gnu: Add asunder.

* gnu/packages/cdrom.scm (asunder): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dnscrypt-proxy: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/dns.scm (dnscrypt-proxy): Update to 1.8.1.

gnu: curl: Update replacement to 7.52.1 [fixes CVE-2016-{9586,9594}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.52.1.
[home-page]: Use HTTPS.
(curl-7.51.0): Replace with ...
(curl-7.52.1): ... this.

gnu: Add wwwoffle.

* gnu/packages/web.scm (wwwoffle): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-hdf4.

* gnu/packages/python.scm (python-hdf4, python2-hdf4): New variables.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: qsyncthingtray: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/sync.scm (qsyncthingtray): Update to 0.5.7.

gnu: xonsh: Fix description.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh)[description]: Two spaces after a period.

gnu: qtimageformats: Add jasper support.

* gnu/packages/qt.scm (qtimageformats)[inputs]: Add jasper.

gnu: xonsh: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.5.0.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: gnupg: Fix build on 32-bit architectures.

* gnu/packages/patches/gnupg-test-segfault-on-32bit-arch.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[source]: Use it.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-learn): Update to 0.18.1.
[arguments]: Remove special "check" phase.
[native-inputs]: Add python-cython.

gnu: shotwell: Update to 0.25.2.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.25.2.

gnu: gcc: Update to 6.3.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc): Update to 6.3.0.

gnu: abcde: Add flac support.

* gnu/packages/cdrom.scm (abcde)[inputs]: Add flac.
[arguments]: Wrap the bunary with flac's bin dir also.

guix build: '--with-source' overrides the 'replacement' of a package.

* guix/scripts/build.scm (package-with-source): Set 'replacement' to #f.
* tests/scripts-build.scm ("options->transformation, with-source,
replacement"): New test.

Merge branch 'version-0.12.0'

gnu: Fix typo in comment.

* gnu/services/sddm.scm: Fix typo.

gnu: qemu: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.8.0.
[source]: Remove patches.
[arguments]: Set host_cc during 'configure.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8576.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8577.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8577.patch: Remove files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: coq: Build coqide

* gnu/packages/ocaml.scm (coq): Build coqide.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lablgtk: use ocamlfind in installation

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk): Use ocamlfind in installation.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lablgtk: Update to 2.18.5

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk): Update to 2.18.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Revert "gnu: curl: Update replacement to 7.52.0 [fixes CVE-2016-{9586,9952,9953}]."

The curl maintainers said this about 7.52.0:

"Attention! We will release a patch update within a few days to fix a
serious security problem found in curl 7.52.0. You may consider holding
off until then."

This message was displayed at <https://curl.haxx.se/download.html> on
2016-12-21.

This reverts commit 42366b35c3f9f8dc8b059d3369b8196a4b832c18.

gnu: mlt: Update to 6.4.1.

* gnu/packages/video.scm (mlt): Update to 6.4.1.

gnu: jsoncpp: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.8.0.

gnu: xf86-video-vmware: Update to 13.2.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware): Update to 13.2.1.
[native-inputs]: Add eudev.

gnu: xcb-util-xrm: Update to 1.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xcb-util-xrm): Update to 1.2.

gnu: xcape: Update to 1.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xcape): Update to 1.2.

gnu: curl: Update replacement to 7.52.0 [fixes CVE-2016-{9586,9952,9953}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.52.0.
(curl-7.51.0): Replace with ...
(curl-7.52.0): ... this.

gnu: guix: Really skip "pivot-root" test.

This is a followup to fe9bdb581e6c4a62795f4ced6f4a5a8eab1a34e4 (which
introduced 'test-equal' for the "pivot-root" test) and to
198eac2bca075d0e71e504f1e8c46fddc62171bb (which updated the regexps for
skipped tests.)

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.12.0)[arguments]: In
'disable-container-tests' phase, add "test-equal" to the regexp, so that
"pivot-root" is really skipped.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to b291b327.

gnu: linux-libre: Avoid invalid "kconfig" input on armhf and mips64el.

This fixes a bug whereby:

  guix build linux-libre -s armhf-linux

would fail with:

  guix build: error: gnu/packages/linux.scm:231:2: package `linux-libre-4.8.15' has an invalid input: ("kconfig" #f)

This led 'tests/guix-system.sh' to fail.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Never add #f
as a "kconfig" input.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.7-0.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.7-0.

gnu: nmap: Update to 7.40.

* gnu/packages/admin.scm (nmap): Update to 7.40.

gnu: linux-libre: Avoid invalid "kconfig" input on armhf and mips64el.

This fixes a bug whereby:

  guix build linux-libre -s armhf-linux

would fail with:

  guix build: error: gnu/packages/linux.scm:231:2: package `linux-libre-4.8.15' has an invalid input: ("kconfig" #f)

This led 'tests/guix-system.sh' to fail.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Never add #f
as a "kconfig" input.

gnu: msmtp: Update to 1.6.6.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.6.6.

gnu: getmail: Update to 4.52.0.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 4.52.0.

gnu: bogofilter: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mail.scm (bogofilter)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mutt: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.7.2.

gnu: mailutils: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mailutils: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.1.1.
[inputs]: Build with current readline.
[arguments]: Set sysconfdir as /etc.
[home-page]: Use https.

gnu: gnupg: Remove unneeded input.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[inputs]: Remove adns.

gnu: borg: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.0.9.
[arguments]: Run the check phase in its own directory. Skip the test
'test_get_security_dir'.

gnu: nss: Add comment about test failures in NSS 3.27.2

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Add comment.

Revert "gnu: nss, nss-certs: Update to 3.27.2."

This reverts commit 7ab3ea426640e4e7ae798a8f72b3c90b383cb824.

import: github: Use 'json-fetch'.

* guix/import/github.scm (json-fetch*): Remove.
(latest-released-version): Adjust accordingly.

environment: Add '--root' option.

* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add --root.
(register-gc-root): New procedure.
(guix-environment): Call 'register-gc-root' when OPTS has a 'gc-root'
option.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.
* tests/guix-environment.sh: Add tests.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to c8e2219c.
(guix): Set to GUIX-DEVEL.

gnu: guix: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.11.0): Rename to...
(guix-0.12.0): ... this.  Adjust users.
(guix): Set to GUIX-0.12.0.

gnu: Add alsa-plugins.

* gnu/packages/linux.scm (alsa-plugins): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

mailmap: Add alias for Marius Bakke.

* .mailmap: Map m.bakke@warwick.ac.uk to current address.

gnu: gnupg: Update to 2.1.17.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.17.

build: Delete all the .service and .conf files upon 'make clean'.

* nix/local.mk (CLEANFILES): Define to add $(nodist_systemdservice_DATA)
and $(nodist_upstartjob_DATA).

build: Delete all the .service and .conf files upon 'make clean'.

* nix/local.mk (CLEANFILES): Define to add $(nodist_systemdservice_DATA)
and $(nodist_upstartjob_DATA).

import: pypi: Match new 'pypi-uri' domain in updater.

* guix/import/pypi.scm (pypi-package?): Match pypi.io domain.

doc: Replace fingerprint of OpenPGP signing key.

* doc/guix.texi (OPENPGP-SIGNING-KEY-ID): Update to Ricardo's key for
the 0.12.0 release.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.12.0.

Update NEWS.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: cuirass: Add Cuirass to the system profile.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-service-type): Extend
PROFILE-SERVICE-TYPE.

services: cuirass: Add 'cuirass' field.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cuirass]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

gnu: cuirass: Make sure 'cuirass' has 'evaluate' in $PATH.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Add OUT/bin to 'PATH'.

services: cuirass: Create the database directory.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-activation): Create the database
directory for CONFIG.

gnu: Fix load-extension path in packaging of guile-ncurses.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses) [arguments]: Install shared object before
attempting to build the package.  Patch load-extension path before building instead
of after.

gnu: argon2: Update to 20161029.

* gnu/packages/password-utils.scm (argon2): Update to 20161029.

gnu: cppcheck: Update to 1.76.1.

* gnu/packages/check.scm (cppcheck): Update to 1.76.1.

gnu: hunspell: Add missing perl dependency.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell)[inputs]: Add perl dependency
for ispellaff2myspell.

gnu: hunspell: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell): Update to 1.5.4.
[source]: Add a file-name.

gnu: Add Ancient Greek Aspell dictionary.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-grc): New variable.

gnu: aspell-dictionary: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dictionary)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: weechat: Use new xz-compressed tarball.

* gnu/packages/irc.scm (weechat)[source]: Use ‘.tar.xz’ source.

gnu: cutadapt: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: enlightenment: Update to 0.21.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.5.

gnu: tor: Update to 0.2.9.8.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.9.8.

services: guix: Add 'log-file' configuration option.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[log-file]: New field.
(guix-shepherd-service): Pass #:log-file to 'make-forkexec-constructor'.
* gnu/services/admin.scm (simple-rotation-config): Take a list of
files and join them with commas.
(%default-rotations): Add /var/log/guix-daemon.log.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

services: guix: Remove dependency on lsh.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[lsh]: Remove.
(guix-shepherd-service): Remove lsh from 'PATH'.
* doc/guix.texi (Base Services): Adjust accordingly.

services: cuirass: Cache defaults to /var/cache/cuirass.

The previous default value depended on the 'HOME' environment variable,
which happened to be unset.  Thus, /.cache was being used.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cache-directory]:
Change default value to "/var/cache/cuirass".
(cuirass-shepherd-service): Always pass "--cache-directory".
(cuirass-activation): New procedure.
(cuirass-service-type): Use it as an extension to
ACTIVATION-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Adjust accordingly.

services: cuirass: Honor 'user' and 'group'.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-shepherd-service): Pass the user and
group of CONFIG to 'make-forkexec-constructor'.

services: cuirass: Add 'log-file' option.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[log-file]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Pass it to 'make-forkexec-constructor'.

gnu: cuirass: Add Git to 'PATH'.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: In 'wrap-program' phase, add
Git to 'PATH'.
[inputs]: Add GIT.

gnu: utox: Fix description.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Fix description.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: utox: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update to 0.11.0.
[source]: Update source uri to new group namespace on github.
[build-system]: Change to cmake-build-system.
[arguments]: Remove previous content and disable tests,
add two new phases.
[inputs]: Remove libtoxcore, add c-toxcore.
[native-inputs]: Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add c-toxcore.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

install: The list of services is now a plain list.

* gnu/system/install.scm (installation-services): Rename to...
(%installation-services): ... this.  Turn into a list instead of a thunk.

gnu: Add grub-efi.

* gnu/packages/grub.scm (grub-efi): New variable.

Revert "gnu: grub: Add dependency on efibootmgr."

This reverts commit 3eee16130d858ae96510ec1c7d38d31290de2699.

Reverted in favor of separate grub-efi package. See discussion at
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-12/msg00765.html .

gnu: grub: Use qemu-minimal for tests.

* gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests): Remove variable.
(grub)[native-inputs]: Replace QEMU-FOR-TESTS with QEMU-MINIMAL.

gnu: linux-libre: Fix typo.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-hash): Remove excess quote.

gnu: cutadapt: Update to 1.12.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.12.
[inputs]: Add python-xopen.

gnu: Add python-xopen.

* gnu/packages/python.scm (python-xopen, python2-xopen): New variables.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.15.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.15.

Revert "gnu: linux-libre: Update to 4.9."

This reverts commit 5a3849443ac8bdcffea0376b3c7efa30688c10bb.

Module loading is broken on i686 with some configurations, including our
default configuration.  See <https://bugs.gnu.org/25231>.

gnu: kdbusaddons: Embed kinit store dir, avoid dependency cycles.

kdbusaddons needs to know the location of the kdeinit5 executable,
provided by kinit. kinit depends on kdbusaddons, so we add bootstrap
versions of all packages in the dependency chain from kinit to
kdbusaddons to avoid cyclic dependencies.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kinit-bootstrap,
  kdbusaddons-bootstrap): New variables.
  (kdbusaddons)[inputs]: Add kinit-bootstrap.
  [source,arguments]: Add patch and substitution to embed
  kinit-bootstrap's store directory in the code.
* gnu/packages/patches/kdbusaddons-kinit-file-name.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: Slightly simplify 'gexp-inputs'.

* guix/gexp.scm (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: Remove unneeded
'if' in the non-native nested gexp case.

gexp: Native inputs of nested gexps are properly accounted for.

Previously, 'gexp-native-inputs' would not return the native inputs of
nested gexps.  For example, this:

  (gexp-native-inputs #~(foo #$#~(bar #+coreutils)))

would return '().

* guix/gexp.scm (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: In the
non-recursive cases, check whether N? and NATIVE? are the same, and act
accordingly.
[native-input?]: Remove.
Fold over all of (gexp-references exp).
* tests/gexp.scm ("ungexp + ungexp-native, nested, special mixture"):
New test.
* tests/gexp.scm ("input list splicing + ungexp-native-splicing"): Pass
 #:native? #t to 'gexp-input'.

services: Use 'file-append' in more places.

* gnu/services/avahi.scm (avahi-shepherd-service): Use #$(file-append x y)
instead of (string-append #$x y).
* gnu/services/base.scm (unicode-start)
(console-keymap-service-type, console-font-shepherd-services)
(mingetty-shepherd-service, nscd-shepherd-service)
(hydra-key-authorization, guix-shepherd-service)
(guix-publish-shepherd-service, udev-shepherd-service)
(gpm-shepherd-service, <kmscon-configuration>)
(kmscon-service-type): Likewise.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): Likewise.

doc: Mention 'grub' field of 'grub-configuration'.

* doc/guix.texi (GRUB Configuration): Add 'grub' field.

doc: Make 'guix pull' more visible.

Suggested by Dave Love <fx@gnu.org>.
Fixes <http://bugs.gnu.org/25139>.

* doc/guix.texi (Installation): Mention 'guix pull'.
(Proceeding with the Installation): Mention updates with 'guix pull' and
'guix system reconfigure'.
(Invoking guix pull): Add "updating" to the concept index.

doc: Mention 'swapon'.

Suggested by David Braun <Guix-box@snkmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-12/msg00744.html>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Add 'swapon'.

gnu: openssh: Update to 7.4p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.4p1.
[source]: Remove 'openssh-memory-exhaustion.patch'.
* gnu/packages/patches/openssh-memory-exhaustion.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: samba: Update to 4.5.3 [fixes CVE-2016-{2123,2125,2126}].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.5.3.

nls: Update 'fr' translation.