gnu: xorg: Update home-pages.

* gnu/packages/xorg.scm (perl-x11-protocol-other, perl-x11-xcb)
(perl-x11-protocol)[home-page]: Update to redirected home-pages.

gnu: arb: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.14.0.
[arguments]: Substitute invoke for system*.
[license]: Change to lgpl2.1+.

gnu: Add guile-pfds.

* gnu/packages/guile.scm (guile-pfds): New variable.

gnu: Switch several packages to 'guile-build-system'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-minikanren)[build-system]: Set to
GUILE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Remove.
[inputs]: Rename to 'native-inputs'.
(guile-miniadapton): Likewise.
(guile-colorized): Likewise.
(guile-irregex): Likewise, but rewrite 'arguments' field with custom
phases.
(guile-gdbm-ffi): Likewise, and move patch to the 'origin' form.
(guile-simple-zmq): Likewise, and change 'propagated-inputs' to
'inputs'.
(jupyter-guile-kernel): Likewise.

build-system: Add 'guile-build-system'.

* guix/build-system/guile.scm, guix/build/guile-build-system.scm: New
files.
* Makefile.am (MODULES): Add them.
* doc/guix.texi (Build Systems): Document 'guile-build-system'.

gnu: aspell: Allow filters to be found.

Reported by Pierre-Antoine Rouby.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell)[arguments]: Add 'set-filter-path'
phase.

system: '.guile' skeleton now recommends 'guile-colorized'.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons)[".guile"]: Recommend
'guile-colorized'.

gnu: wine-staging: Update to 3.13.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 3.13.

gnu: wine-staging-patchset-data: Update to 3.13.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 3.13.

gnu: qtox: Update to 1.16.3.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.16.3.
[inputs]: Change ffmpeg-3.4 to ffmpeg.

gnu: c-toxcore: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.2.4.

gnu: hyperrogue: Update to 10.4j.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 10.4j.
[arguments]: Modify 'configure' phase and substitute invoke for system*.

gnu: emacs-pulseaudio-control: Update to 20180627.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pulseaudio-control): Update to 20180627.

gnu: Add demlo.

* gnu/packages/music.scm (demlo): New variable.

gnu: Add go-github-com-wtolson-go-taglib.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-wtolson-go-taglib): New variable.

gnu: Add go-github-com-michiwend-gomusicbrainz.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-michiwend-gomusicbrainz): New variable.

gnu: Add go-github-com-michiwend-golang-pretty.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-michiwend-golang-pretty): New variable.

gnu: Add go-github-com-kr-text.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-kr-text): New variable.

gnu: Add go-github-com-stevedonovan-luar.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-stevedonovan-luar): New variable.

gnu: Add go-gitlab-com-ambrevar-damerau.

* gnu/packages/golang.scm (go-gitlab-com-ambrevar-damerau): New variable.

gnu: Add go-github-com-yookoala-realpath.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-yookoala-realpath): New variable.

gnu: Add go-gitlab-com-ambrevar-golua-unicode.

* gnu/packages/golang.scm (go-gitlab-com-ambrevar-golua-unicode): New variable.

gnu: Add go-github-com-aarzilli-golua.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-aarzilli-golua): New variable.

gnu: Add go-github-com-mgutz-ansi.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mgutz-ansi): New variable.

gnu: Add go-github-com-mattn-go-colorable.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mattn-go-colorable): New variable.

gnu: Add go-github-com-mattn-go-isatty.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mattn-go-isatty): New variable.

gnu: Add emacs-dired-du.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dired-du): New variable.

gnu: Add emacs-helm-org-contacts.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-org-contacts): New variable.

gnu: Add emacs-ztree.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ztree): New variable.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20180721.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-collection): Update to 20180721.

gnu: emacs-mu4e-conversation: Update to 20180722.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-conversation): Update to 20180722.

gnu: emacs-helm-exwm: Update to 20180703.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-exwm): Update to 20180703.

gnu: emacs-wgrep-helm: Deprecate in favor of emacs-wgrep.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-wgrep-helm): Deprecate.

gnu: emacs-wgrep: Update to 20180711.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-wgrep): Update to 20180711.

gnu: emacs-helm-eww: Update to 20180511.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-eww): Update to 20180511.

gnu: emacs-exwm: Update to 0.19.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm): Update to 0.19.

gnu: emacs-xelb: Update to 0.15.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-xelb): Update to 0.15.

gnu: Add ccrypt.

* gnu/packages/crypto.scm (ccrypt): New variable.

gnu: xf86-video-r128: Update to 6.11.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-r128): Update to 6.11.0.
[source]: Use URL-FETCH.
[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

Revert "guix: Compress and decompress xz archives in parallel."

Threaded compression makes archives non-deterministic: the result depends on
the number of threads used for compressing.  See <https://bugs.gnu.org/31015>.

This reverts commit 63102406f22412bb922de5549deb89d3594a38c0.

doc: Fix typo (missing period)

* HACKING (Commit Access): Fix typo.

gnu: ffmpegthumbnailer: New variable.

* gnu/packages/video.scm (ffmpegthumbnailer): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: sddm: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): Update to 0.18.0.
* gnu/packages/patches/sddm-fix-build-with-qt-5.11-1024.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: chemistry.scm: Add missing import.

This is a follow-up to commit eb5ece73a84439d21219a802c0dcb88d54046371.

* gnu/packages/chemistry.scm: Import (gnu packages).

gnu: Add u-boot-cubietruck.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-cubietruck): New variable.

gnu: minetest: Update to 0.4.17.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data, minetest): Update to 0.4.17.

gnu: openbabel: Fix crash when opening NWChem output files.

* gnu/packages/patches/openbabel-fix-crash-on-nwchem-output.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/chemistry.scm (openbabel)[source]: Use it.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.07.10.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.07.10.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: calibre: Update to 3.28.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 3.28.0.

gnu: libgaiagraphics: Fix typo.

* gnu/packages/geo.scm: (libgaiagraphics)[inputs]: Fix typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: vdirsyncer: Update to 0.16.7.

* gnu/packages/dav.scm (vdirsyncer): Update to 0.16.7.

install: Add service for the loopback device.

Lack of a loopback device prevented the system from building starting
from commit 363c946b36a77aa6f0e60b8c93a171d2e649164f.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add
'static-networking-service-type' instance for 'lo'.

gnu: ffmpeg: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.0.2.

gnu: ffmpeg@3.4: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-3.4): Update to 3.4.4.

gnu: feh: Update to 2.27.1.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.27.1.

database: Reset timestamps to one second after the Epoch.

Previously, store items registered in the database by this code (for
instance, store items retrieved by 'guix offload' and passed to
'restore-file-set') would have an mtime of 0 instead of 1.

This would cause problems for things like .go files: Guile would
consider them to be older than the corresponding .scm file, and
consequently it would ignore them and possibly use another (incorrect)
.go file.

Reported by Ricardo Wurmus.

* guix/store/database.scm (reset-timestamps): Pass 1, not 0, to
'utime'.
* tests/store-database.scm ("register-path"): Check the mtime of FILE
and REF.

deduplication: Work around Guile bug in 'seek'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32161>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

This mostly reverts 83099892e0cf0d9c59f5e1a0774331026e48baa8.

* guix/store/deduplication.scm (counting-wrapper-port): New procedure.
(nar-sha256): Use it.

gnu: gp2c: Update to 0.0.11.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.11.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.0.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.0.

build-system/go: Use invoke instead of system*.

* guix/build/go-build-system.scm (unpack, build): Use invoke.
(install-source): Unconditionally return #t.
(check): Use invoke and unconditionally return #t.

gnu: bitcoin-core: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.16.1.

gnu: php: Update to 7.2.8.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.2.8.

gnu: busybox: Update to 1.29.1.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox): Update to 1.29.1.
[arguments]: Add custom phase to change the default value of TASKSET.

deduplication: Remove 'counting-wrapper-port'.

* guix/store/deduplication.scm (counting-wrapper-port): Remove.
(nar-sha256): Call 'port-position' directly on PORT.

hash: sha256 port now implements 'port-position'.

* guix/hash.scm (open-sha256-port)[position]: New variable.
[get-position]: New procedure.
Pass it to 'make-custom-binary-output-port'.
* tests/hash.scm ("open-sha256-port, hello"): Test 'port-position'.

self: Use the new 'imported-files'.

That way, the source of most nodes is now a content-addressed store item
instead of a derivation.

* guix/self.scm (<file-mapping>): New record type.
(file-mapping-compiler): New procedure.
(scheme-node): Use 'file-mapping' instead of 'imported-files'.
(imported-files): Remove.

gexp: 'imported-files/derivation' can copy files instead of symlinking.

* guix/gexp.scm (imported-files/derivation): Add #:symlink? and honor
it.
(imported-files): Pass #:symlink? to 'imported-files/derivation'.
* tests/gexp.scm ("imported-files with file-like objects"): Add 'file=?'
and use it instead of calling 'readlink'.

gexp: 'imported-files' no longer creates a derivation by default.

* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:import-creates-derivation?.
Pass #:derivation? to 'imported-modules' and 'compiled-modules'.  In -L
argument, check whether MODULES is a derivation.
(%not-slash): New variable.
(file-mapping->tree): New procedure.
(imported-files): Rename to...
(imported-files/derivation): ... this.
(imported-files): New procedure.  Rewrite in terms of
'interned-file-tree' when possible; add #:derivation? parameter.
(imported-modules, compiled-modules): Add #:derivation? parameter and
pass it to 'imported-files'.
* guix/packages.scm (patch-and-repack): Pass
 #:import-creates-derivation? to 'gexp->derivation'.
* tests/gexp.scm ("imported-files"): Adjust to no longer expect a
derivation.

gexp: Remove unnecessary 'mlet'.

* guix/gexp.scm (imported-modules): Use 'let' instead of 'mlet'.

store: Add 'add-file-tree-to-store'.

* guix/store.scm (%not-slash): New variable.
(add-file-tree-to-store, interned-file-tree): New procedures.
* tests/store.scm ("add-file-tree-to-store"): New test.

serialization: Add 'write-file-tree'.

* guix/serialization.scm (write-contents-from-port): New procedure.
(write-contents): Write in terms of 'write-contents-from-port'.
(filter/sort-directory-entries, write-file-tree): New procedures.
(write-file): Rewrite in terms of 'write-file-tree'.
* tests/nar.scm ("write-file-tree + restore-file"): New test.

gnu: Add r-txtplot.

* gnu/packages/statistics.scm (r-txtplot): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: julia: Fix 'llvm' version.

Fixes a build failure with LLVM 6.0.x.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Use LLVM-3.9.1 instead of
LLVM.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Update to 4.17.8.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.8.
(%linux-libre-hash): Update hash.
(linux-libre): Remove patch.

gnu: VLC: Update to 3.0.3-1 [fixes CVE-2018-11529].

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.3-1.

gnu: services: Fix openssh service start error.

* gnu/services/ssh.scm (openssh-shepherd-service): Require loopback.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.7.
(%linux-libre-hash): Update hash.
(linux-libre)[source]: Add upstream patch to fix i686.

gnu: httpd: Update to 2.4.34 [fixes CVE-2018-{1333,8011}].

* gnu/packages/web.scm (httpd): Update to 2.4.34.

gnu: znc: Update to 1.7.1 [fixes CVE-2018-{14055,14056}].

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.7.1.

gnu: Add emacs-rust-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-rust-mode): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.56.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.56.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.113.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.113.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.141.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.141.

gnu: Add openbabel.

* gnu/packages/chemistry.scm (openbabel): New variable.

gnu: ghostscript: Fix CVE-2018-10194.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[replacement]: New field.
(ghostscript/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/ghostscript-CVE-2018-10194.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.26.1.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.26.1.

gnu: CUPS: Update to 2.2.8 [fixes CVE-2018-{4180,4181}].

* gnu/packages/cups.scm (cups-minimal)[replacement]: New field.
(cups-minimal-2.2.8): New variable.
(cups): Use package/inherit.

gnu: whois: Update to 5.3.2.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.3.2.

gnu: rng-tools: Update to 6.3.1.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools): Update to 6.3.1.

gnu: ffmpeg@2.8: Update to 2.8.15.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.8): Update to 2.8.15.

gnu: Add bsdiff.

* gnu/packages/compression.scm (bsdiff): New public variable.

gnu: sfml: Remove all bundled dependencies.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml)[source](snippet): New field.
[inputs]: Add STB-IMAGE and STB-IMAGE-WRITE.

gnu: Add stb-image-write.

* gnu/packages/stb.scm (stb-image-write): New public variable.

gnu: Add stb-image.

* gnu/packages/stb.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.

gnu: sfml: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): Update to 2.5.0.
[arguments]: Specify pkg-config dir in #:configure-flags.
[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.
[inputs]: Move FLAC, FREETYPE, LIBVORBIS and OPENAL ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: physfs: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/game-development.scm (physfs): Update to 3.0.1.
[arguments]: Add phase to ensure RUNPATH is set.

gnu: libspiro: Update to 0.5.20150702.

* gnu/packages/fontutils.scm (libspiro): Update to 0.5.20150702.
[source]: Change URI to maintained repository.
[arguments]: Remove.

gnu: libmodplug: Update to 0.8.9.0.

* gnu/packages/audio.scm (libmodplug): Update to 0.8.9.0.

gnu: libmikmod: Update to 3.3.11.1.

* gnu/packages/sdl.scm (libmikmod): Update to 3.3.11.1.

gnu: libextractor: Update to 1.7.

* gnu/packages/gnunet.scm (libextractor): Update to 1.7.