services: 'fold-service-types' includes (gnu services).

* gnu/services.scm (all-service-modules): New procedure.
(fold-service-types): Use it for the default MODULES value.

services: 'fold-service-types' honors its seed.

* gnu/services.scm (fold-service-types): Use SEED instead of '().

ui: Define and honor '&error-location' and '&fix-hint' conditions.

* guix/utils.scm (&error-location, &fix-hint): New condition types.
* guix/ui.scm (report-load-error): Handle them.
(call-with-error-handling): Honor '&error-location'.

ui: Introduce (guix i18n).

* guix/ui.scm (G_, N_, _P, %gettext-domain, %package-text-domain): Move
to...
* guix/i18n.scm: ... here.  New file.

gnu: service: Update comment.

* gnu/services/base.scm (guix-activation): Update comment.

install: Use overlayfs instead of unionfs.

I dediced to keep adding /tmp as tmpfs since I was not able to trigger bug
while still using unionfs, so I could not verify whether this mount is still
needed with overlayfs.  Mapping /tmp to tmpfs does not harm, so we are on the
save side.

* gnu/system/install.scm (make-cow-store): Mount /gnu/store without additional
  read-only bind-mount, since in overlayfs the "lower" level is always
  read-only. Add work-dir required by overlayfs. No need to sleep anymore
  since now using the mount syscall. [unionfs]: Remove now unused function.
  (%installation-services): Update comment.
  (installation-os)[file-systems]: Update comment.

build: Use overlayfs instead of unionfs.

Overlayfs is part of the kernel, while unionfs needs FUSE.  This also reduces
the size of the initrd by ca. 4.3% (487K).

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Remove optional parameter
  "unionfs"; mount using overlayfs instead of unionfs; new directory layout
  requied by overlayfs; update documentation.
  [mark-as-not-killable]: Remove now unused function

* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system-packages): Remove now unused
  packages "unionfs-fuse/static" and thus unused related 'if'.
  (linux-modules): Replace "fuse" by "overlay".

gnu: miso: Use pypi-uri.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (miso)[source]: Use pypi-uri.

gnu: Add r-vcd.

* gnu/packages/cran.scm (r-vcd): New variable.

gnu: Add r-laeken.

* gnu/packages/cran.scm (r-laeken): New variable.

doc: Move paragraph about signature verification to the top.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Remind contributors to verify
cryptographic signatures at the very beginning.

gnu: fastcap: Use texlive-tiny.

* gnu/packages/engineering.scm (fastcap)[native-inputs]: Replace texlive with
texlive-tiny.
[arguments]: Fix indentation; set HOME in "make-pdf" phase to avoid font
errors with texlive-tiny.

gnu: librecad: Fix build.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad)[arguments]: Add phase
"patch-boost-error".

gnu: Add r-performanceanalytics.

* gnu/packages/cran.scm (r-performanceanalytics): New variable.

gnu: Add r-xts.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): New variable.

gnu: Remove "open source" from descriptions.

All software in Guix is Free Software.

* gnu/packages/aidc.scm (libdmtx)[description]: Remove "open source" string.
* gnu/packages/firmware.scm (seabios)[description]: Likewise.
* gnu/packages/libupnp.scm (libupnp)[description]: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (cubicle)[description]: Likewise.
* gnu/packages/mingw.scm (mingw-w64)[description]: Likewise.
* gnu/packages/game-development.scm (openmw)[description]: Likewise.
[synopsis]: Remove "Free software".

gnu: pcb: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/engineering.scm (pcb): Update to 4.0.2.
[arguments]: Add build phase "fix-check-for-display".

gnu: time: Update license.

* gnu/packages/time.scm (time)[license]: Change to gpl3+.

gnu: time: Update to 1.8.

* gnu/packages/time.scm (time): Update to 1.8.
[arguments]: Remove custom 'configure phase.

gnu: Add glusterfs.

* gnu/packages/file-systems.scm (glusterfs): New variable.

gnu: r-prabclus: Update description.

* gnu/packages/statistics.scm (r-prabclus)[description]: Fix grammar errors.

gnu: r-fdrtool: Update description.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fdrtool)[description]: Use "@dfn" syntax.

gnu: Add r-bbmle.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbmle): New variable.

gnu: Add r-rsofia.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsofia): New variable.

gnu: Add r-hitc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hitc): New variable.

gnu: Add r-fithic.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-fithic): New variable.

gnu: Add r-sushi.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sushi): New variable.

gnu: Add r-vioplot.

* gnu/packages/cran.scm (r-vioplot): New variable.

gnu: Add r-sm.

* gnu/packages/cran.scm (r-sm): New variable.

gnu: Add r-gwascat.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gwascat): New variable.

gnu: Add r-gviz.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): New variable.

gnu: Add r-gqtlstats.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gqtlstats): New variable.

gnu: Add r-hardyweinberg.

* gnu/packages/cran.scm (r-hardyweinberg): New variable.

gnu: Add r-mice.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): New variable.

gnu: Add r-ldblock.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ldblock): New variable.

gnu: Add r-erma.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-erma): New variable.

gnu: Add r-homo-sapiens.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-homo-sapiens): New variable.

gnu: Add r-org-hs-eg-db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-hs-eg-db): New variable.

gnu: Add r-snpstats.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-snpstats): New variable.

gnu: Add r-gqtlbase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gqtlbase): New variable.

gnu: Add r-gprofiler.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): New variable.

gnu: Add r-ggbio.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggbio): New variable.

gnu: Add r-biovizbase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biovizbase): New variable.

gnu: Add r-organismdbi.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-organismdbi): New variable.

gnu: Add r-ensembldb.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): New variable.

gnu: Add r-annotationfilter.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationfilter): New variable.

gnu: Add r-dirichletmultinomial.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dirichletmultinomial): New variable.

gnu: Add r-complexheatmap.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-complexheatmap): New variable.

gnu: Add r-genomicfiles.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfiles): New variable.

gnu: bdftopcf: Update to 1.1.

* gnu/packages/xorg.scm (bdftopcf): Update to 1.1.
[native-inputs]: Change from LIBXFONT to LIBXFONT2.

gnu: feh: Update to 2.22.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.22.2.

gnu: gcc-4.7: Resurrect building with gcc-5.4.0.

* gnu/packages/patches/gcc-4-compile-with-gcc-5.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7): Use it.

gnu: Add websockify.

* gnu/packages/web.scm (websockify): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-networkx2.

* gnu/packages/python.scm (python-networkx2, python2-networkx2): New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register 'python-networkx2-reproducible-build.patch'.
* gnu/packages/patches/python-networkx2-reproducible-build.patch: New file.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-pydot.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-pydot, python2-pydot): New variables.

Modified-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: mercurial: Update to 4.4.1.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 4.4.1.

gnu: vim: Update to 8.0.1274 [fixes CVE-2017-1000382].

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.0.1274.

gnu: notmuch: Update to 0.25.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.25.2.

gnu: psm: Only use as an input on supported-systems.

Syntax help supplied by bavier@member.fsf.org

* gnu/packages/linux.scm (libfabric)[inputs]: Only use psm as an input
on systems where psm is supported.
* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Same.

gnu: psm: Limit supported systems.

* gnu/packages/linux.scm (psm)[supported-systems]: New field, limit to
i686-linux and x86_64-linux.

gnu: gnupg: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.2.

gnu: mediainfo: Change order of custom phases.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo)[arguments]: Change to the build
directory before executing the autogen script.

gnu: linux: Fix kconfig selection.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre): When cross-compiling,
  "kconfig" field is in native-inputs variable. So config is always #f
  when cross-compiling linux.

hydra: Add jobs for all of '%final-inputs'.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (package->job): Create a 'base.' job
when PACKAGE is a member of BASE-PACKAGES.
(all-packages)[adjust]: New procedure.
Fold over %FINAL-INPUTS and add it to the result.

gnu: openmpi: Add dependency on PSM.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Add PSM.

gnu: libfabric: Add dependency on PSM.

* gnu/packages/linux.scm (libfabric)[inputs]: Add PSM.

gnu: Add PSM.

* gnu/packages/linux.scm (psm): New variable.
* gnu/packages/patches/psm-arch.patch,
gnu/packages/patches/psm-ldflags.patch,
gnu/packages/patches/psm-repro.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: diffoscope: Update to 88.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 88.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: awesome: Update to 4.2.

* gnu/packages/wm.scm (awesome): Update to 4.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: gdm: Add environment variables.

While not an optimal solution (see comment), this makes GDM functional.

* gnu/services/xorg.scm (gdm-shepherd-service): Set PATH and XDG_DATA_DIRS
environment variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gdm: Add configure flags for better defaults.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]<#:configure-flags>: Add
--with-initial-vt=7 and --enable-gdm-xsession.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gdm: Fix config file path.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]<#:phases>: Fix the
'pre-configure phase so that GDM finds its config file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

hydra: Build hidden packages.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (all-packages): Pass #:select? to
'fold-packages'.

hydra: Factorize package list creation.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (all-packages): New procedure, with
body taken from...
(hydra-jobs): ... here.  Use it.

gnu: expect: Change home-page to expect.sourceforge.net/.

* gnu/packages/tcl.scm (expect): Change home-page to
  http://expect.sourceforge.net/.

gnu: Add r-gage.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gage): New variable.

gnu: Add r-keggrest.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): New variable.

gnu: antlr3-3.3: Prettify build phases.

* gnu/packages/java.scm (antlr3-3.3)[arguments]: Prettify build phases
"bin-install" and "generate-grammar".

gnu: r-servr: Update to 0.8.

* gnu/packages/web.scm (r-servr): Update to 0.8.

gnu: r-tidyselect: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyselect): Update to 0.2.3.

gnu: r-msnbase: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): Update to 2.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-lattice; remove r-reshape2.

gnu: r-mutationalpatterns: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mutationalpatterns): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-cowplot, r-ggdendro, and r-s4vectors.

gnu: r-annotationhub: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationhub): Update to 2.10.0.
[propagated-inputs]: Add r-curl.

gnu: r-mzr: Remove bundled copy of boost.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr)[source]: Remove boost source.
[arguments]: Add build phase "use-system-boost" to link with our boost
package and avoid building the bundled sources.

gnu: r-mzr: Update to 2.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): Update to 2.12.0.

gnu: r-mzid: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzid): Update to 1.16.0.

gnu: r-chipseq: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-chipseq): Update to 1.28.0.
[propagated-inputs]: Add r-lattice.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.30.0.
[propagated-inputs]: Add r-rmysql.

gnu: Add r-rmysql.

* gnu/packages/databases.scm (r-rmysql): New variable.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.38.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.38.0.
[arguments]: Adjust patch to use system zlib.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.12.0.
[propagated-inputs]: Add r-bh.

gnu: r-biomart: Update to 2.34.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.34.0.
[propagated-inputs]: Add r-progress and r-stringr.

gnu: r-edger: Update to 3.20.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.20.1.
[propagated-inputs]: Add r-rcpp.

gnu: r-gostats: Update to 2.44.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gostats): Update to 2.44.0.
[propagated-inputs]: Add r-rgraphviz.

gnu: r-category: Update to 2.44.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-category): Update to 2.44.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rsqlite; add r-dbi.

gnu: r-lubridate: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lubridate): Update to 1.7.1.
[propagated-inputs]: Add r-rcpp.

gnu: r-preprocesscore: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-preprocesscore): Update to 1.40.0.

gnu: r-r-utils: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): Update to 2.6.0.

gnu: r-openssl: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 0.9.8.

gnu: r-rlang: Update to 0.1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.1.4.