gnu: r-ttr: Update to 0.24.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ttr): Update to 0.24.2.

gnu: r-cicero: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.6.2.

gnu: r-mixomics: Update to 6.12.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.12.2.

gnu: r-atacseqqc: Update to 1.12.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atacseqqc): Update to 1.12.4.

gnu: r-gkmsvm: Update to 0.81.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gkmsvm): Update to 0.81.0.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.22.3.

gnu: gmic: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic): Update to 2.9.2.

gnu: cifs-utils: Update to 6.11 [fixes CVE-2020-14342].

* gnu/packages/samba.scm (cifs-utils): Update to 6.11.

gnu: python-paramiko: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-paramiko): Update to 2.7.2.

gnu: Add texlive-logreq.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-logreq): New variable.

gnu: fpc: Fix reproducibility problem.

* gnu/packages/pascal.scm (fpc)[arguments]: Add 'patch-release-date' to
replace a build timestamp with the release date instead.

gnu: guix-jupyter: Fix compilation with Guile-JSON >= 4.3.x.

Reported by wehlutyk on #guix.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-jupyter)[source]: Avoid
'define-json-mapping' name clash with Guile-JSON.

gnu: r-httpuv: Unvendor libuv.

* gnu/packages/cran.scm (r-httpuv) [source]: Remove bundled libuv, add
patch.
[arguments] Rewrite header locations, fix pipe server issue.
[inputs] Add libuv.
* gnu/packages/patches/r-httpuv-1.5.4-unvendor-libuv.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: taglib: Update to 1.12-beta-1 [security fixes].

This switches to a yet unreleased version of taglib, to make sure long
standings issues and CVEs are covered until a proper release is made
upstream.

Among these, we have:

- CVE-2017-12678
- CVE-2018-11439
- https://github.com/taglib/taglib/issues/864

* gnu/packges/mp3.scm (taglib): Update to 1.12-beta-1.
[source]: Switch to using git-fetch.

gnu: node: Update 10.22.0.

* gnu/packages/node.scm (node): Update to 10.22.0.
[inputs]: Replace nghttp2 with nghttp2-1.41.

gnu: Remove emacs-seq package.

It is included with emacs and installing it alongside emacs 27 causes issues.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43138>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-bugs-hunter)[propagated-inputs]: Remove.
(emacs-erc-status-sidebar)[propagated-inputs]: Remove.
(emacs-psc-ide)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.
(emacs-biblio)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.
(emacs-seq): Delete variable.
(emacs-flycheck-haskell)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.

gnu: emacs-auctex: Configure executable paths.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Configure absolute paths to
ghostscript and texlive executables.
[inputs]: Add ghostscript.

gnu: Add emacs-org-edna.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-edna): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: txr: Update to 243.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 243.

gnu: kdenlive: Add ffmpeg to input list

* gnu/packages/kde.scm (kdenlive): Add ffmpeg to inputs and wrap
the final binary accordingly to have ffmpeg in it's PATH.
[inputs]: Add ffmpeg.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

.guix-authorizations: Add planglois to the committers.

* .guix-authorizations: Add planglois.

gnu: darktable: Add dependency on libavif, ocl-icd.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[inputs]: Add libavif, ocl-icd.
[arguments]: Set LD_LIBRARY_PATH for OpenCL.
[supported-systems]: Remove i686 which is not supported anymore.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: darktable: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 3.2.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document 'file-system-label' and 'uuid'.

* doc/guix.texi (File Systems): Document 'file-system-label' and 'uuid'.

doc: Syntax highlighting now handles @var within @lisp.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](concatenate-pieces):
Handle @var{name}.

doc: Balance parens in R Shiny example.

* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Balance parens in R Shiny
example.

gnu: php: Update to 7.4.10.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.10.

gnu: liblinphone: Add installation of man pages.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[arguments]: Add phase
'install-man-pages.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: linux-libre: Use Python 3 in make-linux-libre-source.

Successfully tested with all of the linux-libre versions we carry in Guix:
4.4.234, 4.9.234, 4.14.195, 4.19.142, 5.4.61 and 5.8.5.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre-source): Replace python-2 by
python-wrapper.  Do not set the PYTHON environment variable, which is not
required when using python-wrapper.

gnu: nix: Add the "--enable-gc" configure flag to fix build.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/43181>.

* gnu/packages/package-management.scm (nix)[configure-flags]: Add the
"--enable-gc" option.

ci: In the 'core' subset, build GCC >= 7.

Suggested by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* gnu/ci.scm (%core-packages): Keep only GCC >= 7.

gnu: Add bitlbee-purple.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee-purple): New variable.

doc: Add "Getting Started" section.

* doc/guix.texi (Getting Started): New node.
(Binary Installation): Refer to it and to "Application Setup".
(After System Installation): Refer to "Getting Started".
(Features): Add introductory sentence.

gnu: linux-libre: Update to 5.8.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.8-version): Update to 5.8.6.
(linux-libre-5.8-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.8): Update to 5.8.6.

gnu: linux-libre@5.4: Update to 5.4.62.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.62.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.4): Update to 5.4.62.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.143.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.143.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.19): Update to 4.19.143.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.196.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.196.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.196.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.235.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.235.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.9): Update to 4.9.235.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.235.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.235.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.4): Update to 4.4.235.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.1.06-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.1.06-1.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: global: Update to 6.6.5.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.6.5.

gnu: gnupg: Update to 2.2.23 [security fixes].

No CVE assigned yet.  See <https://dev.gnupg.org/T5050>.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.23.

gnu: ci: Truncate git commit in ISO label.

* gnu/ci.scm (image-jobs): Keep only 7 characters from git commit in ISO
label.

gnu: Add emacs-company-reftex.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-reftex): New variable.

gnu: electron-cash: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 4.1.0.
  [inputs]: Use libsecp256k1-bitcoin-cash instead of libsecp256k1.

Add libsecp256k1-bitcoin-cash.

* gnu/packages/crypto.scm (libsecp256k1-bitcoin-cash): New variable.

gnu: noisetorch: Update to 0.7.2-beta.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (noisetorch): Update to 0.7.2-beta.
[arguments]: Add phase 'disable-update-check.go.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: guix: Update to 44c6e6f.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 44c6e6f.

gnu: xmonad: Add patch to support dynamic linking.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43131>.

* gnu/packages/patches/xmonad-dynamic-linking.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/wm.scm (xmonad)[source]: Use it.

android-repo-download: Use parallel-job-count instead of hard-coding job
count.

* guix/build/android-repo.scm (android-repo-fetch): Use parallel-job-count
instead of hard-coding job count.

android-repo-download: Clean up typos; remove unused imports.

Follow-up to 3feb846420f24ef1c8b3fe310d293c7a2c91e1d4.

* guix/android-repo-download.scm (android-repo-fetch): Fix docstring.

ssh: Fix progress bar crash when there are zero items to send.

* guix/ssh.scm (notify-transfer-progress): Do nothing when TOTAL is
zero.

ssh: Fix regression in 'send-files'.

Regression introduced in b03267df6d5ec44e9617b6aab0df14a2e79f822e.
The (take files 20) is a leftover from testing session.

* guix/ssh.scm (send-files): Fix value for 'missing'.

gnu: sbcl: Update to 2.0.8.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.0.8.

gnu: ogre: Update to 1.12.6.

* gnu/packages/graphics.scm (ogre): Update to 1.12.6.

gnu: perl-pdf-api2: Update to 2.038.

* gnu/packages/perl.scm (perl-pdf-api2): Update to 2.038.

gnu: perl-hash-merge: Update to 0.302.

* gnu/packages/perl.scm (perl-hash-merge): Update to 0.302.

gnu: perl-hash-merge: Run more tests.

* gnu/packages/perl.scm (perl-hash-merge)[native-inputs]: Add perl-clone
and perl-clone-pp.

gnu: Add sieve-connect.

* gnu/packages/mail.scm (sieve-connect): New public variable.

gnu: hedgewars: Fix build with shared libraries.

Fixes: <https://bugs.gnu.org/43112>.

* gnu/packages/games.scm (hedgewars)[arguments]: Set "haskell_flags"
in #:configure-flags to enable dynamic linking.

gnu: rust-aho-corasick-0.6: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-aho-corasick-0.6)[arguments]: Don't
skip build.

gnu: guix: Update to 2056226.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 2056226.

gnu: Add knockd.

* gnu/packages/networking.scm (knockd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-calibredb: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-calibredb): Update to 2.6.0.
[propagated-inputs]: removed emacs-org, because it's optional now.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xlsxio

* gnu/packages/xml.scm: (xlsxio): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gerbil

* gnu/packages/scheme.scm: (gerbil): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-next.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-next): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: chez-scheme: Install libraries to 'lib/csvX.Y.Z-site'

* gnu/packages/chez.scm (chez-make-flags): Add 'chezversion'.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Attempt to fall back to "en_US.utf8" rather than "C".

* guix/ui.scm (install-locale): Add call to 'setlocale' in 'catch' handler.

store: 'set-build-options' sends LC_MESSAGES, not LC_ALL.

* guix/store.scm (set-build-options): Change #:locale default value
to (setlocale LC_MESSAGES).

substitute: Set LC_MESSAGES to the client's locale, not LC_ALL.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43039>.
Reported by Adam Griffiths <adam.lw.griffiths@gmail.com>.

Previously, a client could lead 'guix substitute' to run in a non-UTF-8
locale, such as the "C" locale.  Consequently, 'guix substitute' would
now fail to decode UTF-8 file names such as those that appear in the
'nss-certs' package.

* guix/scripts/substitute.scm (guix-substitute): Set LC_MESSAGES, not LC_ALL.

installer: Run the installation inside a container.

When the store overlay is mounted, other processes such as kmscon, udev
and guix-daemon may open files from the store, preventing the
underlying install support from being umounted. See:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2018-12/msg00161.html.

To avoid this situation, mount the store overlay inside a container,
and run the installation from within that container.

* gnu/build/shepherd.scm (fork+exec-command/container): New procedure.
* gnu/services/base.scm (guix-shepherd-service): Support an optional PID
argument passed to the "start" method. If that argument is passed, ensure that
guix-daemon enters the given PID MNT namespace by using
fork+exec-command/container procedure.
* gnu/installer/final.scm (umount-cow-store): Remove it,
(install-system): run the installation from within a container.
* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-shell): Remove the display hack.

linux-container: Do not jail the container unconditionally.

We may want to run a container inside the MNT namespace, without jailing the
container. If RUN-CONTAINER is passed a null MOUNTS list, do not jail the
container.

* gnu/build/linux-container.scm (run-container): Do not call
MOUNT-FILE-SYSTEMS if MOUNTS list is empty.

install: Factorize cow-store procedure.

Move the cow-store procedure from the service declaration in (gnu system
install) to (gnu build install), so that it can be called from within a
different context than Shepherd.

* gnu/build/install.scm (mount-cow-store, unmount-cow-store): New procedures.
* gnu/system/install.scm (make-cow-store): Remove it,
(cow-store-service-type): adapt it accordingly.

gnu: nyxt: Update to 2-pre-release-1.

* gnu/packages/web-browsers.scm (nyxt): Update to 2-pre-release-1.

Add (guix android-repo-download).

* guix/build/android-repo.scm: New file.
* guix/android-repo-download.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add them.

gnu: Add sbcl-clack-handler-hunchentoot.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clack-handler-hunchentoot): New variable.

gnu: Add clack-handler-fcgi.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-clack-handler-fcgi, sbcl-clack-handler-fcgi):
New variables.
(sbcl-clack): Extract revision and commit so that they can be factored with
sbcl-clack-handler-fcgi.

gnu: Add cl-fastcgi.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-fastcgi, ecl-fastcgi, sbcl-fastcgi): New variables.

gnu: sbcl-mito: Remove spurious comment.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mito)[arguments]: Remove spurious comment,
this test is already removed a few lines below.

gnu: sbcl-dbi: Update to 20200518.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-dbi): Update to 20200518.

gnu: sbcl-cl-sqlite: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-sqlite): Update to 0.2.1.

gnu: js-filesaver: Also install unminified version.

* gnu/packages/javascript.scm (js-filesaver)[arguments]: Add phase to
install unminified javascript file.

gnu: xfsprogs: Update to 5.7.0.

* gnu/packages/linux.scm (xfsprogs): Update to 5.7.0.

gnu: osip: Update to 5.1.2.

* gnu/packages/telephony.scm (osip): Update to 5.1.2.

services: childhurd: Always include the secret-service.

* gnu/services/virtualization.scm (secret-service-operating-system): New
procedure.
(hurd-vm-disk-image): Use it to ensure a Childhurd always includes the
secret-service.
(%hurd-vm-operating-system): Remove secret-service.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: %default-extra-linux-options: Enable kernel options for elogind service.

Fixes: https://issues.guix.gnu.org/43078

These options are already enabled in the kernel configs included in guix, but
might be missing from variants using a defconfig from the upstream kernel,
such as linux-libre-arm-generic and linux-libre-arm64-generic.

* gnu/packages/linux (%default-extra-linux-options): Enable
  CONFIG_CGROUP_FREEZER, CONFIG_BLK_CGROUP, CONFIG_CGROUP_WRITEBACK,
  CONFIG_CGROUP_SCHED, CONFIG_CGROUP_PIDS, CONFIG_CGROUP_FREEZER,
  CONFIG_CGROUP_DEVICE, CONFIG_CGROUP_CPUACCT, CONFIG_CGROUP_PERF,
  CONFIG_SOCK_CGROUP_DATA, CONFIG_BLK_CGROUP_IOCOST, CONFIG_CGROUP_NET_PRIO,
  CONFIG_CGROUP_NET_CLASSID, CONFIG_MEMCG, CONFIG_MEMCG_SWAP,
  CONFIG_MEMCG_KMEM, CONFIG_CPUSETS and CONFIG_PROC_PID_CPUSET.

gnu: guile-cairo: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-cairo): Update to 1.11.1.
[arguments]: Add make-flag to hide guild warnings.

gnu: ttfautohint: Don't build static library.

* gnu/packages/fontutils.scm (ttfautohint)[arguments]: Add
configure-flag to not build static library.

gnu: ttfautohint: Update to 1.8.3.

* gnu/packages/fontutils.scm (ttfautohint): Update to 1.8.3.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/ttfautohint-source-date-epoch.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: wireless-regdb: Update to 2020.04.29.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-regdb): Update to 2020.04.29.

gnu: xf86-video-sis: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-sis): Update to 0.12.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/xf86-video-sis-xorg-compat.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xf86-video-ati: Update to 19.1.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-ati): Update to 19.1.0.
[arguments]: Enable glamor.

gnu: xf86-video-amdgpu: Update to 19.1.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-amdgpu): Update to 19.1.0.

gnu: emacs-org-webring: Update to 1.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-webring): Update to 1.6.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: emacs-elisp-refs: Disable test failing on Emacs 27.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elisp-refs)[arguments]:
Add phase to disable failing test "elisp-refs-next-match" on emacs27.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add guile-srfi-180.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-srfi-180): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacs-helm: Update to 3.6.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.6.5.

import: launchpad: Recognize more URLs.

* guix/import/launchpad.scm (updated-launchpad-url): Recognize more URLs.

import: launchpad: Recognize the .orig.tar.gz extension.

* guix/import/launchpad.scm (find-extension): Recognize the .orig.tar.gz
extension.