build-system/cargo: Use 'strip-store-file-name'.

This is a follow-up to f58b2f38e4dfdbb8473fb2816d44fae6ad9cbc79.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): Use bespoke
'strip-store-file-name' function.

gnu: Add sh-z shell tool

* gnu/packages/shellutils.scm (sh-z): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Thunar: Update to 1.8.9.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.9.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openblas: Set 'NUM_THREADS'.

Until now, OpenBLAS would use at most the N threads, where N is the
number of cores that happened to be available on the build
machine (typically N=8).

* gnu/packages/maths.scm (openblas/fixed-num-threads): New variable.
(openblas)[replacement]: New field.
(openblas-ilp64): Use 'package/inherit'.

gnu: python-matplotlib-documentation: Add missing input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib-documentation)[native-inputs]:
Add python-sphinx-copybutton.
(python2-matplotlib-documentation)[native-inputs]: Remove
python-sphinx-copybutton.

gnu: Add python-sphinx-copybutton.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx-copybutton): New variable.

gnu: python-matplotlib: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib): Update to 3.1.1.
[native-inputs]: Remove python-nose; add python-pytest and unzip; add
jquery-ui.
[arguments]: Add build phases "fix-and-disable-failing-tests" and
"install-jquery-ui", and move the "check" phase after the "install" phase;
use the default backend in setup.cfg.
(python2-matplotlib): Keep at version 2.2.3.
(python-matplotlib-documentation)[arguments]: Remove "check" phase.

gnu: Add r-assertr.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertr): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-interactive-align: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-interactive-align): Update to 0.4.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-doom-themes.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-themes): New variable.

Co-authored-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

linux-container: "run-container" scripts shows the container's PID.

* gnu/build/linux-container.scm (call-with-container): Add
 #:process-spawned-hook and honor it.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[script]:
Define 'explain' and pass it as #:process-spawned-hook'.

services: Fix /usr/bin/env special file target.

This is a followup to a9162155975a131afa1e6a44262afbb7af91f7fd.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Fix "/usr/bin/env" target.

linux-container: Exclude more services when sharing networking with the host.

* gnu/system/linux-container.scm (containerized-operating-system)[useless-services]:
Add more services to the list when SHARED-NETWORK? is true.

file-systems: Add /var/run/nscd to '%network-file-mappings'.

This allows containers created by "guix environment -CN" or by
"guix system container -N" to talk to the host nscd.

* gnu/system/file-systems.scm (%network-file-mappings): Add
"/var/run/nscd".
* gnu/build/shepherd.scm (default-mounts)[nscd-socket]: Remove.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[nscd-run-directory]
[nscd-mapping, nscd-os, nscd-specs]: Remove.
[script]: Filter out from SPECS bind-mounts where the device does not
exist.
* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container)
[optional-mapping->fs]: New procedure.
[mappings]: Remove %NETWORK-FILE-MAPPINGS.
[file-systems]: Add %NETWORK-FILE-MAPPINGS here, filtered through
'optional-mapping->fs'.

build: cargo-build-system: Strip store hash from vendor-dir.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): When copying the
sources into the vendor-dir strip off the hash before the package name.

gnu: gmsh: Fetch source from Git.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: python-pytest-virtualenv: Enable tests.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-virtualenv)
[phases]{patch-virtualenv-executable}: New phase.
[propagated-inputs]: Move python-virtualenv from here...
[inputs]: ...to here.

gnu: python-pathpy: Add a missing propagated input.

This fixes the build of 'python-pytest-shutil', amongst others.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathpy)[propagated-inputs]: Add
python-importlib-metadata.

gnu: gfbgraph: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (gfbgraph)[source]: Hard-code NAME.

gnu: openconnect: Update to 8.05 [fixes CVE-2019-16239].

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Update to 8.05.

gnu: hypre: Update texlive-union.

* gnu/packages/maths.scm (hypre)[native-inputs]: Replace texlive-generic-xypic
and texlive-fonts-xypic with texlive-xypic; add texlive-cm to the
texlive-union.

gnu: texlive-xypic: Install all files.

Reported by numerobis on the #guix IRC channel.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-xypic)[source]: Install "tex/generic/xypic"
files.
[arguments]: Remove #:tex-directory.

gnu: python-language-server: Update to 0.28.3-1.c3cab77.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.28.3-1.c3cab77.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6: Permit substitution.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6)[arguments]:
Remove field.

gnu: r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6)[source]: Use
BIOCONDUCTOR-URI.

gnu: python-ipython-documentation: Make reproducible.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37373/>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipython)[arguments]: Add phase
"make-docs-reproducible" to remove timestamps from documentation generated in
dependent python-ipython-documentation package.

gnu: recode: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/textutils.scm (recode)[source]: Hard-code NAME.

gnu: recode: Update to 3.7.5.

* gnu/packages/textutils.scm (recode): Update to 3.7.5.
[native-inputs]: Use python@3 and python-cython@3.

gnu: glslang: Use GIT-FILE-NAME.

* gnu/packages/vulkan.scm (glslang)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: nghttp2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/web.scm (nghttp2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: neofetch: Update to 6.1.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 6.1.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.09.12.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.09.12.

gnu: openssl: Update to 1.1.1d [fix CVE-2019-{1547,1549,1552,1563}].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.1d.

doc: Actually suggest ‘fc-cache -r’.

A follow-up commit to 0cd3e99d64081e958919845ddd01ae8d2fb2d692.

* doc/guix.texi (Application Setup): Fix my own typo.

doc: Run fc-cache verbosely and delete existing caches.

* doc/guix.texi (Application Setup): Suggest ‘fc-cache -rv’ instead
of ‘fc-cache -f’.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

services: libvirtd: Use '/run/current-system/profile/bin' as PATH.

This is a followup to ef640db2f509f51ebfe3a6a66ba837ef3103bbb7.

* gnu/services/virtualization.scm (libvirt-shepherd-service): Set
'#:environment-variables' for 'make-forkexec-constructor'.

gnu: foo2zjs: Update to 20190909.

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs): Update to 20190909.

gnu: workrave: Correct the types of inputs used.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave)[propagated-inputs]: Move them all to...
[inputs]: ...here.
[native-inputs]: Move libxscrnsaver to the 'inputs' field.

gnu: workrave: Update to version 1.10.34.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave): Update version and hash strings.
[inputs]: Remove python-cheetah.
[native-inputs]: Add boost, python-3 and python-jinja2; remove the "bin"
output of glib.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.19.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.19.

gnu: emacs-smart-mode-line: Update to 2.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-smart-mode-line): Update to 2.13.

gnu: guile-json: Use "mirror://savannah" URL.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json, guile-json-3): Change URL to
mirror://savannah.

gnu: guile-json: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json-3): Update to 3.2.0.

gnu: guile-gcrypt: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (guile-gcrypt): Update to 0.2.0.

gnu: libvirt: Don't wrap with PATH.

This reverts commit 903e051a71467bc96a054c9b4ed89348fdae8977 to fix
<https://bugs.gnu.org/31365>.  The full path of the 'ip' command is already
embedded, and we want to search 'qemu' in PATH.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Remove 'wrap-libvirtd phase.  Add
configure flags to run qemu as 'nobody:kvm'.
* gnu/services/virtualization.scm (libvirt-service-type): Add 'qemu' to the
system profile.

gnu: emacs-elpy: Update to 1.31.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpy): Update to 1.31.0.

gnu: python-jedi: Update to 0.15.1 and re-enable tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi): Update to 0.15.1; re-enable
tests.

gnu: python-parso: Run the test suite.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso)[phases]: Replace the check phase.

gnu: python-parso: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso): Update to 0.5.1.

gnu: Add openscad.

* gnu/packages/engineering.scm (openscad): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: nftables: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/linux.scm (nftables): Update to 0.9.2.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.4.

gnu: libsoup: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup)[source]: Hard-code NAME.

gnu: tracker: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker)[source]: Hard-code NAME.

gnu: gvfs: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (gvfs)[source]: Hard-code NAME.

gnu: umockdev: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/check.scm (umockdev): Update to 0.13.2.

gnu: yoshimi: Update to 1.6.0.1.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.6.0.1.

gnu: perl-archive-zip: Update to 1.65.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-archive-zip): Update to 1.65.

gnu: haveged: Use @acronym in description.

* gnu/packages/linux.scm (havege)[description]: Substitute @acronym
for @dfn mark-up.

gnu: haveged: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/linux.scm (haveged)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: haveged: Update to 1.9.6.

* gnu/packages/linux.scm (haveged): Update to 1.9.6.

gnu: emacs-helm-company: Update to 0.2.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-company): Update to 0.2.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add opencsg.

* gnu/packages/graphics.scm (opencsg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-language-server: Update to 0.28.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.28.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: cmake: Add package variant that knows about X.509 certificates.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37371>.

* gnu/packages/patches/cmake-curl-certificates.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cmake.scm (cmake/fixed): New variable.

gnu: links: Update to 2.20.1 [security fix for tor users].

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.20.1.

gnu: strongswan: Update to 5.8.1.

* gnu/packages/networking.scm (strongswan): Update to 5.8.1.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.09.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.09.01.

gnu: i3blocks: Update to 1.5.

* gnu/packages/wm.scm (i3blocks): Update to 1.5.
[source]: Use git tag.
[arguments]: Remove entirely.

gnu: weechat: Update to 2.6.

* gnu/packages/irc.scm (weechat): Update to 2.6.
[source]: Remove obsolete patch.
[inputs]: Replace python-2 with python(@3).
[arguments]: Remove ‘wrap’ phase.
* gnu/packages/patches/weechat-python.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

import: KDE updater finds packages even in sub-directory.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/issue/30345> and
finally fixes <http://issues.guix.gnu.org/issue/25020>.

Formerly packages living in a path like
/stable/frameworks/5.60/portingAids/kross-5.60.0.tar.xz
have not been found.

* guix/import/kde.scm (uri->kde-path-pattern): New procedure.
  (latest-kde-release): Use pattern to search for file.

upstream: Move KDE updater into a separate module.

As it was done for (guix import gnome).

* guix/import/kde.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/gnu-maintenance.scm (%kde-updater) (%kde-file-list-uri)
  (download.kde.org-files) (latest-kde-release): Remove.

gnu-maintenance: KDE updater no longer relies on FTP access.

Fetch the ls-lR.bz2 file list for download.kde.org, convert it into a list of
file paths and cache the list.

* guix/gnu-maintenance.scm (%kde-file-list-uri): New variable.
  (download.kde.org-files): New procedure.
  (latest-kde-release): Change to use DOWNLOAD.KDE.ORG-FILES and search
  for files in this list.

guix: Rename and move sans-extension to tarball-sans-extension.

* guix/gnu-maintenance.scm (sans-extension): Move and rename to ...
* guix/utils.scm (tarball-sans-extension): ... here.

gnu: ghc@8.6: Add missing 'native-search-paths'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37064>.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.6)[native-search-paths]: Set search
paths explicitly instead of inheriting them.

gnu: rclone: Update to 1.49.2.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.49.2.

gnu: fakeroot: Update to 1.24.

* gnu/packages/linux.scm (fakeroot): Update to 1.24.
[source]: Adjust and use HTTPS.

gnu: eclib: Update to 20190909.

* gnu/packages/algebra.scm (eclib): Update to 20190909.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.9.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.9.

gnu: monero-gui: Update to 0.14.1.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.14.1.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero: Activate Trezor support.

* gnu/packages/finance.scm (monero):
  [native-inputs]: Add python and protobuf.
  [inputs]: Add libusb and protobuf.
  [arguments]: Add delete-dead-links phase.
  (monero-gui)[inputs]: Add libusb and protobuf.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero: Fix detection of readline library.

* gnu/packages/finance.scm (monero)[arguments]: Define 'Readline_ROOT_DIR'
  in 'configure-flags'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add copyright header.

* gnu/packages/xfce.scm: Add copyright header.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: orage: Fix build.

* gnu/packages/xfce.scm (orage)[arguments]: Add phase fixing build with libical3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ristretto: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/xfce.scm (ristretto): Update to 0.10.0.
[inputs] Add gtk+. Remove gtk+-2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mousepad: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): Update to 0.4.2.
[arguments] Remove unnecessary --enable-gtk3 flag from #:configure-flags.
[inputs] Add xfconf.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: crate: Allow imports of a specific version.

* guix/import/crate.scm (crate->guix-package): Add optional 'version'
argument and honor it.
* guix/scripts/import/crate.scm (guix-import-crate): Assume the first
argument is a spec and destructure it with
'package-name->name+version'.  Pass both to 'crate->guix-package'.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

refresh: Distinguish between "no updater" and "failing updater".

Previously, something like "guix refresh texmacs" would report "no
updater".  Now, it reports that the 'gnu-ftp' updater failed to list
releases.

* guix/upstream.scm (lookup-updater): Use 'find' instead of 'any' to
return the <upstream-updater>.
(package-latest-release): Adjust accordingly.
* guix/scripts/refresh.scm (check-for-package-update): When
'package-latest-release' returns #f, distinguish between "no updater"
and "failing updater".

packages: 'package-field-location' really catches 'system-error.

This had been wrong since forever (i.e., 2013).

* guix/packages.scm (package-field-location): Catch 'system-error, not
'system.

gnu: zeromq: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/networking.scm (zeromq)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: zeromq: Update to 4.3.2.

* gnu/packages/networking.scm (zeromq): Update to 4.3.2.
[source]: Download GitHub release tarball.

gnu: libmbim: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim): Update to 1.20.0.

gnu: libmbim: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libsecret: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): Update to 0.19.1.

gnu: libsecret: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret)[source]: Hard-code NAME.

gnu: mes: Update to 0.20.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.20.  Use nyacc-0.99.0.

gnu: mescc-tools: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools): Update to 0.6.1.

gnu: nyacc: Update to 0.99.0.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 0.99.0.

gnu: grammalecte: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.4.0.
[synopsis]: Remove spurious space.

gnu: Add scron.

* gnu/packages/suckless.scm (scron): New package.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>