gnu: r-rootsolve: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rootsolve): Update to 1.8.2.

gnu: r-reticulate: Update to 1.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.14.
[propagated-inputs]: Add r-rappdirs.

gnu: r-pillar: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.4.3.

gnu: r-vctrs: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.2.1.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.8.

gnu: r-psych: Update to 1.9.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 1.9.12.

gnu: r-bbmle: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbmle): Update to 1.0.22.
[propagated-inputs]: Add r-bdsmatrix, r-matrix, and r-mvtnorm.

gnu: Add r-bdsmatrix.

* gnu/packages/cran.scm (r-bdsmatrix): New variable.

gnu: r-latticeextra: Update to 0.6-29.

* gnu/packages/statistics.scm (r-latticeextra): Update to 0.6-29.
[propagated-inputs]: Add r-jpeg and r-png.

gnu: r-dt: Update to 0.11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.11.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.1.5.

gnu: r-mime: Update to 0.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mime): Update to 0.8.

gnu: r-bh: Update to 1.72.0-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.72.0-2.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-73.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-73.

gnu: r-mass: Update to 7.3-51.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-51.5.

gnu: r-boot: Update to 1.3-24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-24.

gnu: r-scater: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.14.6.

gnu: WireGuard: Update to 0.0.20191219.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20191219.

gnu: lepton-eda: Update to 1.9.9-20191003.

* gnu/packages/engineering.scm (lepton-eda): Update to 1.9.9-20191003.
[inputs]: Do not inherit from geda-gaf; replace guile-2.0 with guile-2.2.
[arguments]: Add phase to compile Scheme files.

gnu: catimg: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg): Update to 2.6.0.

gnu: tig: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.5.0.

gnu: vim-airline: Update to 0.11.

* gnu/packages/vim.scm (vim-airline): Update to 0.11.

gnu: mutt: Add preferred source uri.

* gnu/packages/mail.scm (mutt)[source]: Add upstream's preferred uri.

gnu: mutt: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.13.2.

gnu: Add gnome-shell-extension-hide-app-icon.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-hide-app-icon):
New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libhandy: Update description.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy)[description]: Fix typo and make
clear it's not only for mobile interfaces.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Update libhandy to 0.0.12.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy): Update to 0.0.12.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gnome-shell-extension-dash-to-panel.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-dash-to-panel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnupg: Compile regexps only once.

This halves the run time on a large number of subsequent 'gnupg-verify'
calls.

* guix/gnupg.scm (sigid-rx, goodsig-rx, validsig-rx, expkeysig-rx)
(errsig-rx): New variables, lifted from...
(gnupg-verify)[status-line->sexp]: ... here.

gnu: libfive: Update to 0-3.6e39254.

* gnu/packages/engineering.scm (libfive): Update to 0-3.6e39254.
[arguments]: Add build phase "find-catch".
[inputs]: Replace catch-framework with catch-framework2.
[license]: Change license for library.

gnu: catch-framework2: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/check.scm (catch-framework2): Update to 2.1.2.
(catch-framework2-1): New variable.
* gnu/packages/cpp.scm (fifo-map)[native-inputs]: Use catch-framework2-1.

gnu: Add java-piccolo2d-extras.

* gnu/packages/java-graphics.scm (java-piccolo2d-extras): New variable.

gnu: Add java-piccolo2d-core.

* gnu/packages/java-graphics.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: sbcl: Update to 1.5.9.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-boot0): New variable.
Build 1.5.8 against CLISP.
(sbcl): Build versions >= 1.5.9 against sbcl-boot0.

Update email for Brett Gilio.

* .mailmap: Add name and email for Brett Gilio.
* gnu/local.mk, gnu/packages/admin.scm, gnu/packages/audio.scm,
  gnu/packages/bittorrent.scm, gnu/packages/build-tools.scm,
  gnu/packages/cran.scm, gnu/packages/emacs-xyz.scm,
  gnu/packages/messaging.scm, gnu/packages/python-xyz.scm,
  gnu/packages/sml.scm, gnu/packages/terminals.scm, gnu/packages/wm.scm:
  Update email for Brett Gilio.

gnu: dxvk: Update to 1.5.

* gnu/packages/wine.scm (dxvk): Update to 1.5.

gnu: wireless-tools: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-tools)[arguments]: Replace 'configure phase
to substitute CC, AR and RANLIB Makefile variables to suitable values when
cross-compiling.

gnu: behave: Fix tests.

* gnu/packages/check.scm (behave): Add missing directory to PYTHONPATH before
tests.

gnu: isc-dhcp: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[arguments]: Add a configure flag to
specify randomdev path, which is needed when cross-compiling. Also add a
fix-bind-cross-compilation phase.

gnu: mumble: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble): Update to 1.3.0.
[source]: Remove patch. Update snippet.
[build-system]: Switch to qt-build-system.
[arguments]: Update custom 'configure phase. Add custom phase to disable
murmur ice.
[inputs]: Remove protobuf-3.5, libx11, qt-4, alsa-lib. Add protobuf,
mesa, qtbase, qtsvg.
[native-inputs]: Add python, qttools.
[license]: Update license info.
* gnu/packages/patches/mumble-1.2.19-abs.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

guix: Fix %hurd-systems list.

* guix/packages.scm (%hurd-systems): Replace i585-gnu with i586-gnu.

gnu: Fix python-pyside-2.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyside-2)[inputs]: Remove llvm-6, clang-6.
Add clang-toolchain-6.
[arguments]: Adjust for change in inputs.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Fix python-shiboken-2.

* gnu/packages/qt.scm (python-shiboken-2)[inputs]: Remove llvm-6,
clang-6. Add clang-toolchain-6.
[arguments]: Adjust for change in inputs.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: icedtea@2: Fix missing match catch-all.

* gnu/packages/java.scm (icedtea@2)[arguments]: In custom
'install-libjvm phase add catch-all case to 'match'.

gnu: phonon-backend-gstreamer: Fix-up inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (phonon-backend-gstreamer)[inputs]:
Move qttools ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: ktextwidgets: Fix-up inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (ktextwidgets)[inputs]: Move qttools ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: leocad: Update to 19.07.1.

* gnu/packages/lego.scm (leocad): Update to 19.07.1
[source]: Use git-fetch.
* .mailmap: Add preferred alias for myself.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.5.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-x86_64.conf: Delete files.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.
* gnu/packages/patches/linux-libre-active-entropy.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.3, linux-libre-5.3-version)
(linux-libre-5.3-pristine-source, linux-libre-5.3-source)
(linux-libre-headers-5.3, linux-libre-5.3): Remove variables.
(deblob-scripts-5.4, linux-libre-5.4-version)
(linux-libre-5.4-pristine-source, linux-libre-5.4-source)
(linux-libre-headers-5.4, linux-libre-5.4): New variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source)
(linux-libre-source, linux-libre): Point to linux-libre-5.4*.

gnu: linux-libre: Remove orphaned 5.2.x kernel configurations.

This is a followup to commit 4845dee706a1aee89917e5c7f25d3bce64f7e11c.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

download: Remove ramses.wh2.tu-dresden.de kernel mirror.

* guix/download.scm (%mirrors): Remove ramses.wh2.tu-dresden.de, which seems
to no longer work.

gnu: isc-dhcp: Update bundled BIND to 9.11.14.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[bind-patch-version]: Update to 14.
[inputs]: Update hash of bind-source-tarball.

gnu: httpfs2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/file-systems.scm (httpfs2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: bind: Update to 9.14.9.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.14.9.

gnu: Add python-pox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pox): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-ppft.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ppft): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-multiprocess: Update to 0.70.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-multiprocess): Update to 0.70.9.
[arguments]: Add phase "disable-broken-tests" and run tests after installation.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

gnu: python-dill: Update to 0.3.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dill): Update to 0.3.1.1.
[arguments]: Enable tests.
[native-inputs]: Add python-nose.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnupg: 'gnupg-status-missing-key?' returns a fingerprint when possible.

Until then, 'gnupg-status-missing-key?' would return a key id.  Its
user, 'gnupg-verify*', would then fetch a key with that ID from key
servers, thus possibly the wrong key (due to key ID collisions).  If it
did fetch the wrong key, the effect would be a signature verification
failure down the path--e.g., in "guix refresh -u".

* guix/gnupg.scm (gnupg-verify)[maybe-fingerprint]: New procedure.
[status-line->sexp](errsig-rx): Add parenthetical expression at the end.
Fetch it and add it to the 'signature-error' sexp.
(gnupg-status-missing-key?): Match the whole 'signature-error' sexp and
return preferably the fingerprint rather than KEY-ID.
(gnupg-receive-keys): Rename 'key-id' parameter to 'fingerprint/key-id'.

gnupg: 'gnupg-status-good-signature?' no longer returns a key ID.

Returning a key ID was inconsequential because the only user of
'gnupg-status-good-signature?', (guix upstream) (via 'gnupg-verify*'),
would not check the return value as long as it's true.

* guix/gnupg.scm (gnupg-status-good-signature?): Return a
fingerprint/user pair instead of key-id/user.
(gnupg-verify*): Mention it in docstring.

guix: swh: Fix example URI in comment for <origin>.

This is a one-character follow-up to
356a79becc4061d158c68718ad169abac1ab672f

Reported by Jonathan Brielmaier <jonathan.brielmaier@web.de>.

* guix/swh.scm(<origin>): Remove a slash from example URI witin a comment.

gnu: libdbi-drivers: Adapt to multiple-output MariaDB.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb/fixed-install-db): New public variable.
(libdbi-drivers)[inputs]: Add MARIADB:DEV and MARIADB:LIB.  Remove MARIADB.
[native-inputs]: Add MARIADB/FIXED-INSTALL-DB.
[arguments]: Adjust accordingly.

gexp: Allow character literals in GEXP->SEXP.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38628>.

* tests/gexp.scm ("lower-gexp, character literal"): New test.
* guix/gexp.scm (gexp->sexp)[self-quoting?]: Add CHAR? to the tested types.
* guix/repl.scm (self-quoting?): Likewise.
* gnu/tests.scm (marionette-shepherd-service)[self-quoting?]: Likewise.

gnu: darktable: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 2.6.3.

gnu: darktable: Remove redundant inputs.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[native-inputs]: Remove.

gnu: darktable: Fix build failure.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[arguments]: Move CPATH override from
 #:make-flags to a phase, so the GETENV call returns useful data.

gnu: Remove uses of deprecated Qemu network configuration.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Move Qemu network configuration from
ARCH-SPECIFIC-FLAGS to the Qemu command line.  Use the "-nic" option of Qemu
instead of "-device" and "-net".
* gnu/system/vm.scm (common-qemu-options): Do not add a '-net' command.
(virtual-machine-compiler): Use "-nic user,..." instead of "-net".
* doc/guix.texi (Installing Guix in a VM, Invoking guix system, Running Guix
in a VM): Do the same for examples.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.18.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.18.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-4.19): Update to 4.19.90.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.159.
(deblob-scripts-5.3, deblob-scripts-4.9, deblob-scripts-4.4): Update version
numbers to 5.3.17, 4.9.206, and 4.4.206, respectively, although the scripts
themselves have not changed.

gnu: Add r-biodist.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biodist): New variable.

gnu: Add r-biocworkflowtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): New variable.

gnu: Add r-biocset.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocset): New variable.

gnu: Add r-biocpkgtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocpkgtools): New variable.

gnu: Add r-biocor.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocor): New variable.

gnu: Add r-bioconcotk.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioconcotk): New variable.

gnu: Add r-multiassayexperiment.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): New variable.

gnu: Add r-experimenthub.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-experimenthub): New variable.

gnu: Add r-biocgraph.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocgraph): New variable.

gnu: Add r-bioccasestudies.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioccasestudies): New variable.

gnu: Add r-ebarrays.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebarrays): New variable.

gnu: Add r-reactomepa.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reactomepa): New variable.

gnu: Add r-graphite.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-graphite): New variable.

gnu: Add r-influencer.

* gnu/packages/cran.scm (r-influencer): New variable.

gnu: Add r-curatedtcgadata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-curatedtcgadata): New variable.

gnu: Add r-reactome-db.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reactome-db): New variable.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.69.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.69.

gnu: cmst: Update to 2019.01.13.

* gnu/packages/connman.scm (cmst): Update to 2019.01.13.

gnu: python-ecdsa: Actually run the test suite.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecdsa)[arguments]: Replace
'check phase.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: python-ecdsa: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecdsa): Update to 0.14.1.
[inputs]: Move openssl ...
[native-inputs]: ... to here.
[propagated-inputs]: Add python-six.

swh: Fix API call for getting origin.

When using the archival linter, git origins already in the archive where
not recognized due to an API change and where repeatedly asked for archival.
This is fixed here.

* guix/swh.scm (lookup-origin): Fix API URI for getting origin.
(<origin>): Fix comment with API URI example.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.17.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.90.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.90.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.159.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.159.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: Add r-biobroom.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biobroom): New variable.

gnu: Add r-bioassayr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioassayr): New variable.

gnu: Add r-chemminer.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chemminer): New variable.

gnu: Add r-bigpint.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): New variable.

gnu: Add r-bigmemoryextras.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmemoryextras): New variable.

gnu: Add r-biggr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biggr): New variable.

gnu: Add r-hyperdraw.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hyperdraw): New variable.

gnu: Add r-hypergraph.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hypergraph): New variable.