gnu: aspell: Truly honor $ASPELL_DICT_DIR.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29686>.
Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell)[arguments]: Remove 'wrap-aspell' phase.
* gnu/packages/patches/aspell-default-dict-dir.patch: Add hunk to expand
the right-hand size of '|' in values like "<$FOO|$BAR/baz>".  Change
DICT_DIR to refer to "$HOME" on the right-hand side.

gnu: fribidi: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi): Update to 1.0.7.

gnu: fribidi: Ungraft.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi)[replacement]: Remove field.
[source]: Add patch.
(fribidi/fixed): Remove variable.

gnu: fribidi: Fix CVE-2019-18397.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi): Replace with fribidi/fixed.
(fribidi/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/fribidi-CVE-2019-18397.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: wayland-protocols: Update to 1.18.

* gnu/packages/freedesktop.scm (wayland-protocols): Update to 1.18.

gnu: wayland: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (wayland): Update to 1.18.0.

gnu: file: Update to 5.37 [fixes CVE-2019-18218].

* gnu/packages/file.scm (file): Update to 5.37.
* gnu/packages/patches/file-CVE-2019-18218.patch: New file.
* gnu/packages/patches/file-CVE-2018-10360.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: glib: Reference dbus-launch by its absolute path.

* gnu/packages/glib.scm (glib)[phases]{patch-dbus-launch-path}: New phase.

gnu: drascula: Use make-desktop-entry-file.

* gnu/packages/games.scm (drascula)[arguments]: Do it.

gnu: tome4: Use make-desktop-entry-file.

* gnu/packages/games.scm (tome4)[arguments]: Do it.

gnu: emacs-exwm: Use make-desktop-entry-file.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exwm)[arguments]: Do it.

guix: Add helper for generating desktop entry files.

* guix/build/utils.scm (make-desktop-entry-file): New procedure.

gnu: commencement: Clean up 'gnu-make-final' dependencies.

* gnu/packages/commencement.scm (gnu-make-final): Remove GUILE-FINAL
from the inputs of 'pkg-config'.

gnu: bison-boot0: Remove conditional parallel build/test flags.

* gnu/packages/commencement.scm (bison-boot0)[arguments]: Remove
conditional #:parallel-build? and #:parallel-tests? flags.
Append (package-arguments bison).

gnu: bison-boot0: Set name to "bison-boot0".

* gnu/packages/commencement.scm (bison-boot0)[name]: New field.

gnu: commencement: Remove 'm4-boot0*'.

* gnu/packages/commencement.scm (m4-boot0*): Remove.
(bison-boot0, flex-boot0): Use M4-BOOT0 instead.

Merge remote-tracking branch 'signed/master' into core-updates

gexp: Use cross extensions when cross-compiling.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Use ungexp-splicing instead of
ungexp-native-splicing so that the cross extensions are used when target is
set.

gnu: emacs-unpackaged-el: Update to 0-3.746801a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-unpackaged-el): Update to 0-3.746801a.

gnu: emacs-ivy-rich: Update to 0.1.4-2.7a667b1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-rich): Update to 0.1.4-2.7a667b1.

gnu: HandBrake: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/video.scm (handbrake): Update to 1.2.2.

gnu: stress-make: Fix build and update.

* gnu/packages/debug.scm (stress-make)[version]: Update to latest upstream
commit.  Bump revision.  Use 'git-version'.
[source]: Update url.  Use 'git-file-name'.
[home-page]: Update url likewise.
[arguments]: Add 'setup-go' phase.
[license]: Update license file name.

gnu: xwd: Fix typo in description.

* gnu/packages/xorg.scm (xwd)[description]: Fix typo.

gnu: xwininfo: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xwininfo): Update to 1.1.5.

gnu: emacs-nhexl-mode: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-nhexl-mode: Update to 1.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode): Update to 1.3.

gnu: emacs-darkroom: Update to 0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-darkroom): Update to 0.2.

gnu: emacs-let-alist: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-let-alist): Update to 1.0.6.

gnu: emacs-csv-mode: Use HTTPS.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv-mode)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-csv-mode: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv-mode): Update to 1.9.

gnu: emacs-load-relative: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-load-relative): Update to 1.3.1.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.20.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.20.

gnu: starman: Update to 0.4015.

* gnu/packages/web.scm (starman): Update to 0.4015.

gnu: Add playerctl.

* gnu/packages/music.scm (playerctl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: git-annex: Update to 7.20191009.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191009.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: commencement: Use 'package-with-explicit-inputs' for Hurd packages.

* gnu/packages/commencement.scm (with-boot0): New procedure.
(gnumach-headers-boot0, mig-boot0)
(hurd-headers-boot0, hurd-minimal-boot0)
(hurd-core-headers-boot0): Use it instead of 'package-with-explicit-inputs'.

gnu: commencement: Further optimize the package object graph.

For a package like:

  (define-public xxx
    (package
      (inherit (@ (gnu packages base) coreutils))
      (name "xxx")
      (inputs (@ (gnu packages commencement) %final-inputs))
      (native-inputs '())
      (propagated-inputs '())
      (arguments '(#:implicit-inputs? #f))))

this reduces the package object graph from 176 nodes (1852 edges) to 113
nodes (1114 edges).

The number of 'add-data-to-store' calls in "guix build coreutils -nd"
drops from 2045 to 1301, and the number of memoization tables drops from
102 to 40.

"guix build libreoffice -nd" goes from 2.40s to 2.27s.

* gnu/packages/commencement.scm (with-boot4): New variable.
(guile-final, glibc-utf8-locales-final): Use it.
(with-boot4, with-boot5): New variable.
(gnu-make-final): Rewrite to avoid 'package-with-explicit-inputs'.
(coreutils-final): Use 'with-boot5' instead of
'package-with-explicit-inputs'.
(grep-final): Likewise.
(with-boot6): New variable.
(sed-final, %final-inputs): Use it.

build-system/gnu: 'package-with-explicit-inputs' uses 'package-mapping'.

* guix/build-system/gnu.scm (package-with-explicit-inputs): Rename to...
(package-with-explicit-inputs/deprecated): ... this.
(package-with-explicit-inputs*): New procedure.
(package-with-explicit-inputs): Define as a 'case-lambda*'.

gnu: librsvg: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next): Update to 2.46.0.
[arguments]: Patch SHELL in "po/Makefile.in.in".
[native-inputs]: Replace RUST-1.27 with RUST-1.34.

gnu: expat: Replace with 2.2.9 [fixes CVE-2019-15903].

* gnu/packages/xml.scm (expat-2.2.9): New variable.
(expat)[replacement]: New field.

gnu: libgcrypt: Replace with 1.8.5 [fixes CVE-2019-13627].

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt-1.8.5): New variable.
(libgcrypt)[replacement]: New field.

gnu: curl: Replace with 7.66.0 [fixes CVE-2019-5481, CVE-2019-5482].

* gnu/packages/curl.scm (curl-7.66.0): New variable.
(curl)[replacement]: New field.

gnu: nghttp2: Replace with 1.39.2 [fixes CVE-2019-9511, CVE-2019-9513].

* gnu/packages/web.scm (nghttp2-1.39.2): New variable.
(nghttp2)[replacement]: New field.

gnu: OpenSSL@1.0: Replace with 1.0.2t [fixes CVE-2019-1547, CVE-2019-1563].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.0.2t): New variable.
(openssl-1.0)[replacement]: New field.

gnu: Add emacs-forge.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): New variable.

gnu: emacs-closql: Update to 1.0.0-1.70b98db.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-closql): Update to 1.0.0-1.70b98db.

gnu: emacs-ghub: Update to 3.2.0-1.cf0b13a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ghub): Update to 3.2.0-1.cf0b13a.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-magit: Update to 2.90.1-2.c761d28.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Update to 2.90.1-2.c761d28.
[arguments]: Add patch phase.

gnu: ao: Update to 1.2.2-5-g20dc8ed [fixes CVE-2017-11548].

* gnu/packages/xiph.scm (ao): Update to 1.2.2-5-g20dc8ed.
[source]: Switch to GIT-FETCH.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

gnu: ao: Specify CPE name.

* gnu/packages/xiph.scm (ao)[properties]: New field.

gnu: tcl: Update home page.

* gnu/packages/tcl.scm (tcl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: util-linux: Adjust indentation.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux): Re-indent.

gnu: Add pragha.

* gnu/packages/music.scm (pragha): New variable.

gnu: easytag: Fix mp3 support.

* gnu/packages/music.scm (easytag)[arguments]: Add 'Name', 'Description' and
'Version' entries to temporary id3tag.pc pkg-config file.  Terminate phases
with #t.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: id3lib: Apply patch for UTF16 writing bug.

* gnu/packages/patches/id3lib-UTF16-writing-bug.patch: New file.
* gnu/packages/mp3.scm (id3lib)[source](patches): Add it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: parted: End phases on #t.

* gnu/packages/disk.scm (parted)[arguments]: End phase on #t and reindent.

gnu: parted: Complete the 3.3 update.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37721>.
Reported by Jesse Gibbons <jgibbons2357@gmail.com>.

This is a follow-up to commit 6ad7e3578b6ec924ceddabc908decdab8e453eca.

* gnu/packages/patches/parted-glibc-compat.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/disk.scm (parted)[source](patches): Remove.
[native-inputs]: Add E2FSPROGS.

gnu: Add emacs-sly-asdf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-asdf): New variable.

gnu: Add emacs-sly-quicklisp.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-quicklisp): New variable.

gnu: emacs-sly: Update to 20191003.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly): Update to 20191003.
[native-inputs]: Add texinfo to build doc.
[arguments]: Include "contrib" and "slink" folders so that SLY can start.
Add "install-doc" phase.

gnu: shotwell: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell)[source]: Hard-code NAME.

gnu: shotwell: Update to 0.30.7.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.30.7.

gnu: eog-plugins: Update to 3.26.4.

* gnu/packages/gnome.scm (eog-plugins): Update to 3.26.4.

gnu: parted: Update to 3.3.

* gnu/packages/disk.scm (parted): Update to 3.3.

gnu: e2fsprogs: Update to 1.45.4 [fixes CVE-2019-5094].

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.45.4.

gnu: efl: Update to 1.23.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.23.1.

gnu: python-jupyter-kernel-test: Use PYTHON-VERSION.

* gnu/packages/jupyter.scm (python-jupyter-kernel-test)[arguments]: Use
PYTHON-VERSION to determite Python version.

gnu: json-modern-cxx: Update to 3.7.0.

* gnu/packages/cpp.scm (json-modern-cxx): Update to 3.7.0.
[source](snippet): Adjust for new doctest requirement.
[native-inputs]: Add DOCTEST.
[inputs]: Remove CATCH-FRAMEWORK2.

gnu: Add doctest.

* gnu/packages/check.scm (doctest): New public variable.

gnu: twolame: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/audio.scm (twolame): Update to 0.4.0.
[source](snippet): Remove.

gnu: kodi: Update to 18.4.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi): Update to 18.4.

gnu: python-django: Update to 1.11.25 [security fixes].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.25.

gnu: gRPC: Update description.

* gnu/packages/machine-learning.scm (grpc)[description]: Remove "open source".

gnu: FANN: Update description.

* gnu/packages/machine-learning.scm (fann)[description]: Remove "open source".

gnu: arx-libertatis: Update description.

* gnu/packages/games.scm (arx-libertatis)[description]: Remove "open source".

gnu: BOINC: Add a source file name.

While at it, future-proof the URL as well.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-client)[source](file-name): New field.

gnu: BOINC: Update license.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-client)[license]: Add LGPL3+.

gnu: BOINC: Remove redundant comment.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-client)[description]: Don't mention
license terms.

gnu: emacs: Add mailutils to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[inputs]: Add mailutils.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: mailutils: Update to 3.7.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.7.

gnu: amtk: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (amtk)[source]: Hard-code NAME.

gnu: amtk: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/gnome.scm (amtk): Update to 5.0.1.

gnu: lightning: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/assembly.scm (lightning): Update to 2.1.3.

gnu: Add uchardet.

* gnu/packages/freedesktop.scm (uchardet): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: re2c: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/re2c.scm (re2c): Update to 1.2.1.

Signed-off-by: Sergei Trofimovich <slyfox@inbox.ru>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ld-wrapper: Memoize.

The command:

  guix graph -e '(@@ (gnu packages commencement) coreutils-final)'

now shows 93 nodes (992 edges) instead of 176 nodes (1241 edges).

* gnu/packages/commencement.scm (ld-wrapper-boot0): Use 'mlambda'
instead of 'lambda'.
(ld-wrapper-boot3): Likewise.

gnu: Improve memoization of 'package-with-bootstrap-guile'.

Before that, the command:

  GUIX_PROFILING=memoization guix build -e '(@@ (gnu packages commencement) gnu-make-final)' -nd

would show that 'package-with-bootstrap-guile' was called 2256
times (hit rate: 89%).  Now, it is called 745 times (hit rate: 85%).

"guix build libreoffice -nd" goes from 2.60s to 2.40s (-8%).

* gnu/packages/commencement.scm (gnu-make-final)
(coreutils-final, grep-final, sed-final, %final-inputs): Call
'package-with-bootstrap-guile' before 'package-with-explicit-inputs'.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.20.4.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37705>.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn): Update to 0.20.4.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: mescc-tools: Use 'git-fetch'.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools-0.5.2)[source]: Use 'git-fetch'.
(mescc-tools)[source]: Likewise.

gnu: commencement: Reduce the graph of package objects.

The graph returned by:

  guix graph -e '(@@ (gnu packages commencement) guile-final)'

now contains 94 nodes (664 edges) instead of 394 (2674 edges).

Likewise, this command:

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build coreutils -nd

shows that the number of lookups to the 'add-data-to-store' caches goes
from 8935 to 5303.

Overall, "guix build libreoffice -nd" goes from 3.17s to 2.60s (-18%).

* gnu/packages/commencement.scm (diffutils-boot0): Remove call to
'package-with-bootstrap-guile' and 'package-with-explicit-inputs', and
adjust accordingly.
(findutils-boot0, file-boot0, binutils-boot0, libstdc++-boot0)
(gcc-boot0, perl-boot0, m4-boot0, bison-boot0, flex-boot0)
(linux-libre-headers-boot0, texinfo-boot0, python-boot0)
(ld-wrapper-boot0, glibc-final-with-bootstrap-bash)
(static-bash-for-glibc, gettext-boot0, glibc-final, binutils-final)
(libstdc++, zlib-final, bash-final): Likewise.
(expat-sans-tests)[inputs]: New field.
[arguments]: Add #:implicit-inputs? and #:guile.
(m4-boot0*): New variable.

gnu: Remove unnecessary uses of 'package-with-bootstrap-guile'.

This reduces the object graph returned by:

  guix graph -e '(@@ (gnu packages commencement) glibc-final-with-bootstrap-bash)

from 333 nodes (1542 edges) to 148 nodes (886 edges).

This improves 'package-derivation' memoization and, consequently, the
'add-data-to-store' cache shown by:

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build coreutils -nd

goes from 10948 lookups to 8935 lookups.

* gnu/packages/commencement.scm (mes-boot): Remove call to
'package-with-bootstrap-guile'.  Call 'bootstrap-origin' on the source
of NYACC-0.86.
(tcc-boot0): Likewise.
(tcc-boot): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile' and call
'bootstrap-origin' on its source.
(make-mesboot0): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(diffutils-mesboot): Likewise.
(binutils-mesboot0): Likewise, and call 'bootstrap-origin' for its
source.
(gcc-core-mesboot): Likewise.
(mesboot-headers): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(glibc-mesboot0): Likewise, and call 'bootstrap-origin' for its source.
(gcc-mesboot0): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(binutils-mesboot): Likewise.
(make-mesboot): Likewise.
(gcc-mesboot1): Likewise, and call 'bootstrap-origin' for its source.
(gcc-mesboot1-wrapper): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(glibc-headers-mesboot): Likewise, and call 'bootstrap-origin' for its
source.
(glibc-mesboot): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(gcc-mesboot): Likewise, and call to 'bootstrap-origin' for its source.
(gcc-mesboot-wrapper): Remove call to 'package-with-bootstrap-guile'.
(m4-mesboot): Likewise.
(gnu-make-boot0): Likewise, and call 'bootstrap-origin' for its source.

gnu: emacs-wgrep: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wgrep): Update to 2.3.1.

gnu: PyJWT: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyjwt): Update to 1.7.1.

gnu: Fix typo for nsis.

* gnu/packages/installers.scm (make-nsis): Add space between define and
open bracket.

gnu: Add nsis-x86_64 and nsis-i686.

* guix/build-system/scons.scm (scons-build): Add build-targets and
install-targets parameters.
* guix/build/scons-build-system.scm (build, install): Adjust
accordingly.
* doc/guix.texi (Build Systems): Document it.
* gnu/packages/installers.scm: New file,
(make-nsis): New procedure,
(nsis-x86_64, nsis-i686): New variables.
* gnu/packages/patches/nsis-env-passthru.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA, GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust
accordingly.

gnu: knot: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.9.0.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 0.0.3-11.bf2400a.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 0.0.3-11.bf2400a.

gnu: Add emacs-annalist.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-annalist): New variable.

gnu: emacs-git-annex: Update to 1.1-2.1324d3f.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-annex): Update to 1.1-2.1324d3f.

gnu: emacs-helm-org-ql: Remove patch file.

* gnu/local.mk (emacs-helm-org-ql): Remove entry.
* gnu/packages/emacs-xyz.scm: Remove patch file.
* gnu/packages/patches/emacs-helm-org-ql.patch: Delete file.