etc: Remove hydra.gnu.org.pub key.

* etc/substitutes/hydra.gnu.org.pub: Delete file.
* guix/self.scm (miscellaneous-files): Don't install it.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Remove it.
* gnu/services/base.scm (%default-authorized-guix-keys): Likewise.
(hydra-key-authorization): Rename to…
(substitute-key-authorization): …this.  Adjust only call site.

doc: Correct the software behind ci.guix.gnu.org.

* doc/guix.texi (Invoking guix publish): It runs Cuirass.

doc: Remove references to hydra.gnu.org.

* doc/contributing.texi (Packaging Guidelines, Submitting Patches):
Replace hydra URL with @value{SUBSTITUTE-SERVER}.
* doc/guix.texi (Official Substitute Server): Remove ‘hydra’ @cindex.
(Substitute Server Authorization): Remove note about hydra.gnu.org.pub.

guix-install.sh: Don't authorise hydra.gnu.org.

* etc/guix-install.sh (sys_authorize_build_farms): Authorise only
ci.guix.gnu.org and make all references to it singular.

gnu: flashrom: Update to 1.1.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (flashrom): Update to 1.1.

gnu: di: Update to 4.47.1.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.47.1.

gnu: stow: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/package-management.scm (stow): Update to 2.3.0.
[propagated-inputs]: New field.

gnu: Add Perl Clone::Choose.

* gnu/packages/perl.scm (perl-clone-choose): New variable.

gnu: rust: use llvm@8

* gnu/packages/llvm.scm (llvm): Rename to...
(llvm-8): ...this.
(llvm): New variable.
* gnu/packages/rust.scm (rust)[inputs]: Use llvm-8

gnu: rust: downgrade older versions to llvm@6

* gnu/packages/rust.scm: (rust-1.30): Remove llvm override.

gnu: rust: remove debug-info patch thanks to newer gdb version

* gnu/local.mk: (dist_patch_DATA): Delete
%D%/packages/patches/rust-1.30-gdb-llvm.patch
* gnu/packages/rust.scm: (rust-1.30): Delete patch overrides.
(rust-1.31): Delete patch overrides.

gnu: r-quantreg: Update to 5.41.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.41.

gnu: r-fpc: Update to 2.2-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fpc): Update to 2.2-3.
[propagated-inputs]: Remove r-mvtnorm.

gnu: r-mclust: Update to 5.4.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mclust): Update to 5.4.4.

gnu: r-mvtnorm: Update to 1.0-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mvtnorm): Update to 1.0-11.

gnu: r-segmented: Update to 1.0-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-segmented): Update to 1.0-0.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-6.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.4.2.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.0.

gnu: r-gdtools: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdtools): Update to 0.1.9.

gnu: r-cluster: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cluster): Update to 2.1.0.

gnu: r-future-apply: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future-apply): Update to 1.3.0.

gnu: r-bootstrap: Update to 2019.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-bootstrap): Update to 2019.6.

gnu: r-rnifti: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 0.11.0.

gnu: r-rgl: Update to 0.100.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgl): Update to 0.100.24.

gnu: r-remotes: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-remotes): Update to 2.1.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.2.2.

gnu: r-emmeans: Update to 1.3.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.3.5.1.

gnu: r-ggstance: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggstance): Update to 0.3.2.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.5.

gnu: r-sjmisc: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjmisc): Update to 2.8.1.

gnu: r-prediction: Update to 0.3.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-prediction): Update to 0.3.14.

gnu: r-officer: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.5.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.2.1.

gnu: r-ellipsis: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ellipsis): Update to 0.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-cgdsr: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cgdsr): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-httr.

gnu: r-quantmod: Update to 0.4-15.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): Update to 0.4-15.

gnu: r-tinytex: Update to 0.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.14.

gnu: r-xfun: Update to 0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.8.

gnu: r-performanceanalytics: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-performanceanalytics): Update to 1.5.3.

gnu: r-abbyyr: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-abbyyr): Update to 0.5.5.

gnu: r-phangorn: Update to 2.5.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-phangorn): Update to 2.5.5.

gnu: r-tximport: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.12.3.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.36.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.36.3.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.20.1.

gnu: r-biomart: Update to 2.40.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.40.1.

gnu: r-edger: Update to 3.26.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.26.5.

gnu: r-systempiper: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-systempiper): Update to 1.18.2.

gnu: r-rsubread: Update to 1.34.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 1.34.4.

gnu: r-genomicscores: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicscores): Update to 1.8.1.

gnu: r-dose: Update to 3.10.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dose): Update to 3.10.2.

gnu: python-llvmlite: Build against LLVM 7.

This is a follow-up to commit c5296e205b65a9b53553cf45be2ab223d5e82df5.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-7, clang-runtime-7, clang-7): New public variables.
(python-llvmlite)[inputs]: Inherit from LLVM-7 instead of LLVM.

gnu: Add beets-bandcamp.

* gnu/packages/music.scm (beets-bandcamp): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: musescore: Update to 3.2.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.2.

gnu: snap: Update to 5.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 5.

gnu: atlas: All phases return #t.

* gnu/packages/maths.scm (atlas)[arguments]: Ensure all custom phases
return #t.

gnu: krita: Update to 4.2.2.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 4.2.2.
[source]: Don't use NAME in source URI.
[arguments]: Remove obsolete configure flags.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[inputs]: Add quazip, reorder alphabetically.

gnu: Add quazip.

* gnu/packages/compression.scm (quazip): New variable.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.131.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.131.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.184.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.184.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.184.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.184.

gnu: pigx-scrnaseq: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): Update to 0.0.8.

gnu: mame: Update to 0.211.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.211.

tests: Avoid TCP port collision between lint.scm and guix-daemon.sh.

This could lead to random deadlocks in one of these two tests when
running "make check -j5".

* tests/guix-daemon.sh (tcp_socket): Change port to 9998 to avoid
collision with tests/lint.scm.

ui: 'show-derivation-outputs' accepts <derivation-input> records.

* guix/ui.scm (show-derivation-outputs): Handle <derivation-input>
records.

ui: 'show-what-to-build' accepts derivation inputs.

This is a followup to f8a9f99cd602ce1dc5307cb0c21ae718ad8796bb.

* guix/ui.scm (show-what-to-build)[inputs]: New variables.
[substitutable-info]: Build the derivation list from INPUTS.
Pass INPUTS to 'derivation-build-plan'.

packages: 'specification->package+output' distinguishes "no output specified".

Until now the caller couldn't tell the different between a spec like
"foo:out" and one like "foo".  This change allows users to distinguish
between these two cases.

* gnu/packages.scm (specification->package+output): Disable output
membership test when OUTPUT = #f and SUB-DRV = #f.
* tests/packages.scm ("specification->package+output")
("specification->package+output invalid output")
("specification->package+output no default output")
("specification->package+output invalid output, no default"): New tests.

derivations: 'build-derivations' can be passed derivation inputs.

* guix/derivations.scm (build-derivations): Accept <derivation-input>
records among DERIVATIONS.
* tests/derivations.scm ("build-derivations with specific output"): Test
it.

derivations: 'derivation' preserves pointer equality.

* guix/derivations.scm (derivation): Check if FILE is already in
%DERIVATION-CACHE and return it if it is.

derivations: <derivation-input> now aggregates a <derivation>.

Consequently, the whole graph of <derivation> object is readily
available without having to go through 'read-derivation-from-file',
which could have cache misses if the requested <derivation> object had
been GC'd in the meantime.  This is an important property for the
performance of things like 'derivation-build-plan' that traverse the
derivation graph.

* guix/derivations.scm (<derivation-input>): Replace 'path' field by
'derivation'.
(derivation-input-path): Adjust accordingly.
(derivation-input-key): New procedure.
(derivation-input-output-paths): Adjust accordingly.
(coalesce-duplicate-inputs): Likewise.
(derivation-prerequisites): Use 'derivation-input-key' to compute keys
for INPUT-SET.
(derivation-build-plan): Likewise.
(read-derivation): Add optional 'read-derivation-from-file' parameter.
[make-input-drvs]: Call it.
(write-derivation)[write-input]: Adjust to new <derivation-input>.
(derivation/masked-inputs): Likewise, and remove redundant
'coalesce-duplicate-inputs' call.
(derivation)[input->derivation-input]: Change to consider only the
derivation case.  Update call to 'make-derivation-input'.
[input->source]: New procedure.
Separate sources from inputs.
(map-derivation): Adjust to new <derivation-input>.
* tests/derivations.scm ("parse & export"): Pass a second argument to
'read-derivation'.
("build-expression->derivation and derivation-prerequisites")
("derivation-prerequisites and valid-derivation-input?"): Adjust to new
<derivation-input>.

graph: Use 'derivation-input-derivation'.

* guix/scripts/graph.scm (derivation-dependencies): Use
'derivation-input-derivation'.

ui: 'show-what-to-build' uses 'derivation-build-plan'.

* guix/ui.scm (show-what-to-build)[build-or-substitutable?]: Remove.
Use 'derivation-build-plan' instead of
'derivation-prerequisites-to-build', passing it all of DRV at once, and
remove 'fold2' shenanigans and postprocessing of BUILD.

derivations: Rewrite and replace 'derivations-prerequisites-to-build'.

The new 'derivation-build-plan' procedure has a more appropriate
signature: it takes a list of <derivation-inputs> instead of taking one
<derivation>.  Its body is also much simpler.

* guix/derivations.scm (derivation-build-plan): New procedure.
(derivation-prerequisites-to-build): Express in terms of
'derivation-build-plan' and mark as deprecated.
* tests/derivations.scm: Change 'derivation-prerequisites-to-build'
tests to 'derivation-build-plan' and adjust accordingly.

derivations: Add 'derivation-input'.

* guix/derivations.scm (derivation-input): New procedure.
* tests/grafts.scm (make-derivation-input): Remove.
("graft-derivation, unused outputs not depended on"): Use
'derivation-input'.

ui: Add 'display-search-results' and use it.

* guix/ui.scm (display-search-results): New procedure.
* guix/scripts/package.scm (find-packages-by-description): Remove
'unzip2' call and return a list of pairs.
(process-query): Change to use 'display-search-results'.
* guix/scripts/system/search.scm (find-service-types): Remove 'unzip2'
call and return a list of pairs.
(guix-system-search): Use 'display-search-results'.

syscalls: Add 'terminal-rows'.

* guix/build/syscalls.scm (terminal-dimension): New procedure.
(terminal-columns): Rewrite in terms of 'terminal-dimension'.
(terminal-rows): New procedure.
* tests/syscalls.scm ("terminal-rows"): New test.

ui: 'relevance' considers regexps connected with a logical and.

* guix/ui.scm (relevance)[score]: Change to return 0 when one of REGEXPS
doesn't match.
* tests/ui.scm ("package-relevance"): New test.

accounts: Use 'fsync' instead of 'fdatasync'.

* gnu/build/accounts.scm (catch-ENOSYS): Remove.
(database-writer): Use 'fsync' instead of 'fdatasync'.

gnu: dosbox: Update to 0.74-3.

* gnu/packages/emulators.scm (dosbox): Update to 0.74-3.

gnu: rep-gtk: Update to 0.90.8.3.

* gnu/packages/sawfish.scm (rep-gtk): Update to 0.90.8.3.
[source]: Use HTTPS URI.
[arguments]: Add remove-autogen phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake and libtool.
[home-page]: Update URI.

gnu: sawfish: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/sawfish.scm (sawfish): Update to 1.12.0.
[source]: Use HTTPS URI.
[home-page]: Update URI.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: electron-cash: Update to 4.0.7.

* gnu/packages/finance (electron-cash): Update to 4.0.7.

Revert "gnu: openssh: Don't create the PRIVSEP_PATH directory."

This reverts commit 46475f72ab6127e7818fdea4a0ea9cc07c60a5f4.

Revert "gnu: openssh: Clean-up custom install phase."

This reverts commit 7754136e464e02284624ad05c196d9ec26099143.

gnu: supertux: Fix homepage.

* gnu/packages/games.scm (supertux)[homepage]: Fix URL.

gnu: Add texmacs.

* gnu/packages/text-editors.scm (texmacs): New variable.

gnu: python-pathpy: Update to 11.5.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathpy): Update to 11.5.0.
[outputs]: Add separate "doc" output.
[native-inputs]: Add python-jaraco-packaging.
[arguments]: Enable tests; uncomment "build-doc" and "install-doc" phases;
replace "check" phase to skip flaky test.

gnu: Add python-jaraco-packaging.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jaraco-packaging): New variable.

gnu: Add python-pytest-virtualenv.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-virtualenv): New variable.

gnu: Add python-pytest-fixture-config.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-fixture-config): New variable.

gnu: Add python-pytest-shutil.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-shutil): New variable.

gnu: Add python-pytest-flake8.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-flake8): New variable.

gnu: Add python-pytest-checkdocs.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-checkdocs): New variable.

gnu: Add python-importlib-metadata.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-importlib-metadata): New variable.

gnu: Add python-zipp.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zipp): New variable.

gnu: Add python-setuptools-git.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-git): New variable.

gnu: Add python-contextlib2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-contextlib2): New variable.

gnu: Add python-pathlib2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathlib2): New variable.

gnu: Add mesa-opencl-icd.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-opencl-icd): New variable.

gnu: Add mesa-opencl.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-opencl): New variable.