nls: Add French translation of the cookbook.

doc: Fix pxref translation issue.

* doc/local.mk (xref_command): Change regexp to match properly.

gnu: emacs-vertico: Update to 0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vertico): Update to 0.5.
[arguments]: Remove obsolete phase as the "vertico.texi" file is no longer
provided.

gnu: emacs-auctex: Update to 13.0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Update to 13.0.7.

ci: tarball: Use "current-guix" as profile name.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/47841>.

* gnu/ci.scm (tarball-jobs): Use "current-guix" as profile name.

tests: ldap: Fix it.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/47745>.

* gnu/tests/ldap.scm (run-ldap-test): Use a password with more that 8
characters so that dscreate doesn't fail.

tests: Increase VM memory size.

The patchwork test sometimes fail because there's not enough available RAM in
the marionette. Increase the VM memory size to 1024MiB.

* gnu/tests/web.scm (run-patchwork-test): Increase VM memory size to 1024MiB.

tests: patchwork: Fix it.

The "http-get" test is sometimes failing because the Web server is not yet
initialized and returns the 500 error code.

Use the retry-or-error procedure, like in the tailon test to do a few retries.

* gnu/tests/web.scm (run-tailon-test): Move "retry-or-error" procedure to the
top level and adapt its call.
(run-patchwork-test): Use it.

gnu: python-lfdfiles: Update to 2021.2.22.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lfdfiles): Update to 2021.2.22.

gnu: python-roifile: Update to 2020.11.28.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-roifile): Update to 2020.11.28.

gnu: python-tifffile: Update to 2021.4.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tifffile) [version]: Update to
2021.4.8.
[propagated-inputs]: Drop python-roifiles, which is only required for
tests (disabled). Add python-imagecodecs, which allows decoding
compressed tiff files.

gnu: Add python-imagecodecs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-imagecodecs): New variable.

gnu: util-linux: Disable tests when building on i586-gnu.

Works around <https://bugs.gnu.org/47791>
Reported by Maxime Devos <maximedevos@telenet.be>.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[arguments]: Pass #:tests?.

gnu: beancount: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/finance.scm (beancount): Update to 2.3.4.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.267.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.267.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.267.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.267.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.231.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.231.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.188.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.188.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.113.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.113.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.31.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.31.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.15.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: guile-git: Switch to 'git-fetch'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git)[source]: Use ‘git-fetch’ instead of
‘url-fetch’.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and texinfo.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: Warn about underscores in package names.

As per section '16.4.2 Package Naming' in the manual, use hyphens
instead of underscores in package names.

* guix/lint.scm (check-name): Check whether the package name contains
underscores.
* tests/lint.scm ("name: use underscore in package name"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git-download: Call 'libgit2-init!'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47797>.
Reported by Ingo Ruhnke <grumbel@gmail.com>
and Nicolò Balzarotti <anothersms@gmail.com>.

Regression introduced in c1940fde43c7aca37d67589cc5cb248086d17d56.

* guix/git-download.scm (git-predicate): Add call to 'libgit2-init!'.

gnu: Update blast+ to 2.11.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): Update to 2.11.0.

gnu: certbot, python-acme: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 1.14.0.

gnu: emacs-ztree: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ztree): Update to 1.0.6.

gnu: emacs-posframe: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-posframe): Update to 1.0.1.

gnu: qutebrowser: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 2.2.0.

gnu: Add cl-bodge-blobs-support.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-bodge-blobs-support,
  cl-bodge-blobs-support, ecl-bodge-blobs-support): New variable.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add python-mappy.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mappy): New variable.

gnu: dpkg: Update to 1.20.9.

* gnu/packages/debian.scm (dpkg): Update to 1.20.9.

gnu: ubuntu-keyring: Update to 2021.03.26.

* gnu/packages/debian.scm (ubuntu-keyring): Update to 2021.03.26.

gnu: debian-archive-keyring: Update to 2021.1.1.

* gnu/packages/debian.scm (debian-archive-keyring): Update to 2021.1.1.

gnu: freecad: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad): Update to 0.19.1
[inputs]: Add double-conversion, gl2ps, jsoncpp, libjpeg-turbo, libtheora,
libtiff, libxmlplusplus, lz4, netcdf, proj, python-gitpython, python-pyyaml,
sqlite, and vtk-8. Remove vtk.
[arguments]: Add "-DBUILD_FLAT_MESH:BOOL=ON" to #:configure-flags.

gnu: Add vtk-8.

gnu/packages/image-processing (vtk-8): New variable.

gnu: mesa: Add powerpc64le-linux support.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[inputs]: Add llvm on powerpc64le.
[native-inputs]: Add glslang on powerpc64le.
[arguments]: Adjust configure-flags for powerpc64le to fix building on
powerpc64le and enable features. Add powerpc64le specific phase to skip
known failing test.

gnu: haunt: Update to 0.2.5.

gnu: Add texlive-kastrup.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: Add python-abjad.

* gnu/packages/music.scm (python-abjad): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-quicktions.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-quicktions): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-uqbar.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-uqbar): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-pytest-helpers-namespace.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-helpers-namespace): New
variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-setuptools-declarative-requirements.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-declarative-requirements):
New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add python-roman.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-roman): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

grafts: Support rewriting UTF-16 and UTF-32 store references.

Partially fixes <https://bugs.gnu.org/33848>.

* guix/build/graft.scm (replace-store-references): Add support for
finding and rewriting UTF-16 and UTF-32 store references.
* tests/grafts.scm: Add tests.

gnu: emacs-emms: Update to 7.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emms): Update to 7.1.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.11.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.11.1.

gnu: wireless-regdb: Update to 2020.11.20.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-regdb): Update to 2020.11.20.
[description]: Correct the description.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.187.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.187.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.112.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.112.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.30.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.30.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.14.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.14.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

git: Honor proxy settings when fetching submodules.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44593>.

* guix/git.scm (update-submodules): Add #:fetch-options and honor it.
(update-cached-checkout): Pass #:fetch-options to 'update-submodules'.
* doc/guix.texi (Requirements): Adjust comment about Guile-Git.

installer: Internationalize comment of the generated config.

* gnu/installer/steps.scm (configuration->file): Pass the comment in the
generated file through 'G_'.

guix-install.sh: Add the build users to the 'kvm' group.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42129>.

* etc/guix-install.sh (sys_create_build_user): If a 'kvm' group exists,
add it to the guixbuilders' lists of supplementary groups.

gnu: oil: Update to 0.8.9.

* gnu/packages/shells.scm (oil): Update to 0.8.9.
[arguments]: Make the 'check' phase return #t.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: cwltool: Update to 3.0.20210319143721.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cwltool): Update to 3.0.20210319143721.
[arguments]: In the loosen-version-restrictions phase, relax pytest version
restriction. In the modify-tests phase, delete file tests/test_content_type.py
since it contains tests that require network access.

gnu: python-schema-salad: Update to 7.1.20210316164414.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-schema-salad): Update to
7.1.20210316164414.
[arguments]: Add skip-failing-tests phase.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-11.922cc66.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-11.922cc66.

gnu: python-stevedore: Propagate pbr.

* gnu/packages/openstack.scm (python-stevedore)[native-inputs]: Move
python-pbr from here...
[propagated-inputs]: ...to here.
[arguments]: Add phase to patch requirements.

gnu: Add python-ld.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ld): New variable.

services: cuirass: Use "/tmp" database host.

This is a follow-up of c311147bd16aa0e5746d9cbf31502f5fd61e470c.

* gnu/services/cuirass.scm (%cuirass-default-database): Use "/tmp" database
host.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-10.17e8759.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-10.17e8759.

gnu: Add texlive-ly1.

* gnu/packages/tex.scm: New package.

gnu: emacs-vertico: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vertico): Update to 0.4.

gnu: Add srecord.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (srecord): New variable.

gnu: minetest: Fix absolute path to 'rm' command.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[patch-sources]: Substitute '/bin/rm' path.
[inputs]: Add coreutils.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Guix: Update to 1.2.0-21.4dff6ec.

Fixes <https://bugs.gnu.org/46829>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.2.0-21.4dff6ec.

Revert "services: mysql: Add extra-environment as configuration option."

This reverts commit f3626119d738f30b5ab59e76c105fd7b4c077ddc.
This commit inadvertently broke a string freeze.  Let's be nice to our
translators and not do that.

gnu: guile-git: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git): Update to 0.5.0.

gnu: emacs-git-link: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-link): Update to 0.8.3.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: le-certs: Update to new Let's Encrypt certificates.

* gnu/packages/certs.scm (le-certs): Update the certificate store.
[inputs]: Add isrgrootx2.pem, letsencryptauthorityr3.pem,
letsencryptauthorityr4.pem, letsencryptauthoritye1.pem, and
letsencryptauthoritye2.pem. Remove letsencryptauthorityx3.pem and
letsencryptauthorityx4.pem.
[arguments]: Adjust the builder accordingly.

tests: postgresql: Fix it.

This is a follow-up of c311147bd16aa0e5746d9cbf31502f5fd61e470c.

* gnu/tests/databases.scm (run-postgresql-test): Use "/tmp" as database host.

services: postgresql: Use "/tmp" host directory.

This is a follow-up of c311147bd16aa0e5746d9cbf31502f5fd61e470c.

* gnu/services/databases.scm (<postgresql-role-configuration>)[host]: Set to
"/tmp" which the default Postgresql socket directory.

services: mysql: Add extra-environment as configuration option.

* gnu/services/databases.scm (mysql-configuration): Add extra-environment
(mysql-service): Use #:log-file and #:environment-variables
* doc/guix.texi: Document it.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Add r-randomforestsrc.

* gnu/packages/cran.scm (r-randomforestsrc): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

nls: Add Slovak translation.

* po/guix/LINGUAS: Add 'sk'.
* po/guix/sk.po: New file.

gnu: openconnect-sso: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect-sso): Update to 0.7.2.
[arguments]: Remove 'adjust-package-version-requirements phase.

gnu: Add r-hmm.

* gnu/packages/cran.scm (r-hmm): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-tinycss2: Enable tests.

* gnu/packages/python-web.scm (python-tinycss2)[source]: Fetch from git
repository to include tests.
[arguments]: Build from source with flit.
[native-inputs]: Add python-flit, python-pytest, python-pytest-cov,
python-pytest-flake8, and python-pytest-isort.

gnu: python-ipywidgets: Update to 7.6.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipywidgets): Update to 7.6.3.
[propagated-inputs]: Add python-ipython, python-jupyterlab-widgets, and
python-nbformat.
[native-inputs]: Remove python-nose; add python-mock and ptyhon-pytest-cov.

gnu: python-widgetsnbextension: Remove unnecessary inputs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-widgetsnbextension)[propagated-inputs]:
Remove python-argon2-cffi, python-ipykernel, and python-terminado.
[native-inputs]: Remove python-certifi and python-nose.

gnu: Add python-jupyterlab-widgets.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-jupyterlab-widgets): New variable.

gnu: Add python-jupyter-packaging.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-jupyter-packaging): New variable.

gnu: Add python-deprecation.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-deprecation): New variable.

gnu: python-testpath: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/check.scm (python-testpath): Update to 0.4.4.
[arguments]: Build the package as intended with flit.
[native-inputs]: Add python-flit.

gnu: python-flit: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-flit): Update to 3.2.0.
[source]: Fetch from git repository to include flit_core.
[arguments]: Add phases to bootstrap the build.
[propagated-inputs]: Add python-pytoml and python-toml.
[native-inputs]: Add python-docutils, python-responses,
python-pygments-github-lexers, python-pytest, python-pytest-cov,
python-sphinx, python-sphinxcontrib-github-alt, and python-testpath.

gnu: Add python-sphinxcontrib-github-alt.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinxcontrib-github-alt): New variable.

gnu: Add python-requests-unixsocket.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests-unixsocket): New variable.

gnu: Add python-pygments-github-lexers.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygments-github-lexers): New variable.

gnu: Add python-pytoml.

* gnu/packages/python-build.scm (python-pytoml): New variable.

gnu: Remove python2-ipykernel.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipykernel): Remove variable.
(python-ipykernel)[properties]: Remove python2-variant.

gnu: Remove python2-jupyter-console.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-jupyter-console): Remove variable.
(python-jupyter-console)[properties]: Remove python2-variant.

gnu: Remove python2-jupyter-core.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-jupyter-core): Remove variable.

gnu: Remove python2-ipyparallel.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipyparallel): Remove variable.

gnu: Remove python2-matplotlib-documentation.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-matplotlib-documentation): Remove variable.

gnu: python-nbformat: Update to 5.1.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-nbformat): Update to 5.1.3.
[arguments]: Remove to enable tests.
[native-inputs]: Add python-pytest.
[properties]: Add python2-variant.
(python2-nbformat): Keep at version 4.4.0; override version and source field.

gnu: python-nbconvert: Update to 6.0.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-nbconvert): Update to 6.0.7.
[arguments]: Remove configure flags, enable tests, override check phase.
[propagated-inputs]: Add python-defusedxml, python-nbclient,
python-pandocfilters, python-jupyterlab-pygments, and python-testpath.
[properties]: Add python2-variant.
(python2-nbconvert): Override version, source, arguments, and
propagated-inputs.

gnu: Add python-nbclient.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-nbclient): New variable.