gnu: loko: Update to 0.7.0

* gnu/packages/loko.scm (loko-scheme): Update to 0.7.0

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: quaternion: Add xdg-utils to inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (quaternion)[inputs]: Add xdg-utils.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: nginx-documentation: Update to 1.19.5-2622-64bbb9163a14.

* gnu/packages/web.scm (nginx-documentation): Update to 1.19.5-2622-64bbb9163a14.

gnu: nginx: Update to 1.19.5.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.19.5.

gnu: mpv: Update to 0.33.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.33.0.

gnu: gama: Update to 2.12.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.12.

doc: Fix another typo.

* doc/guix.texi (Database Services): Remove a duplicate ‘on’ from the
memcached section.

Merge branch 'staging'

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Database Services): Replace comma with full stop for
Memcached documentation.

gnu: emacs-elpy: Update to 1.35.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpy): Update to 1.35.0.

gnu: exa: Disable a failing test.

This test seems to have started failing on the staging branch, with the change
from Rust 1.39 to 1.45.

  ---- options::view::test::time_types::cr stdout ----
  thread 'options::view::test::time_types::cr' panicked at 'called
  `Result::unwrap_err()` on an `Ok` value: TimeTypes { modified: false,
  changed: false, accessed: false, created: true }', src/options/view.rs:545:9

* gnu/packages/rust-apps.scm (exa)[arguments]: Disable a failing test.

gnu: nix: Update to 2.3.9.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 2.3.9.

gnu: texmacs: Update to 1.99.16.

* gnu/packages/text-editors.scm (texmacs): Update to 1.99.16.

gnu: you-get: Update to 0.4.1488.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.1488.

gnu: pugixml: Update to 1.11.

* gnu/packages/xml.scm (pugixml): Update to 1.11.

gnu: gegl: Extend test time-outs.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl)[arguments]: Add an 'extend-test-time-outs phase.

gnu: emacspeak: Update to 53.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacspeak): Update to 53.0.
[arguments]: Remove now unnecessary phase.

gnu: guile-jsonld: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-jsonld): Update to 1.0.2.

services: MySQL: Add more tests.

* gnu/tests/databases.scm (run-mysql-test): Try creating a database and
inserting data.

services: MySQL: Upgrade database schemas automatically.

* gnu/services/databases.scm (<mysql-configuration>): Add AUTO-UPGRADE? field.
(mysql-upgrade-wrapper, mysql-upgrade-shepherd-service,
mysql-shepherd-services): New variables.
(mysql-service-type): Use MYSQL-SHEPHERD-SERVICES instead of
MYSQL-SHEPHERD-SERVICE.
* doc/guix.texi (Database Services): Document the AUTO-UPGRADE? field of
MYSQL-SERVICE-TYPE.
* gnu/tests/databases.scm (run-mysql-test): Test that mysql_upgrade has run.

services: MySQL: Make the socket configurable.

* gnu/services/databases.scm (<mysql-configuration>): Add SOCKET field.
(mysql-configuration-file): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Database Services): Likewise.

services: MySQL: Bind to localhost only by default.

* gnu/services/databases.scm (<mysql-configuration>): Add BIND-ADDRESS field.
(mysql-configuration-file): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Database Services): Document it.

services: MySQL: Deprecate 'mysql-service'.

* gnu/services/databases.scm (mysql-service): Define in terms of DEFINE-DEPRECATED.
* gnu/tests/databases.scm (%mysql-os): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Database Services): Adjust the MariaDB/MySQL section to
document MYSQL-SERVICE-TYPE instead of MYSQL-SERVICE.  While at it, document
the EXTRA-CONTENT field.

gnu: qutebrowser: Fix QTWEBENGINEPROCESS_PATH wrapping.

Even thought this is named PATH, it's not a search path, instead the value is
assumed to be the location of the executable.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[arguments]: Fix QTWEBENGINEPROCESS_PATH
wrapping.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: calibre: Fix QTWEBENGINEPROCESS_PATH wrapping.

Even thought this is named PATH, it's not a search path, instead the value is
assumed to be the location of the executable.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[arguments]: Fix QTWEBENGINEPROCESS_PATH
wrapping.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: nudoku: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/games.scm (nudoku): Update to 2.1.0.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, gettext-minimal and pkg-config.
[source]: Use git-fetch since the last tag is not released as an archive.

gnu: Add gnash.

* gnu/packages/animation.scm (gnash): New variable.
* gnu/packages/patches/gnash-fix-giflib-version: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: wine: Improve formatting of some package definitions.

* gnu/packages/wine.scm (wine, wine64)[arguments]: Fix formatting issues.

gnu: wine64: Copy wine32 libraries.

Fixes the linkage of binaries copied over from wine32.  See also #42342.

* gnu/packages/wine.scm (wine64)[#:phases]: Add copy-wine32-libraries.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: wine: Update to 5.21.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 5.21.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-flask-session.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-session): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-flask-markdown.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-markdown): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: yamagi-quake2: Update to 7.45.

* gnu/packages/games.scm (yamagi-quake2): Update to 7.45.
[inputs]: Add curl-minimal. Sort alphabetically.

gnu: Add emacs-slime-volleyball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-slime-volleyball): New variable.

gnu: Transmission: Fix localization of transmission-gtk.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[source]: Add patch to make
Transmission honor the "localedir" option to its configure script.
[arguments]<configure-flags>: Use "localedir" to set the "gui" output as the
location for (GTK-specific) localization data.
<phases>: Update "move-gui" to remove a now-superfluous call to "mkdir" and omit
"share/locale" from the list of directories needing to be moved between outputs.
* gnu/packages/patches/transmission-honor-localedir.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Update mcron example.

This is a followup to 0468455e7d279c89ea3ad1b51935efb2b785ec47, which
added mcron to %BASE-SERVICES.

* doc/guix.texi (Scheduled Job Execution): Use 'simple-service'.

doc: Remove lzlib from the requirements.

This is a followup to 4c0c65acfade63ce0549115d19db4b639c1e9992.

* doc/guix.texi (Requirements): Remove lzlib.

channels: Expose the default channel in %default-channel.

* guix/channels(%default-guix-channel): New variable taken from the inner of
%default-channels.

(%default-channels): Refactored.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: fet: Update to 5.48.0.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.48.0.

gnu: alacritty: Embed absolute references to required libraries.

* gnu/packages/terminals.scm (alacritty)[arguments]: Rename phase
"patch-glutin-libgl-path" to "add-absolute-library-references".  Patch in
absolute references to LIBXKBCOMMON and WAYLAND libraries.  Remove
LD_LIBRARY_PATH wrapper.

etc: Add more SELinux permissions for the daemon.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Permit more operations required for
various build jobs.

gnu: Add greybird-gtk-theme.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (greybird-gtk-theme): New variable.

gnu: Add elementary-xfce-icon-theme.

* gnu/packages/xfce.scm (elementary-xfce-icon-theme): New variable.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-7.99f6a0f.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-7.99f6a0f.

gnu: gst-plugins-good, gst-plugins-ugly: Add missing common phases.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good, gst-plugins-ugly)
[arguments]: Run the %common-gstreamer-phases.

gnu: Further increase common gstreamer test time-outs.

They still fail too eagerly on busy build machines.

* gnu/packages/gstreamer.scm (%common-gstreamer-phases): Increase the
default time-outs tenfold.

gnu: Add slimevolley.

* gnu/packages/games.scm (slimevolley): New variable.

gnu: python-apispec: Update description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-apispec)[synopsis,description]: Expand
f.k.a. acronym, clarify the relationship between OpenAPI and Swagger.

gnu: python-apispec: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-apispec): Update to 4.0.0.
[arguments]: New field.
[native-inputs]: Remove PYTHON-FLASK, PYTHON-TORNADO, PYTHON-BOTTLE, and
PYTHON-MOCK.

gnu: Remove python2-marshmallow.

Marshmallow no longer supports Python 2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-marshmallow): Remove variable.

gnu: Remove python2-apispec.

Some of its dependencies no longer work with Python 2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-apispec): Remove variable.

gnu: Remove python2-flasgger.

Some of its dependencies no longer work with Python 2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-flasgger): Remove variable.

Merge branch 'master' into staging

gnu: gcc-boot0, cross-base: Enable 128-bit long double for POWER9.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Add
"--with-long-double-128" when TARGET is "powerpc64le-linux-gnu".
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0): Likewise for (boot-triplet).

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-next-pgtk.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-next-pgtk): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

deploy: Let key-and-args exceptions through.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44825>.
Reported by Christopher Lemmer Webber <cwebber@dustycloud.org>.

* guix/ui.scm (guard*): Export.
* guix/scripts/deploy.scm (deploy-machine*): Use 'guard*' instead of
'guard'.  Add '&exception-with-kind-and-args' case.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Version Control Services): Fix ‘trough’ typo.

Reported by guixy on #guix.

gnu: bcg729: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/linphone.scm (bcg729): Update to 1.1.1.

gnu: bcg729: Fetch from git repository.

* gnu/packages/linphone.scm (bcg729)[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.

gnu: cmake: Update to 3.19.1.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Update to 3.19.1.

gnu: neomutt: Update to 20201120.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20201120.
[native-inputs]: Add neomutt-test-files origin.
[arguments]: Add a 'prepare-test-files phase.

gnu: libass: Omit the static library.

* gnu/packages/video.scm (libass)[arguments]: New field.

gnu: libass: Remove unused input.

* gnu/packages/video.scm (libass)[propagated-inputs]: Remove ENCA.

gnu: libass: Update to 0.15.0. [fixes CVE-2020-26682]

* gnu/packages/video.scm (libass): Update to 0.15.0.

gnu: electron-cash: Update to 4.2.2.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 4.2.2.
  [arguments]: Update 'use-libsecp256k1-input' phase.

gnu: monero-gui: Update to 0.17.1.5.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.17.1.5.
  [arguments]: Remove CMAKE_PREFIX_PATH from 'configure-flags'.

gnu: python-aiohttp: Update to 3.7.3.

* gnu/packages/patches/python-aiohttp-3.6.2-no-warning-fail.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp)[source](patches): Remove.
[arguments]: Use UTIME instead of calling out to 'touch'.  Don't delete
now-working tests; but disable some new ones.  Replace the 'check' phase.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-TYPING-EXTENSIONS.
[native-inputs]: Remove PYTHON-PYTEST-RUNNER, PYTHON-PYTEST-XDIST,
PYTHON-PYTEST-TIMEOUT, and PYTHON-PYTEST-FORKED.  Add PYTHON-PYTEST and
PYTHON-RE-ASSERT.

gnu: python-brotli: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-brotli): Update to 1.0.9.

gnu: rtl8812au-aircrack-ng-linux-module: Update to 5.6.4.2-2.e9fbf5c.

* gnu/packages/linux.scm (rtl8812au-aircrack-ng-linux-module): Update to
5.6.4.2-2.e9fbf5c.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: hidapi: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/libusb.scm (hidapi): Update to 0.10.1.

gnu: cozy: Update to 0.7.6.

* gnu/packages/ebook.scm (cozy): Update to 0.7.6.
[arguments]: Adjust 'patch-desktop-file phase.
[inputs]: Add libhandy.  Remove python-apsw.

gnu: monero: Update to 0.17.1.5.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.17.1.5.

gnu: imapfilter: Cross-compile.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: imapfilter: Update to 2.7.4.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter): Update to 2.7.4.
[inputs]: Upgrade pcre to pcre2.

gnu: imapfilter: Fix input nativity.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter)[native-inputs]: Rename this...
[inputs]: ...to this.

gnu: djvulibre: Remove bundled software.

* gnu/packages/djvu.scm (djvulibre)[source]: Delete win32/ in a snippet.

gnu: djvulibre: Update to 3.5.28.

* gnu/packages/djvu.scm (djvulibre): Update to 3.5.28.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool to bootstrap.
[inputs]: Add zlib.
[arguments]: Rename 'reproducible phase to 'make-reproducible and run it
after bootstrapping.

gnu: udunits: Add a note on versioning.

* gnu/packages/c.scm (udunits): Add a comment about release numbering.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-6.16f5ee0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-6.16f5ee0.

gnu: guix: Update to 1.2.0-2.2c11cf1.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.2.0-2.2c11cf1.

gnu: esbuild: Update to 0.8.15.

* gnu/packages/web.scm (esbuild): Update to 0.8.15.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: open-adventure: Update to 1.9.

* gnu/packages/games.scm (open-adventure): Update to 1.9.
[arguments]: Re-activate parallel build.  Remove configure phase altogether.
[native-inputs]: Remove linenoise and python.  Add libedit, python-wrapper,
and pkg-config.
[description]: Slight rewording.
(open-adventure-2.5): Deprecate in favor of open-adventure.

The package is erroneously versioned as 2.5, which refers to the last release
of the original game. However, this is a forward-port with its own versioning
scheme.

gnu: Add audacious.

* gnu/packages/music.scm (audacious): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add python-xlsxwriter.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-xlsxwriter): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: fet: Update to 5.47.1.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.47.1.

news: Add ‘de’ translation.

gnu: emacs-closql: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-closql): Update to 1.0.4.

gnu: djvusmooth: Fix path to djvused.

* gnu/packages/djvu.scm (djvusmooth)[arguments]: Add 'fix-paths' phase.

gnu: php: Update to 7.4.13.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.13.

gnu: qtox: Update to 1.17.3.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.17.3.
[source]: Respect that it's no longer a tarball.

gnu: pyzo: Update to 4.11.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (pyzo): Update to 4.11.2.

gnu: lean: Trim synopsis.

* gnu/packages/lean.scm (lean)[synopsis]: Remove article & package name.

gnu: lean: Update to 3.23.0.

* gnu/packages/lean.scm (lean): Update to 3.23.0.

gnu: igraph: Omit static library.

* gnu/packages/graph.scm (igraph)[arguments]: Add "--disable-static"
to #:configure-flags.

gnu: igraph: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/graph.scm (igraph): Update to 0.8.4.

gnu: openssh: Fix ssh-copy-id.

* gnu/packages/patches/openssh-fix-ssh-copy-id.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[source]: Use it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-language-server: Update to 0.36.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.36.1.

[propagated-inputs]: Reorder, and remove unused inputs.

[native-inputs]: Add various native inputs for tests.

gnu: python-jsonrpc-server: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonrpc-server): Update to 0.4.0.

[propagated-inputs]: Replace python-ujson-1 with python-ujson.

gnu: python-ujson: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ujson): Update to 4.0.1.

gnu: Add python-versioneer.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-versioneer): New variable.