gnu: openssh: Remove exception to build without xauth for the Hurd.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[inputs]: Unconditionally include xauth;
for the Hurd: use openssh-sans-x for now.

gnu: guix: Update to ab9e30039d.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.ab9e30039d.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Fix thinko.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Oops, fix thinko.

gnu: guix: Update to 68d8c09465.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.68d8c09465.

gnu: services: Add %hurd-startup-service.

This decouples startup of the Hurd from the "hurd" package, moving the RC
script into SYSTEM.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd)[inputs]: Remove hurd-rc-script.
[arguments]: Do not substitute it.  Update "runsystem.sh" to parse kernel
arguments and exec into --system=SYSTEM/rc.
(hurd-rc-script): Move to...
* gnu/services.scm (%hurd-rc-file): ...this new variable.
(hurd-rc-entry): New procedure.
(%hurd-startup-service): Use it in new variable.
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Use it.

hurd-boot: Further cleanup of "rc".

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Move implementation to ...
* gnu/build/hurd-boot.scm (boot-hurd-system): ...here, new file.
* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Move there likewise.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

system: hurd: Populate services.

* gnu/system/hurd.scm (%base-services/hurd): Add hurd-console-service,
hurd-getty-services, guix-service.  Also add sylog and loopback, needed for
...
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): ... add
%shepherd-root-service with dependencies: %boot-service, %activation-service,
user-processes, root-file-system-service, file-system-service,
pam-root-service.

services: Add `hurd-getty-service-type'.

* gnu/services/hurd.scm (<hurd-gettty-configuration>): New record.
(hurd-ttys-shepherd-service): New procedure.
(hurd-getty-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Hurd Services): Document it.

services: Add `hurd-console-service-type'.

* gnu/services/hurd.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Hurd Services): Document it.

gnu: hurd: Create minimal "runsystem" script to invoke "rc".

This moves towards a regular Guix startup, loading SYSTEM/boot to activate the
system and start the shepherd.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Update to handle "runsystem" tasks.
Load system/boot to activate the system and start the shepherd.  Create /hurd
symlink.
(hurd)[arguments]: Add 'create-runsystem' phase.  Do not substitute now unused
init.c, runsystem.hurd.  Substitute "/hurd/" for the fixed 'out + "/hurd/"' in
boot.c, console-run.c and startup.c.  Also substitute
_HURD_STARTUP ("/hurd/startup") to the fixed 'out + "/hurd/startup"' in
libdiskfs/boot-start.c and libdiskfs/opts-std-startup.c.

services: hurd: Populate system profile.

* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Populate profile with
packages.

services: Support etc-service for the Hurd.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): Cater for missing nsswitch
and missing sudoers-file.  For the Hurd, add "login" and "motd".
(hurd-default-essential-services): Add operating-system-etc-service.

system: Support activation service for the Hurd.

* gnu/build/activation.scm (boot-time-system): Use "command-line" for the
Hurd.
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Add %boot-service and
%activation-service.

system: examples: Add bare-hurd.tmpl.

* gnu/system/hurd.scm (%hurd-def%hurd-default-operating-system-kernel,
%hurd-default-operating-system): New exported variables.
* gnu/system/examples/bare-hurd.tmpl: New file.
* Makefile.am (EXAMPLES): Add it.
* tests/guix-system.sh: Add --target=i586-pc-gnu when testing it.

system: Use 'hurd' package in label.

* gnu/system.scm (kernel->boot-label): Add keyword parameter 'hurd'.  If set,
use it for label.
(operating-system-default-label): Call with it with operating-system-hurd.

bootloader: grub: Add support for multiboot.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-configuration-file): Add support for
multiboot.

system: Add 'multiboot-modules' field to <boot-parameters>.

* gnu/system.scm (<boot-parameters>)[multiboot-modules]: New field.
(read-boot-parameters): Initialize it.
(operating-system-multiboot-modules, hurd-multiboot-modules): New procedure.
(operating-system-boot-parameters): Cater for multiboot the Hurd and
initialize it; avoid initrd in that case.
(operating-system-kernel-file): Cater for for Gnumach (the Hurd) besides Linux.
(boot-parameters->menu-entry): Use it to support a multiboot <menu-entry>.

bootloader: Extend `<menu-entry>' for multiboot.

* gnu/bootloader.scm (<menu-entry>)[multiboot-kernel,multiboot-arguments,
multiboot-modules]: New fields.
[linux,initrd]: Add default value '#f'.
(menu-entry->sexp, sexp->menu-entry): Support multiboot entry.
* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Document them.

system: Add 'hurd' field to <operating-system>.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[hurd]: New field.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document 'hurd'.

system: hurd: Add hurd-default-essential-services.

* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): New procedure.

image: Add Hurd support.

* gnu/system/image.scm (hurd-disk-image): New exported variable,
(root-offset, root-label): new variables,
(esp-partition, root-partition): adapt accordingly,
(find-image): add Hurd support.

linux-boot: Update 'make-hurd-device-nodes'.

* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Avoid de-duplication of
device mount points; also create mount points for /servers/.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Stub for the Hurd.

Avoid crash

    Backtrace:
    guix/build/syscalls.scm:405:8: In procedure prctl: Function not implemented

because of missing prctl on the Hurd.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Rename to ...
(set-thread-name!/linux,thread-name/linux): ...this.
(set-thread-name, thread-name): Swtich between linux implementation and or
stub.

gnu: hurd: Update to upstream Hurd-reserved xattr index.

This enables setting (and reading) passive translators when preparing a Hurd
file system from GNU/Linux.

* gnu/packages/patches/hurd-xattr.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Use it.

gnu: x265: Build with assembly files.

* gnu/packages/video.scm (x265)[native-inputs]: Add nasm.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

system: bare-bones: Remove dependency to X libraries.

Use "openssh-sans-x" to prevent the inclusion of X libraries to the bare-bones
system closure.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (operating-system)[services]: Use
openssh-sans-x instead of openssh.

gnu: Add openssh-sans-x.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh-sans-x): New variable.

gnu: sudo: Separate Python output.

The Python plugin of "sudo" drags the Python interpreter to the closure of
Guix System. Put it in a separate output.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Add a 'separate-python-output
phase, that's populating ...
[outputs]: ... the new "python" output.

system: install: Add default libcs to gc-roots.

During the installation, it may be needed to build locales that are not
covered by glibc-utf8-locales. Make sure that the libraries required to build
locales are available.

This is a follow-up of 0eed77127592323d89f56c215a15374a1aaae110.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[services]: Add
%default-locale-libcs to gc-root-service-type.

gnu: rtl8821ce-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8821ce-linux-module)[arguments]: Use
MAKE-FLAGS keyword.  Make CC environment variable a make flag.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Use MAKE-FLAGS.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module)
[arguments]: Use MAKE-FLAGS keyword.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module):
Update to 5.6.4.2-1.df2b8df.

gnu: mu: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.9.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Edit synopsis and description.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)
[synopsis, description]: Edit.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Disable ‘test’.

It simply built the test programme but nothing more.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)[arguments]:
Remove the ‘check’ phase.

gnu: Add v4l2loopback-linux-module.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.45.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.45.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.17.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.17.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.127.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.127.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

git-authenticate: Prevent removal of '.guix-authorizations'.

* guix/git-authenticate.scm (commit-authorized-keys)
[parents-have-authorizations-file?, assert-parents-lack-authorizations]:
New procedures.
Use the latter before returning DEFAULT-AUTHORIZATIONS.
* guix/git.scm (false-if-git-not-found): Export.
* guix/tests/git.scm (populate-git-repository): Add 'remove' clause.
* tests/git-authenticate.scm ("signed commits, .guix-authorizations removed"):
New test.

git: 'update-cached-checkout' gracefully handles missing starting commit.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41604>
Reported by John Soo <jsoo1@asu.edu> and zimoun <zimon.toutoune@gmail.com>.

* guix/git.scm (false-if-git-not-found): New macro.
(reference-available?): Use it.
(update-cached-checkout): Use it when looking up STARTING-COMMIT.
Set RELATION to 'unrelated when OLD is #false.

gnu: go-github-com-stretchr-testify: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-testify):
  Update to 1.5.1.

gnu: go-github-com-davecgh-go-spew: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davecgh-go-spew):
  Update to 1.1.1.

gnu: Add go-github-com-stretchr-objx.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stretchr-objx): New variable.

gnu: Add epour.

* gnu/packages/enlightenment.scm (epour): New variable.

gnu: Add vim-dispatch.

* gnu/packages/vim.scm (vim-dispatch): New variable.

gnu: emacs-lua-mode: Update to 20200508-0.35b6e4c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lua-mode): Update to 20200508-0.35b6e4c.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-flymake-shellcheck.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flymake-shellcheck): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: docker, docker-cli: Update to 19.03.11.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version): Update to 19.03.11.
(docker, docker-cli): Update hashes.

gnu: qwt: Update to 6.1.5.

* gnu/packages/qt.scm (qwt): Update to 6.1.5.

gnu: python-mwclient: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mwclient): Update to 0.10.1.

gnu: libgit2: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 1.0.1.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.2.3.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.2.3.

gnu: wireguard-linux-compat: Update to 1.0.20200520.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat): Update to 1.0.20200520.

gnu: Add vala-language-server.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (vala-language-server): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add vala-0.48.

* gnu/packages/gnome.scm (vala-0.48): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: youtube-dl: Update to 2020.06.06.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.06.06.

gnu: emacs-lispyville: Update to 20200605.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispyville): Update to 20200605.
[arguments]: Remove obsolete workaround for tests.

gnu: Add cl-rdkafka.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-rdkafka, cl-rdkafka): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-cl-random-forest: Remove obsolete fix.

* gnu/packages/machine-learning.scm (sbcl-cl-random-forest)[arguments]: Remove
  'add-sb-cltl2-dependency' phase.

gnu: sbcl-lparallel: Modify system definition to require sb-cltl2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lparallel)[arguments]: Add 'fix-dependency'
  phase to modify system definition to require sb-cltl2.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: streamlink: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 1.4.1.

gnu: emacs-realgud: Fix realgud:run-process problem.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud)[phases]
{fix-realgud:run-process-void-error}: New phase.
{fix-autogen-script}: Return #t.
{autogen}: Likewise.
{set-home}: Likewise.
{remove-realgud-pkg.el}: Likewise.

gnu: guix: Update to d445c30ea6.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-7.d445c30.

daemon: Handle EXDEV when moving to trash directory.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41607>.
Reported by Stephen Scheck <singularsyntax@gmail.com>.

* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::deletePathRecursive): When we try to
move a dead directory into the trashDir using rename(2) but it returns
an EXDEV error, just delete the directory instead.  This can happen in a
Docker container when the directory is not on the "top layer".

ui: 'display-search-results' automatically invokes the pager.

* guix/ui.scm (call-with-paginated-output-port): New procedure.
(with-paginated-output-port): New macro.
(display-search-results): Use it instead of displaying a hint.

utils: Add 'with-environment-variables'.

* guix/tests/gnupg.scm (call-with-environment-variables)
(with-environment-variables): Move to...
* guix/utils.scm: ... here.
* guix/tests/git.scm: Adjust accordingly.

gnu: guile-static: Disable JIT on ARMv7.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (make-guile-static): Pass
"--disable-jit" when 'target-arm32?' is true.

vm: Shared-store script runs the native QEMU and Bash.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): Use #+ for
QEMU and BASH.

vm: <virtual-machine> compiler honors system and target.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store): Add #:system
and #:target.  Pass it down.
(system-qemu-image/shared-store-script): Likewise.
(virtual-machine-compiler): Likewise.

vm: 'qemu-image' preserves the cross-compilation target of the OS.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image)[preserve-target, inputs*]: New variables.
In gexp, use INPUTS* instead of INPUTS.  Wrap OS and BOOTCFG-DRV in
'preserve-target'.  Pass INPUTS* instead of INPUTS as the #:references-graphs.

vm: 'qemu-image' uses the native partitioning tools and bootloader.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Use #+ for Parted, the bootloader, etc.

vm: 'expression->derivation-in-linux-vm' always returns a native build.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Remove #:target.
[builder]: Use #+.  Don't pass #:target-arm32? and #:target-aarch64? to
'load-in-linux-vm'.
Pass #:target #f to 'gexp->derivation'.
(qemu-image): Adjust accordingly.
* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Remove #:target-aarch64?
and #:target-arm32?.  Define them as local variables.

system: 'system-linux-image-file-name' takes an optional parameter.

* gnu/system.scm (system-linux-image-file-name): Make 'target' an
optional parameter.

packages: Make 'bag-grafts' insensitive to '%current-target-system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41713>.
Reported by Mathieu Othacehe.

* guix/packages.scm (bag-grafts): Wrap 'fold-bag-dependencies' calls in
'parameterize'.
* tests/packages.scm ("package->bag, sensitivity to
%current-target-system"): New test.

grafts: Improve performance for derivations with many inputs.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/41702>.
Reported by Lars-Dominik Braun <ldb@leibniz-psychology.org>.

Previously we'd potentially traverse the same sub-graph of DEPS several
times.

With this patch, command:

  guix environment --ad-hoc r-learnr --search-paths

goes from 11.3s to 4.6s.

* guix/grafts.scm (reference-origin): Rename to...
(reference-origins): ... this.  Change 'item' parameter to 'items'.
[lookup-derivers]: New procedure.
(cumulative-grafts)[dependency-grafts]: Change 'item' to 'items' and use
'reference-origins'.
Remove 'mapm' around 'dependency-grafts' call.

gnu: libqmi: Update to 1.24.14.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libqmi): Update to 1.24.14.

gnu: klavaro: Update to 3.10.

* gnu/packages/education.scm (klavaro): Update to 3.10.

gnu: burp: Update to 2.3.28.

* gnu/packages/backup.scm (burp): Update to 2.3.28.

gnu: di: Cross-compile.

* gnu/packages/admin.scm (di)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: di: Update to 4.48.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.48.

gnu: Add kpeoplevcard.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kpeoplevcard): New public variable.

gnu: KContacts: Propagate required inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcontacts)[inputs]: Move KCODECS,
KCOREADDONS, KCONFIG, and KI18N ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: kdevelop: Update to 5.5.2.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): Update to 5.5.2.

gnu: akonadi-search: Enable tests.

* gnu/packages/kde-pim.scm (akonadi-search)[native-inputs]: Add DBUS.
[arguments]: Add #:phases.

gnu: grantlee: Correct license.

* gnu/packages/qt.scm (grantlee)[license]: Set to LGPL2.1+.

gnu: rust-rpassword-4: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rpassword-4): Update to 4.0.5.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-with-editor): Update to 2.9.2.

gnu: emacs-nhexl-mode: Update to 1.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode): Update to 1.5.
[description]: Remove trailing newline character.

gnu: emacs-mmm-mode: Update to 0.5.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mmm-mode): Update to 0.5.8.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.
[build-system]: Switch to emacs-build-system.
[native-inputs]: Remove.

gnu: emacs-zones: Update to 2019.7.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-zones): Update to 2019.7.13.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.  Remove unnecessary
patch.
* gnu/packages/patches/emacs-zones-called-interactively.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Apply file deletion.

gnu: emacs-howm: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-howm): Update to 1.4.6.

gnu: emacs-frog-menu: Update to 0.2.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-frog-menu): Update to 0.2.11.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.

gnu: emacs-ebdb: Update to 0.6.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebdb): Update to 0.6.18.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.

gnu: GnuTLS: Update replacement to 3.6.14 [fixes CVE-2020-13777].

* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.6.13): Rename to ...
(gnutls-3.6.14): ... this.  Update to 3.6.14.
(gnutls)[replacement]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[propagated-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/vpn.scm (openconnect)[propagated-inputs]: Likewise.

gnu: rcas-web: Use guile2.2 version of Guile-Redis.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web)[inputs]: Change from GUILE-REDIS
to GUILE2.2-REDIS.  While at it, rename the GUILE input to "guile" instead
of "guile-next".

gnu: emacs-exwm: Update to 0.24.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exwm): Update to 0.24.

gnu: openconnect: Add a comment about the gnutls version.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Add said comment.
* gnu/packages/tls.scm (gnutls): Add backlink to optimise SEO.

gnu: emacs-web-server: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-web-server): Update to 0.1.2.
[source]: Use GNU ELPA repository instead of GitHub.
[native-inputs]: Remove unnecessary native inputs.
[arguments]: Do not run tests, which do not exist in ELPA.

gnu: openscad: Add patch to fix build.

* gnu/packages/patches/openscad-parser-boost-1.72.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/engineering.scm (openscad)[source]: Use it.