gnu: linux-libre: Adjust for PowerPC.

* gnu/packages/linux.scm (system->defconfig): New procedure.
(linux-libre-headers)[arguments]: Use it in 'build' phase to determine
the target name.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-kernel-headers)[xlinux-headers]
(arguments): Likewise.

gnu: gcc: Adjust for PowerPC.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Add powerpc specific
substitutions for dynamic linker and start files locations in
'pre-configure' phase.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%gcc-static)[arguments]: Add
"gcc/config/rs6000/sysv4.h" to the list of files in 'remove-lgcc_s'
phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: m4: Update to 1.4.18.

* gnu/packages/m4.scm (m4): Update to 1.4.18.
[source]: Use xz compressed tarball.

gnu: tar: Fix CVE-2016-6321.

* gnu/packages/patches/tar-CVE-2016-6321.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/base.scm (tar)[source]: Use it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gmp: Update to 6.1.2.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp): Update to 6.1.2.

gnu: icu4c: Update to 58.2.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c): Update to 58.2.

gnu: util-linux: Update to 2.28.2.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux): Update to 2.28.2.

gnu: libssh2: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh2): Update to 1.8.0.

gnu: libgcrypt: Update to 1.7.5.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Update to 1.7.5.

gnu: libcap: Update to 2.25.

* gnu/packages/linux.scm (libcap): Update to 2.25.

gnu: xkeyboard-config: Update to 2.19.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config): Update to 2.19.

gnu: xproto: Update to 7.0.31.

* gnu/packages/xorg.scm (xproto): Update to 7.0.31.

gnu: libgcrypt: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Update to 1.7.4.

gnu: gnutls: Update to 3.5.7.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls): Update to 3.5.7.

gnu: Default to GCC 5.

This reinstates and adjusts
commit e3d0fcbf7e55e8cbe8d0a1c5a24d73f341d7243b.

* gnu/packages/patches/gcc-libiberty-printf-decl.patch: New file.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5)[source]: Use it.
[patches]: Add "gcc-arm-bug-71399.patch".
(gcc): Switch to GCC-5.
* gnu/packages/commencement.scm (libstdc++-boot0): New variable.
(gcc-boot0)[inputs]: Add it.
(gcc-toolchain-4.9): Switch to GCC-4.9.
(gcc-toolchain-5): Switch to GCC-FINAL.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add 'gcc-libiberty-printf-decl.patch'.

gnu: sqlite: Update to 3.15.2.

* gnu/packages/databases.scm (sqlite): Update to 3.15.2.

gnu: guile: Update to 2.0.13.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0): Update to 2.0.13.
[source](patches): New field.
[replacement]: Remove.
(guile-2.0.13): Remove.

gnu: grep: Update to 2.27.

* gnu/packages/base.scm (grep): Update to 2.27.

gnu: libunistring: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/libunistring.scm (libunistring): Update to 0.9.7.
[home-page]: Use https.
[license]: License has changed to dual lgpl3+ gpl2.

gnu: coreutils: Update to 8.26.

* gnu/packages/base.scm (coreutils): Update to 8.26.

gnu: flex: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/flex.scm (flex): Update to 2.6.2.
  [native-inputs]: Add help2man.
  [origin]: Update uri to github. Remove CVE-2016-6354 patch.
  (flex-2.6.1): Remove variable.
* gnu/packages/patches/flex-CVE-2016-6354.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (solid, kservice)[native-inputs]: Use
  flex.

gnu: gnutls: Update 3.5.6.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls): Update to 3.5.6.

gnu: glibc-hurd: Force mach/hurd/libpthread subdirs to build first.

* gnu/packages/base.scm (glibc/hurd)[arguments]: Replace 'build' phase.

Co-authored-by: Ludovic Court<C3><A8>s <ludo@gnu.org>

gnu: libarchive: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/backup.scm (libarchive): Update to 3.2.2.
[source]: Remove obsolete patches.
* gnu/packages/patches/libarchive-7zip-heap-overflow.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-fix-filesystem-attacks.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-fix-symlink-check.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-safe_fprintf-buffer-overflow.patch:
Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: libarchive: Fix typo in 'libarchive-safe_fprintf-buffer-overflow.patch'.

* gnu/packages/patches/libarchive-safe_fprintf-buffer-overflow.patch:
Use correct URL in patch documentation.

build-system/perl: Don't create non-deterministic 'perllocal.pod' files.

* guix/build/perl-build-system.scm (configure): Add "NO_PERLLOCAL=1"
to Makefile.PL arguments.

gnu: mpfr: Update to 3.1.5.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpfr): Update to 3.1.5.

gnu: sed: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/base.scm (sed)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: grep: Update to 2.26.

* gnu/packages/base.scm (grep): Update to 2.26.

gnu: nettle: Update to 3.3.

* gnu/packages/nettle.scm (nettle): Update to 3.3.
[home-page]: Use https.

gnu: bash: Update to patch level 5.

* gnu/packages/bash.scm (%patch-url-seqno): Update for bash-4.4.
(%patch-series-4.4): Add patches 1 to 5.

gnu: icu4c: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: icu4c: Update to 58.1.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c): Update to 58.1.
[source]: Download from their website.
[arguments]: Remove extra bash replacement.

gnu: cyrus-sasl: Incorporate grafted patch.

* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[source]: Use
'cyrus-sasl-CVE-2013-4122.patch'.
[replacement]: Remove field.
(cyrus-sasl/fixed): Remove variable.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: cyrus-sasl: Fix CVE-2013-4122.

* gnu/packages/patches/cyrus-sasl-CVE-2013-4122.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[replacement]: New field.
(cyrus-sasl/fixed): New variable.
[source]: Use patch.

gnu: ffmpeg: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.2.1.

gnu: gst-plugins-good: Fix CVE-2016-{9634,9635,9636} and other security issues.

* gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-crashes.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-invalid-read.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-signedness.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-flic-bounds-check.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good): Use them.

services: Factorize configuration abstraction.

* gnu/services/mail.scm and gnu/services/cups.scm (&configuration-error)
(configuration-error, configuration-field-error)
(configuration-missing-field, configuration-field, serialize-configuration)
(validate-configuration, define-configuration, uglify-field-name)
(serialize-field, serialize-package, serialize-string)
(serialize-space-separated-string-list, space-separated-string-list?)
(serialize-file-name, file-name?, serialize-field-name)
(generate-documentation): Move duplicate code...
* gnu/services/configuration.scm: ...to this new file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add configuration.scm.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: psyclpc: Update comment.

This is a followup to commit eaa45301f46f13a3f71bcae6089d312f31174801.

* gnu/packages/messaging.scm (psyclpc): Update comment.

gnu: Move content of (gnu packages psyc) into (gnu packages messaging).

* gnu/packages/psyc.scm (perl-net-psyc, libpsyc, psyclpc): Move this ...
* gnu/packages/messaging.scm (perl-net-psyc, libpsyc, psyclpc): ... here.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove psyc.scm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: psyclpc: Upgrade to 20160821-2.61cf9aa.

This makes the package reproducible.

* gnu/packages/psyc.scm (psyclpc): Upgrade to 20160821-2.61cf9aa.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-flask: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/python.scm (python-flask): Update to 0.11.1.
[native-inputs]: Add python-click.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pyopenssl: Update to 16.2.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl): Update to 16.2.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-simplejson: Update to 3.10.0.

* gnu/packages/python.scm (python-simplejson): Update to 3.10.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

pull: Add guile-ssh to the dependencies.

Fix regression introduced in 9e76eed.

* build-aux/build-self.scm (guile-ssh): New variable.
(build)[builder]: Add 'guile-ssh' to %load-path and %load-compiled-path.

gnu: Add mumble.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: transmission: Update to 2.92.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission): Update to 2.92.
[inputs]: Add cyrus-sasl.

gnu: roary: Update to 3.7.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (roary): Update to 3.7.0.

gnu: Add proteinortho.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (proteinortho): New variable.

gnu: Add python-polib.

* gnu/packages/python.scm (python-polib, python2-polib): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: sqlite: Update to 3.15.1.

* gnu/packages/databases.scm (sqlite): Update to 3.15.1.
[source]: Download from sqlite.org.
[home-page]: Use HTTPS.
(sqlite-3.15.1): Remove.
* gnu/packages/php.scm (php)[inputs]: Change 'sqlite-3.15.1' to 'sqlite'.

build-system/gnu: Make libraries writable before stripping.

* guix/build/gnu-build-system.scm (strip)[strip-dir]: Change mode of
files before running strip-command.

gnu: Whitespace changes

* gnu/services/kerberos.scm: Fold lines to 80 character limit.

mailmap: Associate all commits by ng0 with ng0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-6 [fixes CVE-2016-9556].

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-6.

doc: mysql-configuration: Fix typo.

* doc/guix.texi (Database Services): Fix typo of 'mysql-configuration'.

services: Add opensmtpd service.

* gnu/services/mail.scm (<opensmtpd-configuration>): New record type.
(%default-opensmtpd-config-file, %opensmtpd-accounts): New variables.
(opensmtpd-shepherd-service, opensmtpd-activation): New procedures.
(opensmtpd-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Mail Services): Document it.

gnu: Add missing module import to (gnu packages ldc).

This is a followup to commit e44b511298590ecc87c2c85d1cbc043a638dd1e0.

* gnu/packages/ldc.scm: Import (gnu packages python).

gnu: ldc: Update to 0.17.2.

* gnu/packages/ldc.scm (ldc): Update to 0.17.2.
* gnu/packages/patches/ldc-disable-tests.patch: Fix timezone file name.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

offload: Drop 'remote-pipe'.

* guix/scripts/offload.scm (remote-pipe): Remove.
(machine-load): Use 'open-remote-pipe*' instead of 'remote-pipe'.

offload: Rewrite to make direct RPCs to the remote daemon.

* guix/scripts/offload.scm (<build-machine>)[daemon-socket]: New field.
(connect-to-remote-daemon): New procedure.
(%gc-root-file, register-gc-root, remove-gc-roots, offload): Remove.
(transfer-and-offload): Rewrite using 'connect-to-remote-daemon' and
RPCs over SSH.
(store-import-channel, store-export-channel): New procedures.
(send-files, retrieve-files): Rewrite using these.

offload: Remove 'with-nar-error-handling' macro.

* guix/scripts/offload.scm (with-nar-error-handling): Remove.
(guix-offload): Use 'with-error-handling' instead.

store: 'open-connection' can taken an open port.

* guix/store.scm (open-unix-domain-socket): New procedure.
(open-connection): Add #:port parameter and honor it.

offload: Reuse SSH session during 'transfer-and-offload'.

* guix/scripts/offload.scm (remote-pipe): Replace 'machine' parameter
with 'session'.  Remove 'open-ssh-session' call.
(register-gc-root): Replace 'machine' with 'session'.  Use '
session-get' instead of 'build-machine-name'.
(remove-gc-roots, offload, send-files, retrieve-files): Likewise.
(transfer-and-offload): Add 'open-ssh-session' call.  Handle 'offload'
errors here.
(machine-load): Add call to 'open-ssh-session'.

offload: Use Guile-SSH instead of GNU lsh.

* guix/scripts/offload.scm (<build-machine>)[ssh-options]: Remove.
[host-key, host-key-type]: New fields.
(%lsh-command, %lshg-command, user-lsh-private-key): Remove.
(user-openssh-private-key, private-key-from-file*): New procedures.
(host-key->type+key, open-ssh-session): New procedures.
(remote-pipe): Remove 'mode' parameter.  Rewrite in terms of
'open-ssh-session' etc.  Update users.
(send-files)[missing-files]: Rewrite using the bidirectional channel
port.
Remove call to 'call-with-compressed-output-port'.
(retrieve-files): Remove call to 'call-with-decompressed-port'.
(machine-load): Remove exit status logic.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile-SSH.
(Daemon Offload Setup): Document 'host-key' and 'private-key'.  Show the
default value on each @item line.
* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_SSH): New macro.
* config-daemon.ac: Use 'GUIX_CHECK_GUILE_SSH'.  Set
'HAVE_DAEMON_OFFLOAD_HOOK' as a function of that.

gnu: guile-ssh: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.10.2.
[home-page]: Update.
[source]: Use the 'url-fetch' method and a GitHub generated
tarball.
[arguments] <autoreconf>: Remove now unneeded 'chmod' call.

gnu: hydrogen: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): Update to 0.9.7.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.8.4.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.8.4.

gnu: lz4: Update to 1.7.4.2.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.7.4.2.

gnu: hplip: Update to 3.16.11.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.16.11.

gnu: qtractor: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.8.0.

gnu: qemu: Install all required info files.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Adjust 'install-info' phase
to find all info files (including "*.info-N").

gnu: Add kicad-library.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-library): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add kicad.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-wxpython.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (python2-wxpython): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add wxwidgets-gtk2.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets-gtk2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: nginx: Update to 1.11.6.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.11.6.
[arguments]: Remove the obsolete option --with-ipv6 from #:configure-flags.

gnu: miniupnpc: Improve synopsis and description.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnp)[synopsis, description]: Edit, fix typos,
add some relevant (search) terms from the home page, and expand acronyms.

gnu: miniupnpc: Use the correct ‘upnpc’ in ‘external-ip’.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[arguments]: Add ‘qualify-paths’ phase.

gnu: miniupnpc: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[arguments]: Use ‘modify-phases’.

gnu: miniupnpc: Update to 2.0.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.0.

gnu: vim: Update to 8.0.0101.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0101.

doc: Fix typos in "Kerberos Services".

* doc/guix.texi (Kerberos Services): Fix typos.

doc: Document encrypted root partitions.

This is a followup to f7f292d359e0eb77617f4ecf6b3164f868ec1784.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Give commands for
encrypted root installation.
(Proceeding with the Installation): Add item about mapped devices.
(File Systems): Mention that 'dependencies' can list <mapped-device>
objects.
* gnu/system/examples/desktop.tmpl (mapped-devices): New field.
(file-systems): Add 'dependencies' field.

doc: Document 'wpa-supplicant-service-type'.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Networking Services): Remove 'wpa-supplicant-service'
procedure, which doesn't exist, and document
'wpa-supplicant-service-type'.

services: network-manager: Depend on 'wpa-supplicant'.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-shepherd-service)
[requirement]: Add 'wpa-supplicant'.

services: network-manager: Install polkit actions.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2016-11/msg00038.html>.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-service-type)[extensions]:
Add POLKIT-SERVICE-TYPE.

services: Move polkit to (gnu services dbus).

* gnu/services/desktop.scm (<polkit-configuration>, %polkit-accounts)
(%polkit-pam-services, polkit-directory, polkit-etc-files)
(polkit-setuid-programs, polkit-service-type, polkit-service): Move
to...
* gnu/services/dbus.scm: ... here.

gnu: hdf5: Build the C++ interface.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: vim: Update to 8.0.0096.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0096.

Add system start-up files for "guix publish".

* .gitignore: add etc/guix-publish.conf and /etc/guix-publish.service.
* etc/guix-publish.conf.in: New file.
* etc/guix-publish.service.in: New file.
* nix/local.mk (etc/guix-%.service, etc/guix-%.conf): Generalized former
  build-rules for by using patterns.
  (nodist_systemdservice_DATA): Add etc/guix-publish.service, update
  comment.
  (nodist_upstartjob_DATA): Add etc/guix-publish.conf, update comment.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Add description for enabling
  "guix publish" on host distros using the new files.

doc: Symlink daemon start-up files.

This patch ensures that always the current profile's daemon will be used.

The .service file contains the path to the guix-daemon within the store. Thus
when copying the file, it will point to the very version of guix-daemon used
at the time of copying – even after system upgrade or when this version has
been garbage collected from the store.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Change example code for installing
  the systemd and Upstart files to use symbolic links instead of copying
  the files.

gnu: ir: Use archived tarball and home page.

* gnu/packages/audio.scm (ir)[source]: Use a list of archive mirrors.
[home-page]: Link to an Internet Archive snapshot.

gnu: ir: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/audio.scm (ir)[arguments]: Use ‘modify-phases’.

gnu: libgc-7.2: Remove package.

This package variant was unused.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc-7.2): Delete variable.

tests: Remove 'GUIX_LOCPATH' hack that had been added for glibc@2.23.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)[test]("locale"): Remove
'GUIX_LOCPATH' hack, which is no longer needed since
commit 9f58fe3d1c32e3f0ced065e286532a10cad1b5e3.

install: Enable "cryptodisk" handling in GRUB.

This allows 'grub-install' to do the right thing when / or /boot is a
LUKS-encrypted partition.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21843>.

* gnu/build/install.scm (install-grub): Add 'setenv' to set
'GRUB_ENABLE_CRYPTODISK'.
(wait-for-screen-text): New test.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Add #:initialization parameter
and honor it.
* gnu/tests/install.scm (%encrypted-root-os)[kernel-arguments]: Remove.
(%encrypted-root-installation-script): Pass '--uuid' to 'cryptsetup
luksFormat'.  Remove 'sed' invocation.
(enter-luks-passphrase): New procedure.
(%test-encrypted-os)[value]: Pass #:initialization to 'run-basic-test'.

mapped-devices: Use 'cryptsetup-static' in 'luks-device-mapping'.

* gnu/system/mapped-devices.scm (open-luks-device): Use
CRYPTSETUP-STATIC instead of CRYPTSETUP.  Use 'file-append'.
(close-luks-device): Likewise.

marionette: Add 'marionette-screen-text' using OCR.

* gnu/build/marionette.scm (marionette-screen-text): New procedure.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["screen text"]: New test.