gnu: youtube-viewer: Refer to youtube-dl.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[inputs]: Add youtube-dl.
[arguments]: Add ‘refer-to-inputs’ phase.

gnu: radare2: Download over HTTPS.

* gnu/packages/engineering.scm (radare2)[source]: Use HTTPS.

gnu: radare2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/engineering.scm (radare2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: nsd: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/dns.scm (nsd): Update to 4.2.0.

gnu: knot: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.8.2.

gnu: suil: Update to 0.10.4.

* gnu/packages/audio.scm (suil): Update to 0.10.4.

gnu: Add freeorion

* gnu/packages/games.scm (freeorion): New variable.

gnu: docker-compose: Add required Python dependencies.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonschema-2.6):
New old public variable.
* gnu/packages/docker.scm (docker-compose)[inputs]:
Add python-docker-pycreds and use python-jsonschema-2.6.

gnu: dstat: Add two patches, fix two bugs.

* gnu/packages/admin.scm (dstat)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/dstat-fix-crash-when-specifying-delay.patch,
gnu/packages/patches/dstat-skip-devices-without-io.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: dstat: Fix Python 3 deprecation warning.

* gnu/packages/admin.scm (dstat)[arguments]:
Add ‘fix-python3-DeprecationWarning’ phase.

gnu: Add font-anonymous-pro-minus.

* gnu/packages/fonts.scm (font-anonymous-pro-minus): New public variable.

gnu: keepassxc: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.4.3.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.10.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.10.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.51.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.51.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.126.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.126.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: Add waybar.

* gnu/packages/wm.scm(waybar): New variable.

gnu: Add spdlog.

* gnu/packages/logging.scm(spdlod): New variable.

services: Include USB_ModeSwitch in %desktop-services.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35640>.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Add usb-modeswitch-service-type.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: Add usb-modeswitch-service-type.

* gnu/services/networking.scm (usb-modeswitch-service-type): New variable.
(usb-modeswitch-configuration): New variable.
(usb-modeswitch-sh): New procedure.
(usb-modeswitch-configuration->udev-rules): New procedure.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: units: Update to 2.19.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.19.

gnu: rush: Update to 1.9.

* gnu/packages/rush.scm (rush): Update to 1.9.

gnu: wget: Update to 1.20.3.

* gnu/packages/wget.scm (wget): Update to 1.20.3.

gnu: gengetopt: Update to 2.23.

* gnu/packages/popt.scm (gengetopt): Update to 2.23.
[native-inputs]: New field.

gnu: dico: Update to 2.9.

* gnu/packages/dico.scm (dico): Update to 2.9.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.64.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.64.

services: Remove unneeded imports that led to cycles.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36207>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>.

* gnu/services/admin.scm: Remove unneeded import of (gnu services
base).
* gnu/services/mcron.scm: Likewise.

gnu: swayidle: Add elogind support.

* gnu/packages/wm.scm (swayidle)[arguments]: Add #:configure-flags.
  [inputs]: Add elogind.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: emacs-desktop-environment: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-desktop-environment): Update to 0.2.2.

Merge branch 'staging'

gnu: Remove leftover patch.

This is a follow-up to commit d680a8afd1190aac46742d3abf2a0de1a45ea10f.

* gnu/packages/patches/inkscape-poppler-compat3.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add benchmark.

* gnu/packages/benchmark.scm(benchmark): New variable.
* gnu/packages/patches/benchmark-unbundle-googletest.patch: New file.
* gnu/local.mk(dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Remove r-loomr.

The loomR package is actually non-free software according to its author.  See
https://github.com/mojaveazure/loomR/pull/24.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-loomr): Remove variable.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi: Switch URI and description in @uref for hpcguix-web.

gnu: sway: Hardcode path to swaybg.

* gnu/packages/wm.scm (sway)[arguments]: Hardcode path to swaybg.
  [inputs]: Add swaybg.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: whois: Update to 5.4.3.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.4.3.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 75.0.3770.90-0.5d8abc3 [fixes CVE-2019-5842].

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Update to 75.0.3770.90.
(%debian-revision): Update to 'debian/75.0.3770.90-1'.
(%chromium-origin): Update hashes.

import: hackage: Handle Hackage revisions.

Hackage packages can have metadata revisions (Cabal file only) that are
not reflected in the source archive.  The Haskell build system has
support for this, but until now the Hackage importer would create a
package based on the revised Cabal file which would then build using the
old Cabal file.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35750>.

* guix/import/cabal.scm (<cabal-package>): Add 'revision' field.
(eval-cabal): Parse 'x-revision:' property.
* guix/import/hackage.scm (read-cabal-and-hash): New procedure.
(hackage-fetch-and-hash): New procedure.
(hackage-fetch): Rewrite using 'hackage-fetch-and-hash'.
(hackage-module->sexp): Add 'cabal-hash' argument and use it to populate
the '#:cabal-revision' argument.
(hackage->guix-package): Use the new '-and-hash' functions to get the
hash of the Cabal file and pass it to 'hackage-module->sexp'.
* guix/tests/hackage.scm: Test import of Cabal file revision.

Signed-off-by: Timothy Sample <samplet@ngyro.com>

gnu: emacs-org-noter: Tweak.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-noter): Adjust indentation and
description.

gnu: Add emacs-org-noter

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-noter): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ikiwiki: Update to 3.20190228.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki): Update to 3.20190228.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: perl-yaml-libyaml: Update to 0.78.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml-libyaml): Update to 0.78.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: perl-canary-stability: Update to 2013.

* gnu/packages/perl.scm (perl-canary-stability): Update to 2013.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: perl-db-file: Update to 1.852.

* gnu/packages/databases.scm (perl-db-file): Update to 1.852.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-solaire-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-solaire-mode): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-mixed-pitch.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mixed-pitch): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-restart-emacs.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-restart-emacs): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-elfeed-org.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elfeed-org): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-xtest.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-xtest): New variable.

gnu: parcimonie: Update source and home-page.

* gnu/packages/gnupg.scm (parcimonie)[source]: Update to new url.
[home-page]: Same.

build-system/haskell: Generate Setup.hs if needed.

The default Setup.hs is boilerplate that is frequently left out of
source packages.  Several packages already add a phase to generate it,
so moving this phase to the build system is just factoring out an
existing pattern.

See <https://github.com/phadej/time-compat/issues/4>.

* guix/build/haskell-build-system.scm (generate-setuphs): New procedure.
(%standard-phases): Add it after 'unpack'.
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-foundation, ghc-inline-c,
ghc-inline-c-cpp, ghc-rio): Remove 'arguments'.

Signed-off-by: Timothy Sample <samplet@ngyro.com>

build-system/haskell: Fix Haddock phase docstring.

* guix/build/haskell-build-system.scm (haddock): Fix docstring.

Signed-off-by: Timothy Sample <samplet@ngyro.com>

Merge branch 'staging'

gnu: gstreamer: Skip failing test on 32-bit systems.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer)[arguments]: When building for a
32-bit system, add #:phases.

gnu: Add ri-li.

* gnu/packages/games.scm (ri-li): New variable.
* gnu/packages/patches/ri-li-modernize_cpp.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Reference patch.

gnu: Add Kawa.

* gnu/packages/kawa.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu; emacs-realgud: Add a 'file-name' field to the origin.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud)[source]: Add 'file-name'.

gnu: emacs-realgud: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud): Update to 1.5.0.
[source]: Fetch from git.
Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/emacs-realgud-fix-configure-ac.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpxsee: Fetch from Git instead of a generated tarball.

* gnu/packages/gps.scm (gpxsee)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: gpxsee: Upgrade to 7.8

* gnu/packages/gps.scm (gpxsee): Update to 7.8.
[arguments]: Leave "config.h" unchanged in 'configure' phase.
Remove 'install' phase.
[home-page, synopsis, description]: Update.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nyacc: Add 0.94.0.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Rename to...
(nyacc-0.86): ... this.
(nyacc): New variable.
(mes)[propagated-inputs]: Use NYACC-0.86 instead of NYACC.

gnu: gimp: Update to 2.10.12.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.12.

gnu: babl: Update to 0.1.66.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.66.

gnu: emacs-perspective: Update to 2.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-perspective): Update to 2.2.
[source]: Download using git-fetch.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gpodder: Only return #t when needed.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder)[arguments]: Return #t from
'do-not-run-msgmerge. Don't return #t from 'install.

gnu: gpodder: Update to 3.10.9.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder): Update to 3.10.9.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: dstat: Add python2-six.

* gnu/packages/admin.scm (dstat)[inputs]: Add python2-six.
[arguments]: Add ‘wrap’ phase to make dstat find required modules.

daemon: Replace "illegal" by "invalid" in error messages.

* nix/libstore/build.cc (parseReferenceSpecifiers): Replace "illegal" by
"invalid".
* nix/libstore/globals.cc (Settings::pack): Likewise.
* nix/libstore/store-api.cc (checkStoreName): Likewise.

gnu: Add USB_ModeSwitch.

* gnu/packages/usb-modeswitch.scm: New file.
* gnu/packages/patches/usb-modeswitch-accept-config-arg.patch: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add package.
  (dist_patch_DATA): Add patch.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacsy.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy): New variable.

gnu: GParted: Update 1.0.0.

* gnu/packages/disk.scm (gparted): Update to 1.0.0.
[arguments]: Remove obsolete configure flag.
[inputs]: Use gtkmm@3. Add yelp-tools and itstool. Remove libxslt,
gnome-doc-utils, docbook-xml-4.2, python-2, python2-libxml2, and which.
[native-inputs]: Add lvm2.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.9.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.50.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.50.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.125.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.125.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.181.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.181.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.181.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.181.

doc: Improve tarball extraction example.

gnu: perl-io-socket-ssl: Update to 2.066.

The previous version failed to build, but this updated version does build
successfully.

* gnu/packages/web.scm (perl-io-socket-ssl): Update to 2.066.

gnu: Add python-pynvim.

* gnu/packages/vim.scm (python-pynvim, python2-pynvim): New variables.

services: Import (srfi srfi-26) from the build side.

See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-06/msg00119.html>.

* gnu/services/nix.scm (nix-activation): Remove (srfi srfi-26) from (host-)
imported modules.

gnu: Add r-txdb-hsapiens-ucsc-hg38-knowngene.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-txdb-hsapiens-ucsc-hg38-knowngene): New variable.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 75.0.3770.80-0.5d8abc3.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Update for 75.
(%chromium-version): Update to 75.0.3770.80.
(%ungoogled-revision): Update to 5d8abc38b43a62f379615a0dc972b29d9aebb4b4.
(%debian-revision): Update to debian/75.0.3770.80-1.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin, %debian-origin): Update hashes.
(ungoogled-chromium-source): Include Debians GCC6 patches.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Add "enable_vr=false" to #:configure-flags.

gnu: chromium: Move origins into separate variables.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-origin, %ungoogled-origin,
%debian-origin): New variables.
(ungoogled-chromium-source): Adjust accordingly.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.6.
[inputs]: Remove bedtools.

gnu: wget.scm: List inputs alphabetically.

* gnu/packages/wget.scm: List inputs alphabetically.

gnu: wget: Change default paste site.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste)[arguments]: Change default paste
site in custom 'remove-dead-paste-site phase.

gnu: wgetpaste: Add xclip to wrapper program list.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste)[arguments]: Add xclip to list of
wrapper programs in custom 'wrap-program phase.
[inputs]: Add xclip.

gnu: Add r-annotatr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotatr): New variable.

gnu: crate: Add proc-macro2 and quote.

* gnu/packages/crates-io.scm: (rust-proc-macro2): New variable.
(rust-quote): New variable.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: crate: Add unicode-xid.

* gnu/local.mk: (GNU_SYSTEM_MODULES): Add packages/crates-io.scm.
* gnu/packages/crates-io.scm: New file, containing unicode-xid.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

import: crate: Define dependencies as arguments.

* guix/import/crate.scm:
(crate-fetch)[input-crates]: Rename to dev-crates.
[native-input-crates]: Rename to dev-dep-crates.
[inputs]: Rename to cargo-inputs.
[native-inputs]: Rename to cargo-development-inputs.
(maybe-cargo-inputs, maybe-cargo-development-inputs, maybe-arguments): Add
them.
(make-crate-sexp)[inputs]: Rename to cargo-inputs.
[native-inputs]: Rename to cargo-development-inputs.
[maybe-native-inputs, maybe-inputs]: Replace with maybe-arguments.
* guix/import/utils.scm: (package-names->package-inputs): Make public.  Add
docstring.
* tests/crate.scm (crate->guix-package): Update the match pattern.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

doc: Update cargo-build-system parameter docs.

* doc/guix.texi: (Build Systems)[cargo-build-system]: Add references to
the #:rust, #:cargo-inputs, and #:cargo-development-inputs parameters.
Remove reference to installing crate sources.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Don't copy source as an output.

* guix/build-system/cargo.scm: (cargo-build)[build-expression->derivation]:
Don't add "src" output.
* guix/build/cargo-build-system.scm: (install-source): Delete it.
(%standard-phases): Delete 'install-source.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Use sources from package sources.

* guix/build/cargo-build-system.scm (crate-src?): New procedure.
(configure): Use the new procedure to expand crate tarballs in the vendor
directory.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Expand transitive crate sources.

* guix/build/cargo: (package-cargo-inputs): Add it.
(package-cargo-development-inputs): Add it.
(crate-closure): Add it.
(expand-crate-sources): Add it.
(lower)[private-keywords]: Add #:cargo-inputs and
[bag]: Use expand-crate-sources to augment build-inputs.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: Add emacs-shroud.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shroud): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

services: Add SRFI-26 to Nix activation gexp.

Fix the following fatal error on ‘guix system reconfigure’:

Backtrace:
          18 (primitive-load "/home/nckx/.config/guix/current/bin/guix")
In guix/ui.scm:
  1620:12 17 (run-guix-command _ . _)
In ice-9/boot-9.scm:
    829:9 16 (catch _ _ #<procedure 7a7caa2d4c80 at guix/ui.scm:587:2 (key c)> _)
    829:9 15 (catch _ _ #<procedure 7a7caa2d4c98 at guix/ui.scm:710:6 (key proc format-string format-args . …> …)
In guix/scripts/system.scm:
   1325:8 14 (_)
In guix/status.scm:
    768:4 13 (call-with-status-report _ _)
In guix/scripts/system.scm:
   1181:4 12 (process-action _ _ _)
In guix/store.scm:
   623:10 11 (call-with-store _)
  1800:24 10 (run-with-store _ _ #:guile-for-build _ #:system _ #:target _)
In guix/scripts/system.scm:
   920:13  9 (_ _)
    409:8  8 (_ _)
In unknown file:
           7 (primitive-load "/gnu/store/dha7j9gcz3vgb8cy7vfvvaswwsywrrzj-activate")
In ice-9/boot-9.scm:
   260:13  6 (for-each #<procedure primitive-load (_)> _)
In unknown file:
           5 (primitive-load "/gnu/store/ql1xjxrssxm51z2bn2v6l3mlrncij84h-activate-service")
In ice-9/eval.scm:
    619:8  4 (_ #f)
   196:35  3 (_ #f)
   196:27  2 (_ #f)
   223:20  1 (proc #<directory (guile-user) 1fa4140>)
In unknown file:
           0 (%resolve-variable (7 . cut) #<directory (guile-user) 1fa4140>)

ERROR: In procedure %resolve-variable:
error: cut: unbound variable

Reported-by: Alex McGrath on #guix.
* gnu/services/nix.scm (nix-activation): Import and use (srfi srfi-26).

gnu: racket: Update to 7.3.

* gnu/packages/scheme.scm (racket): Update to 7.3.
* gnu/packages/patches/racket-store-checksum-override.patch: Update for Racket
  7.3.

gnu: Add r-psiplot.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-psiplot): New variable.

Merge branch 'master' into staging

gnu: tbb: Update to 2019_U8.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb): Update to 2019_U8.