gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.100.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.100.5.0.

gnu: r-git2r: Update to 0.23.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-git2r): Update to 0.23.0.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-roxygen2: Update to 6.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-roxygen2): Update to 6.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-pkgload and r-purrr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ade4: Update to 1.7-13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ade4): Update to 1.7-13.

gnu: r-xtable: Update to 1.8-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xtable): Update to 1.8-3.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.2.2.

gnu: r-yaml: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-yaml): Update to 2.2.0.

gnu: r-evaluate: Update to 0.11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-evaluate): Update to 0.11.

gnu: r-scales: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-scales): Update to 1.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-dichromat and r-plyr.

gnu: r-stringi: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.2.4.

gnu: Add r-pkgload.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgload): New variable.

gnu: Add r-pkgbuild.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgbuild): New variable.

gnu: r-httpuv: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.4.5.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-scran: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.8.4.

gnu: r-scater: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.8.4.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.8.1.

gnu: r-ggbio: Update to 1.28.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggbio): Update to 1.28.5.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-biovizbase: Update to 1.28.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biovizbase): Update to 1.28.2.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-keggrest: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): Update to 1.20.1.

gnu: r-edaseq: Update to 2.14.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edaseq): Update to 2.14.1.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/graph.scm (r-igraph): Update to 1.2.2.

gnu: r-diffusionmap: Update to 1.1-0.1.

* gnu/packages/graph.scm (r-diffusionmap): Update to 1.1-0.1.

gnu: r-seurat: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 2.3.4.
[source]: Remove snippet.
[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Remove.
[propagated-inputs]: Remove r-caret, r-diffusionmap, r-fnn, r-gdata, r-ranger,
r-stringr, r-tclust, and rvgam; add r-httr.

gnu: r-msnbase: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): Update to 2.6.3.

gnu: r-maldiquant: Update to 1.18.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-maldiquant): Update to 1.18.

gnu: r-seqminer: Update to 6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqminer): Update to 6.1.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.32.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.32.2.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.40.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.40.6.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.6.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.6.5.

gnu: r-rsamtools: Update to 1.32.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 1.32.3.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.14.2.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.32.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.32.6.

gnu: r-limma: Update to 3.36.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.36.3.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.26.1.

gnu: r-edger: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.22.3.

gnu: r-iranges: Update to 2.14.11.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.14.11.

gnu: r-biocviews: Update to 1.48.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.48.3.

gnu: r-annotationforge: Update to 1.22.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationforge): Update to 1.22.2.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.14.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.14.1.

gnu: Add r-clipr.

* gnu/packages/cran.scm (r-clipr): New variable.

gnu: Add r-rdpack.

* gnu/packages/cran.scm (r-rdpack): New variable.

gnu: Add r-gbrd.

* gnu/packages/cran.scm (r-gbrd): New variable.

gnu: Add r-polynom.

* gnu/packages/cran.scm (r-polynom): New variable.

gnu: Add r-fansi.

* gnu/packages/cran.scm (r-fansi): New variable.

gnu: guix-daemon: Add dependency on Guile-Gcrypt.

This is a followup to 53166aec987957efba917c83f093817d6cf6e943, which
made Guile-Gcrypt a hard dependency.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[inputs]: Add
GUILE-GCRYPT.

gnu: cuirass: Add dependency on Guile-Gcrypt.

This is a followup to 53166aec987957efba917c83f093817d6cf6e943, which
added a hard dependency of Guix on Guile-Gcrypt.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[inputs]: Add GUILE-GCRYPT.
[arguments]: In 'wrap-program' phase, use 'string-join' to compute
'mods'.  Define 'objs' for use in GUILE_LOAD_COMPILED_PATH, and take
objects from lib/guile/X.Y/site-ccache.

gnu: guile-fibers: Install .go files to "…/site-ccache".

* gnu/packages/guile.scm (guile-fibers)[arguments]: New field.

slepc: Upgrade to 3.9.2.

* gnu/packages/maths.scm (slepc): Upgrade to 3.9.2.

petsc: Upgrade to 3.9.3.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Upgrade to 3.9.3.
[arguments]: Remove unnecessary configure flags.

petsc: Move example code to "examples" output.

* gnu/packages/maths.scm (petsc)[arguments]: New 'move-examples' phase.

gnu: Add SUNDIALS.

* gnu/packages/maths.scm (sundials, sundials-openmpi): New variables.

gnu: packages: mp3: Use HTTPS where possible.

* gnu/packages/mp3.scm (libmad)[home-page]: Use HTTPS.
(libid3tag)[home-page]: Likewise.
(mp3info)[source, home-page]: Likewise.
(mpg123)[source]: Likewise.
(libmpcdec)[source, home-page]: Likewise.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: eyed3: Update home page.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3)[home-page]: Update to redirected HTTPS URL.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: guix: Update to 3d43017.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 3d43017.

tests: Adjust 'add-file-tree-to-store' test for lack of /bin/sh.

* tests/store.scm (%shell): New variable.
("add-file-tree-to-store"): Use it instead of "/bin/sh".  This fixes
builds in the chroot build environment.

gnu: xorg: Fix typo.

* gnu/packages/xorg.scm: Fix typo in Benjamin's email address.

channels: Add 'latest-channel-derivation' convenience procedure.

* guix/channels.scm (latest-channel-derivations): Remove.
(latest-channel-instances*, latest-channel-derivation): New procedures.

gnu: python-tables: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/python.scm (python-tables): Update to 3.4.4.

gnu: python-pybigwig: Update to 0.3.12.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybigwig): Update to 0.3.12.
[propagated-inputs]: Add python-numpy.

gnu: libbigwig: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libbigwig): Update to 0.4.2.
[source]: Fetch from git.
[arguments]: Disable tests; remove build phases "disable-curl-test" and
"create-target-dirs".
[native-inputs]: Add python-2.

gnu: nss-pam-ldapd: Update to 0.9.10.

* gnu/packages/openldap.scm (nss-pam-ldapd): Update to 0.9.10.

gnu: dolphin-emu: Update to commit 5f0d825.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit 5f0d825.

gnu: Zsh: Patch some tests that began failing in 5.6.

* gnu/packages/shells.scm (zsh)[arguments]: Patch the tests rather than deleting
them.

gnu: Zsh: Update to 5.6 [fixes CVE-2018-{0502,13259}].

* gnu/packages/shells.scm (zsh): Update to 5.6.
[arguments]: Skip some tests.

Switch to Guile-Gcrypt.

This removes (guix hash) and (guix pk-crypto), which now live as part of
Guile-Gcrypt (version 0.1.0.)

* guix/gcrypt.scm, guix/hash.scm, guix/pk-crypto.scm,
tests/hash.scm, tests/pk-crypto.scm: Remove.
* configure.ac: Test for Guile-Gcrypt.  Remove LIBGCRYPT and
LIBGCRYPT_LIBDIR assignments.
* m4/guix.m4 (GUIX_ASSERT_LIBGCRYPT_USABLE): Remove.
* README: Add Guile-Gcrypt to the dependencies; move libgcrypt as
"required unless --disable-daemon".
* doc/guix.texi (Requirements): Likewise.
* gnu/packages/bash.scm, guix/derivations.scm, guix/docker.scm,
guix/git.scm, guix/http-client.scm, guix/import/cpan.scm,
guix/import/cran.scm, guix/import/crate.scm, guix/import/elpa.scm,
guix/import/gnu.scm, guix/import/hackage.scm,
guix/import/texlive.scm, guix/import/utils.scm, guix/nar.scm,
guix/pki.scm, guix/scripts/archive.scm,
guix/scripts/authenticate.scm, guix/scripts/download.scm,
guix/scripts/hash.scm, guix/scripts/pack.scm,
guix/scripts/publish.scm, guix/scripts/refresh.scm,
guix/scripts/substitute.scm, guix/store.scm,
guix/store/deduplication.scm, guix/tests.scm, tests/base32.scm,
tests/builders.scm, tests/challenge.scm, tests/cpan.scm,
tests/crate.scm, tests/derivations.scm, tests/gem.scm,
tests/nar.scm, tests/opam.scm, tests/pki.scm,
tests/publish.scm, tests/pypi.scm, tests/store-deduplication.scm,
tests/store.scm, tests/substitute.scm: Adjust imports.
* gnu/system/vm.scm: Likewise.
(guile-sqlite3&co): Rename to...
(gcrypt-sqlite3&co): ... this.  Add GUILE-GCRYPT.
(expression->derivation-in-linux-vm)[config]: Remove.
(iso9660-image)[config]: Remove.
(qemu-image)[config]: Remove.
(system-docker-image)[config]: Remove.
* guix/scripts/pack.scm: Adjust imports.
(guile-sqlite3&co): Rename to...
(gcrypt-sqlite3&co): ... this.  Add GUILE-GCRYPT.
(self-contained-tarball)[build]: Call 'make-config.scm' without
 #:libgcrypt argument.
(squashfs-image)[libgcrypt]: Remove.
[build]: Call 'make-config.scm' without #:libgcrypt.
(docker-image)[config, json]: Remove.
[build]: Add GUILE-GCRYPT to the extensions  Remove (guix config) from
the imported modules.
* guix/self.scm (specification->package): Remove "libgcrypt", add
"guile-gcrypt".
(compiled-guix): Remove #:libgcrypt.
[guile-gcrypt]: New variable.
[dependencies]: Add it.
[*core-modules*]: Remove #:libgcrypt from 'make-config.scm' call.
Add #:extensions.
[*config*]: Remove #:libgcrypt from 'make-config.scm' call.
(%dependency-variables): Remove %libgcrypt.
(make-config.scm): Remove #:libgcrypt.
* build-aux/build-self.scm (guile-gcrypt): New variable.
(make-config.scm): Remove #:libgcrypt.
(build-program)[fake-gcrypt-hash]: New variable.
Add (gcrypt hash) to the imported modules.  Adjust load path
assignments.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[propagated-inputs]: Add
GUILE-GCRYPT.
[arguments]: In 'wrap-program' phase, add GUILE-GCRYPT to the search
path.

inferior: Add home-page and location package accessors.

* guix/inferior.scm (inferior-package-home-page)
(inferior-package-location): New procedures.
* tests/inferior.scm ("inferior-packages"): Test them.

gnu: Add emacs-picpocket.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-picpocket): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: petsc-openmpi: Configure with support for hdf5 data format.

* gnu/packages/maths.scm (petsc-openmpi)[inputs]: Add
hdf5-parallel-openmpi.
[arguments]: Add '--with-hdf5-include' and '--with-hdf5-lib'
flags.  Add 'set-test-environment' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: kicad: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): Update to 5.0.0.
[source]: Change from git to url-fetch.
[arguments]: Remove now unneeded build version parameter.
[inputs]: Add opencascade-oce.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-zlib: Enable tests.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-zlib)[arguments]: Enable tests. Allow building
with newer tasty.
[native-inputs]: Add ghc-quickcheck, ghc-tasty, ghc-tasty-hunit and
ghc-tasty-quickcheck.

gnu: ghc-integer-logarithms: Allow building with newer tasty.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-integer-logarithms)[arguments]: Allow building
with newer tasty.

gnu: ghc-tasty-ant-xml: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-tasty-ant-xml): Update to 1.1.4.

gnu: ghc-tasty: Update to 1.1.0.3.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-tasty): Update to 1.1.0.3.
[inputs]: Add ghc-wcwidth.
(ghc-attoparsec-bootstrap, ghc-integer-logarithms-bootstrap,
ghc-scientific-bootstrap): New variables.
(ghc-wcwidth)[inputs]: Replace ghc-attoparsec with ghc-attoparsec-bootstrap.
(ghc-scientific)[inputs]: Replace ghc-integer-logarithms with
ghc-integer-logarithms-bootstrap.
(ghc-attoparsec)[inputs]: Replace ghc-scientific with
ghc-scientific-bootstrap.

gnu: Add ghc-wcwidth.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-wcwidth): New variable.

Revert "gnu: perl: Add support for cross-compilation"

This reverts commit 5108c18e7e163c3b45568f1f4c3416581a2cea19, which was
accidentally committed.

gnu: perl: Add support for cross-compilation

* gnu/packages/perl.scm (perl): use cross-libc when cross-compiling

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add transset-df.

* gnu/packages/xorg.scm (transset-df): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: arpack-ng: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng): Update to 3.6.2.

gnu: arpack-ng: Drop redundant phase.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng)[arguments]: Remove.

gnu: python-matplotlib: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib): Update to 2.2.3.

gnu: ppp: Return #t from all phases.

* gnu/packages/samba.scm (ppp)[arguments]: Return #t from phase.

gnu: re2: Update to 2018-09-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2018-09-01.

gnu: openexr: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/graphics.scm (openexr): Update to 2.3.0.
[source](uri): Change to new download location.
[source](snippet): Remove workaround.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/openexr-missing-samples.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: ilmbase: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/graphics.scm (ilmbase): Update to 2.3.0.
[source](uri): Change to new download location.

gnu: simplescreenrecorder: Build against modular Qt.

* gnu/packages/video.scm (simplescreenrecorder)[inputs]: Remove QT.  Add
QTBASE and QTX11EXTRAS.

Merge branch 'security-updates'

gnu: gnu-pw-mgr: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/gnu-pw-mgr.scm (gnu-pw-mgr): Update to 2.4.2.

gnu: python-nbxmpp: Update to 0.6.7.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp): Update to 0.6.7.

gnu: libircclient: Update to 1.10.

* gnu/packages/messaging.scm (libircclient): Update to 1.10.

Fix some typos.

* doc/guix.texi (Sound Services, DNS Services): Fix typos.
* gnu/packages/cpp.scm (json-modern-cxx)[description]: Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-fancy-narrow)[synopsis, description]:
Likewise. Edit & mark up while we're here.
* gnu/packages/mail.scm (alot)[synopsis, description]: Ditto.

gnu: sudo: Update to 1.8.25.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.25.

gnu: python-efl: Update to 1.21.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (python-efl): Update to 1.21.0.
[source]: Don't use pypi source.
[arguments]: Delete network tests.

gnu: efl: Update to 1.21.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.21.0.

gnu: python-scipy: Disable broken tests.

* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[arguments]: Skip two broken tests.

gnu: c-toxcore: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.2.7.

gnu: openrct2: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/games.scm (openrct2-objects): Update to 1.0.6.
* gnu/packages/games.scm (openrct2): Update to 0.2.1.

gnu: jellyfish: Update to 2.2.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (jellyfish): Update to 2.2.10.
[supported-systems]: Add aarch64-linux, mips64el-linux.

gnu: monitoring.scm: Fix copyright line.

This is a follow-up to ead46692ec8a17ed9cf668131343d7cf1b3725e5.

gnu: haskell-mode: Fix test failure.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31726>.

Thanks to Jack Hill <jackhill@jackhill.us> for exploring different solutions
at <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=31726>.

* gnu/packages/patches/haskell-mode-unused-variables.patch,
gnu/packages/patches/haskell-mode-make-check.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/emacs.scm (haskell-mode)[source]: Use them.
[arguments]: Adjust 'pre-build' phase to embed file name.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-helpful: Update to 0.13.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helpful): Update to 0.13.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>