gnu: mate: Don't propagate glib:bin.

* gnu/packages/mate.scm (mate)[propagated-inputs]: Remove as the
proper fix arrived from core-updates.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mate-common: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/mate.scm (mate-common): Update to 1.24.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-pytest-lazy-fixture.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-lazy-fixture): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: r-with-tests, r-minimal: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests, r-minimal): Update to 4.0.2.

system: image: Remove "image-root" when building raw disk-images.

The "image-root" derivation output is used as a temporary directory that is
passed to mke2fs and mkdosfs later on. By merging the creation of this
directory and the production of partition images, we can get rid of the
derivation.

As mke2fs and mkdosfs are not able to override file permissions, call those
commands with fakeroot. This way, all the image files will be owned by root,
even if image generation is done in an unprivilegded context.

* gnu/system/image.scm (system-disk-image): Merge "image-root" and
"iso9660-image" derivations so that we spare an extra derivation. Also add
"fakeroot" and its runtime dependencies to the inputs.
* gnu/build/image.scm (make-ext-image, make-vfat-image): Make sure that mke2fs
and mkdosfs are respectively called by fakeroot.

gnu: gn: Update to 0.0-1794.eb997b5.

* gnu/packages/build-tools.scm (gn): Update to 0.0-1794.eb997b5.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 83.0.4103.106-0.f08ce8b [security fixes].

This fixes CVE-2020-6465, CVE-2020-6466, CVE-2020-6467, CVE-2020-6468,
CVE-2020-6469, CVE-2020-6470, CVE-2020-6471, CVE-2020-6472, CVE-2020-6473,
CVE-2020-6474, CVE-2020-6475, CVE-2020-6476, CVE-2020-6477, CVE-2020-6478,
CVE-2020-6479, CVE-2020-6480, CVE-2020-6481, CVE-2020-6482, CVE-2020-6483,
CVE-2020-6484, CVE-2020-6485, CVE-2020-6486, CVE-2020-6487, CVE-2020-6488,
CVE-2020-6489, CVE-2020-6490, CVE-2020-6491, CVE-2020-6493, CVE-2020-6494,
CVE-2020-6495, CVE-2020-6496, CVE-2020-6497, and CVE-2020-6498.

* gnu/packages/patches/ungoogled-chromium-system-jsoncpp.patch,
gnu/packages/patches/ungoogled-chromium-system-zlib.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Adjust for 83.
(%chromium-version): Set to 83.0.4103.106.
(%ungoogled-revision): Set to f08ce8b3f1300ef0750b5d6bf967b9cbbfd9a56d.
(%gentoo-revision, %gentoo-patches, %debian-patches): New variables.
(gentoo-patch, debian-patch): New procedures.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin): Update hashes.
(ungoogled-chromium-source): Don't apply patches from %DEBIAN-ORIGIN, but take
%GENTOO-PATCHES, %DEBIAN-PATCHES, and the local patch files.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Remove "enable_swiftshader=false" from
 #:configure-flags.  Add "icu_use_data_file=false".  Set CFLAGS in phase.
Remove obsolete substitution.  Adjust install phase to install .so files for
ANGLE and Swiftshader.
[native-inputs]: Change from CLANG-9 to CLANG-10.
[inputs]: Replace ICU4C with ICU4C-67.
(ungoogled-chromium/wayland): Remove obsolete substitution.  Add
"ozone_platform_x11=true" in #:configure-flags.

gnu: icu4c: Add 67.1.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c-67): New public variable.

gnu: ungoogled-chromium: Specify CPE name.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[properties]: Add CPE-NAME.

gnu: ungoogled-chromium: Remove non-free file.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium-source): Remove (unused) SVG
file that is licensed under a NoDerivatives license.

gnu: ungoogled-chromium: Build with ffmpeg@4.2.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41987>.
Reported by Jonathan Brielmaier <jonathan.brielmaier@web.de>.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-4.2): New public variable.
* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[inputs]: Change from FFMPEG
to FFMPEG-4.2.

gnu: ffmpeg: Enable rav1e on x86_64 only.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41993>.
Reported by Kurt I <gitlabcanada@runbox.com>.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Conditionally add RAV1E.
[arguments]: Adjust #:configure-flags accordingly.

system: image: Remove "image-root" derivation when building ISO.

The "image-root" derivation output is used as a temporary directory that is
passed to GNU Xorriso later on. By merging the creation of this directory and
the production of an ISO image, we can get rid of the derivation.

* gnu/system/image.scm (system-iso9660-image): Merge "image-root" and
"iso9660-image" derivations so that we spare an extra derivation.

gnu: xl2tpd: Fix build.

* gnu/packages/vpn.scm (xl2tpd)[arguments]: Substitute hardcoded pppd path
instead of trying to set CFLAGS variable.

gnu: python-plotly: Update to 4.8.1.

But keep version 2.4.1 around for packages that still need it and for python2
support.

* gnu/packages/graph.scm (python-plotly): Update to 4.8.1.
[source]: Use git-fetch so that tests are also included.
[arguments]: Enable tests.
[home-page]: Follow redirect.
(python-plotly-2.4.1): New variable.
(python2-plotly): Inherit from python-plotly-2.4.1.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptools)[native-inputs]: Depend on
python-plotly-2.4.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-xarray.

From 27ec21904f769c1e8114f767972d9037e1e9f68a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Pierre Langlois <pierre.langlois@gmx.com>
Date: Thu, 18 Jun 2020 00:58:02 +0200
Subject: [PATCH 4/5] gnu: Add python-xarray.

* gnu/package/python-science.scm (python-xarray): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-retrying.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-retrying): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-pandas: Update to 1.0.5.

But also keep version 0.25.3 around for packages requiring an earlier
versions, as well as version 0.24.2 for a version with python2.

* gnu/packages/python-science.scm (python-pandas): Update to 1.0.5.
[arguments]: Adapt 'patch-which phase.  Add new 'prepare-x phase.  Do not
delete tests that depend on "moto", they are skipped automatically.
[propagated-inputs]: Add python-jinja2.
[inputs]: Add xsel and xclip.
[native-inputs]: Add xorg-server-for-tests so we can test clipboard support.
(python-pandas-0.24): New variable.
(python2-pandas): Inherit from python-pandas-0.25.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-biom-format)[propagated-inputs]:
Switch to python-pandas-0.25.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: deeptools: Deprecate in favor of python-deeptools.

And make sure python-deeptools's tests are running.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptools): Fetch source using git.
[native-inputs]: Add python-mock and python-nose.
(deeptools): Mark as deprecated.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

self: Build with Guile 3.0.3.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0/libgc-7): Inherit from GUILE-3.0.3.

deduplicate: Avoid traversing directories twice.

Until now, we'd call (nar-sha256 file) unconditionally.  Thus, if FILE
was a directory, we would traverse it for no reason, and then call
'deduplicate' on FILE, which would again traverse it.

This change also removes redundant (mkdir-p store) calls from the loop,
and avoids 'lstat' calls by using 'scandir*'.

* guix/store/deduplication.scm (deduplicate): Add named loop.  Move
'mkdir-p' outside the loop.  Use 'scandir*' instead of 'scandir'.  Do
not call 'nar-sha256' when FILE has type 'directory.

compile: Build gnu/{packages,tests}/* with '-O1'.

* guix/build/compile.scm (optimization-options): Use '-O1' for the
simple case.

gnu: emacs-helm: Update to 3.6.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.6.3.

gnu: emacs-helm-fish-completion: Update to 0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-fish-completion): Update to 0.5.

gnu: js8call: Fix build.

* gnu/packages/radio.scm (js8call)[inputs]: Use regular hamlib.

gnu: wsjtx: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/radio.scm (wsjtx-hamlib): Update to 2.2.1.
  [arguments]: Add a 'fix-tests' phase.
  (wsjtx): Update to 2.2.1.

gnu: qgis: Disable some failing tests.

* gnu/packages/geo.scm (qgis)[arguments]: Disable a few more failing tests.

gnu: Add r-rgreat.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgreat): New variable.

gnu: rust-libc-0.2: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-libc-0.2)[arguments]: Don't skip
build.

gnu: rust-libc-0.2: Update to 0.2.71.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-libc-0.2): Update to 0.2.71.

gnu: rust-rayon-1.3: Rename to rust-rayon-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rayon-1.3): Rename to rust-rayon-1.
(rust-criterion-0.3, rust-criterion-0.2, rust-gimli-0.18,
rust-hashbrown-0.5, rust-indexmap-1.3, rust-jpeg-decoder-0.1,
rust-nasm-rs-0.1, rust-scroll-0.9, rust-syn-1.0, rust-syn-0.15)
[arguments]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next)[arguments]: Same.
* gnu/packages/rust-apps.scm (tokei)[arguments]: Same.
* gnu/packages/video.scm (rav1e)[arguments]: Same.

gnu: Remove rust-rayon-1.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rayon-1.1): Remove variable.
(rust-criterion-0.2, rust-gimli-0.18, rust-hashbrown-0.5,
rust-jpeg-decoder-0.1, rust-scroll-0.9, rust-syn-0.15)
[arguments]: Replace rust-rayon-1.1 with 1.3.

gnu: rust-rayon-core-1.7: Rename to rust-rayon-core-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rayon-core-1.7): Rename to
rust-rayon-core-1.
(rust-criterion-0.2, rust-rayon-1.3, rust-rayon-1.1, rust-rayon-0.8)
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: Remove rust-rayon-core-1.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rayon-core-1.5): Remove variable.
(rust-criterion-0.2, rust-rayon-1.1) [arguments]: Replace
rust-rayon-core-1.5 with 1.7.

gnu: sequoia: Fix typos.

* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia)[arguments]: Move unquote next to
the expression it applies to.

gnu: rust-regex-1.3: Rename to rust-regex-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-1.3): Rename to rust-regex-1.
(rust-ansi-term-0.12, rust-bindgen-0.52, rust-bindgen-0.51,
rust-bindgen-0.50, rust-bindgen-0.37, rust-bindgen-0.49, rust-clap-2,
rust-compiletest-rs-0.3, rust-console-0.9, rust-console-0.7,
rust-docopt-1.1, rust-env-logger-0.7, rust-env-logger-0.6,
rust-env-logger-0.5, rust-gimli-0.18, rust-globset-0.4,
rust-grep-cli-0.1, rust-grep-matcher-0.1, rust-grep-regex-0.1,
rust-grep-searcher-0.1, rust-ignore-0.4, rust-lalrpop-0.17,
rust-lalrpop-util-0.17, rust-locale-config-0.3, rust-localeconfig-0.2,
rust-nom-5, rust-nom-4.2, rust-once-cell-1.2, rust-proptest-0.9,
rust-proptest-0.8, rust-pulldown-cmark-0.4, rust-regex-automata-0.1,
rust-rusqlite-0.19, rust-scan-fmt-0.2, rust-syn-1.0, rust-syn-0.15,
rust-ucd-parse-0.1, rust-version-sync-0.8) [arguments]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next)[arguments]: Same.
* gnu/packages/rust-apps.scm (fd, ripgrep, tokei, rust-cargo-c)
[arguments]: Same.
* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia)[arguments]: Same.

gnu: Remove rust-regex-1.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-1.1): Remove variable.
(rust-bindgen-0.50, rust-bindgen-0.49, rust-clap-2,
rust-compiletest-rs-0.2, rust-console-0.7, rust-docopt-1.1,
rust-env-logger-0.7, rust-env-logger-0.6, rust-env-logger-0.5,
rust-gimli-0.18, rust-globset-0.4, rust-grep-cli-0.1,
rust-grep-matcher-0.1, rust-grep-regex-0.1, rust-grep-searcher-0.1,
rust-ignore-0.4, rust-nom-5, rust-nom-4.2, rust-once-cell-1.2,
rust-proptest-0.9, rust-proptest-0.8, rust-pulldown-cmark-0.4,
rust-regex-automata-0.1, rust-rusqlite-0.19, rust-syn-0.15,
rust-ucd-parse-0.1, rust-version-sync-0.8) [arguments]: Replace
rust-regex-1.1 with 1.3.
* gnu/packages/rust-apps.scm (ripgrep)[arguments]: Same.

gnu: Add rust-once-cell-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-once-cell-0.1): New variable.

gnu: Add rust-gettext-rs-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gettext-rs-0.4): New variable.

gnu: Add rust-gettext-sys-0.19.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gettext-sys-0.19): New variable.

gnu: Add rust-locale-config-0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-locale-config-0.2): New variable.

gnu: Add rust-proptest-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proptest-0.7): New variable.

gnu: Add rust-regex-syntax-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-syntax-0.4): New variable.

gnu: Add rust-section-testing-0.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-section-testing-0.0): New variable.

gnu: rust-tempfile-3.1: Rename to rust-tempfile-3.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tempfile-3.1): Rename to ...
(rust-tempfile-3): .. this.
(rust-cairo-rs-0.8, rust-cairo-rs-0.7, rust-cc-1.0,
rust-compiletest-rs-0.3, rust-filetime-0.2, rust-gdk-pixbuf-sys-0.9,
rust-gio-sys-0.9, rust-git2-0.11, rust-glib-0.9, rust-glib-0.8,
rust-glib-sys-0.9, rust-gobject-sys-0.9, rust-handlebars-2.0,
rust-lscolors-0.6, rust-native-tls-0.2, rust-nix-0.15, rust-nix-0.14,
rust-no-panic-0.1, rust-pango-sys-0.9, rust-pangocairo-0.10,
rust-proptest-0.9, rust-proptest-0.8, rust-rustdoc-stripper-0.1,
rust-rustls-0.16, rust-rusty-fork-0.2, rust-sourcefile-0.1,
rust-tiff-0.2, rust-tokio-0.2, rust-tokio-fs-0.1, rust-tokio-uds-0.2,
rust-wayland-client-0.23, rust-wayland-client-0.21, rust-xattr-0.2)
[arguments]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/rust-apps.scm (rust-cbindgen, tokei)[arguments]: Same.
* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia)[arguments]: Same.
* gnu/packages/terminals.scm (alacritty)[arguments]: Same.

gnu: Remove rust-tempfile-3.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tempfile-3.0): Remove variable.
(rust-compiletest-rs-0.3, rust-filetime-0.2, rust-handlebars-2.0,
rust-nix-0.15, rust-nix-0.14, rust-proptest-0.9, rust-proptest-0.8,
rust-rustls-0.16, rust-rusty-fork-0.2, rust-tiff-0.2, rust-tokei-fs-0.1,
rust-tokio-uds-0.2, rust-xattr-0.2) [arguments]: Replace
rust-tempfile-3.0 with 3.1.
* gnu/packages/rust-apps.scm (tokei)[arguments]: Same.

gnu: rust-proptest-0.9: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proptest-0.9): Update to 0.9.
[arguments]: Don't skip build. In cargo-inputs replace rust-rand-0.4
with 0.6, rust-rand-chacha-0.2 with 0.1, rust-rand-xorshift-0.2 with 0.1.

gnu: r-zoo: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-zoo): Move this variable from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-zoo): ...to here.

gnu: r-directlabels: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-directlabels): Move this variable from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-directlabels): ...to here.

gnu: r-boruta: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-boruta): Move this variable from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-boruta): ...to here.

gnu: r-boruta: Fix indentation and description.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boruta)[description]: Fix indentation, add
line breaks, and complete the first sentence fragment.

gnu: r-fit-models: Update to 0.63.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fit-models): Update to 0.63.

gnu: r-glmnet: Update to 4.0-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 4.0-2.
[propagated-inputs]: Add r-survival.

gnu: r-rmarkdown: Update to 2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 2.3.

gnu: r-backports: Update to 1.1.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-backports): Update to 1.1.8.

gnu: r-ggplot2: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.3.2.

gnu: r-isoband: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-isoband): Update to 0.2.2.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.

gnu: r-zvcv: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-zvcv): Update to 2.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-partitions; add r-bh, r-dplyr, r-magrittr, and r-rlinsolve.

gnu: r-umap: Update to 0.2.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.6.0.

gnu: r-ldheatmap: Update to 0.99-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-ldheatmap): Update to 0.99-8.

gnu: r-nonnest2: Update to 0.5-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-nonnest2): Update to 0.5-4.

gnu: r-rcppgsl: Update to 0.3.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppgsl): Update to 0.3.8.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.15.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.15.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.7.0.

gnu: r-rstatix: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstatix): Update to 0.6.0.
[propagated-inputs]: Add r-generics.

gnu: r-radiant-data: Update to 1.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 1.3.9.

gnu: r-tinytex: Update to 0.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.24.

gnu: r-xfun: Update to 0.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.15.

gnu: r-calibrate: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-calibrate): Update to 1.7.7.

gnu: r-htmltable: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmltable): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-htmltools: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmltools): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp; add r-base64enc.

gnu: r-v8: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-v8): Update to 3.2.0.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.16.1.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.32.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.32.1.

gnu: r-biomart: Update to 2.44.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.44.1.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.24.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.24.2.

gnu: r-gdsfmt: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gdsfmt): Update to 1.24.1.

gnu: r-cicero: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.6.1.
[propagated-inputs]: Add r-stringi.

gnu: r-cytoml: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to 2.0.5.
[propagated-inputs]: Add r-xml2.

gnu: r-wiggleplotr: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wiggleplotr): Update to 1.12.1.

gnu: r-regioner: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.20.1.

gnu: Add r-rlinsolve.

* gnu/packages/cran.scm (r-rlinsolve): New variable.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-33-61cc56f6.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-33-61cc56f6.

gnu: xl2tpd: Fix typo.

* gnu/packages/vpn.scm (xl2tpd)[arguments]: Turn "-DPPD" into "-DPPPD".

gnu: express: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (express): Update to 1.5.3.
[source]: Fetch from Github.
[arguments]: Add phase "remove-update-check".

gnu: youtube-dl: Update to 2020.06.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.06.16.

gnu: vmpk: Update home page.

gnu/packages/music.scm (vmpk)[home-page]: Update TLD and use HTTPS.

gnu: bison-3.6: Don't change the name of the package.

This is a follow-up to commit 512d23c65d82bb874ca1fb3c12095b1cec8bbfca.

* gnu/packages/bison (bison-3.6)[name]: Remove the overridden value.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.185.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.228.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.228.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.228.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.228.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: Add r-boruta.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boruta): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: xmoto: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/games.scm (xmoto): Update to 0.6.1.
[arguments]: Remove phase installing man pages, now properly handled by the
installation script.

gnu: emacs-relint: Update to 1.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-relint): Update to 1.18.

gnu: guile: Add 3.0.3.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0.3): New variable.

gnu: Add seahorse-adventures.

* gnu/packages/games.scm (seahorse-adventures): New variable.

gnu: Add font-mplus-testflight.

* gnu/packages/fonts.scm (font-mplus-testflight): New variable.

gnu: k3b: Update to 20.04.2.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b): Update to 20.04.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: k3b: Note the runtime dependency on udisks-service.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b)[description]: Note that udisks-service
should be enabled.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: k3b: Add inputs for libraries loaded at runtime.

Patch the source to load these from absolute paths. Actual loading is done by
the Qt library, so we cannot use k3b’s runpath.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b)[inputs]: Add libcdio-paranoia and
libdvdcss.
[arguments]<#:phases>[set-absolute-library-paths]: New phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>