs' accordingly.
* guix/scripts/package.scm (guix-package): Adjust 'profile-derivation'
  call accordingly.
* tests/packages.scm ("--search-paths with pattern"): Likewise.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation",
  "profile-derivation, inputs"): Likewise.

gnu: icedtea6: Update to 1.13.7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6): Update to version 1.13.7.

gnu: calibre: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.24.0.

build: Add missing 'make-binary-tarball.scm' script.

This script is used by the target added in 9d3fb6c.

* build-aux/make-binary-tarball.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

hydra: Add jobs for the self-contained tarball.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (tarball-jobs): New procedure.
  (hydra-jobs): Use it.

gnu: Don't use #:prefix in (gnu packages sdl).

* gnu/packages/sdl.scm: Remove #:prefix for (gnu packages fontutils)
  import, and adjust accordingly.  Add #:hide for (guix licenses)
  import.

Thank Pjotr.

install: Add a procedure to build a self-contained binary tarball.

Suggested by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>
at <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-04/msg00229.html>.

* gnu/build/install.scm (populate-single-profile-directory): New procedure.
* gnu/system/install.scm (self-contained-tarball): New procedure.
* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): New target.

build: Silence warnings about 'make' portability.

* configure.ac: Pass -Wno-portability to AM_INIT_AUTOMAKE.

gnu: calibre: Update to 2.23.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.23.0.

gnu: gst-libav: Use system ffmpeg instead of bundled libav.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav)[arguments]: Remove #:phases.
  Add #:configure-flags.
  [native-inputs]: Remove yasm.
  [inputs]: Add ffmpeg.

guix package: Add '--do-not-upgrade' option.

* guix/scripts/package.scm (%options): Add the '--do-not-upgrade' option.
  (show-help): Document it.
  (options->installable): Add 'do-not-upgrade-regexps' variable.
  Use it in 'packages-to-upgrade'.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Document the '--do-not-upgrade'
  option.

gnu: Add mdadm.

* gnu/packages/linux.scm (mdadm): New variable.

gnu: linux-libre: Remove linux-libre-vblank-fix.patch.

* gnu/packages/patches/linux-libre-vblank-fix.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Remove patch.

gnu: ruby: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby): Update to 2.2.2.

gnu: emacs: Do not keep references to the entries of the build-time $PATH.

This reduces the number of references of the output from 54 to 31,
removing references notably to gcc, expat, glib:bin, ld-wrapper-0,
texinfo, pkg-config, make, gawk, binutils, etc.

Reported by David Thompson.

* gnu/packages/patches/emacs-exec-path.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[source]: Use it.

gnu: rseqc: Update hash.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rseqc): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 4.0

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 4.0.

doc: Add example showing how to customize 'nscd-service'.

* doc/guix.texi (Name Service Switch): Add link to nss-mdns.  Add
  example show how to pass #:name-services to 'nscd-service'.
  (Base Services): Add link from 'nscd-service' to the above.
* gnu/services/base.scm (nscd-service): Update docstring accordingly.

gnu: man-pages: Update to 3.82.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 3.82.

system: Allow users to PTRACE_ATTACH to their own processes.

* gnu/build/activation.scm (activate-ptrace-attach): New procedure.
* gnu/system.scm (operating-system-activation-script): Use it.

build: Build and install (guix build-system haskell).

* Makefile.am (MODULES): Add guix/build-system/haskell.scm.

gnu: emacs: Update to 24.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 24.5.

system: Clean /tmp and /var/run during early boot.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Clean out /tmp and
  /var/run before activating the system.

gnu: Add gst-libav.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav): New variable.

gnu: Add GRIT.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (grit): New variable.

Add Bash completion file.

* etc/completion/bash/guix: New file.
* Makefile.am (dist_bashcompletion_DATA): New variable.
* configure.ac: Add --with-bash-completion-dir.

gnu: Add Shogun.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (shogun): New variable.

http-client: Add workaround for HTTP pipelining on Guile <= 2.0.9.

Reported by Ricardo Wurmus <ricardo.wurmus@mdc-berlin.de>.

* guix/http-client.scm (make-delimited-input-port): New procedure.
  Install it in (web response) for Guile <= 2.0.9.

activation: Remove undeclared user accounts and groups.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19795>.
Reported by David Thompson <dthompson2@worcester.edu>.

* gnu/build/activation.scm (enumerate, current-users, current-groups,
  delete-user, delete-group): New procedures.
  (activate-users+groups): Add calls to 'delete-user' and
  'delete-group'.
* doc/guix.texi (User Accounts): Add a paragraph about statelessness.
  Explain that passwords are preserved.

gnu: Add ghc-http.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-http): New variable.

gnu: Add ghc-network-uri.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-network-uri): New variable.

gnu: Add ghc-network.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-network): New variable.

gnu: Add ghc-vector.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-vector): New variable.

gnu: Add ghc-parsec.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec): New variable.

gnu: Add ghc-split.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-split): New variable.

gnu: Add ghc-unordered-containers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-unordered-containers): New variable.

gnu: Add ghc-fgl.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-fgl): New variable.

gnu: Add ghc-containers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-containers): New variable.

gnu: Add ghc-syb.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-syb): New variable.

gnu: Add ghc-case-insensitive.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-case-insensitive): New variable.

gnu: Add ghc-quickcheck.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-quickcheck): New variable.

gnu: Add ghc-tf-random.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-tf-random): New variable.

gnu: Add ghc-primitive.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-primitive): New variable.

gnu: Add ghc-random.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-random): New variable.

gnu: Add ghc-hunit

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hunit): New variable.

gnu: Add ghc-hashable.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hashable): New variable.

gnu: Add ghc-text.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-text): New variable.

gnu: Add ghc-parallel.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parallel): New variable.

gnu: Add ghc-stm.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-stm): New variable.

gnu: Add ghc-zlib.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-zlib): New variable.

gnu: Add ghc-paths.

* gnu/packages/haskell.scm: (ghc-paths): New variable.

gnu: Add ghc-mtl.

* gnu/packages/haskell.scm: (ghc-mtl): New variable.

profiles: Generate GHC's package database cache.

* guix/profiles.scm (ghc-package-cache-file): New procedure.
  (profile-derivation): Add 'ghc-package-cache?' keyword argument.  If true
  (the default), add the result of 'ghc-package-cache-file' to 'inputs'.
* guix/scripts/package.scm (guix-package)[process-actions]: Pass
  #:ghc-package-cache? to 'profile-generation'.
* tests/packages.scm ("--search-paths with pattern"): Likewise.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation"): Likewise.

build-system/haskell: Update configure flags, 'haddock' and %standard-phases.

* guix/build/haskell-build-system.scm (%standard-phases): move 'haddock phase
  before 'install phase.
* guix/build/haskell-build-system.scm (haddock): Simplify it as the 'install
  phase takes care of copying files.
* guix/build/haskell-build-system.scm (configure): Add '--libsubdir' flag.
  Fix use of '--extra-include-dirs' and '--extra-lib-dirs' flags.  Use 'doc',
  'bin' and 'lib' outputs if they are defined.
* guix/build/haskell-build-system.scm (make-ghc-package-database, register):
  Aligh location of 'package.conf.d' directory with '--libsubdir' flag.

import: Add hackage importer.

* guix/import/hackage.scm: New file.
* tests/hackage.scm: New file.

import: Add hackage importer.

* guix/scripts/import.scm (importers): Add hackage.
* guix/scripts/import/hackage.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/scripts/import.scm.
* doc/guix.texi: Add section on 'hackage' importer.

gnu: Add libsecret.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): New variable.

build: Enable silent rules by default.

* configure.ac: Use 'AM_SILENT_RULES'.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 0b13161.

tests: Skip 'guix-package-net.sh' when prerequisites aren't met.

* tests/guix-package-net.sh: Reinstate networking and shebang test that
  inadvertently vanished in commit 57b8623.

gnu: inetutils: Apply syslogd patch.

* gnu/packages/patches/inetutils-syslogd.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (inetutils)[source]: Use it.
  [native-inputs]: New field.

gnu: julia: Pass MARCH make flag.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Pass "MARCH" flag for supported
  architectures.

gnu: julia: Mark as unsupported on ARM and MIPS.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Add 'supported-systems' field.

gnu: wavpack: Fix wavpack.pc by passing '--libdir' to `configure'.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack)[arguments]: New field.

doc: Refer to "Substitutes" from "Setting Up the Daemon".

Suggested by Mark H Weaver.

* doc/guix.texi (Setting Up the Daemon): Add xref to "Substitutes".

doc: Mention the relation between module names and file names.

* doc/guix.texi (Package Modules): Mention the relation between module
  names and file names.

doc: Mention that the current generation is not deleted.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Mention that the current
  generation is not deleted.  This is a followup to d26eb84.

gnu: kbd: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/linux.scm (kbd): Update to 2.0.2.

gnu: Add python-drmaa.

* gnu/packages/python.scm (python-drmaa, python2-drmaa): New variables.

gnu: Add Solfege.

* gnu/packages/music.scm (solfege): New variable.

gnu: Add Csound.

* gnu/packages/audio.scm (csound): New variable.

gnu: Add libiec61883.

* gnu/packages/linux.scm (libiec61883): New variable.

gnu: apl: Update to 1.5.

* gnu/packages/apl.scm (apl): Update to 1.5.

gnu: parallel: Update to 20150322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150322.

gnu: Add libsoup.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): New variable.

nls: Add Danish translation.

* po/guix/da.po: New file.
* po/guix/LINGUAS: Add 'da'.

tests: Move 'guix package' tests that require networking to a separate file.

* tests/guix-package.sh (shebang_not_too_long): Remove.
  Move everything below "if [networking + shebang_not_too_long]" to...
* tests/guix-package-net.sh: ... here.  New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.

guix package: Avoid 'exit' calls in 'delete-matching-generations'.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Remove call to
  'exit' when PATTERN is "0".  Call 'leave' instead of 'exit'
  when (null-list? number).

guix package: Never remove the current generation and warn about it.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19978>.
Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Warn when
  CURRENT is in NUMBERS, and always remove it before calling
  'delete-generations'.
* tests/guix-package.sh: Add --switch-generation=2 invocation before
  --delete-generations=3 invocation.
  Add --delete-generations=1.. test case.

tests: Deal with 'mount-points' not returning "/".

Fixes <http://bugs.gnu.org/20261>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* tests/syscalls.scm ("mount-points"): Check for a few other likely
  mount points in addition to "/".

gnu: lsof: Add mirrors.

Reported by Tomáš Čech.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[source]: Add two mirrors.

guix package: Move generation deletion to its own procedure.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): New procedure,
  with code formerly found...
  (guix-package)[process-actions]: ... here.  Use it.
  Remove 'current-generation-number'.

gnu: Perl GD: Add real patch.

Replaces the stub patch added in 43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b.

* gnu/packages/patches/perl-gd-options-passthrough-and-fontconfig.patch:
  Update patch.

43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b

gnu: icecat: Fix source URI.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Fix source URI computation.

gnu: icecat: Update to 31.6.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0801.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0807.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0816.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0817.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1127780.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1145870.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 31.6.0-gnu1.  Remove patches.

gnu: nss: Update to 3.18.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.18.  Compute source URI
  automatically based on version.

Remove unused module import (gnu packages ed) from (gnu packages commencement).

* gnu/packages/commencement.scm: Remove (gnu packages ed) module import.