system: Separate the activation script from the boot script.

* gnu/system.scm (operating-system-activation-script): New procedure,
  containing most of the former 'operating-system-boot-script'.
  (operating-system-boot-script): Call it, and 'primitive-load' its
  result.
* guix/build/activation.scm (%booted-system): Remove.
  (activate-current-system): Remove #:boot? parameter and related code.

gnu: Add lzop.

* gnu/packages/compression.scm (lzop): New variable.

vm: Disable QEMU networking in the disk image initrd.

* gnu/system/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add #:qemu-networking?
  parameter and honor it.
* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): Pass #:qemu-networking #f.

download: Enlarge your receive buffer.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Remove call to
  'setsockopt'.
* guix/http-client.scm (open-socket-for-uri)[rmem-max, buffer-size]: New
  variables.  Add call to 'setsockopt'.

guix system: Add 'disk-image' action.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Add 'disk-image'.
  (guix-system)[parse-options]: Support 'disk-image' action.
  [option-arguments]: Likewise.
  Handle the 'disk-image' action.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document 'disk-image'.

vm: Add 'system-disk-image'.

* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): New procedure.

Add (gnu) module.

* gnu.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* build-aux/hydra/demo-os.scm: Use (gnu) and strip import list
  accordingly.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Adjust example
  accordingly.

vm: Use a para-virtualized disk when creating an image.

* guix/build/vm.scm (load-in-linux-vm): When MAKE-DISK-IMAGE?, use
  '-drive ...,if=virtio' for better performance.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Use /dev/vda instead of /dev/sda.

vm: Make the image format a parameter.

* guix/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Add #:disk-image-format
  parameter; add 'image-file' variable.  Honor DISK-IMAGE-FORMAT.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add
  #:disk-image-format parameter, and honor it.
  (qemu-image): Likewise.

linux-initrd: Build /dev/loop* nodes.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Build
  /dev/loop[0-7].

gnu: imagemagick: Upgrade to 6.8.9-0.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Upgrade to 6.8.9-0.

gnu: perl-io-tty: Upgrade to 1.11.

* gnu/packages/perl.scm (perl-io-tty): Upgrade to 1.11.

guix: download: Update imagemagick mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors)[imagemagick]: Update and add the legacy
    subdirectory of the main site as a last resort.

build: Fix builds without --with-libgcrypt-prefix nor --with-libgcrypt-libdir.

Reported by Manolis Ragkousis <manolis837@gmail.com>.
Fixes a regression introduced in 14af289.

Before this commit, ./configure would leave LIBGCRYPT_PREFIX and
LIBGCRYPT_LIBDIR undefined, leading to LIBGCRYPT_LIBS="-L -lgcrypt" and
thus to a link failure.

* configure.ac: Make sure $LIBGCRYPT_PREFIX and $LIBGCRYPT_LIBDIR are
  never empty.

vm: Modularize build-side code.

* guix/build/install.scm (install-grub): Call 'error' if 'system*'
  returns non-zero.
* guix/build/vm.scm (initialize-partition-table): Make 'partition-size'
  a positional parameter.  Call 'error' when 'system*' returns
  non-zero'.
  (format-partition, initialize-root-partition): New procedures.
  (initialize-hard-disk): Use them.

vm: Remove misleading comment.

* guix/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Remove misleading comment.

gnu: Add wpa_supplicant.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): New variable.

store: Flush the output when the build process emits '\r'.

This allows progress reports emitted by 'substitute-binary' to be
correctly displayed.

* guix/store.scm (%newlines): New variable.
  (process-stderr) <%stderr-next>: Flush (current-build-output-port)
  when S contains one of %NEWLINES.

Augment (guix).

* guix.scm (%public-modules): Add 'monads' and 'gexp'.

Add (gnu system file-systems).

This fixes a circular dependency between (gnu system) and (gnu system
linux-initrd), where the latter could end up being compiled before
'file-system-type' was defined as a macro.

* gnu/system.scm (<file-system>, %fuse-control-file-system,
  %binary-format-file-system): Move to...
* gnu/system/file-systems.scm: ... here.  New file.
* build-aux/hydra/demo-os.scm, gnu/system/linux-initrd.scm,
  gnu/system/vm.scm: Use it.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

linux-initrd: Display a backtrace when the initial program fails.

* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): Add pre-unwind handler in
  'catch' form around 'primitive-load', and call 'format' and
  'display-backtrace' from there.

vm: Fix typo.

Regression introduced in e38e18f.

* guix/build/vm.scm (initialize-hard-disk)[partition]: Use a string.

gnu: Add ccache.

* gnu/packages/ccache.scm: New file.
* gnu/packages/patches/ccache-stdc-predef-test.patch: New patch.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add ccache.scm.
  (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: Edit synopses of petsc packages.

* gnu/packages/maths.scm (petsc) [synopsis]: Shorten.
  (petsc-complex,petsc-openmpi,petsc-complex-openmpi) [synopsis]:
  Repeat synopsis from petsc package with extensions.  [description]: Remove.

gnu: offlineimap: fix license.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap) [license]: Change to gpl2+.

gnu: Add mu.

* gnu/packages/mail.scm (mu): New variable.

gnu: Add offlineimap

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): New variable.

gnu: Add Linux kbd.

* gnu/packages/linux.scm (kbd): New variable.

ui: Gracefully deal with zero-output derivations.

* guix/ui.scm (show-what-to-build)[built-or-substitutable?]: New
  procedure.  Check whether OUT is #f.
  Use it.
* tests/ui.scm ("show-what-to-build, zero outputs"): New test.

guix system: Check whether we are installing to /.

* guix/scripts/system.scm (install): Check whether TARGET is / and warn.

guix system: Factorize out closure copy.

* guix/scripts/system.scm (copy-closure): New procedure.
  (install): Use it.

doc: Show the 'bootloader' field in system example.

* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Add 'bootloader'
  field.

guix system: 'guix system init' installs GRUB by default.

* guix/scripts/system.scm (install): Add #:grub?, #:grub.cfg, and
  #:device parameters; honor them.
  (show-help): Document '--no-grub'.
  (%options): Add '--no-grub'.
  (%default-options): Add 'install-grub?'.
  (guix-system): Honor 'install-grub?' option from OPTS.  Adjust
  'install' call accordingly.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document '--no-grub'.

vm: Make the device name a parameter.

* guix/build/vm.scm (initialize-partition-table): Honor 'device'
  parameter.
  (initialize-hard-disk): Add 'device' parameter and honor it.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Adjust accordingly.

gnu: Add superlu-dist package.

* gnu/packages/maths.scm (superlu-dist): New variable.
* gnu/packages/patches/superlu-dist-scotchmetis.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add pt-scotch package.

* gnu/packages/maths.scm (pt-scotch): New variable.

gnu: Add scotch package.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): New variable.
* gnu/packages/patches/scotch-test-threading.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

guix: licenses: Add CeCILL-C license.

* guix/licenses.scm (cecill-c): New variable.

system: Prevent grub.cfg from being GC'd.

* guix/build/install.scm (install-grub): Use 'copy-file' instead of
  'symlink' for GRUB.CFG.

system: Add 'grub-configuration' record.

* gnu/system/grub.scm (<grub-configuration>): New record type.
  (grub-configuration-file): Add 'config' parameter; remove
  #:default-entry and #:timeout.  Honor CONFIG.
* gnu/system.scm (<operating-system>): Remove 'bootloader-entries'
  field; remove default value for 'bootloader' field.
  (operating-system-grub.cfg): Pass the 'bootloader' field to
  'grub-configuration-file'.
* build-aux/hydra/demo-os.scm (bootloader): New field.

guix system: Add 'init' sub-command.

* guix/scripts/system.scm (install): New procedure.
  (guix-system)[parse-option]: Remove check for extraneous arguments.
  [match-pair, option-arguments]: New procedures.
  Use 'option-arguments'.  Honor 'init'.
  (show-help): Document 'init'.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document 'init'.

store: Change #:store parameter to #:prefix.

* guix/store.scm (register-path): Change #:store to #:prefix.

vm: Avoid resetting timestamps twice.

* guix/build/vm.scm (initialize-hard-disk): Don't call
  'reset-timestamps' when REGISTER-CLOSURES? is true.
* guix/build/install.scm (register-closure): Mention timestamps in
  docstring.

gnu: openmpi: Add memchecker support.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi) [inputs]: Add valgrind.  Unpropagate
  gfortran.  [arguments]: Add configure flags for memchecker.

system: Make /run/current-system at activation time.

* gnu/system.scm (etc-directory): Change default value of #:profile.
  Change contents of SHELLS.  Use /run/current-system/profile/{s,}bin in
  BASHRC.
  (operating-system-boot-script)[%modules]: Add (guix build
  linux-initrd).  Add call to 'activate-current-system' in gexp.
  (operating-system-initrd-file, operating-system-grub.cfg): New
  procedures.
  (operating-system-derivation): Don't build grub.cfg here and remove it
  from the file union.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Remove #:populate.
  (operating-system-build-gid, operating-system-default-contents):
  Remove.
  (system-qemu-image): Remove call to
  'operating-system-default-contents'.  Use 'operating-system-grub.cfg'
  to get grub.cfg.  Add GRUB.CFG to #:inputs.
  (system-qemu-image/shared-store): Likewise, but don't add GRUB.CFG to
  #:inputs.
  (system-qemu-image/shared-store-script): Pass --system kernel option.
* guix/build/activation.scm (%booted-system, %current-system): New
  variables.
  (boot-time-system, activate-current-system): New procedures.
* guix/build/install.scm (evaluate-populate-directive): Add case
  for ('directory name uid gid mode).
  (directives, populate-root-file-system): New procedures.
* guix/build/vm.scm (initialize-hard-disk): Replace calls to
  'evaluate-populate-directive' by a call to
  'populate-root-file-system'.
* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file): Use
  /run/current-system/profile/bin.
* gnu/services/xorg.scm (slim-service): Likewise.

gnu: soprano: Add input redland.

* gnu/packages/rdf.scm (soprano): Add inputs redland and rasqal, drop raptor2
    (propagated by rasqal).

gnu: Add redland.

* gnu/packages/rdf.scm (redland): New variable.

gnu: rasqal: Propagate input raptor2.

* gnu/packages/rdf.scm (rasqal): Propagate input raptor2 as indicated in
    the pkg-config file.

build: Add --with-libgcrypt-libdir=DIR to support Debian's multi-arch layout.

* configure.ac: Remove 'LIBGCRYPT_PREFIX' and use 'LIBGCRYPT_LIBDIR'
  instead.  Add --with-libgcrypt-libdir=DIR option.
* Makefile.am (AM_DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS): Pass
  '--with-libgcrypt-libdir'.
* config-daemon.ac: Honor $LIBGCRYPT_LIBDIR when computing
  LIBGCRYPT_LIBS.

gnu: Add rasqal.

* gnu/packages/rdf.scm (rasqal): New variable.

store: Add #:store parameter to 'register-path'.

* guix/store.scm (register-path): Add #:store and honor it.

linux-initrd: Factorize kernel command-line option parsing.

* guix/build/linux-initrd.scm (find-long-option): New procedure.
  (boot-system): Use it instead of the local 'option'.

hydra: Add dummy root file system declaration.

* build-aux/hydra/demo-os.scm (file-systems): Add "/" file system.

guix system: Add 'build' action.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Document 'build' action.
  (guix-system): Honor 'build' action.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Add 'build' action.

gnu: Add libuv.

* gnu/packages/libevent.scm (libuv): New variable.

authenticate: Add compatibility hack for Guile 2.0.5.

* guix/scripts/authenticate.scm (%default-port-conversion-strategy): New
  variable.  Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

list-runtime-roots: Don't display a backtrace on 2.0.5 when lsof is lacking.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (lsof-roots): Fix typo in 'catch'
  tag.  Add 'parent' variable.  Wrap 'open-pipe*' call in 'catch'.
  Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

system: Add (guix build install) module.

* guix/build/vm.scm (install-grub, evaluate-populate-directive,
  reset-timestamps, register-closure): Move to...
* guix/build/install.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add (guix
  build install) to #:modules.

vm: Support initialization of the store DB when the store is shared.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Rename #:inputs-to-copy to #:inputs,
  and #:initialize-store? to #:register-closures?.  Add #:copy-inputs?.
  Adjust build gexp accordingly.
  (system-qemu-image): Remove #:initialize-store? argument and add
  #:copy-inputs?.
  (system-qemu-image/shared-store): Add #:inputs, #:register-closures?,
  and #:copy-inputs? arguments.
* guix/build/vm.scm (register-closure): New procedure.
  (MS_BIND): New variable.
  (initialize-hard-disk): Rename #:initialize-store? to
  #:register-closures?, #:closures-to-copy to #:closures, and add
  #:copy-closures?.
  Add 'target-directory' and 'target-store' variables.
  Call 'populate-store' only when COPY-CLOSURES?.
  Bind-mount the store to TARGET-STORE when REGISTER-CLOSURES? and not
  COPY-CLOSURES?.  Add call to 'register-closure'.

build: Remove fusectl from the default file systems in the demo OS.

* build-aux/hydra/demo-os.scm (file-systems): Comment out
  %FUSE-CONTROL-FILE-SYSTEM, since fuse.ko is missing by default in the
  freestanding VM image.

system: Provide declarations for the 'fusectl' and 'binfmt_misc' file systems.

* gnu/system.scm (%fuse-control-file-system,
  %binary-format-file-system): New variables.
* build-aux/hydra/demo-os.scm (file-systems): New field.

vm: Keep acceptable file systems from the original OS.

* gnu/system/vm.scm (virtualized-operating-system): Instead of
  completely overriding 'file-systems', use 'remove' to filter out some
  of those declared in OS.
  (system-qemu-image): Likewise.

gnu: xterm: Upgrade to 304.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Upgrade to 304.  Switch to a
  version-specific URL.

activation: Silence warning from 'useradd'.

* guix/build/activation.scm (add-user): Don't pass '--create-home' when
  HOME already exists.

linux-initrd: Make /dev/ttyS0, for debugging.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Make
  /dev/ttyS0.

system: When unionfs-fuse is used for /, don't kill it when halting.

* guix/build/linux-initrd.scm (pidof): New procedure.
  (mount-root-file-system)[mark-as-not-killable]: New procedure.
  Use it for unionfs when VOLATILE-ROOT?.
* gnu/services/base.scm (%do-not-kill-file): New variable.
  (user-processes-service)[stop]: Honor it.

syscalls: Add 'processes' to list all the live processes.

* guix/build/syscalls.scm (kernel?, processes): New procedures.

gnu: libsm: Propagate input libice.

* gnu/packages/xorg.scm (libsm): Propagate input libice.

gnu: qt-4: Upgrade to 4.8.6.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4): Upgrade to 4.8.6.

gnu: qt-4: Enable session management by adding libsm as an input.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4): Add input qt-4.

vm: Pass '-serial stdio' in the run-vm.sh.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): Add
  '-serial stdio'.

system: Move skeleton code to (gnu system shadow).

* gnu/system.scm (default-skeletons, skeleton-directory): Move to...
* gnu/system/shadow.scm: ... here.

doc: Improve debugging file documentation.

* doc/guix.texi (Installing Debugging Files): Add @cindex.  Remove
  unneeded '-i' in example.  Mention source code an 'directory'.  Link
  to "Build Systems" instead of "Defining Packages".

system: Add skeleton '.gdbinit'.

* gnu/system.scm (default-skeletons): Add .gdbinit.

gnu: openmpi: Use our hwloc.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Propagate numactl.
  (openmpi)[inputs]: Add hwloc.
  [native-inputs]: Add pkg-config.
  [argument]: Add hwloc configure flags.

gnu: Add babl.

* gnu/packages/gimp.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

system: Populate /etc/skel.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[skeletons]: New field.
  (default-skeletons, skeleton-directory): New procedures.
  (etc-directory): Add #:skeletons parameter.  Call
  'skeleton-directory', and produce the 'skel' sub-directory.
  (operating-system-etc-directory): Pass #:skeletons to
  'etc-directory'.

doc: Add example for --search.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Add LGPLv3 example.

gnu: perl-tk: Patch for i686

* gnu/packages/patches/perl-tk-x11-discover.patch: New patch.
* gnu-system.am [dist_patch_DATA]: Add it.
* gnu/packages/tcl.scm (perl-tk)[origin]: Use it.

system: Make accounts and groups at activation time.

* gnu/services/base.scm (guix-build-accounts): Remove #:gid parameter;
  add #:group.  Remove 'password' and 'gid' fields in 'user-account'
  form, and add 'group'.
  (guix-service): Remove #:build-user-gid parameter.  Remove 'id' field
  in 'user-group' form.
* gnu/system.scm (etc-directory): Remove #:groups and #:accounts.  No
  longer produce files "passwd", "shadow", and "group".  Adjust caller
  accordingly.
  (%root-account): New variable.
  (operating-system-accounts): Add 'users' variable.  Add %ROOT-ACCOUNT
  only of 'operating-system-users' doesn't already contain a root
  account.
  (user-group->gexp, user-account->gexp): New procedures.
  (operating-system-boot-script): Add calls to 'setenv' and
  'activate-users+groups' in gexp.
* gnu/system/linux.scm (base-pam-services): Add PAM services for
  "user{add,del,mode}" and "group{add,del,mod}".
* gnu/system/shadow.scm (<user-account>)[gid]: Rename to...
  [group]: ... this.
  [supplementary-groups]: New field.
  [uid, password]: Default to #f.
  (<user-group>)[id]: Default to #f.
  (group-file, passwd-file): Remove.
* gnu/system/vm.scm (operating-system-default-contents)[user-directories]:
  Remove.  Add "/home" to the directives.
* guix/build/activation.scm (add-group, add-user,
  activate-users+groups): New procedures.

services: xorg: Fix harmless typo in slim.cfg.

* gnu/services/xorg.scm (slim-service): Add missing whitespace in
  XINITRC invocation.

gnu: pspp: Upgrade to 0.8.3

* gnu/packages/maths.scm (pspp): Update to 0.8.3.

doc: Mention upgrades that trigger a lot of rebuilds.

* HACKING (Commit Access): Mention upgrades that trigger a lot rebuilds.

doc: Add a section on perl modules in the packaging guidelines.

* doc/guix.texi (Perl modules): New section explaining the naming of perl
    modules.

vm: Fix recently-introduced regression in 'operating-system-services' use.

* gnu/system/vm.scm (operating-system-build-gid): Adjust to new return
  type of 'operating-system-services' introduced in 217a5b8.

services: Add 'file-system-service'.

* gnu/services/base.scm (file-system-service): New procedure.
  (user-processes-service): Add 'requirements' parameter.
* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file): Use (guix build
  linux-initrd).
* guix/build/linux-initrd.scm (guix): Export 'check-file-system'.
* gnu/system.scm (file-union): New procedure.
  (essential-services): Use it.  Add that to the returned list.

services: Use (guix build syscalls) instead of util-linux.

* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file): Add derivations for
  the (guix build syscalls) module, and add that to the load path of
  dmd.conf.
* gnu/services/base.scm (root-file-system-service): Rewrite using the
  'sync' and 'mount' procedures.

Add (guix build syscalls).

* guix/build/syscalls.scm, tests/syscalls.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/build/syscalls.scm.
  (SCM_TESTS): Add tests/syscalls.scm.
* guix/utils.scm (%libc-errno-pointer, errno): Remove; take from (guix
  build syscalls).

linux-initrd: Append to /etc/mtab.

* guix/build/linux-initrd.scm (mount-file-system): Open /etc/mtab in
  append mode.

system: Automatically add essential services.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Remove calls to
  'host-name-service', 'user-processes-service', and
  'root-file-system-service'.
* gnu/system.scm (<operating-system>)[operating-system-services]: Rename
  to...
  [operating-system-user-services]: ... this.
  (essential-services, operating-system-services): New procedures.
  (operating-system-accounts, operating-system-etc-directory,
  operating-system-boot-script, operating-system-derivation): Adjust to
  new 'operating-system-services' return type.

gnu: fftw: Factor out OpenMPI dependency.

* gnu/packages/algebra.scm (fftw)[inputs,arguments]: Remove OpenMPI.
  (fftw-openmpi): New variable.

gnu: Add hwloc.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): New variable.
  (openmpi): Add TODO comment.

gnu: Add pciutils.

* gnu/packages/pciutils.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add numactl.

* gnu/packages/linux.scm (numactl): New variable.

gnu: openmpi: Fix typo in download uri

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[origin]: Fix typo.

gnu: fftw: Add dependency on openmpi.

* gnu/packages/algebra.scm (fftw)[inputs,arguments]: Add OpenMPI.

gnu: fftw: Upgrade to 3.3.4

* gnu/packages/algebra.scm (fftw): Upgrade to 3.3.4.

services: Add service to cleanly unmount the root file system.

* gnu/services/base.scm (root-file-system-service,
  user-processes-service): New procedures.
  (mingetty-service, nscd-service, syslog-service, guix-service): Add
  requirement on 'user-processes'.
  (%base-services): Add (user-processes-service)
  and (root-file-system-service).
* gnu/services/xorg.scm (slim-service): Add requirement on
  'user-processes'.

linux-initrd: Don't leak /dev/console file descriptors.

* guix/build/linux-initrd.scm (switch-root): Simplify /dev/console
  code.  This fixes a bug where we would leak the IN and OUT file
  descriptors.

doc: Mention Kiselyov's work on "staging".

* doc/guix.texi (G-Expressions): Mention Oleg's work on "staging" in
  footnote.