gnu: sunxi-tools: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/admin.scm (sunxi-tools)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: igt-gpu-tools: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (igt-gpu-tools)[source]: Hard-code name.

gnu: daemontools: Don't assume sources match NAME.

* gnu/packages/admin.scm (daemontools)[source, argumenst]: Hard-code
name.

gnu: nnn: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (nnn)[source]: Hard-code name.

gnu: thefuck: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/admin.scm (thefuck)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: masscan: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/admin.scm (masscan)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: pam-krb5: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (pam-krb5)[source]: Hard-code name.

gnu: audit: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (audit)[source]: Hard-code name.

gnu: hungrycat: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (hungrycat)[source]: Hard-code name.

gnu: avogadro: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/chemistry.scm (avogadro)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: launchmon: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/admin.scm (launchmon)[source]: Hard-code name.

gnu: florence: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/accessibility.scm (florence)[source]: Hard-code name.

gnu: i3blocks: Use GIT-FILE-NAME.

* gnu/packages/wm.scm (i3blocks)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: spice-protocol: Update to 0.12.15.

* gnu/packages/spice.scm (spice-protocol): Update to 0.12.15.

gnu: torsocks: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/tor.scm (torsocks): Update to 2.3.0.
[inputs]: Remove which.
[arguments]: Update 'absolutize' substitutions.

gnu: torsocks: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/tor.scm (torsocks)[source]: Hard-code name.

gnu: sdl2-ttf: Update to 2.0.15.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-ttf): Update to 2.0.15.

gnu: rcas-web: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web): Update to 0.1.0.
[inputs]: Replace guile2.2-redis with guile-redis.

gnu: swaks: Update to 20181104.0.

* gnu/packages/mail.scm (swaks): Update to 20181104.0.

gnu: Add dune-pdelab.

* gnu/packages/maths.scm (dune-pdelab): New variable.

gnu: Add dune-functions.

* gnu/packages/maths.scm (dune-functions): New variable.

gnu: Add dune-typetree.

* gnu/packages/maths.scm (dune-typetree): New variable.

gnu: Add dune-alugrid.

* gnu/packages/maths.scm (dune-alugrid): New variable.

gnu: Add usbmuxd.

* gnu/packages/libusb.scm (usbmuxd): New variable.

gnu: Add ifuse.

* gnu/packages/libusb.scm (ifuse): New variable.

gnu: libimobiledevice: Propagate "libplist".

* gnu/packages/libusb.scm (libimobiledevice)[propagated-inputs]: Add
libplist.
[inputs]: Remove libplist.

gnu: guile-redis: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-redis): Update to 1.3.0.

gnu: Add dune-localfunctions.

* gnu/packages/maths.scm (dune-localfunctions): New variable.

gnu: Add dune-istl.

* gnu/packages/maths.scm (dune-istl): New variable.

gnu: Add dune-grid.

* gnu/packages/maths.scm (dune-grid): New variable.

gnu: umoci: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/virtualization.scm (umoci): Update to 0.4.4.

gnu: guile-squee: Fix the license.

The license originally specified in the package definition was incorrect. The
true license is the Lesser GNU General Public License.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-squee): Change license to license:lgpl3+.

git: Always use the system certificates by default.

'guix pull' was always doing it, and now '--with-branch' & co. will do
it as well.

* guix/git.scm (honor-system-x509-certificates!): New procedure.
(%certificates-initialized?): New variable.
(with-libgit2): Add call to 'honor-system-x509-certificates!'.
* guix/scripts/pull.scm (honor-x509-certificates): Call
'honor-system-x509-certificates!' and fall back to
'honor-lets-encrypt-certificates!'.

guix build: '--with-branch' & co. fetch submodules.

* guix/scripts/build.scm (transform-package-source-branch)[replace]: Add
'recursive?' field to the new package.

git: Add a 'recursive?' field to <git-checkout> records.

* guix/git.scm (<git-checkout>)[recursive?]: New field.
(latest-repository-commit*): Add #:recursive? and honor it.
(git-checkout-compiler): Honor the 'recursive?' field of CHECKOUT.

git: Support recursive updates of submodules.

* guix/git.scm: Autoload (git submodule).
(url-cache-directory): Add #:recursive? and honor it.
(call-with-repository): New procedure.
(with-repository): New macro.
(update-submodules): New procedure.
(update-cached-checkout): Add #:recursive? and #:log-port and honor
them.
(latest-repository-commit): Add #:recursive? and honor it.
[dot-git?]: Recognize ".git" regular files when RECURSIVE? is true.

build: clean-go: Do not warn about *.go files in "test-tmp".

* Makefile.am (clean-go): Ignore "test-tmp" directory.

gnu: hdf5: Upgrade to 1.8.21.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5): Upgrade to 1.8.21.
[source]: Make version manipulations more readable using match.

gnu: hdf5: Remove use of deprecated MPI1 symbols.

* gnu/packages/patches/hdf5-1.8-mpi-deprecations.patch,
  gnu/packages/patches/hdf5-mpi-deprecations.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/maths.scm (hdf5, hdf5-1.10)[source]: Use them.

gnu: superlu-dist: Remove use of deprecated MPI1 symbols.

* gnu/packages/patches/superlu-dist-fix-mpi-deprecations.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/maths.scm (superlu-dist)[source]: Use it.

gnu: emacs-fish-completion: Update to 1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fish-completion): Update to 1.0.

gnu: Add gpx.

* gnu/packages/engineering.scm (gpx): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add dune-geometry.

* gnu/packages/maths.scm (dune-geometry): New variable.

gnu: Add dune-common.

* gnu/packages/maths.scm (dune-common): New variable.

gnu: Add coq-autosubst

* gnu/packages/coq.scm (coq-autosubst): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: linux-libre: Update to 4.20.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.20.7.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.20.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.20.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.98.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.98.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.155.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.155.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.173.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.173.

gnu: Add emacs-redshank.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-redshank): New variable.

status: Do not systematically erase the previous line.

After a successful download, we'd erase the download-progress line, and
the end result would be two empty lines following the "downloading …"
line.

Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=33470#27>.

* guix/status.scm (print-build-event)[erase-current-line*]: Set to a
no-op when PRINT-LOG? is true.
Move calls to 'erase-current-line*' to the 'build-succeeded' and
'build-failed' events.

doc: Mention flag to get an ISO image.

* doc/guix.texi (Building the Installation Image): Add
'--file-system-type=iso9660'.

gnu: openmpi: Add dependency on SLURM.

This allows users to run Open MPI programs with 'srun'.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Add SLURM.
[arguments]: Add "--with-pmi" to #:configure-flags.

profiles: Raise an error for unmatched patterns.

Previously, "guix package -r something-not-installed" would silently
complete.  Now an error is raised.

* guix/profiles.scm (&unmatched-pattern-error): New condition type.
(manifest-matching-entries): Rewrite to raise an error when one of
PATTERNS is not matched.
* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Handle 'unmatched-pattern-error?'.
* tests/guix-package.sh: Add test.
* tests/profiles.scm ("manifest-matching-entries"): Don't try to remove
unmatched pattern.
("manifest-matching-entries, no match"): New test.
("manifest-transaction-effects"): Remove 'remove' field.

gnu: flatpak: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/package-management.scm (flatpak): Update to 1.2.0.

gnu: python2-rope: Update to 0.11.0

From 1e6322de0c3227827176fb460a11da21a6bba08d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Date: Wed, 6 Feb 2019 15:23:56 -0600
Subject: [PATCH] gnu: python2-rope: Update to 0.11.0

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-rope): Update to 0.11.0

gnu: python-configargparse: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm
  (python-configargparse): Update to 0.14.0.

gnu: python-wheel: Update to 0.32.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-wheel): Update to 0.32.2.

gnu: Add datefudge.

* gnu/packages/time.scm (datefudge): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: iproute2: Update to 4.20.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 4.20.0.

monads, gexp: Prevent redefinition of syntax parameters.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27476>.

This fixes multi-threaded compilation of this code where syntax
parameters could end up being redefined and where a race condition could
lead a thread to see the "wrong" value of the syntax parameter.

* guix/monads.scm (define-syntax-parameter-once): New macro.
(>>=, return): Use it.
* guix/gexp.scm (define-syntax-parameter-once): New macro.
(current-imported-modules, current-imported-extensions): Use it.

daemon: Emit a 'build-succeeded' event in check mode.

Until now, something like "guix build sed -v1 --check" would not get a
'build-succeeded' event, which in turn meant that the spinner would not
be erased upon build completion.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::registerOutputs): When
'buildMode' is bmCheck and 'settings.printBuildTrace' emit a
"@ build-succeeded" trace upon success.
* tests/store.scm ("build-succeeded trace in check mode"): New test.

gnu: abcde: Update to 2.9.3.

* gnu/packages/cdrom.scm (abcde): Update to 2.9.3.
[source]: Update snippet.

gnu: star: Update to 2.7.0b.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.7.0b.
[arguments]: Add "add-missing-header" build phase.

gnu: wxmaxima: Update to 19.01.3.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.01.3.

gnu: maxima: Update to 5.42.2.

* gnu/packages/maths.scm (maxima): Update to 5.42.2.

gnu: emacs-lispyville: Update to 20181217.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispyville): Update to 20181217.

gnu: emacs-lispy: Update to 20190205.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispy): Update to 20190205.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20190206.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 20190206.

gnu: emacs-evil: Update to 1.2.14.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil): Update to 1.2.14.

gnu: Add guile-squee.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-squee): New variable.

gnu: ocaml-splittable-random: Change @defn to @acronym.

I see an error when running guix package -s relating to this:

  Throw to key `parser-error' with args `(#f "Unknown command" defn)'.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-splittable-random)[description]: Change @defn
to @acronym.

gnu: ocaml-spawn: Add missing @end itemize to description.

As otherwise this error appears when running things like guix package -s:

  texinfo.scm:745:27: Throw to key `parser-error' with args `(#<input: string
  35ad0e0> "EOF while reading a token " "reading char data")'.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-spawn)[description]: Add @end itemize to the
end.

gnu: mpop: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.2.

gnu: musescore: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.0.2.
[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/musescore-fix-use_webengine.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Reference patch.

gnu: Add ocaml-core-kernel.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-core-kernel): New variable.

gnu: Add ocaml-core.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-core): New variable.

gnu: Add ocaml-spawn.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-spawn): New variable.

gnu: Add ocaml-configurator.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-configurator): New variable.

gnu: Add ocaml-jane-street-headers.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-jane-street-headers): New variable.

gnu: Add ocaml-splittable-random.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-splittable-random): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-jane.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-jane): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-bin-prot.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-bin-prot): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-base.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-base): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-typerep-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-typerep-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-js-style.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-js-style): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-expect.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-expect): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-assert.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-assert): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-fail.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-fail): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-let.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-let): New variable.

gnu: add ocaml-ppx-optcomp.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-optcomp): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-optional.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-optional): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-pipebang.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-pipebang): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-sexp-message.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-sexp-message): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-sexp-value.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-sexp-value): New variable.

gnu: Add ocaml-typerep.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-typerep): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-here.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-here): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-bench.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-bench): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-enumerate.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-enumerate): New variable.