gnu: libcap-ng: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/admin.scm (libcap-ng)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lz4: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.8.1.
[arguments]: Enable ‘#:parallel-tests?’, now considered safe upstream.
Use ‘more GNU’-style lowercase ‘prefix=’.

gnu: krita: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 3.3.3.

gnu: xfce: Use HTTPS for xfce.org home pages.

* gnu/packages/xfce.scm (gtk-xfce-engine, libxfce4util, xfconf, libxfce4ui)
(exo, garcon, tumbler, xfce4-panel, xfce4-battery-plugin)
(xfce4-clipman-plugin, xfce4-pulseaudio-plugin, xfce4-xkb-plugin)
(xfce4-appfinder, xfce4-session, xfce4-settings, thunar, thunar-volman)
(xfwm4, xfdesktop, xfce4-terminal, xfce, xfce4-power-manager, ristretto)
(xfce4-taskmanager, orage)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: xfce4-terminal: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-terminal): Update to 0.8.6.

gnu: gl2ps: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/gl.scm (gl2ps): Update to 1.4.0.

gnu: dmidecode: Update to 3.1.

* gnu/packages/admin.scm (dmidecode): Update to 3.1.

gnu: gpgme: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.10.0.
[arguments]: Remove ‘patch-cmake-file’ work-around for fixed bug.

gnu: offlineimap: Update to 7.1.5.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.1.5.

gnu: lcov: Update to 1.13.

* gnu/packages/code.scm (lcov): Update to 1.13.
[arguments]: Remove superfluous #:make-flags.

gnu: java-powermock-modules-junit4: Fix junit version detection.

* gnu/packages/java.scm (java-powermock-modules-junit4)[arguments]: Fix
junit version detection.

gnu: java-powermock-core: Include resources.

* gnu/packages/java.scm (java-powermock-core)[arguments]: Add a phase to
include resources.

gnu: guix: Update snapshot to 0dcf675.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0dcf675.

gnu: hunspell-dict-en: Include all the .dic files.

Fixes a regression introduced in
d4d7d70912642be18d93c9ce6470f8650097b5e5 which broke
'hunspell-dict-en' (but not the 'hunspell-dict-en-*' variants.)

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-word-list)[install]: Check whether
'LANGUAGE.dic' exist before installing it.  If it doesn't exist, install
all of *.dic.

ssh: Switch back to 'get-bytevector-some'.

This mostly reverts 17af5d51de7c40756a4a39d336f81681de2ba447.
Suggested by Andy Wingo <wingo@igalia.com>.

* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel)[redirect]: Remove 'read!' FFI
hack.  Use buffered ports.

offload: 'test' reports Guile and module errors more nicely.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26008>.
Reported by Myles English <mylesenglish@gmail.com>.

* guix/ssh.scm (retrieve-files*): Move error reporting to...
(report-guile-error, report-module-error): ... here.  New procedures.
* guix/scripts/offload.scm (assert-node-repl): Use 'report-guile-error'.
(assert-node-has-guix): Explicitly check for 'use-modules' first.  Use
'report-module-error'.

offload: 'test' gracefully handles 'node-repl-error'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28057>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/scripts/offload.scm (assert-node-has-guix): Catch
'node-repl-error' and call 'leave'.

ssh: 'retrieve-files' now only retrieves what's missing.

* guix/ssh.scm (retrieve-files): Remove the subset of FILES that is
valid in LOCAL.
(store-export-channel): Add comment.

offload: Fix regression in file retrieval.

This fixes a regression in 'retrieve-files*' introduced in
896fec476f728183b331cbb6e2afb891207b4205, whereby (guix scripts offload)
would not read the initial sexp now sent by the remote host via
'store-export-channel'.  This would effectively prevent file retrieval
entirely when offloading.

* guix/ssh.scm (retrieve-files*): New procedure, like former
'retrieve-files' but with an extra #:import parameter.
(retrieve-files): Rewrite in terms of 'retrieve-files*'.
(file-retrieval-port): Make private.
* guix/scripts/offload.scm (transfer-and-offload): Pass #:import to
'retrieve-files*'.
(retrieve-files*): Remove.

gnu: transmission: Fix a DNS rebinding vulnerability that allows RCE.

* gnu/packages/patches/transmission-fix-dns-rebinding-vuln.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[source]: Use it.

gnu: dtc: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.4.6.
[source]: Remove both patches.
* gnu/packages/patches/dtc-format-modifier.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/dtc-32-bits-check.patch: Likewise.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove both.

gnu: harminv: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/engineering.scm (harminv): Update to 1.4.1.
[source, home-page]: Switch to new host.

gnu: gphoto2: Update to 2.5.15.

* gnu/packages/photo.scm (gphoto2): Update to 2.5.15.

gnu: libgphoto2: Update to 2.5.16.

* gnu/packages/photo.scm (libgphoto2): Update to 2.5.16.

gnu: colordiff: Update to 1.0.18.

Also add the non-archive URL, which was probably the intention of commit
8d479d27ca74f86a69b48d385f3d9537adf5392b.  Better late than never.

* gnu/packages/patchutils.scm (colordiff): Update to 1.0.18.

gnu: libvorbis: Fix CVE-2017-{14632,14633}.

* gnu/packages/patches/libvorbis-CVE-2017-14632.patch,
gnu/packages/patches/libvorbis-CVE-2017-14633.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/xiph.scm (libvorbis)[replacement]: New field.
(libvorbis/fixed): New variable.

gnu: Add selene.

* gnu/packages/lua.scm (selene): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: grep: Add dependency on PCRE.

Suggested by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>
and Roel Janssen <roel@gnu.org>.

* gnu/packages/base.scm (grep)[inputs]: New field.
* gnu/packages/commencement.scm (grep-final)[inputs]: New field.

gnu: emacs-sr-speedbar: Update to 20161025.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-sr-speedbar): Update to 20161025.
[version]: Use git-version.
[source]: Download sources via git-fetch and use git-file-name.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: libcdio-paranoia: Update to 10.2+0.94.2.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcdio-paranoia): Update to 10.2+0.94.2.

gnu: libcdio: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcdio): Update to 2.0.0.

services: qemu-binfmt: Extend guix-daemon with extra chroot directories.

Fixes <https://bugs.gnu.org/20239>.

* gnu/services/virtualization.scm (<qemu-binfmt-configuration>)[guix-support?]:
New field.
(qemu-binfmt-guix-chroot): New procedure.
(qemu-binfmt-service-type)[extensions]: Add GUIX-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Virtualization Services): Document 'guix-support?'.
(Additional Build Options): Mention binfmt_misc and offloading under
'--system'.

services: guix: Add 'chroot-directories' field.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[chroot-directories]: New
field.
(guix-shepherd-service): Honor it.
(references-file): New procedure.
(guix-service-type)[compose, extend]: New fields.

services: Add qemu-binfmt.

* gnu/services/virtualization.scm (<qemu-platform>): New record type.
(bv): New macro.
(%i386, %i486, %alpha, %arm, %armeb, %sparc, %sparc32plus)
(%ppc, %ppc64, %ppc64le, %m68k, %mips, %mipsel, %mipsn32el)
(%mips64, %mips64el, %sh4, %sh4eb, %s390x, %aarch64, %hppa)
(%qemu-platforms): New variables.
(lookup-qemu-platforms): New procedure.
(<qemu-binfmt-configuration>): New record type.
(qemu-platform->binfmt): New procedures.
(%binfmt-mount-point, %binfmt-register-file, %binfmt-file-system)
(qemu-binfmt-service-type): New variables.
(qemu-binfmt-shepherd-services): New procedures.
* doc/guix.texi (Virtualization Services): Add "Transparent Emulation
with QEMU" heading.

binfmt fixlet

gnu: guile-bytestructures: Update to 1.0.1.

* gnu/package/guile.scm (guile-bytestructures): Update to 1.0.1.
[source]: Use tarball from github instead of git.
[build-system]: Use GNU-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Remove.
[navitve-inputs]: Add PKG-CONFIG.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update snapshot to 3c5dbd2.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 3c5dbd2.

gnu: Add sound-juicer.

* gnu/packages/gnome.scm (sound-juicer): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libmusicbrainz.

* gnu/packages/music.scm (libmusicbrainz): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libdiscid.

* gnu/packages/music.scm (libdiscid): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: Always try to execute the builder regardless of the platform.

* nix/libstore/build.cc (runChild): Move platform check after 'execve'
call.  Check specifically for ENOEXEC.

gnu: inkscape: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: inkscape: Update to 0.92.2.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape): Update to 0.92.2.

gnu: newsbeuter: Deprecate in favour of newsboat.

* gnu/packages/syndication.scm (newsbeuter): Redefine using
‘deprecated-package’.
* gnu/packages/patches/newsbeuter-CVE-2017-12904.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/newsbeuter-CVE-2017-14500.patch: Likewise.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove both.

derivations: Fix typo in docstring.

* guix/derivations.scm (derivation-prerequisites): Fix typo in docstring.

ssh: Pass an empty "exceptfds" set to 'select'.

Previously the redirect code could end up exiting prematurely because of
an uninteresting "exceptional condition" on the socket (info "(libc)
Waiting for I/O").

* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel): Pass the empty list as the third
argument to 'select'.  It was a mistake to pass a non-empty list there
in the first place.

doc: Fix typo in 'guix environment' example.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add missing @ in example.

store: Fix potential over-reads in 'import-paths'.

Previously 'process-stderr' would always pass a bytevector of MAX-LEN to
then daemon in the %stderr-read case (i.e., 'import-paths'), instead of
LEN (where LEN <= MAX-LEN).

In practice the extra bytes didn't cause a protocol violation or
anything because they happen at the end of the stream, which typically
contains the canonical sexp of the signature, and the extra zeros were
just ignored.

* guix/serialization.scm (write-bytevector): Add optional 'l' parameter
and honor it.
* guix/store.scm (process-stderr): Pass LEN to 'write-bytevector'.

ssh: Work around 'get-bytevector-some' bug.

This works around <https://bugs.gnu.org/30066> and noticeably improves
performance when using GUIX_DAEMON_SOCKET=ssh://HOST (the redirect code
was transferring data to guix-daemon one byte at a time!).

* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel)[redirect]: Define 'read!' and use
it instead of 'get-bytevector-some'.

gnu: rrdtool: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/rrdtool.scm (rrdtool): Update to 1.7.0.
[native-inputs]: Add bc, perl, and tzdata.
[arguments]: Remove obsolete substitution in ‘pre-configure’ phase.
Set TZDIR for tests in new ‘prepare-test-environment’ phase.
Add ‘remove-native-input-references’ phase for example scripts.

gnu: fio: Update to 3.3.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.3.

gnu: perl-list-moreutils: Update to 0.428.

* gnu/packages/perl.scm (perl-list-moreutils): Update to 0.428.

gnu: libmtp: Update to 1.1.14.

* gnu/packages/libusb.scm (libmtp): Update to 1.1.14.

gnu: python-idna: Update to 2.6.

* gnu/packages/python.scm (python-idna): Update to 2.6.

gnu: ocaml-zed: Update to 1.6.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zed): Update to 1.6.

gnu: rrdtool: Re-order imports.

* gnu/packages/rrdtool.scm: Order imports alphabetically.

gnu: rrdtool: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/rrdtool.scm (rrdtool)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: wine: Remove duplicate supported-systems field.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[supported-systems]: Remove duplicate
field.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.76.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.76.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.111.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.111.

gnu: grub-hybrid: Don't try to install files that already exist.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub-hybrid)[arguments]: Check if a file
already exists in the destination directory before installing it.

gnu: wine: Limit supported architectures to ones that can build our wine.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[supported systems]: New field, limit to
architectures which can build for their selected '#:system'.

gnu: stagit: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/version-control.scm (stagit): Update to 0.7.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: pelican: Enable Markdown support.

* gnu/packages/python.scm (pelican)[propagated-inputs]: Add python-markdown to
support Markdown as mentioned in the package description.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Use one spelling for ‘copyright’.

* gnu/packages/gtk.scm: Standardise on ‘copyright’ spelling in
file headers.
* gnu/packages/pdf.scm: Likewise.
* gnu/packages/perl-check.scm: Likewise.
* gnu/packages/perl.scm: Likewise.
* guix/import/gem.scm: Likewise.
* guix/import/hackage.scm: Likewise.

gnu: gtkspell3: Update to 3.0.9.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkspell3): Update to 3.0.9.

gnu: whois: Remove misleading comment.

See <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=30037>.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Remove comment about mkpasswd.

gnu: wcslib: Mark up description.

* gnu/packages/astronomy.scm (wcslib)[description]: Define ‘FITS’.  Use @dfn.

gnu: wcslib: Update to 5.18.

* gnu/packages/astronomy.scm (wcslib): Update to 5.18.

gnu: xdg-utils: Update to 1.1.2.

* /gnu/packages/freedesktop.scm (xdg-utils): Update to 1.1.2.

gnu: blind: Update to 1.1.

* gnu/packages/suckless.scm (blind): Update to 1.1.

gnu: xbattmon: Update to 1.1.

* gnu/packages/suckless.scm (xbattmon): Update to 1.1.

gnu: ding: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (ding): Update to 1.8.1.

gnu: lsyncd: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/sync.scm (lsyncd): Update to 2.2.2.

gnu: libzen: Update to 0.4.37.

* gnu/packages/cpp.scm (libzen): Update to 0.4.37.

gnu: iso-codes: Update to 3.77.

* gnu/packages/iso-codes.scm (iso-codes): Update to 3.77.
[license]: Use ‘license:’ #:prefix instead of #:select (gpl2+).

gnu: ghc-chell-quickcheck: Update to 0.2.5.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-chell-quickcheck)
(ghc-chell-quickcheck-bootstrap): Update to 0.2.5.1.

gnu: ghc-quickcheck-unicode: Update to 1.0.1.0.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-quickcheck-unicode): Update to
1.0.1.0.

gnu: python-ply, python2-ply: Update to 3.10.

* gnu/packages/python.scm (python-ply): Update to 3.10.

gnu: libsvm: Update to 3.22.

* gnu/packages/machine-learning.scm (libsvm): Update to 3.22.
[source]: Use upstream tarball instead of a git snapshot.

gnu: xterm: Download over HTTP by default.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm)[source]: Add HTTP mirror URI.

gnu: utfcpp: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/textutils.scm (utfcpp): Update to 2.3.5.
[source]: Download tarball from new location.
[build-system]: Switch to cmake-build-system.
[arguments]: Use it, with custom ‘install’ phase.
[native-inputs]: Remove unzip.

gnu: seqmagick: Use 'pypi-uri'.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqmagick)[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: mafft: Update to 7.313.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mafft): Update to 7.313.
[source]: Use HTTPS URI.

gnu: syncthing: Update to 0.14.43.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to v0.14.43.

gnu: Golang X text libraries: Update to 0.0.0-1.e19ae14.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-text-transform,
go-golang-org-x-text-unicode-norm): Update to 0.0.0-1.e19ae14.

gnu: Golang X net libraries: Update to 0.0.0-1.d866cfc.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-net-ipv4,
go-golang-org-x-net-bpf, go-golang-org-x-net-context,
go-golang-org-x-net-internal-iana, go-golang-org-x-net-ipv6,
go-golang-org-x-net-proxy): Update to 0.0.0-1.d866cfc.

gnu: Golang X crypto libraries: Update to 0.0.0-1.95a4943.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-crypto-bcrypt,
go-golang-org-x-crypto-blowfish, go-golang-org-x-crypto-pbkdf2,
go-golang-org-x-crypto-tea, go-golang-org-x-crypto-salsa20,
go-golang-org-x-crypto-cast5, go-golang-org-x-crypto-twofish,
go-golang-org-x-crypto-xtea): Update to 0.0.0-1.95a4943.

gnu: go-github-com-xtaci-smux: Update to 1.0.6-0.c3e1824.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-xtaci-smux): Update to
1.0.6-0.c3e1824.

gnu: go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4: Update to 0.0.0-1.98aa888.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4): Update to
0.0.0-1.98aa888.

gnu: go-github-com-thejerf-suture: Update to 2.0.1-0.87e298c.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-thejerf-suture): Update to
2.0.1-0.87e298c.

gnu: go-github-com-templexxx-xor: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-templexxx-xor): Update to 0.1.2.
[propagated-inputs]: Add go-github-com-templexxx-cpufeat.

gnu: go-github-com-templexxx-reedsolomon: Remove unused package.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-templexxx-reedsolomon):
Remove variable.

gnu: go-github-com-syndtr-goleveldb: Update to 0.0.0-2.34011bf.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-syndtr-goleveldb): Update to
0.0.0-2.34011bf.

gnu: go-github-com-sasha-s-go-deadlock: Update to 0.1.0-1.03d40e5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-sasha-s-go-deadlock): Update
to 0.1.0-1.03d40e5.

gnu: go-github-com-rcrowley-go-metrics: Update to 0.0.0-1.e181e09.

* gnu/packages/syncthing.scm (define-public go-github-com-rcrowley-go-metrics):
Update to 0.0.0-1.e181e09.

gnu: go-github-com-pkg-errors: Update to 0.0.0-1.e881fd5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-pkg-errors): Update to
0.0.0-1.e881fd5.

gnu: go-github-com-oschwald-maxminddb-golang: Update to 1.2.0-0.26fe5ac.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-oschwald-maxminddb-golang):
Update to 1.2.0-0.26fe5ac.

gnu: go-github-com-oschwald-geoip2-golang: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-oschwald-geoip2-golang):
Update to 1.1.0.

gnu: go-github-com-lib-pq: Update to 0.0.0-1.83612a5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-lib-pq): Update to
0.0.0-1.83612a5.