gnu: WebKitGTK: Update to 2.28.0 [fixes CVE-2020-10018].

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.28.0.

gnu: Add python-capablerobot-usbhub.

* gnu/packages/libusb (python-capablerobot-usbhub): New variable.

gnu: Add barrage.

* gnu/packages/games.scm (barrage): New variable.

maint: Add 'etc/release-manifest.scm'.

* etc/release-manifest.scm: New file.
* gnu/ci.scm (%cross-targets): Export.
* build-aux/check-available-binaries.scm: Remove.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add 'etc/release-manifest.scm' and remove
'build-aux/check-available-binaries.scm'.
(assert-binaries-available): Rewrite using 'guix weather -m'.

pack: Do not create a squashfs "recovery file".

Reported by Josh Marshall <Josh.Marshall@jax.org>.

* guix/scripts/pack.scm (squashfs-image)[build](mksquashfs): Always pass
"-no-recovery".

pack: Make bit-reproducible squashfs images.

Reported by Josh Marshall <Josh.Marshall@jax.org>.

* guix/scripts/pack.scm (squashfs-image)[build](mksquashfs): Always pass
"-all-time", "-mkfs-time", "-force-uid", and "-force-gid" to 'mksquashfs'.

pack: Factorize 'mksquashfs' invocations.

* guix/scripts/pack.scm (squashfs-image)[build](mksquashfs): New
procedure.
Replace instances of (invoke "mksquashfs" ...) with (mksquashfs ...).

weather: '--coverage' filters out non-package objects.

This is a followup to d37b5a1b58824dafbe6f32b1c183661c147c660c.

* guix/scripts/weather.scm (guix-weather): Filter PACKAGES passed to
'report-package-coverage'.

weather: Exit with non-zero when coverage is below 100%.

* guix/scripts/weather.scm (report-server-coverage): Return the coverage ratio.
(guix-weather): Exit if and only if each server's coverage is 1.

gnu: cadaver: Satisfy 'guix lint'.

* gnu/packages/web.scm (cadaver)[home-page]: Follow redirect.
[description]: Always use two spaces.

gnu: httrack: Use texi markup in description.

* gnu/packages/web.scm (httrack)[description]: Use texi markup.

gnu: uim: Use emacs-substitute-variables instead of substitute*.

* gnu/packages/xorg.scm (uim)[arguments]: In the configure-uim-el phase, use
emacs-substitute-variables instead of substitute*.

gnu: uim: Do not install elisp files in guix.d.

* gnu/packages/xorg.scm (uim)[arguments]: Pass %output/share/emacs to the
--with-lispdir configure flag. Add fix-install-path phase after install phase.

gnu: fltk: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/fltk.scm (fltk)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: unqlite: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/databases.scm (unqlite)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: sdparm: Update to 1.11.

* gnu/packages/disk.scm (sdparm): Update to 1.11.
[source]: Hard-code name.

gnu: bastet: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/games.scm (bastet)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java-iq80-snappy: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java-compression.scm (java-iq80-snappy)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-snappy@1.0: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java-compression.scm (java-snappy-1)[name]: Restate.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.

gnu: autobuild: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/autotools.scm (autobuild)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: libwebsockets: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/web.scm (libwebsockets)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: catdoc: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/textutils.scm (catdoc)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add browserpass-native.

* gnu/packages/password-utils.scm (browserpass-native): New variable.

gnu: Add go-github-com-mattn-go-zglob.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mattn-go-zglob): New variable.

gnu: Add go-github-com-rifflock-lfshook.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-rifflock-lfshook): New variable.

gnu: go-github-com-sirupsen-logrus: Propagate inputs.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sirupsen-logrus): Propagate inputs.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.25.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.25.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.109.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.109.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.173.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.173.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.216.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.216.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.216.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.216.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: mingw-w64-*: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/mingw.scm (make-mingw-w64): Update to 7.0.0.

gnu: ghc-extra: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-extra): Update to 1.7.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

weather: Allow for multiple '--manifest' options.

* guix/scripts/weather.scm (guix-weather)[package-list]: Account for all
the 'manifest entries in OPTS.
* doc/guix.texi (Invoking guix weather): Document it.

weather: Add '--display-missing'.

* guix/scripts/weather.scm (report-server-coverage): Add
 #:display-missing? and honor it.
(show-help, %options): Add "--display-missing".
(guix-weather): Pass #:display-missing? to 'report-server-coverage'.
* doc/guix.texi (Invoking guix weather): Document it.

gnu: singularity: Do not use the "errors=remount-ro" squashfs option.

This mount option stopped being supported with Linux-libre 5.4.5:

  http://ci.guix.gnu.org/build/2056359/details

* gnu/packages/linux.scm (singularity)[source]: Remove
"errors=remount-ro" mount option from source code.

gnu: singularity: Wrap programs so they find Coreutils.

* gnu/packages/linux.scm (singularity)[arguments]: Add 'set-PATH' phase.

gexp: Add 'with-parameters'.

* guix/gexp.scm (<parameterized>): New record type.
(with-parameters): New macro.
(compile-parameterized): New gexp compiler.
* tests/gexp.scm ("with-parameters for %current-system")
("with-parameters for %current-target-system")
("with-parameters + file-append"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Document it.

gnu: Add guile-torrent.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-torrent): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: edirect: Update to 13.3.20200128.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (edirect): Update to 13.3.20200128.
[source]: Remove bundled certificate authority tarball.

gnu: r-car: Update to 3.0-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-car): Update to 3.0-7.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-nloptr: Update to 1.2.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nloptr): Update to 1.2.2.1.

gnu: r-roxygen2: Update to 7.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-roxygen2): Update to 7.1.0.
[native-inputs]: Move r-knitr from here...
[propagated-inputs]: ...to here.

gnu: r-xml2: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml2): Update to 1.2.5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tam: Update to 3.4-26.

* gnu/packages/cran.scm (r-tam): Update to 3.4-26.

gnu: r-cdm: Update to 7.5-15.

* gnu/packages/cran.scm (r-cdm): Update to 7.5-15.

gnu: r-parameters: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.6.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-graphlayouts: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-graphlayouts): Update to 0.6.0.

gnu: r-ggfortify: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggfortify): Update to  0.4.9.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggplotify: Update to 0.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggplotify): Update to 0.0.5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-pegas: Update to 0.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-pegas): Update to 0.13.

gnu: r-spatialextremes: Update to 2.0-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatialextremes): Update to 2.0-8.

gnu: r-tidytree: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidytree): Update to 0.3.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rcppparallel: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppparallel): Update to 5.0.0.

gnu: r-sjplot: Update to 2.8.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.8.3.
[propagated-inputs]: Remove r-forcats.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-catdap: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-catdap): Update to 1.3.5.

gnu: r-vim: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-vim): Update to 5.1.1.

gnu: r-vctrs: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.2.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-cicero: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.4.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggcyto: Update to 1.14.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ggcyto): Update to 1.14.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mlinterfaces: Update to 1.66.5.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mlinterfaces): Update to 1.66.5.

gnu: r-qtl: Update to 1.46-2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.46-2.

gnu: Add hyperledger-iroha.

This package was co-authored with Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

* gnu/packages/hyperledger.scm (hyperledger-iroha): New variable.

gnu: Add boost-1.69.

* gnu/packages/boost.scm (boost-1.69): New hidden package.

gnu: Add hyperledger-iroha-ed25519.

* gnu/packages/hyperledger.scm (hyperledger-iroha-ed25519): New variable.

gnu: grpc: Build shared libraries.

* gnu/packages/machine-learning.scm (grpc)[outputs]: Add static.
[arguments]: Copy configure-flags from cmake-build-system. Add custom
phases 'configure-shared, 'install-shared-libraries and 'move-static-libs
to build shared libs and move static libs to their own output.
(tensorflow)[native-inputs]: Add grpc:static.

gnu: python2-jupyter-console: Build with python2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-jupyter-console)[arguments]: Add
python keyword, set to python-2.

gnu: python-jupyter-console: Specify python2 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jupyter-console)[properties]: New
field. Specify python2-jupyter-console as python2 variant.

services: mumi-service-type: Update to latest version of mumi.

* gnu/services/web.scm (%mumi-activation): Create /var/mumi/db.
(mumi-shepherd-services): Add service for mumi worker.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-7.6653e2d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-7.6653e2d.
[inputs]: Add guile-sqlite3.

gnu: r-cairo: Update to 1.5-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cairo): Update to 1.5-11.

gnu: dune-istl: Build with suitesparse

* gnu/packages/maths.scm (dune-istl)[inputs]: Add suitesparse to build
additional solvers in dune-istl.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add dune-subgrid

* gnu/packages/maths.scm (dune-subgrid): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add dune-uggrid.

* gnu/packages/maths.scm (dune-uggrid): New variable.
(dune-grid)[propagated-inputs]: Add dune-uggrid dependency, so
that the UGGrid class in dune-grid can be used by packages that
have dune-grid as input.
(dune-functions)[arguments]: Enable tests that previously weren't
built as they require dune-uggrid.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dune-*: set up MPI for tests

* gnu/packages/maths.scm (dune-common, dune-grid, dune-istl,
dune-alugrid): [arguments]: correctly set up MPI instead of disabling
tests that require MPI.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

inferior: Distinguish inferior exceptions.

This avoids ambiguities when looking at a backtrace where the exception
was actually thrown by an inferior in a very different context.

* guix/inferior.scm (&inferior-exception): New condition type.
(read-repl-response): Add optional 'inferior' parameter.  Raise
'&inferior-exception' instead of rethrowing to KEY when receiving an
'exception' message.
(read-inferior-response): Pass INFERIOR to 'read-repl-response'.
* tests/inferior.scm ("&inferior-exception"): New test.

import: cpan: Gracefully handle missing projects.

* guix/import/cpan.scm (cpan-fetch): Check whether 'json-fetch' returns #f.

import: utils: Remove 'assoc-ref*'.

* guix/import/utils.scm (assoc-ref*): Remove.

import: pypi: Rewrite to use 'define-json-mapping'.

* guix/import/pypi.scm (non-empty-string-or-false): New procedure.
(<pypi-project>, <project-info>, <distribution>): New record types.
(pypi-fetch): Call 'json->pypi-project'.
(latest-source-release, latest-wheel-release): Use the new record
accessors instead of 'assoc-ref*'.
(pypi->guix-package, latest-release): Likewise.
* tests/pypi.scm (test-json): Add mandatory fields.

gnu: guile-next: Enable JIT on ARMv7.

JIT support on ARMv7 is fixed by "guile-3.0-crash.patch".

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0)[arguments]: Remove.

gnu: Add virtualpg.

* gnu/packages/geo.scm (virtualpg): New variable.

gnu: jgmenu: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (jgmenu): Update to 4.1.0.

gnu: udiskie: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udiskie): Update to 2.1.0.

gnu: txr: Update to 233.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 233.

doc: Fix description for "guix package -A".

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Fix description for "guix package -A".

gnu: python2-ipython: Fix build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipython)[arguments]: Adjust
skipped tests.

gnu: xlockmore: Update to 5.62.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.62.

gnu: xlockmore: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mame: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emulators.scm (mame)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: dosbox: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add gitless.

* gnu/packages/version-control.scm (gitless): New public variable.

Co-authored-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: faust: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (faust)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: rsound: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (rsound)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: libgme: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/music.scm (libgme): Update to 0.6.3.

gnu: xmobar: Update to 0.33.

* gnu/packages/wm.scm (xmobar): Update to 0.33.

gnu: gptfdisk: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/disk.scm (gptfdisk)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ephoto: Update source and home page URIs.

* gnu/packages/enlightenment.scm (ephoto)[source]: Remove dead URI.
[home-page]: Follow (HTTPS) redirection.

gnu: s6: Update to 2.9.1.0.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6): Update to 2.9.1.0.

gnu: simple-scan: Update to 3.36.0.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.36.0.

gnu: picprog: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/embedded.scm (picprog)[home-page]: Use HTTPS.