gnu: cbatticon: Update to 1.6.9.

* gnu/packages/admin.scm (cbatticon): Update to 1.6.9.

gnu: gpgme: Update to 1.13.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.13.1.

gnu: gnuplot: Update to 5.2.7.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Update to 5.2.7.

gnu: rclone: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.48.0.

gnu: Move ratpoints into "sagemath.scm"

* gnu/packages/algebra.scm (ratpoints): Move package from here...
* gnu/packages/sagemath.scm (ratpoints): ... to here.

gnu: Add openjdk12.

* gnu/packages/java.scm(openjdk12): New variable.

gnu: emacs-fish-completion: Update to 1.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fish-completion): Update to 1.1.

gnu: zn-poly: Install all libraries.

* gnu/packages/sagemath.scm (zn-poly): Install the static and the dynamic
library with its symlinks, and end a phase with #t.

gnu: khmer: Update to 3.0.0a3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (khmer): Update to 3.0.0a3.
[source]: Remove patch; remove seqan in snippet.
[inputs]: Add seqan-1.
* gnu/packages/patches/khmer-use-libraries.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: icecat: Update to 60.7.2-guix1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2019-11707 and CVE-2019-11708.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update to 60.7.2-guix1.
(icecat-source)[upstream-firefox-source]: Update hash.

gnu: ungoogled-chromium: Increase build timeout.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[properties]: New field.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.53.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.53.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.128.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.128.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: ratpoints: Generate position-independent code.

* gnu/packages/algebra.scm (ratpoints): Add "CCFLAGS=-fPIC" to make flags.

gnu: symmetrica: Generate position-independent code.

* gnu/packages/algebra.scm (symmetrica): Add -fPIC compiler flag.

gnu: iml: Enable shared library.

* gnu/packages/algebra.scm (iml): Add configure flag --enable-shared.

gnu: Add lcalc.

* gnu/packages/sagemath.scm (lcalc): New variable.
* gnu/packages/patches/lcalc-default-parameters-1.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-default-parameters-2.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-lcommon-h.patch,
gnu/packages/patches/lcalc-using-namespace-std.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patches.

gnu: lrcalc: Add a patch for identifying include files.

* gnu/packages/patches/lrcalc-includes.patch: New file.
* gnu/packages/algebra.scm (lrcalc): Use patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patch.

gnu: python-mpi4py: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/mpi.scm (python-mpi4py): Update to 3.0.2.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: ungoogled-chromium: Disable parallel build.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Set
  #:parallel-build? #f.  Adjust 'build' phase to account for it.

gnu: samba: Update to 4.10.5 [fixes CVE-2019-12435, CVE-2019-12436].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.10.5.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 75.0.3770.100-0.5d8abc3.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 75.0.3770.100.
(%chromium-origin): Update hash.

gnu: openh264: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/video.scm (openh264): Update to 2.0.0.
[source](uri): Adjust file name.

gnu: ungoogled-chromium: Install icons.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Install icons.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Use HTTPS for sphinx-doc.org.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx,
python-sphinxcontrib-websupport)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-unidecode: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-unidecode): Update to 1.1.0.

gnu: dbus: Fix CVE-2019-12749.

* gnu/packages/patches/dbus-CVE-2019-12749.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/glib.scm (dbus)[replacement]: New field.
(dbus/fixed): New variable.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.7.
[inputs]: Add coreutils and sed.

licenses: Add Historical Permission Notice and Disclaimer license

* gnu/licenses.scm (hpnd): New variable.

gnu: Add iml.

* gnu/packages/algebra.scm (iml): New variable.

gnu: Add ppl.

* gnu/packages/maths.scm (ppl): New variable.

services: opensmtpd: Extend the PAM service.

* gnu/services/mail.scm (%opensmtpd-pam-services): New variable.
(opensmtpd-service-type)[extensions]: Add it, extending
PAM-ROOT-SERVICE-TYPE.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: ngs-sdk: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): Update to 2.9.6.

gnu: sra-tools: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools): Update to 2.9.6.

gnu: ncbi-vdb: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb): Update to 2.9.6.
[arguments]: Pass HAVE_HDF5 make flag; add build phase "patch-krypto-flags".

import: hackage: Add two expected failing test cases.

This adds failing test cases for two hackage import bugs:
https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=25138
https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=35743

* tests/hackage.scm: Make comment style consistent. Add two
cabal parsing tests, marked as expected failures.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

utils: canonical-newline-port: Fix handling of carriage return at buffer end.

Prior to this change the added test fails for me locally at byte
1024. It might depend on some default buffer sizes.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35863>.

* tests/utils.scm ("canonical-newline-port-1024"): Add test.
* guix/utils.scm (canonical-newline-port): Correct comments on CR/LF.
Remove CR even when they're at the end of the buffer.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile: Add 2.2.5.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2.5): New variable.

gnu: python-jupyter-console: Update to 6.0.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jupyter-console): Update to 6.0.0.
[arguments]: Enable tests.
[propagated-inputs]: Replace python-prompt-toolkit-1 with
python-prompt-toolkit.

gnu: python2-jupyter-console: Split from python-jupyter-console.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-jupyter-console): Implement without
package-with-python2.

Revert "gnu: Add libgd."

This reverts commit 059e4c9a15b52f7e4b262e3317eac238bf53103d.

gnu: Add lrcalc.

* gnu/packages/algebra.scm (lrcalc): New variable.

gnu: Add eclib.

* gnu/packages/algebra.scm (eclib): New variable.

gnu: Add m4rie.

* gnu/packages/algebra.scm (m4rie): New variable.

gnu: weechat: update to 2.5

* gnu/packages/irc.scm (weechat): update to 2.5

Signed-off-by: Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>

gnu: Add python-fpylll.

* gnu/packages/algebra.scm (python-fpylll): New variable.

gnu: fplll: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/algebra.scm (fplll): Update to 5.2.1.
[source]: Use Github tagged release: the original tarball no longer exists.
[native-inputs]: Add Autoconf and al.
[homepage]: Update it, the previous one no longer exists.
[description]: Expound description.

services: Fix typo in (gnu services mail) exports.

* gnu/services/mail.scm (define-module):
Re-spell ‘%default-imap4d-config-file’.

gnu: Add symmetrica.

* gnu/packages/algebra.scm (symmetrica): New variable.
* gnu/packages/patches/symmetrica-bruch.patch:
* gnu/packages/patches/symmetrica-int32.patch:
* gnu/packages/patches/symmetrica-return_values.patch:
* gnu/packages/patches/symmetrica-sort_sum_rename.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: zathura: Install icons.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura)[native-inputs]: Add librsvg to build and
install the application icons.

Signed-off-by: Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>

gnu: Add libgd.

* gnu/packages/image.scm (libgd): New variable.

gnu: Move ratpoints into a different module.

* gnu/packages/maths.scm (ratpoints): Move...
* gnu/packages/algebra.scm: ...here.

gnu: spdlog: Clarify license.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Clarify license of the bundled fmt
  library.

Signed-off-by: Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>

gnu: bind: Update to 9.14.3 [fixes CVE-2019-6471].

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.14.3.

gnu: zn_poly: Rename to zn-poly, according to our naming conventions.

Reported by Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>.

This is a follow-up to commit 01822e3ebf24031d6438fc4e7ad3a869ea12fdf4.
* gnu/packages/sagemath.scm (zn_poly): Rename to...
* gnu/packages/sagemath.scm (zn-poly): ...this.

gnu: Add brial.

* gnu/packages/sagemath.scm (brial): New variable.

gnu: Add m4ri.

* gnu/packages/algebra.scm (m4ri): New variable.

gnu: Add crispy-doom.

* gnu/packages/games.scm (crispy-doom): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-unpackaged-el: Add patch for missing require statement.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-unpackaged-el)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/emacs-unpackaged-req.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add numix-theme.

* gnu/packages/gnome.scm (numix-theme): New variable

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

grafts: Avoid 'query-valid-derivers' RPC.

Previously we'd make 502 'query-valid-derivers' RPCs for
"guix build vim -d", and after this patch, we don't do any.

Furthermore, the previous strategy was "stateful" in the sense that
'item->deriver' could return a derivation that is not the one that was
actually computed by this process, but an "equivalent" one (due to
fixed-output derivations); which one is chosen would depend on the state
of the store.

This in turn means that we'd have to call 'read-derivation-from-file' to
actually read .drv files (as opposed to getting them from
%DERIVATION-CACHE).  This is costly and doesn't work with
GUIX_DAEMON_SOCKET=ssh://….

* guix/grafts.scm (item->deriver): Remove.
(reference-origin): New procedure.
(cumulative-grafts): Use it instead of 'item->deriver'.

derivations: Add 'derivation-input-derivation'.

* guix/derivations.scm (derivation-input-derivation): New procedure.
(derivation-prerequisites): Use it.

gnu: Add python-pandocfilters.

* gnu/packages/textutils.scm (python-pandocfilters): New variable.

gnu: Add ratpoints.

* gnu/packages/maths.scm (ratpoints): New variable.
* gnu/packages/patches/ratpoints-sturm_and_rp_private.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Reference patch.

gnu: Add gf2x.

* gnu/packages/algebra.scm (gf2x): New variable.

gnu: Add zn_poly.

* gnu/packages/sagemath.scm (zn_poly): New variable.

gnu: Add pynac.

* gnu/packages/sagemath.scm (pynac): New variable.

gnu: python-gmpy2: Update to 2.1.0b1.

The gmpy2 package has become a standard package in sage-8.7, and the latest
stable release is too old.

* gnu/packages/sagemath.scm (python-gmpy2): Update to 2.1.0b1.

gnu: balsa: Update to 2.5.7.

* gnu/packages/mail.scm (balsa): Update to 2.5.7.
[inputs]: Build with gtksourceview@3.

gnu: nano: Update to 4.3.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 4.3.

gnu: notmuch: Update to 0.29.1.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.29.1.

gnu: mpd: Update to 0.21.10.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.10.

gnu: perl-xml-sax: Update to 1.02.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-sax): Update to 1.02.

gnu: shadow: Update home page.

* gnu/packages/admin.scm (shadow)[home-page]: Update to new project home.

gnu: shadow: Update to 4.7.

* gnu/packages/admin.scm (shadow): Update to 4.7.

gnu: ansible: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.8.1.

gnu: filezilla: Update to 3.42.1.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.42.1.

gnu: libfilezilla: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.16.0.

gnu: Add python-keras.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras): New variable.

gnu: Add python-pytest-timeout.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-timeout): New variable.

gnu: Add python-keras-preprocessing.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras-preprocessing): New variable.

gnu: Add python-keras-applications.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras-applications): New variable.

gnu: python-botocore: Update to 1.12.149.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-botocore): Update to 1.12.149.
[native-inputs]: Add python-urllib3.

gnu: python-s3transfer: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-s3transfer): Update to 0.2.0.
[propagated-inputs]: Add python-urllib3.

tests: Fix opensmtpd test.

* gnu/tests/mail.scm (run-opensmtpd-test) <"mail arrived">: Invoke
smtpctl by its full file name.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.52.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.52.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.127.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.127.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.182.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.182.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.182.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.182.

linux-container: Remove networking service when network is shared with host.

* gnu/system/linux-container.scm (dummy-networking-service-type): New
variable.
(containerized-operating-system): If network is shared with host, replace
static-networking-service-type with dummy-networking-service-type.

gnu: python2: Add 'cpe-name' property.

* gnu/packages/python.scm (python2)[properties]: New field.

gnu: linbox: Add version 1.5.2.

* gnu/packages/sagemath.scm (linbox-1.5.2): New variable.

gnu: fflas-ffpack: Add version 2.3.2.

* gnu/packages/sagemath.scm (fflas-ffpack-2.3.2): New variable.

gnu: givaro: Add version 4.0.4.

* gnu/packages/sagemath.scm (givaro-4.0.4): New variable.

gnu: Add linbox.

* gnu/packages/algebra.scm (linbox): New variable.

gnu: Add fflas-ffpack.

* gnu/packages/algebra.scm (fflas-ffpack): New variable.

gnu: Add givaro.

* gnu/packages/algebra.scm (givaro): New variable.

gnu: Remove hydra.

Our copy of hydra hasn't built in years.

* gnu/packages/ci.scm (hydra): Remove variable.