build: Remove reference to 'doc/emacs.texi'.

This is a followup to deb6276dda81a69da38e842d269c5370a28fa5cf.

* doc/local.mk (EXTRA_DIST): Remove 'emacs.texi'.

etc: Add 'indent-package.el' script.

* configure.ac: Check for 'emacs', substitute 'EMACS', and emit
'etc/indent-package.el'.
* etc/indent-package.el.in: New file.
* doc/contributing.texi (Formatting Code): Mention
'etc/indent-package.el'.
(Submitting Patches): Likewise, and link to the above node.

Co-authored-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to eefd042.

gnu: eudev: Add 'eudev-with-hwdb' variant that contains 'hwdb.bin'.

* gnu/packages/linux.scm (eudev-with-hwdb): New variable.
(usbutils)[inputs]: Use it instead of EUDEV.

gnu: Add r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene): New variable.

gnu: bind: Update to 9.10.4-P5 [fixes CVE-2016-{9131,9147,9444}].

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.10.4-P5.

gnu: isc-dhcp: Update bundled bind to 9.9.9-P5 [security fixes].

Fixes CVE-2016-{9131,9147,9444}.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update bundled bind to 9.9.9-P5.

gnu: fprintd: Provide the right file name for 'fprintd.conf'.

* gnu/packages/freedesktop.scm (fprintd)[arguments]: New field.

perform-download: Add backward-compatible case.

This is meant to ease transition for people running an older guix-daemon
invoking a recent 'guix perform-download' with only one argument.

This is a followup to 9b5364a3afb03414bd6e3ded2fbfdacabe4e8870.

* guix/scripts/perform-download.scm (perform-download): Make 'output'
optional.  Bind 'output*' from DRV's "out" and honor it.
(guix-perform-download): Add clause with one argument.

gnu: abiword: Remove timestamps from libabiword.

* gnu/packages/abiword.scm (abiword)[source](modules, snippet): New
fields.

gnu: abiword: Allow GTK+ schemas to be found.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25037>.
Reported by Adonay Felipe Nogueira <adfeno@openmailbox.org>.

* gnu/packages/abiword.scm (abiword)[build-system]: Set to
GLIB-OR-GTK-BUILD-SYSTEM.

gnu: Add python2-cheetah

* gnu/packages/python.scm (python2-cheetah): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

derivations: Make <derivation> record datatype immutable.

* guix/derivations.scm (<derivation>): Make it immutable.
(derivation): Use generic 'set-field' instead of ad-hoc functional setter.

git download: Remove redundant argument in 'gexp->derivation' call.

* guix/git-download.scm (git-fetch): Call 'gexp->derivation' with only one
'#:local-build?' keyword argument.

gnu: libosinfo: Fix substitute fetching for usb.ids.

* gnu/packages/qemu.scm (libosinfo)[native-inputs]: Add 'file-name' field to
'origin' record of "usb.ids".  Otherwise, the default file name contains a "?"
which leads to failure to fetch nars from substitute servers.

gnu: ardour: Add eudev dependency.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[inputs]: Add eudev.

Revert "gnu: Add threaded variants of fftw and fftwf for Ardour and mod-host."

These variants are no longer needed.

Followup to 86f4e9d76a75c405b3b6c5b3f1717df0e45f4e68.

This reverts commit 45591fd7fde1a400a416cb99939f6dd766445f94.

gnu: kcrash: Work around race condition when starting Xvfb.

Sometimes tests would start running before Xvfb is listening.
See <https://hydra.gnu.org/build/1750201>.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcrash)[arguments]: In
'start-xorg-server', add 'sleep' call after starting Xvfb.  Pass "Xvfb"
to 'system' instead of its absolute file name.

Revert "gnu: nss: Add comment about test failures in NSS 3.27.2"

This reverts commit 4f6ff977c22b996765178a1dcc6e8f1523601817.

gnu: cairomm: Update to 1.12.2.

* gnu/packages/gtk.scm (cairomm): Update to 1.12.2.
[source]: Download from cairographics.org.
[home-page]: Use https.

gnu: cairo: Update to 1.14.8.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo): Update to 1.14.8.
[source]: Use https.
[home-page]: Use https.

gnu: harfbuzz: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 1.3.4.

gnu: poppler: Update to 0.50.0.

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): Update to 0.50.0.

gnu: cups-filters: Update to 1.13.1.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters): Update to 1.13.1.
[inputs]: Switch libjpeg-8 to libjpeg.
[arguments]: Disable driverless printing, set location for bash shell.

gnu: mesa: Enable floating point textures.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Add --enable-texture-float to configure flags.

gnu: libxpm: Update to 3.5.12.

* gnu/packages/xorg.scm (libxpm): Update to 3.5.12.

gnu: kmod: Update to 23.

* gnu/packages/linux.scm (kmod): Update to 23.

gnu: Patch libxt's default search path.

* gnu/packages/patches/libxt-guix-search-paths.patch: New file.
* gnu/packages/xorg.scm (libxt) [source]: Add patch.

daemon: Allow check builds of 'builtin:download' derivations.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25089>.
Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::runChild): In the 'isBuiltin'
case, check whether DRV's output is in 'redirectedOutputs', and pass an
'output' argument to the built-in builder.
(DerivationGoal::addHashRewrite): Add 'printMsg' call.
* nix/libstore/builtins.hh (derivationBuilder): Add 'output' parameter.
* nix/libstore/builtins.cc (builtinDownload): Likewise.
Add OUTPUT to ARGV.
* guix/scripts/perform-download.scm (perform-download): Add 'output'
parameter.
(guix-perform-download): Adjust 'match' clauses accordingly.
* tests/derivations.scm ("'download' built-in builder, check mode"): New
test.

guix package: Fix version and output for 'guix package -i /gnu/store/…'.

* guix/utils.scm (package-name->name+version): Add optional 'delimiter'
parameter.
* guix/scripts/package.scm (store-item->manifest-entry): Pass #\- as the
delimiter for 'package-name->name+version'.  Use "out" instead of #f for
the 'output' field.
* tests/guix-package.sh: Add test.

services: wicd: Create /var/run/wpa_supplicant.

* gnu/services/networking.scm (%wicd-activation): Create
/var/run/wpa_supplicant.

gnu: eyed3: Update to 0.7.10.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.7.10.

gnu: beets: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.3.

gnu: python-mutagen: Update to 1.36.

* gnu/packages/music.scm (python-mutagen, python2-mutagen): Update to 1.36.

gnu: moc: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/music.scm (moc): Update to 2.5.2.
[source](modules, snippet): Remove timestamps from the output.

gnu: cracklib: Fix buffer overflow.

* gnu/packages/patches/cracklib-fix-buffer-overflow.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/password-utils.scm (cracklib)[source]: Use it.

gnu: libtiff: Fix CVE-2016-{10092,10093,10094} and others.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-10092.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-10093.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-10094.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-assertion-failure.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-divide-by-zero-ojpeg.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-divide-by-zero-tiffcp.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-divide-by-zero-tiffcrop.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-divide-by-zero.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-heap-overflow-pixarlog-luv.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-heap-overflow-tif-dirread.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-heap-overflow-tiffcp.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-heap-overflow-tiffcrop.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-invalid-read.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-null-dereference.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-tiffcp-underflow.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (libtiff)[replacement]: New field.
(libtiff/fixed): New variable.

gnu: notmuch: Update to 0.23.5.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch, python2-notmuch): Update to 0.23.5.

gnu: xapian: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/search.scm (xapian): Update to 1.4.2.

gnu: gnutls: Replace with 3.5.8 [fixes GNUTLS-SA-2017-{1,2}].

* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.5.8): New variable.
(gnutls)[replacement]: New field.

gnu: rofi: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.3.1.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.01.10.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.01.10.  Change
URLs to yt-dl.org.

gnu: e2fsprogs: Remove timestamp from 'libext2fs.info.gz'.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs)[source](snippet): Patch
'doc/Makefile.in' to use the '-n' option of gzip.

gnu: e2fsprogs: Use symlinks instead of hard links.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs)[arguments]: Pass
"--enable-symlink-install".

gnu: Add sysstat.

* gnu/packages/linux.scm (sysstat): New variable.

gnu: python-click: Update to 6.7.

* gnu/packages/python.scm (python-click): Update to 6.7.

gnu: linux-libre@4.4: Update hash for fixed upstream tarball.

The initial upload of linux-libre-4.4.41-gnu.tar.xz was corrupted.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4)[source]: Update hash.

guix archive: Allow compilation in the absence of Guile-JSON.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25409>.
Reported by Ben Woodcroft <b.woodcroft@uq.edu.au>.

* guix/scripts/archive.scm: Use 'module-autoload!' instead of #:use-module
to (guix docker).

gnu: libgit2, python-pygit2: Update to 0.25.1 [security fixes].

See <http://www.openwall.com/lists/oss-security/2017/01/10/5>.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.25.1.
* gnu/packages/python.scm (python-pygit2): Update to 0.25.0.

http-client: Improve error reporting.

* guix/http-client.scm (http-fetch): Change message in &message
condition to include URI, CODE, and the reason phrase.

system: Add btrfs file system support.

* gnu/build/file-systems.scm (%btrfs-endianness, btrfs-superblock?,
  read-btrfs-superblock, btrfs-superblock-uuid,
  btrfs-superblock-volume-name, check-btrfs-file-system): New variables.
  (%paritition-label-readers, %partition-uuid-readers): Add btrfs
  readers.
* gnu/system/linux-initrd.scm (linux-modules): Add btrfs modules when a
  btrfs file-system is used.
* gnu/tests/install.scm (%btrfs-root-os %btrfs-root-os-source,
  %btrfs-root-installation-script, %test-btrfs-root-os): New system
  test.
* doc/guix.texi: Adjust accordingly.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19280>.

gnu: Add btrfs-progs/static.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs/static): New variable.

file-systems: Refactor file-system predicates.

* gnu/build/file-systems.scm (partition-field-reader,
  read-partition-field, %partition-label-readers,
  %partition-uuid-readers, read-partition-label, read-partition-uuid):
  New variables.
  (partition-predicate, partition-label-predicate,
  partition-uuid-predicate, luks-partition-uuid-predicate): Use
  partition field readers.
  (find-partition): New variable.
  (find-partition-by-label, find-partition-by-uuid,
  find-partition-by-luks-uuid): Use find-partition-by.

file-systems: Refactor check-file-system.

* gnu/build/file-systems.scm (check-file-system): Use file-system type
  specific checker.
  (check-ext2-file-system): New variable.

gnu: e2fsck/static: Only copy e2fsck.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsck/static)[arguments]: Only copy e2fsck.
  [synopsis, description]: Adjust accordingly.

gnu: Add pcc.

* gnu/packages/c.scm (pcc): New variable.

gnu: ruby-sqlite3: Update to 1.3.13.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sqlite3): Update to 1.3.13.

gnu: linux-libre: Update to 4.9.2.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.9.2.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.41.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.41.

gnu: emacs-guix: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.2.2.

gnu: emacs-bui: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-bui): Update to 1.1.0.

gnu: whois: Update to 5.2.14.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.2.14.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.7-3.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.7-3.

Revert "gnu: Update imagemagick to version 7.0.4-3."

This reverts commit dea228cf1285e51059b106fc096b9d8ab1f0450e.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1 revision 3.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1 revision 3.
[arguments]: Move 'bootstrap' phase before 'configure'.  Disable
"tests/repo.scm" test.

gnu: Update aqbanking to version 5.6.12.

* gnu/packages/gnucash.scm (aqbanking): Update to version 5.6.12.

gnu: Update imagemagick to version 7.0.4-3.

* gnu/packages/imagemagick.scm: Update to version 7.0.4-3

gnu: Add nim.

* gnu/packages/nim.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add nim.scm.

gnu: rustc: Retain binutils.

* gnu/packages/rust.scm (rustc)[arguments]: Retain binutils. Add
  wrap-rustc phase.

Problem reported by Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>.

gnu: Simplify the downloads from www.aquamaniac.de

* gnu/packages/gnucash.scm (aqbanking, gwenhyfar): Remove dummy parameter
from source url.

gnu: guile-8sync: Add #t at end of setenv phase.

* gnu/packages/guile.scm: Add #t at end of setenv phase.

gnu: Add guile-8sync.

* gnu/packages/guile.scm (guile-8sync): New variable.

gnu: hdf4: Update to 4.2.12.

* gnu/packages/maths.scm (hdf4): Update to 4.2.12.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-pip: Update to 9.0.1

* gnu/packages/python.scm (python-pip): Update to 9.0.1.
[native-inputs]: Remove.
[arguments]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Guile-ICS.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ics): New variable.

gnu: Add corrode.

* gnu/packages/haskell.scm (corrode): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add dotherside.

* gnu/packages/qt.scm (dotherside): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add font-google-roboto.

* gnu/packages/fonts.scm (font-google-roboto): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gdk-pixbuf: Update replacement to 2.36.3.

* gnu/packages/gtk.scm (gdk-pixbuf/fixed): Update to 2.36.3.

gnu: icecat: Add fixes from upstream mozilla-esr45.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Add selected fixes
from the upstream mozilla-esr45 repository.

gnu: icecat: Rename patches that have been assigned CVEs.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Rename patches that
have since been assigned CVEs.

gnu: gdk-pixbuf: Replace with 2.36.2.

* gnu/packages/gtk.scm (gdk-pixbuf)[replacement]: New field.
(gdk-pixbuf/fixed): New variable.
(package/inherit): New macro.
(gdk-pixbuf+svg): Use 'package/inherit'.

gnu: Add Prosody service.

* gnu/services/messaging.scm: New file.
* gnu/services/configuration.scm: New exported procedures.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add gnu/services/messaging.scm.
* doc/guix.texi (Messaging Services): New section.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: prosody: Make config and data files visible to 'prosodyctl'.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody)[arguments]: Add a 'fix-makefile' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: prosody: Add OpenSSL and Coreutils to the PATH of programs.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody)[arguments]: In 'wrap-programs'
phase, add 'openssl' and 'coreutils' to 'PATH'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fprintd.

* gnu/packages/freedesktop.scm (fprintd): New variable.

gnu: Add libfprint.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libfprint): New variable.

gnu: font-liberation: Use @item in @enumerate.

* gnu/packages/fonts.scm (font-liberation)[description]: Use @item.

Followup to 0102fba27c550a951799399e6a8ce2faf2cb8cd3.

gnu: ruby-yard: Fix typo in source URI.

This is a followup to commit 6499893ef82b85e9ba67b9e086e82644b94a55bb.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-yard)[source][uri]: Fix typo.

gnu: ruby-yard: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-yard): Update to 0.9.6.
[source]: Use 'GitHub' source.
[arguments]: Run tests without 'Rakefile'.
[native-inputs]: Replace 'ruby-rspec-2' with ruby-rspec'.
* gnu/packages/patches/ruby-yard-fix-skip-of-markdown-tests.patch: Delete
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: linux-libre: Update to 4.9.1.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.9.1.
* gnu/packages/linux-libre-4.8-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.8-i686.conf: Delete files.
* gnu/packages/linux-libre-4.9-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.9-i686.conf: New files.
* Makefile.am (KCONFIGS): Update accordingly.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.40.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.40.

gnu: python-pygpgme: Fix build failure.

* gnu/packages/patches/python-pygpgme-fix-pinentry-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnupg.scm (python-pygpgme, python2-pygpgme)[source]: Use it.

gnu: econnman: Add missing input.

* gnu/packages/connman.scm (econnman)[inputs]: Add python2-dbus.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-mpv: Update to 0.11.

* gnu/packages/video.scm (gnome-mpv): Update to 0.11.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpgme: Patch CMake files.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[arguments]: Substitute '@libsuffix@' by
  '.so'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: zlib: Fix alternate download URL.

* gnu/packages/compression.scm (zlib)[source](uri): Update SourceForge URL.

guix archive: '-f docker' supports package names as arguments.

This allows users to type:

  guix archive -f docker emacs

as was already the case for the 'nar' format.

Reported by David Thompson.

* guix/scripts/archive.scm (%default-options): Add 'format'.
(export-from-store): Dispatch based on the 'format' key in OPTS.
(guix-archive): Call 'export-from-store' in all cases when the 'export'
key is in OPTS.

Revert "gnu: nspr: Update to 4.13.1."

There were many reports that NSS failed to build with this change.

This reverts commit 707c65aad74f185d1463da174473a2364aa40133.

gnu: ao-cad: Point 'LD_LIBRARY_PATH' to Mesa.

* gnu/packages/engineering.scm (ao)[arguments]: In
'install-guile-bindings', wrap 'ao-guile' to set 'LD_LIBRARY_PATH'.
[inputs]: Add MESA.