doc: Make "Application Setup" more prominent.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add reference to "Application Setup".

gnu: bedtools: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools): Update to 2.24.0.

gnu: e2fsprogs: Update to 1.42.13.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.42.13.  Change the source
  URI to use the .tar.xz file from kernel.org.

gnu: Add liblxqt.

* gnu/packages/lxqt.scm (liblxqt): New variable.

gnu: Add kwindowsystem.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kwindowsystem): New variable.

gnu: Add extra-cmake-modules.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.

gnu: ripperX: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/mp3.scm (ripperx): Update to 2.8.0. Drop one patch and
  add another one.
* gnu/packages/patches/ripperx-libm.patch: Remove file.
* gnu/packages/patches/ripperx-missing-file.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register one patch and unregister the
  other.

gnu: Add cm.

* gnu/packages/algebra.scm (cm): New variable.

gnu: algebra: Prefix imported licenses.

* gnu/packages/algebra.scm (mpfrcx, fplll, pari-gp, gp2c, flint, arb,
  bc, fftw, eigen)[license]: Prefix imported licenses.

gnu: mpfrcx: Propagate inputs.

* gnu/packages/algebra.scm (mpfrcx): Propagate inputs gmp, mpfr and mpc.

gnu: clang: Disable distro detection and remove FHS assumptions.

* gnu/packages/patches/clang-libc-search-path.patch: Disable distro detection
  and remove hard-coded FHS file names, both of which would lead to breakage
  on non-GuixSD systems.

doc: Fix name of GNU FreeFont package.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21121>.
Reported by Malcolm Cook <MEC@stowers.org>.

* doc/guix.texi (Application Setup): Fix name of GNU FreeFont package.

vm: Use the 'umount' procedure instead of util-linux's 'umount' command.

* gnu/build/vm.scm (initialize-root-partition, initialize-hard-disk): Use the
  'umount' procedure instead of invoking the 'umount' command.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Remove UTIL-LINUX from INPUTS.

doc: Clarify that tar timestamp warnings affect tar <= 1.26.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Explain that warnings were triggered by
  tar <= 1.26.

gnu: guile-static: Add 'umount' procedure.

* gnu/packages/patches/guile-linux-syscalls.patch: Add 'umount' subr.

gnu: Add extundelete.

* gnu/packages/linux.scm (extundelete): New variable.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl3.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl3.

gnu: arb: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.7.0.

gnu: parallel: Update to 20150722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150722.

gnu: ucommon: Update to 6.3.6.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 6.3.6.

gnu: ffmpeg: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.7.2.

gnu: retroarch: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.2.2.

Thank Anders.

Fix typos in translatable strings.

Reported by Anders Jonsson <anders.jonsson@norsjovallen.se>.

* gnu/packages/backup.scm, gnu/packages/databases.scm,
  gnu/packages/linux.scm, gnu/packages/perl.scm,
  gnu/packages/web.scm, guix/scripts/lint.scm,
  guix/scripts/publish.scm: Fix typos in translatable strings.

doc: Fix typos in "Setuid Programs".

* doc/guix.texi (Setuid Programs): Fix typos.

gnu: tor: Update to 0.2.6.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.6.10.

Thank Malcolm.

doc: Suggest unpacking with --warning=no-timestamp.

Suggested by Malcolm Cook <MEC@stowers.org>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Suggest --warning=no-timestamp.

gnu: linux-libre: Update to 4.1.3 and 4.0.9.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.1.3.
  (linux-libre-4.0): Update to 4.0.9.

Thank Dave.

doc: Mention zeroed mtimes in the binary tarball.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21111>.
Reported by Dave Love <fx@gnu.org>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add paragraph about "implausibly old
  time stamps" warning from tar.

size: Add '--substitute-urls' option.

* guix/scripts/size.scm (show-help, %options): Add --substitute-urls.
  (%default-options): Add 'substitute-urls'.
  (guix-size): Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix size): Document it.

derivations: Improve docstring of 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Improve docstring.

derivations: Improve complexity of 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use a final 'concatenate'
  instead of repeated 'append's.

doc: Mention initial passwords in "System Installation".

Suggested by remo_ on IRC.

* doc/guix.texi (System Installation): Explicitly mention user account
  passwords.
  (User Accounts): Add 'user-account-password' anchor.

import: hackage: Remove reference to unbound variable.

* guix/scripts/import/hackage.scm (guix-import-hackage): Fix error message for
  imports from stdin, which referred to unbound variable 'package-name'.

size: Remove leftover 'pk'.

* guix/scripts/size.scm (profile->page-map): Remove leftover 'pk'.

gnu: guile-minikanren: Fix README location.

* gnu/packages/guile.scm (minikanren): Fix output location for README.org

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: teckit: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/fontutils.scm (teckit): Update to 2.5.4. Drop patch.
  Use svn-fetch for download.
  [arguments]: Add phase to call autogen.
  [native-inputs]: New field.
* gnu/packages/patches/teckit-cstdio.patch: Delete file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister patch.

gnu: git-modes: Add file-name field to source origin.

* gnu/packages/emacs.scm (git-modes)[source]: Add 'file-name' field.

gnu: ratpoison: Add multiple monitors support.

* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison)[inputs]: Add "libxinerama".

Merge branch 'version-0.8.3'

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to commit 5d09263.
  Prefix version string with "0.8.3.".
  (guix): Set to GUIX-DEVEL.

gnu: libsbsms: Fix build on non-Intel platforms.

* gnu/packages/audio.scm (libsbsms)[arguments]: Add "--disable-sse" to
  configure-flags unless on x86_64.

gnu: libsbsms: Use modify-phases.

* gnu/packages/audio.scm (libsbsms)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: Add lxrandr.

* gnu/packages/lxde.scm (lxrandr): New variable.

gnu: Add lxtask.

* gnu/packages/lxde.scm (lxtask): New variable.

gnu: Add lxterminal.

* gnu/packages/lxde.scm (lxterminal): New variable.

gnu: Add pcmanfm.

* gnu/packages/lxde.scm (pcmanfm): New variable.

gnu: Add libfm.

* gnu/packages/lxde.scm (libfm): New variable.
  (libfm-extra): Inherit from it.

gnu: Add menu-cache.

* gnu/packages/lxde.scm (menu-cache): New variable.

gnu: Add libfm-extra.

* gnu/packages/lxde.scm (libfm-extra): New variable.

gnu: guix: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.8.2): Rename to...
  (guix-0.8.3): ... this.  Adjust users.  Add 'disable-container-tests'
  phase.
  (guix): Set to GUIX-0.8.3.

check-available-binaries: Use 'substitutable-paths'.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Rewrite to use 'substitutable-paths'
  instead of 'substitution-oracle'.  The latter does more than we need, and it
  no longer check the substitutability of valid items, which is not what we
  want.  Use 'lset-difference' instead of iterating over the items.

Update NEWS.

gnu: Add Camlp4.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp4): New variable.

import: pypi: Improve warning message.

* guix/import/pypi.scm (guess-requirements): Add missing newline and quotes in
  warning.

gnu: hoedown: Replace 'fix-makefile' phase with make-flags.

* gnu/packages/markdown.scm (hoedown)[arguments]: Remove 'fix-makefile' phase.
  Add equivalent make-flags.

gnu: Add sox.

* gnu/packages/audio.scm (sox): New variable.

gnu: man-db: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/man.scm (man-db): Update to 2.7.1.
  [arguments]: Add '--with-systemdtmpfilesdir' to configure flags.

gnu: libpipeline: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/man.scm (libpipeline): Update to 1.4.0.

gnu: man-db: Pass --with-col to configure.

* gnu/packages/man.scm (man-db)[inputs]: Add 'util-linux'.
  [arguments]: Add '--with-col' to configure flags.

gnu: Add aragorn.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (aragorn): New variable.

gnu: julia: Update to 0.3.10.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Update to 0.3.10.
* gnu/packages/patches/julia-0.3.10-fix-empty-array.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: mercurial: Change source URI scheme to https.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial)[source]: Change URI scheme to
  https.

gnu: libmad: Apply fixes for ARMv7 Thumb, etc.

* gnu/packages/patches/libmad-armv7-thumb-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/libmad-armv7-thumb-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/libmad-frame-length.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/mp3.scm (libmad)[source]: Add patches.

gnu: tidy: Add fixes for CVE-2015-5522 and CVE-2015-5523.

* gnu/packages/patches/tidy-CVE-2015-5522+5523.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/web.scm (tidy)[source]: Add patch.

gnu: bind-utils: Update to 9.10.2-P2.

* gnu/packages/dns.scm (bind-utils): Update to 9.10.2-P2.

gnu: httpd: Update to 2.4.16.

* gnu/packages/web.scm (httpd): Update to 2.4.16.

gnu: postgresql: Update to 9.3.8.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.3.8.

gnu: pspp: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/maths.scm (pspp)[source]: Update to 0.8.5.
  [native-inputs]: Add TEXINFO.

gnu: datamash: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/datamash.scm (datamash): Update to 1.0.7.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.42.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.42.

gnu: nano: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.4.2.

Update NEWS.

gnu: python-pillow: Disable egg compression.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20765>.

* gnu/packages/python.scm (python-pillow)[arguments]: Rewrite using
  'modify-phases'.  Add 'disable-egg-compression' phase.

emacs: Require 'cl-lib'.

* emacs/guix-emacs.el: Require 'cl-lib', for 'cl-pushnew'.

tests: Skip container tests if namespaces are not available.

* tests/containers.scm: Skip all tests if user namespaces do not exist.

gnu: Add hoedown.

* gnu/packages/markdown.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 72cd8ec.

tests: Make #:references-graphs gexp test more tolerant.

* tests/gexp.scm ("gexp->derivation #:references-graphs"): Use 'lset=' instead
  of 'equal?' since the order in which references are listed in not
  guaranteed.

gnu: Add python-gridmap.

* gnu/packages/python.scm (python-gridmap, python2-gridmap): New variables.

gnu: Add python-psutil.

* gnu/packages/python.scm (python-psutil, python2-psutil): New variables.

gnu: Add python-rpy2.

* gnu/packages/python.scm (python-rpy2, python2-rpy2): New variables.

emacs: Fix reference to directory variable.

This is a followup to commit 7741139080a6b00aa4f1846fe7668859e91bec58.

* emacs/guix-emacs.el (guix-emacs-find-autoloads): Fix variable
  reference to 'elisp-root-dir'.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: gcc-5: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5): Update to 5.2.0.  Remove
  gcc-arm-link-spec-fix.patch from patches.

gnu: gcc-5.1, gcc-toolchain-5.1, libstdc++-doc-5.1: Rename to *-5.

This reflects the new version numbering scheme for GCC 5 and up.
See <https://gcc.gnu.org/develop.html>.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5.1): Rename to ...
  (gcc-5): ... this.
  (libstdc++-doc-5.1): Rename to ...
  (libstdc++-doc-5): ... this, and use gcc-5.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-5.1): Rename to ...
  (gcc-toolchain-5): ... this, and use gcc-5.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%core-packages): Use gcc-5.

Merge branch 'core-updates'

system: Default to Linux-libre 4.0.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[kernel]: Change default to
  LINUX-LIBRE-4.0.

publish: Do not load archive content in memory.

Previously, before replying to a /nar/* request, 'guix publish' would first
build up the whole nar into memory (as a consequence of
<http://bugs.gnu.org/21093>), which obviously doesn't scale.

* guix/scripts/publish.scm (render-nar): Return STORE-PATH instead of a
  procedure that calls 'write-file'.
  (sans-content-length): New procedure.
  (http-write): For 'x-nix-archive', don't call '%http-write'.  Instead, call
  'write-file' right from here, using BODY as the file name.

Merge branch 'master' into core-updates

publish: Serve /nar requests in a separate thread.

* guix/scripts/publish.scm (%http-write): New variable.
  (http-write): New procedure.
  (concurrent-http-server): New variable.
  (run-publish-server): Use it.

gnu: Add python-feedgenerator.

* gnu/packages/python.scm (python-feedgenerator, python2-feedgenerator): New
  variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update the "Limitations" section.

* doc/guix.texi (GNU Distribution): Use the new package list URL.
  (Limitations): Mention Enlightenment and improve wording.  Update the
  package count.

gnu: Add gnu-c-manual.

* gnu/packages/gcc.scm (gnu-c-manual): New variable.

nls: Add package files for translation.

* po/packages/POTFILES.in: Add a bunch of files.

build: Ensure man pages are not rebuilt by users.

* doc.am (doc/guix.1): Remove dependency on 'scripts/guix' since every user
  would end up rebuilding 'guix.1'.  Add dependency on guix/scripts/*.scm.
  (doc/guix-daemon.1): For the same reason, depend on 'guix-daemon.cc' instead
  of 'guix-daemon'.
  (doc/guix-$(1).1): Similarly, remove dependency on 'scripts/guix' and depend
  on 'guix/scripts/$(1).scm' instead of the .go file.

build: Fix instantiation of 'guix-daemon.service' when builddir != srcdir.

* daemon.am (etc/guix-daemon.service): Add $(MKDIR_P) invocation.  Add
  $(srcdir) when referring to the source file.

build: Do not distribute the daemon's 'schema.sql.hh' file.

* daemon.am (libstore_headers): Remove nix/libstore/schema.sql.hh.

build: Build coreutils-size-map.eps for the sake of the PS and DVI outputs.

* doc.am (EXTRA_DIST): Add coreutils-size-map.eps.
  (.png.eps): New rule.
  (ps-local): Add dependency on coreutils-size-map.eps.
  (dvi-local): New target.