gnu: ansible: update to 2.5.7

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.5.7.
[arguments, native-inputs, inputs]: Use Python 3.
[native-inputs, inputs]: Replace python-pycrypto with python-cryptography.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-racket-mode: Update to 0.0.2-2.1b78827.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-racket-mode): Update to 0.0.2-2.1b78827.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: r-ggplot2: Update to 3.0.0

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.0.0
[propagated-inputs]: Add r-mgcv, r-rlang, r-viridislite, and r-withr.
[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-helm-eww: Update to 20180725.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-eww): Update to 20180725.

gnu: racket: Ignore bytecode checksums in the store.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/30680>.

* gnu/packages/patches/racket-store-checksum-override.patch: New file.
* gnu/packages/scheme.scm (racket)[sources]: Add it.

gnu: borg: Update to 1.1.7.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.7.

gnu: fortune-mod: Clean up empty directory.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[arguments]: RMDIR ‘games/’ after
emptying it.

gnu: libwacom: Update to 0.31.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 0.31.

gnu: python-wsgiproxy2: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/python-web.scm (python-wsgiproxy2): Update to 0.4.4.
[arguments]: Remove. Restkit is not longer supported.
[native-inputs]: Remove unzip, python-nose, and python-coverage.
Add python-webtest.
[propagated-inputs]: Add python-requests and python-urllib3.

gnu: python-ndg-httpsclient: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-ndg-httpsclient): Update to 0.5.1.

gnu: python-pep8: Use HTTPS home page.

Also add a comment about 1.7.1. This doesn't warrant a changelog entry,
so you never read this.

* gnu/packages/python.scm (python-pep8)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: strongswan: Update to 5.6.3 [fixes CVE-2018-{10811,5388}].

* gnu/packages/networking.scm (strongswan): Update to 5.6.3.

gnu: ethtool: Update to 4.17.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 4.17.

gnu: ghc-parsec-numbers: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec-numbers)[home-page]: Use HTTPS.

services: cgit: Disable repo booleans having a global counterpart.

Otherwise the global counterpart is never taken into account.

* doc/guix.texi (Version Control Services): Update accordingly.
* gnu/services/cgit.scm (repo-boolean?, serialize-repo-boolean): Use the
DEFINE-MAYBE macro to allow for the 'disabled value.
(repository-cgit-configuration)[enable-commit-graph?, enable-log-filecount?,
enable-log-linecount?, enable-remote-branches?, enable-subject-links?,
enable-html-serving?]: Change default value to 'disabled.

nls: Update 'da' translation.

gnu: git-annex: Update to 6.20180807.

* gnu/packages/version-control.scm (git-annex): Update to 6.20180807.

gnu: xmobar: Update to 0.27.

* gnu/packages/wm.scm (xmobar): Update to 0.27.
[inputs]: Add ghc-parsec-numbers.

gnu: Add ghc-parsec-numbers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec-numbers): New public variable.

gnu: ccid: Move pcsc-lite from inputs to native-inputs.

pcsc-lite only provides the headers to build ccid. So, it is sufficient that
it be a native-input.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid)[inputs]: Move pcsc-lite to ...
[native-inputs]: ... here.

gnu: discount: Update to 2.2.4.

* gnu/packages/markup.scm (discount): Update to 2.2.4.

gnu: discount: Remove bogus FILE-NAME.

The upstream name is fine.

* gnu/packages/markup.scm (discount)[source]: Remove FILE-NAME.

gnu: jpegoptim: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/image.scm (jpegoptim): Update to 1.4.6.

gnu: angband: Update to 4.1.3.

* gnu/packages/games.scm (angband): Update to 4.1.3.

gnu: fortune-mod: Return #t from all phases.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[arguments]: Return #t rather than
undefined from phases.

gnu: perl-email-simple: Update to 2.216.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-simple): Update to 2.216.

gnu: perl-lingua-en-tagger: Update to 0.29.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-tagger): Update to 0.29.

gnu: perl-glib: Update to 1.327.

* gnu/packages/glib.scm (perl-glib): Update to 1.327.

import: hackage: Support recursive importing.

* guix/import/hackage.scm (hackage-recursive-import): New procedure.
(hackage-module->sexp): Return dependencies alongside dependencies.
(hackage->guix-package): Memoize results.
* guix/scripts/import/hackage.scm (show-help, %options, guix-import-hackage):
Support recursive importing.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document option.

gnu: fortune-mod: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod): Update to 2.6.1.

gnu: fortune-mod: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: perl-file-mimeinfo: Update to 0.29.

* gnu/packages/freedesktop.scm (perl-file-mimeinfo): Update to 0.29.

Migrate search.cpan.org home pages to metacpan.org.

The venerable search.cpan.org has retired[0].

[0]: https://log.perl.org/2018/05/goodbye-search-dot-cpan-dot-org.html

* guix/import/cpan.scm (cpan-home): Generate metacpan.org home page URIs.
Update all previously generated ones in (gnu packages) to their
canonical new homes.

gnu: Use static & unversioned CPAN home pages.

Constructing home pages to be version-specific is not something we
really want or do elsewhere, and interferers with mass updates like the
one I'm about to make.

* gnu/packages/glib.scm (perl-net-dbus-glib)[home-page]: Use canonical
home page.
* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-nowarnings, perl-test-output)
(perl-test-simple, perl-test-tester)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/perl.scm (perl-benchmark-timer, perl-clone)
(perl-digest-sha1, perl-file-which, perl-getopt-tabular, perl-io-string)
(perl-ipc-run3, perl-probe-perl, perl-regexp-common, perl-sys-cpu)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/tcl.scm (perl-tk)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/tls.scm (perl-net-ssleay)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/web.scm (perl-www-curl)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-dom)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/xorg.scm (perl-x11-protocol-other)[home-page]: Likewise.

gnu: perl-libxml: Fix description.

Descriptions were of the wrong (sub)package, XML::Parser::PerlSAX.

* gnu/packages/xml.scm (perl-libxml)[synopsis, description, home-page]:
Replace with the correct (upstream) ones.

gnu: perl-ev: Use INVOKE.

* gnu/packages/libevent.scm (perl-ev)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: perl-uri-template: Update to 0.23.

* gnu/packages/web.scm (perl-uri-template): Update to 0.23.

gnu: python-lzo: Update to 1.12.

* gnu/packages/compression.scm (python-lzo): Update to 1.12.

gnu: zathura: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura): Update to 0.4.0.

gnu: password-store: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: gtksourceview: Update to 3.24.8.

* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview): Update to 3.24.8.

gnu: ddclient: Update to 3.9.0.

* gnu/packages/dns.scm (ddclient): Update to 3.9.0.
[inputs]: Add perl-data-validate-ip.  Order alphabetically.

gnu: Add perl-data-validate-ip.

* gnu/packages/networking.scm (perl-data-validate-ip): New public
variable.

gnu: light: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/linux.scm (light): Update to 1.1.2.

gnu: virt-viewer: Update to 7.0.

* gnu/packages/spice.scm (virt-viewer): Update to 7.0.

gnu: spice-gtk: Update to 0.35.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Update to 0.35.

gnu: proxychains-ng: Update to 4.13.

* gnu/packages/networking.scm (proxychains-ng): Update to 4.13.
[source]: Update download URI.  Goodbye, sweet hash.
[arguments]: Add CC=gcc to the environment, not only to #:make-flags.

gnu: python-gitpython: Update to 2.1.11.

* gnu/packages/version-control.scm (python-gitpython): Update to 2.1.11.

gnu: mpop: Update to 1.2.8.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.2.8.
[arguments]: Remove.

gnu: mpop: Update home page.

* gnu/packages/mail.scm (mpop)[source, home-page]: Update URIs.

gnu: password-store: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Update to 1.7.3.

gnu: asio: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/networking.scm (asio): Update to 1.12.1.
[source]: Use upstream release tarballs.
[native-inputs, arguments]: Remove cruft needed to build from git.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.14.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.14.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.62.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.62.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.119.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.119.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.147.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.147.

gnu: mew: Use HTTPS.

* gnu/packages/mail.scm (mew)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: otf2: Edit description.

* gnu/packages/profiling.scm (otf2)[description]: Fix typo and use @dfn.

gnu: po4a: Update to 0.54.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): Update to 0.54.
[arguments]: Remove ‘set-search-path’ and ‘fix-builder’ phases.
Coalesce ‘disable-...-test’ phases into one ‘disable-failing-tests’
phase, update their numbering, and re-enable the ‘yaml’ test.
[native-inputs]: Add perl-yaml-tiny test dependency.

gnu: dialog: Update to 1.3-20180621.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20180621.

gnu: opari2: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/profiling.scm (opari2): Update to 2.0.3.

gnu: opari2: Remove redundant code.

* gnu/packages/profiling.scm (opari2)[arguments]: Remove ‘licence’
installation phase now handled by the build system.

gnu: xfig: Update to 3.2.7a.

* gnu/packages/xfig.scm (xfig): Update to 3.2.7a.

gnu: perl-net-dns: Update home page.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns)[home-page]: Use new (and
HTTPS) URI.
[source]: Add it to the list of download locations.

gnu: perl-net-dns: Update to 1.17.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns): Update to 1.17.

gnu: r-cowplot: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cowplot): Update to 0.9.3.

gnu: Add oath-toolkit.

* gnu/packages/authentication.scm: New file.
(oath-toolkit): New public variable.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add the new file.

gnu: ccrypt: Update to 1.11.

* gnu/packages/crypto.scm (ccrypt): Update to 1.11.

gnu: mame: Update to 0.200.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.200.
[arguments]: Fix missing includes in source.

gnu: bzip2: Use archived source and home-page URLs.

* gnu/packages/compression.scm (bzip2)[source, home-page]: Update URLs.

gnu: p11-kit: Update to 0.23.13.

* gnu/packages/tls.scm (p11-kit): Update to 0.23.13.

gnu: libsoup: Update to 2.62.3.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.62.3.

gnu: mes: Update to 0.17.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.17.

gnu: sord: Update to 0.16.2.

* gnu/packages/rdf.scm (sord): Update to 0.16.2.

gnu: otf2: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/profiling.scm (otf2): Update to 2.1.1.

gnu: xmonad: Update to 0.14.

* gnu/packages/wm.scm (xmonad): Update to 0.14.
[inputs]: Add ghc-semigroups.

gnu: ghc-xmonad-contrib: Update to 0.14.

* gnu/packages/wm.scm (ghc-xmonad-contrib): Update to 0.14.

gnu: Use HTTPS for xmonad.org home pages.

* gnu/packages/wm.scm (ghc-xmonad-contrib, xmonad)[home-page]: Use
HTTPS.

gnu: bear: Update to 2.3.12.

* gnu/packages/build-tools.scm (bear): Update to 2.3.12.

gnu: bear: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/build-tools.scm (bear)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: lynx: Update to 2.8.9rel.1.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lynx): Update to 2.8.9rel.1.

gnu: cgit: Update to 1.2.1 [fixes CVE-2018-14912].

* gnu/packages/version-control.scm (cgit): Update to 1.2.1.
[inputs]: Use the source of GIT.

gnu: wpa_supplicant: Fix CVE-2018-14526.

* gnu/packages/patches/wpa-supplicant-CVE-2018-14526.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-minimal)[source]: Use it.

gnu: snap: Update to 4.2.1.3.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 4.2.1.3.

gnu: python-duniterpy: Update home page.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy) [home-page]: Update URL.

gnu: python-duniterpy: Update to 0.43.7.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy): Update to 0.43.7.
[source]: Change upstream repository, which moved to a Gitlab instance.
[arguments]: Remove phase removing a failing test, no longer needed.

gnu: polkit: Update to 0.115 [fixes CVE-2018-1116].

* gnu/packages/polkit.scm (polkit): Update to 0.115.
[origin]: Adjust snippet.
[inputs]: Replace mozjs with mozjs-52.
* gnu/packages/patches/polkit-drop-test.patch: Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

(cherry picked from commit 50afd712312a4b9fa42d7f9d03464e542b3aeb75)
Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add mozjs-52.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs-52): New variable.

(cherry picked from commit f67db495aa6e29692e368a13130a40541d5d8273)
Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gusb: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gusb): Update to 0.3.0.
[source](uri): Adjust tarball name.
[build-system]: Switch to MESON-BUILD-SYSTEM.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.
[arguments]: Remove #:phases.

gnu: xorg-server: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/patches/xorg-server-rotate-fb.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.20.1.
[source](patches): Remove 'xorg-server-rotate-fb.patch'.

gnu: libgit2: Update to 0.26.6.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.26.6.

gnu: lftp: Update to 4.8.4.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.8.4.
[arguments]: End phases on #t.

gnu: libmspack: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/compression.scm (libmspack): Update to 0.7.1.

doc: Fix syntax error.

* doc/guix.texi (Networking Services): Escape newline between keyword
arguments.

gnu: qemu: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 2.12.1.

gnu: c-toxcore: Update to 0.2.5.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.2.5.

gnu: Remove go-github-com-davidjpeacock-cli.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davidjpeacock-cli): Remove variable.

gnu: kurly: Removed unused input.

* gnu/packages/curl.scm (kurly)[inputs]: Remove go-github-com-davidjpeacock-cli.

gnu: Add VBinDiff.

* gnu/packages/patchutils.scm (vbindiff): New variable.

gnu: mrustc: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/rust.scm (mrustc): Update to 0.8.0.