gnu: emacs-company-lua: Update to 0.1-2.29f6819.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-lua): Update to 0.1-2.29f6819.
[arguments]: Include extra directory.

gnu: emacs-crux: Update to 0.3.0-2.308f17d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-crux): Update to 0.3.0-2.308f17d.

gnu: emacs-lispy: Update included files.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispy): Update included files.

gnu: diffoscope: Adjust native-inputs for architecture limitations.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-inputs]: Only add ghc on
  x86_64-linux and i686-linux.
  Only add openjdk and enjarify on x86_64-linux.

gnu: mutt: Update to 1.12.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.12.2.

gnu: emacs-attrap: Update to 1.0-2.18cd1f7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-attrap): Update to 1.0-2.18cd1f7.

gnu: emacs-github-review: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-github-review): Enable tests.

gnu: emacs-elfeed: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elfeed): Update to 3.2.0.

gnu: libgnomekbd: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libgnomekbd)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libgnomekbd: Update to 3.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libgnomekbd): Update to 3.26.1.

gnu: wxmaxima: Update to 19.09.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.09.0.

services: virtualization: Change libvirtd use syslog by default.

As defaulting by stderr, along with the shepherd service not directing the
output to a log file makes seeing the output difficult, compared to logging to
syslog.

* gnu/services/virtualization.scm (libvirt-configuration)[log-outputs]: Change
default from "3:stderr" to "3:syslog:libvirtd".

gnu: guile-email: Add phase to patch the module directory.

Otherwise the .go files appear within share, and Guile doesn't find them. With
this patch they appear in lib within the output. One thing this means is that
stack traces include the filenames.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-email)[arguments]: Add 'patch-module-dir
phase.

guix package: '--show' ignores deprecated packages.

* guix/scripts/package.scm (process-query) <'show>: Remove superseded
packages.
* tests/guix-package-aliases.sh: Add test.

guix package: Add 'guix show' alias.

* guix/scripts/show.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* tests/guix-package-aliases.sh: Add test.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Document it and use it in a example.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-bibtexparser.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bibtexparser): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add autocutsel.

* gnu/packages/xdisorg.scm (autocutsel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: dovecot: Fix predicate names for free-form fields

* gnu/services/mail.scm (free-form-fields?, free-form-args?): Change
'string' to 'string?'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

inferior: Propagate '&store-protocol-error' error conditions.

Until now '&store-protocol-error' conditions raised in the inferior
would not be correctly propagated because SRFI-35 records lack a read
syntax.

Reported at <https://bugs.gnu.org/37449>
by Carl Dong <contact@carldong.me>.

* guix/inferior.scm (port->inferior): Import (srfi srfi-34) in the inferior.
(inferior-eval-with-store): Define 'error?' and 'error-message'.  Wrap
call to PROC in 'guard'.  Check the response of INFERIOR for a
'store-protocol-error' or a 'result' tag.
* tests/inferior.scm ("inferior-eval-with-store, &store-protocol-error"):
New test.

services: gdm: Ensure /var/lib/gdm is owned by "gdm".

Fixes <https://bugs.gnu.org/37423>.
Reported by Jan <tona_kosmicznego_smiecia@interia.pl>.

* gnu/services/xorg.scm (%gdm-activation): New variable.
(gdm-service-type)[extensions]: Add 'activation-service-type'.

gnu: emacs-counsel-etags: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-etags): Enable tests.

gnu: emacs-rjsx-mode: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rjsx-mode): Enable tests.

gnu: enjarify: Adjust native-inputs.

* gnu/packages/android (enjarify)[native-inputs]: Use openjdk instead of
  openjdk:jdk.

gnu: emacs-lispyville: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispyville): Enable tests.

gnu: emacs-lispy: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispy): Enable tests.

gnu: emacs-js2-mode: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-js2-mode): Enable tests.

gnu: emacs-ivy: Simplify #:test-command.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy): Simplify #:test-command.

gnu: emacs-avy: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-avy): Enable tests.

gnu: node: Disable tests that fail with openssl@1.1.1d.

Work around <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=37386>.

* gnu/packages/node.scm (node)[arguments]: Disable failing tests.

gnu: rclone: Update to 1.49.3.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.49.3.

gnu: perl-anyevent: Update to 7.17.

* gnu/packages/libevent.scm (perl-anyevent): Update to 7.17.

gnu: emacs-hercules: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hercules): Update to 0.2.1.

gnu: emacs-evil-matchit: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-matchit): Update to 2.3.4.

import/github: Check for more version prefixes.

* guix/import/github.scm (latest-released-version): Allow the
version string to begin with the word 'version'.

gnu: emacs-ivy: Update to 0.12-2.79333e9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy): Update to 0.12-2.79333e9.
[source]: Enable tests.
[native-inputs]: Add emacs-wgrep.

gnu: emacs-ts: Update to 0.1-2.395649a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ts): Update to 0.1-2.395649a.

gnu: emacs-auto-yasnippet: Update to 0.3.0-2.642b0d9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auto-yasnippet): Update to 0.3.0-2.642b0d9.
[arguments]: Simplify test command.

gnu: emacs-rjsx-mode: Update to 0.4-2.0e7fa6b.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rjsx-mode): Update to 0.4-2.0e7fa6b.

gnu: emacs-prodigy-el: Update to 0.7.0-2.0a12eec.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-prodigy-el): Update to 0.7.0-2.0a12eec.

gnu: emacs-equake: Update to 0.85-2.7eddc02.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-equake): Update to 0.85-2.7eddc02.

gnu: emacs-js2-refactor-el: Update to 0.9.0-2.d4c40b5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-js2-refactor-el): Update to 0.9.0-2.d4c40b5.

gnu: emacs-undo-propose-el: Update to 3.0.0-2.47b7df0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-undo-propose-el): Update to 3.0.0-2.47b7df0.

gnu: emacs-general: Update to 0-2.f032c3a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-general): Update to 0-2.f032c3a.

gnu: emacs-ccls: Update to 0.1-2.9061ebb.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ccls): Update to 0.1-2.9061ebb.

gnu: emacs-github-review: Update to 0.1-2.a13a3b4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-github-review): Update to 0.1-2.a13a3b4.

gnu: emacs-scribble-mode: Update to 0.1-2.217945d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-scribble-mode): Update to 0.1-2.217945d.

gnu: emacs-unpackaged-el: Update to 0-2.c0d58cf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-unpackaged-el): Update to 0-2.c0d58cf.
* gnu/packages/patches/emacs-unpackaged-req.patch: Delete it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

gnu: emacs-grep-context: Update to 0.1.0-1.5a4e3ef.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-grep-context): Update to 0.1.0-1.5a4e3ef.

gnu: emacs-info-plus: Update to 0-2.4a6b93c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-info-plus): Update to 0-2.4a6b93c.

gnu: emacs-isearch+: Update to 0-2.7c251b9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-isearch+): Update to 0-2.7c251b9.

gnu: emacs-isearch-prop: Update to 0-2.4a2765f.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-isearch-prop): Update to 0-2.4a2765f.

gnu: Add emacs-helm-lsp.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-lsp): New variable.

gnu: Enable tests for emacs-evil-lion.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-lion): Enable tests.

gnu: Add emacs-compdef.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-compdef): New variable.

gnu: emacs-company-cabal: Include directory.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-cabal): Include directory.

gnu: emacs-dante: Update to 1.5-2.a25ae9e.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dante): Update to 1.5-2.a25ae9e.

gnu: emacs-iedit: Update to 0.9.9.9-1.e2c100c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-iedit): Update to 0.9.9.9-1.e2c100c.

gnu: emacs-lpy: Update to 0.1.0-2.dfd9a0f.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lpy): Update to 0.1.0-2.dfd9a0f.

gnu: emacs-lispy: Include non-Elisp code.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispy): Include non-Elisp code.

gnu: emacs-org-super-agenda: Update to 1.1.1-2.f0ee7ed.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-super-agenda): Update to 1.1.1-2.f0ee7ed.

gnu: emacs-org-sidebar: Update to 0.1-2.b2a5a69.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-sidebar): Update to 0.1-2.b2a5a69.

gnu: Add enjarify.

* gnu/packages/android (enjarify): New variable.
* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-inputs]: Add enjarify.
  [arguments]: add enjarify to add-known-tools phase.
* gnu/packages/patches/enjarify-setup-py.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add enjarify-setup-py.patch.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-5.8a57c87.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-5.8a57c87.

gnu: guile-debbugs-next: Update to 0.0.3-2.fb0ae06.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-debbugs-next): Update to 0.0.3-2.fb0ae06.

gnu: octave: Use texlive-union.

* gnu/packages/maths.scm (octave)[native-inputs]: Replace texlive with
texlive-union containing texlive-epsf.

ui: 'relevance' connects regexps with a logical and.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36763>.
Previously, the logical and connecting the regexps did not output the expected
results (introduced in 8874faaaac665100a095ef25e39c9a389f5a397f).

* guix/ui.scm (relevance)
[score]: Change its arguments.
[regexp->score]: New procedure.
* tests/ui.scm ("package-relevance"): Add test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-jsbeautifier.

* gnu/packages/python-xyz (python-jsbeautifier): New variable.
* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-arguments]: Add python-jsbeautifier.
  [arguments]: Add python-jsbeautifier to add-known-tools phase.

gnu: Add python-editorconfig.

* gnu/packages/python-xyz (python-editorconfig): New variable.

gnu: Add wabt.

* gnu/packages/web (wabt): New variable.
* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-inputs]: Add wabt for tests.
  [arguments]: Add phase patching wabt into known tools.

gnu: Add python-binwalk.

* gnu/packages/python-xyz (python-binwalk): New variable.
* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-inputs]: Add python-binwalk for
  tests.

gnu: tor: Update to 0.4.1.6.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.1.6.

gnu: next: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/web-browsers.scm (next): Update to 1.3.2.

gnu: samba: Update to 4.11.0.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.11.0.

gnu: efl: Update to 1.22.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.22.5.

gnu: python-matplotlib: Use https in home-page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib)[home-page]: Update to
use https.

gnu: python2-matplotlib: Update to 2.2.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-matplotlib): Update to 2.2.4.

gnu: python2-matplotlib: Fix jquery-ui install path.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-matplotlib)[arguments]: Override
custom 'install-jquery-ui phase to install in the appropriate directory.

gnu: python2-matplotlib: Disable tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-matplotlib)[arguments]: Skip the
custom 'check phase.

gnu: linux-libre: Update to 5.2.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 5.2.16.

gnu: diffoscope: Update to 125.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 125.
  [arguments] Adjust remove-ocaml-test to selectively disable a single test.
    Add skip-elf-tests to disable a new failing test.
  [native-inputs] Add ocaml for tests.

gnu: diffoscope: Add additional test dependencies.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope)[native-inputs]: Add abootimg, dtc,
  and r-minimal.

gnu: Move diffoscope and trydiffoscope to new diffoscope.scm.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Remove variable.
  (trydiffoscope): Remove variable.
  Update copyright information.
* gnu/packages/diffoscope.scm: New file.
  (diffoscope): Add variable.
  (trydiffoscope): Add variable.
* gnu/local.mk [GNU_SYSTEM_MODULES]: Add diffoscope.scm.

gnu: isc-dhcp: Update bundled BIND to 9.11.11 [fixes CVE-2019-6471].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[bind-patch-version]: Update to 11.
[inputs]: Update bind-source-tarball hash.

gnu: bind: Update to 9.14.6 [fixes CVE-2019-6471].

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.14.6.

gnu: libvterm: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/terminals.scm (libvterm): Update to 1.1.0.
[arguments]: Enable tests.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

scripts: pull: Add options for generation management

* guix/scripts/pull.scm (%options) Add --roll-back, --switch-generation,
--delete-generations
(process-generation-change): New function
(guix-pull): Execute generation management operations

* doc/guix.texi: Document the generation management operations

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Work around Ubuntu's 'sudo'.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/36785>.
Reported by Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>.

* guix/scripts/pull.scm (ensure-default-profile): Do not call
'migrate-generations' when "SUDO_USER" is set.

import: pypi: Refresher recognizes pythonhosted.org source URLs.

This is a followup to a5376200541abf8245973e601be246bf65b8b6c7.
Since that commit, 'pypi-package?' would return false for most Python
packages, and thus "guix refresh python-xxx" would report that no
updaters apply to the package.

* guix/import/pypi.scm (pypi-package?)[pypi-url?]: Recognize
"files.pythonhosted.org" URLs.

doc: Mention the "repository name" for 'guix pack -f docker'.

This is a followup to 0074844366381e3056d09492b8b437836c7adb61.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Mention the repository name.

gnu: Add Xeus.

* gnu/packages/jupyter.scm (xeus): New variable.

gnu: Add python-jupyter-kernel-test.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-jupyter-kernel-test): New file.

gnu: Add python-jupyter-kernel-mgmt.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-jupyter-kernel-mgmt): New variable.

gnu: Add python-jupyter-protocol.

* gnu/packages/jupyter.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: nlohmann-json-cpp: Update to 3.7.0.

* gnu/packages/serialization.scm (nlohmann-json-cpp): Update to 3.7.0.
[source]: Use 'git-fetch'.
[native-inputs, arguments]: New fields.

linux-container: 'eval/container' correctly passes -L and -C flags.

This fixes a type error.

* gnu/system/linux-container.scm (eval/container): Use 'append-map', not
'map'.
* tests/containers.scm ("eval/container, non-empty load path"): New test.

guix package: "guix package -f FILE" ensures FILE returns a package.

* guix/scripts/package.scm (options->installable): Add clause for
'install option with a non-package object.
* tests/guix-package.sh: Add test.

Merge branch 'wip-texlive'

services: Add nftables-service-type.

* gnu/services/networking.scm (%default-nftables-ruleset): New variable.
(<nftables-configuration>): New record type.
(nftables-shepherd-service): New procedure.
(nftables-service-type): New service type.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: linux-libre: Enable all nftables families.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.19-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.19-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.19-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.19-x86_64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-x86_64.conf: Set CONFIG_NF_TABLES_INET,
CONFIG_NF_TABLES_NETDEV, CONFIG_NF_TABLES_IPV4, CONFIG_NF_TABLES_IPV6 and
CONFIG_NF_TABLES_BRIDGE to 'y', and related options to 'm'.

gnu: Add cl-lzlib.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-lzlib, cl-lzlib, ecl-lzlib): New variables.