gnu: r-mzr: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): Update to 2.14.0.
[inputs]: Add zlib.
[propagated-inputs]: Add r-rhdf5lib.

gnu: r-protgenerics: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-protgenerics): Update to 1.12.0.

gnu: r-sva: Update to 3.28.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sva): Update to 3.28.0.

gnu: r-methylkit: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-methylkit): Update to 1.6.0.

gnu: r-copywriter: Update to 2.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-copywriter): Update to 2.12.0.

gnu: r-chipseq: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-chipseq): Update to 1.30.0.

gnu: r-annotationfilter: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationfilter): Update to 1.4.0.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.24.0.
[arguments]: Remove.
[propagated-inputs]: Remove r-zlibbioc; add r-rhdf5lib.
[inputs]: Remove perl.

gnu: r-tximport: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.8.0.

gnu: r-mutationalpatterns: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mutationalpatterns): Update to 1.6.1.

gnu: r-bamsignals: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bamsignals): Update to 1.12.0.

gnu: r-rhtslib: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib): Update to 1.12.1.
[native-inputs]: Remove autoconf.

gnu: r-zlibbioc: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-zlibbioc): Update to 1.26.0.

gnu: r-motifrg: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-motifrg): Update to 1.24.0.

gnu: r-seqlogo: Update to 1.46.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqlogo): Update to 1.46.0.

gnu: r-genomation: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): Update to 1.12.0.

gnu: r-seqpattern: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqpattern): Update to 1.12.0.

gnu: r-impute: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-impute): Update to 1.54.0.

gnu: r-bsgenome: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bsgenome): Update to 1.48.0.

gnu: r-topgo: Update to 2.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): Update to 2.32.0.

gnu: r-graph: Update to 1.58.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-graph): Update to 1.58.0.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.32.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rmysql.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.40.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.40.2.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.16.0.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.10.1.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.6.0.
[propagated-inputs]: Add r-biocparallel.

gnu: r-rsamtools: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 1.32.0.

gnu: r-biostrings: Update to 2.48.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Update to 2.48.0.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.14.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.14.1.

gnu: r-biomart: Update to 2.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.36.1.

gnu: r-annotationdbi: Update to 1.42.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Update to 1.42.1.

gnu: r-biobase: Update to 2.40.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biobase): Update to 2.40.0.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.32.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.32.3.

gnu: r-xvector: Update to 0.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xvector): Update to 0.20.0.

gnu: r-limma: Update to 3.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.36.1.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.26.0.

gnu: r-edger: Update to 3.22.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.22.2.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.16.0.

gnu: r-iranges: Update to 2.14.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.14.10.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.18.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.18.2.

gnu: r-dnacopy: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dnacopy): Update to 1.54.0.

gnu: r-bioccheck: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bioccheck): Update to 1.16.0.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocstyle): Update to 2.8.2.

gnu: r-biocviews: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.48.0.

gnu: r-biocinstaller: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocinstaller): Update to 1.30.0.

gnu: r-biocgenerics: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocgenerics): Update to 0.26.0.

gnu: r-grohmm: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-grohmm): Update to 1.14.0.

gnu: r-systempiper: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-systempiper): Update to 1.14.0.

gnu: r-shortread: Update to 1.38.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shortread): Update to 1.38.0.

gnu: r-gostats: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gostats): Update to 2.46.0.

gnu: r-category: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-category): Update to 2.46.0.

gnu: r-gseabase: Update to 1.42.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gseabase): Update to 1.42.0.

gnu: r-rbgl: Update to 1.56.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rbgl): Update to 1.56.0.

gnu: r-annotationforge: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationforge): Update to 1.22.0.

gnu: r-dexseq: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dexseq): Update to 1.26.0.

gnu: r-deseq2: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-deseq2): Update to 1.20.0.

gnu: r-genefilter: Update to 1.62.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genefilter): Update to 1.62.0.

gnu: r-geneplotter: Update to 1.58.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-geneplotter): Update to 1.58.0.

gnu: r-copynumber: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-copynumber): Update to 1.20.0.

gnu: r-annotate: Update to 1.58.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotate): Update to 1.58.0.

gnu: r-qdnaseq: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-qdnaseq): Update to 1.16.0.
[propagated-inputs]: Add r-biocparallel.

gnu: r-cghcall: Update to 2.42.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cghcall): Update to 2.42.0.

gnu: r-cghbase: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cghbase): Update to 1.40.0.

gnu: r-marray: Update to 1.58.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-marray): Update to 1.58.0.
[propagated-inputs]: Remove r-biobase.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.14.0.
[propagated-inputs]: Add r-biostrings, r-delayedarray, r-genomicranges,
r-iranges, and r-s4vectors.

gnu: r-ripseeker: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ripseeker): Update to 1.20.0.

gnu: r-diffbind: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 2.8.0.
[propagated-inputs]: Add r-genomicranges, r-ggplot2, and
r-summarizedexperiment.

gnu: r-regioner: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.12.0.
[propagated-inputs]: Add r-s4vectors.

gnu: r-hpar: Update to 1.22.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hpar): Update to 1.22.2.

gnu: r-minimal: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests): New variable derived from
r-minimal; update to 3.5.0.
[arguments]: Build recommended packages.
(r-minimal): Inherit from r-with-tests.
[arguments]: Disable recommended packages and tests.

gnu: emacs-elfeed: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-elfeed): Update to 3.0.0.

self: Include gnu/build/* in the result.

Previously, modules like gnu/build/cross-toolchain.scm or
gnu/build/svg.scm were missing from the result.

* guix/self.scm (compiled-guix)[*system-modules*]: Add gnu/build/* to
 #:extra-files.
(imported-files)[same-target?]: New procedure.
[build]: Call 'delete-duplicates' on FILES.

self: 'compiled-files' builds the given list of files.

* guix/self.scm (compiled-files): Add 'module-files' parameter.
[build]: 'process-directory' now honors MODULE-FILES instead of
building any '.scm' file it sees.
(scheme-node): Adjust accordingly.

self: Improve backtraces for 'imported-files'.

* guix/self.scm (imported-files): Pass #:env-vars.

gnu: icecat: Add more fixes from upstream esr52.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes from
the upstream mozilla-esr52 repository.

self: Show backtraces on more columns.

* guix/self.scm (compiled-modules): Add "COLUMNS" to #:env-vars.

self: Add dependency on guile-gdbm-ffi.

Fixes a regression introduced in
331ac4cc239727992329207ba428b3f26cae91d9 whereby "guile-gdbm-ffi" would
now be mandatory.

* guix/self.scm (specification->package): Add "guile-gdbm-ffi" and
"guile2.0-gdbm-ffi".
(compiled-guix)[guile-gdbm-ffi]: New variables.
[dependencies]: Add it.

gnu: qtbase: Fix build on older kernels.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[arguments]: Add configure flags
"-no-feature-getentropy" and "-no-feature-renameat2".

Add (guix store deduplication).

* guix/store/database.scm (register-path): Add #:deduplicate? and call
'deduplicate' when it's true.
(counting-wrapper-port, nar-sha256): Move to...
* guix/store/deduplication.scm: ... here.  New file.
* tests/store-deduplication.scm: New file.
* Makefile.am (STORE_MODULES): Add deduplication.scm.
(SCM_TESTS) [HAVE_GUILE_SQLITE3]: Add store-deduplication.scm.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

database: 'register-path' resets timestamps.

* guix/store/database.scm (reset-timestamps): New procedure.
(register-path): Use it.

Add (gnu store database).

* guix/config.scm.in (%store-database-directory): New variable.
* guix/store/database.scm: New file.
* tests/store-database.scm: New file.
* Makefile.am (STORE_MODULES): New variable.
(MODULES, MODULES_NOT_COMPILED): Adjust accordingly.
(SCM_TESTS) [HAVE_GUILE_SQLITE3]: Add tests/store-database.scm.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Check for Guile-SQLite3.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_SQLITE3): New macro.
* configure.ac: Use it and define 'HAVE_GUILE_SQLITE3'.
* guix/self.scm (specification->package): Add "guile-sqlite3".
(compiled-guix)[guile-sqlite3]: New variable.
[dependencies]: Add it.

vm: Use 'with-extensions'.

* gnu/system/vm.scm (system-docker-image)[build]: Use
'with-extensions'.  Remove 'add-to-load-path' calls.

profiles: Use 'with-extensions'.

* guix/profiles.scm (manual-database)[build]: Use 'with-extensions'.
Remove 'add-to-load-path' call.
* guix/man-db.scm: Use (gdbm) the normal way; remove 'module-autoload!'
call.

bootloader: grub: Use 'with-extensions'.

* gnu/bootloader/grub.scm (svg->png): Use 'with-extensions'.  Remove
'add-to-load-path' calls.
* gnu/build/svg.scm: Use (rsvg) and (cairo) the normal way.  Remove
'module-autoload!' calls.

bootloader: grub: Simplify 'svg->png'.

* gnu/bootloader/grub.scm (svg->png): Remove now unneeded
  #:guile-for-build argument.

tests: ssh: Use 'with-extensions'.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test)[test]: Wrap body in
'with-extensions'.  Remove %load-path manipulation code.

pack: Use 'with-extensions' when referring to (guix docker).

* guix/docker.scm: Use module (json) the normal way.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Wrap in
'with-extensions'.

gexp: Add 'with-extensions'.

* guix/gexp.scm (<gexp>)[extensions]: New field.
(gexp-attribute): New procedure.
(gexp-modules): Write in terms of 'gexp-attribute'.
(gexp-extensions): New procedure.
(gexp->derivation): Add #:effective-version.
[extension-flags]: New procedure.
Honor extensions of EXP.
(current-imported-extensions): New syntax parameter.
(with-extensions): New macro.
(gexp): Honor CURRENT-IMPORTED-EXTENSIONS.
(compiled-modules): Add #:extensions and honor it.
(load-path-expression): Likewise.
(gexp->script, gexp->file): Honor extensions.
* tests/gexp.scm (%extension-package): New variable.
("gexp-extensions & ungexp")
("gexp-extensions & ungexp-splicing")
("gexp-extensions and literal Scheme object")
("gexp->derivation & with-extensions")
("program-file & with-extensions"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Document 'with-extensions'.

pack: Adjust test to expect relative symlinks.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/31560>.

* tests/pack.scm ("self-contained-tarball"): Rename 'guile' to 'bin'.
Expect 'bin/Guile' to be a relative symlink.

tests: Fix arguments in pack test.

This is a follow-up to commit 5ffac538aa604b71814ac74579626f0d3110b96e.

* tests/pack.scm (self-contained-tarball): Adjust arguments to
"self-contained-tarball".

gexp: 'compiled-modules' no longer overrides (guix build utils).

Until now 'compiled-modules' would override (guix build utils) with its
own.  Thus, when asked to build a different (guix build utils),
via #:module-path, it would fail badly because a (guix build utils)
module was already loaded and possibly incompatible with the new one.

This happened when running 'guix pull --branch=core-updates' from
current master: in 'core-updates', (guix build utils) exports
'ignore-error?' but in 'master' it does not.  Thus, 'guix pull' would
fail with:

  no binding `invoke-error?' in module (guix build utils)
  builder for `/gnu/store/…-module-import-compiled.drv' failed with exit code 1
  cannot build derivation `/gnu/store/…-compute-guix-derivation.drv': 1 dependencies couldn't be built

This patch fixes it.

* guix/gexp.scm (compiled-modules)[build-utils-hack?]: New variable.
[build]: Load MODULES/build/utils.scm when it exists.

gnu: rust: Add support for building 32-bit packages on 64-bit hosts.

* gnu/packages/rust.scm (rust-bootstrap, rust-1.23): Use
nix-system->gnu-triplet to determine the system type.
(rust-1.19): Use readelf instead of nm in the atomic-lock-free test.
(rust-1.23): Disable the cargo_test_env test. Disable parallel execution of
tests.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add git-annex.

* gnu/packages/version-control.scm (git-annex): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-disk-free-space.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-disk-free-space): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-psqueues: Allow building with newer versions of QuickCheck.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-psqueues)[arguments]: Add configure
flag to allow newer versions of QuickCheck.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-safesemaphore.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-safesemaphore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-esqueleto.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-esqueleto): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-ifelse.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-ifelse): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-feed.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-feed): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>