guix package: Fix typo in comment.

* guix/scripts/package.scm: Fix typo.

gnu: Add Bristol.

* gnu/packages/music.scm (bristol): New variable.

gnu: lilypond: Update to 2.19.33.

* gnu/packages/music.scm (lilypond): Update to 2.19.33.

gnu: lilypond: Build info pages with images.

* gnu/packages/music.scm (lilypond)[arguments]: Set "conf" and "out" to
  "www"; rename phase "hardcode-path-to-gs" to "fix-path-references";
  fix reference to "/bin/sh"; add phase "install-info".

gnu: Add Yoshimi.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): New variable.

gnu: Add XML::Compile::WSDL11.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-wsdl11): New variable.

gnu: Add XML::Compile::SOAP.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-soap): New variable.

gnu: Add XML::Compile::Cache.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-cache): New variable.

gnu: Add XML::LibXML::Simple.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-libxml-simple): New variable.

gnu: Add File::Slurp::Tiny.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-slurp-tiny): New variable.

gnu: Add HTML::Template.

* gnu/packages/web.scm (perl-html-template): New variable.

gnu: Add XML::Compile.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile): New variable.

gnu: Add XML::Compile::Tester.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-tester): New variable.

gnu: Add Log::Report.

* gnu/packages/perl.scm (perl-log-report): New variable.

gnu: Add Log::Report::Optional.

* gnu/packages/perl.scm (perl-log-report-optional): New variable.

gnu: Add String::Print.

* gnu/packages/perl.scm (perl-string-print): New variable.

gnu: Add Unicode::LineBreak.

* gnu/packages/perl.scm (perl-unicode-linebreak): New variable.

gnu: Add MIME::Charset.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mime-charset): New variable.

gnu: gusb: Update home-page.

* gnu/packages/gnome.scm (gusb)[home-page]: Update home-page.

gnu: icecat: Update to 38.5.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7201-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7201-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7201-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7205.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7210.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7212.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7213-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7213-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7214.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7222-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7222-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-7222-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-freetype-2.6.patch: Delete files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.5.0-gnu1.
  [source]: Remove patches.

gnu: nss: Update to 3.20.2.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.20.2.

gnu: ruby-nokogiri: Upgrade to 1.6.7.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-nokogiri): Upgrade to 1.6.7.1.

gnu: Add ruby-mini-portile-2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mini-portile-2): New variable.

gnu: icedtea7: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Update to 2.6.3.

gnu: icedtea6: Update to 1.13.9.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6): Update to 1.13.9.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.48.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.48.

gnu: parallel: Update to 20151222.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20151222.

gnu: sipwitch: Update to 1.9.15.

* gnu/packages/telephony.scm (sipwitch): Update to 1.9.15.

gnu: ucommon: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 7.0.0.
[inputs]: Add gnutls.

gnu: isc-dhcp: Disable parallel build.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[arguments]: Disable parallel build.

gnu: isc-dhcp: Update to 4.3.3; update bundled bind to 9.9.8-P2.

Fixes CVE-2015-8000 and CVE-2015-8461.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 4.3.3.
  [inputs]: Add 'bind-source-tarball'.
  [arguments]: Use modify-phases.  Add 'replace-bundled-bind' phase.
  In 'post-configure' phase, avoid hard-coding version numbers of
  bundled bind.

gnu: bind-utils: Update to 9.10.3-P2.

* gnu/packages/dns.scm (bind-utils): Update to 9.10.3-P2.
  [source]: Use HTTP URI instead of FTP.

file-systems: The 'device' field can be a UUID (bytevector).

Previously a wrong-type-arg error would be raised when a file system
with a UUID (bytevector) field was encountered.

* gnu/system.scm (other-file-system-services)[device-mappings]: Check
whether FS's device is a string.

file-systems: Add a 'mount?' field.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22176>.
Reported by Florian Paul Schmidt <mista.tapas@gmx.net>.

* gnu/system/file-systems.scm (<file-system>)[mount?]: New field.
(file-system->spec): Adjust accordingly.
* gnu/services/base.scm (file-system-dmd-service): Return the empty list
when FILE-SYSTEM has 'mount?' set to false.
(user-processes-service): Select the subset of FILE-SYSTEMS that matches
'file-system-mount?'.
* doc/guix.texi (File Systems): Document it.

services: Add 'fstab-service-type'.

* gnu/services/base.scm (file-system->fstab-entry)
(file-systems->fstab): New procedures.
(fstab-service-type): New variable.
* gnu/services/base.scm (file-system-dmd-service): New procedure, taken
from...
(file-system-service-type): ... here.
* gnu/system.scm (essential-services): Add FSTAB-SERVICE-TYPE instance.

build: Add bioconductor-uri procedure.

* guix/build-system/r.scm (bioconductor-uri): New procedure.

gnu: Add vmpk.

* gnu/packages/music.scm (vmpk): New variable.

gnu: Add drumstick.

* gnu/packages/music.scm (drumstick): New variable.

gnu: letsencrypt and acme: Update to 0.1.1.

These packages should be updated together.

* gnu/packages/tls.scm (letsencrypt): Update to 0.1.1.
[source]: Use pypi-uri.
* gnu/packages/tls.scm (acme): Update to 0.1.1.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: ffmpeg: Update to 2.8.4.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.8.4.

doc: Be more explicit in example of file-systems configuration.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (file-systems): Change device
label.
* gnu/system/examples/desktop.tmpl (file-systems): Likewise.

doc: Explain significance of partition labels.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Point out relationship
between partition labels and the file-system configuration.

gnu: grub: Add fix for CVE-2015-8730.

* gnu/packages/patches/grub-CVE-2015-8370.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.
* gnu/packages/grub.scm: Apply patch.

gnu: Add GenomicRanges.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): New variable.

gnu: Add XVector.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xvector): New variable.

gnu: Add GenomeInfoDb.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): New variable.

gnu: Add IRanges.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): New variable.

gnu: Add S4Vectors.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): New variable.

gnu: Add BiocGenerics.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocgenerics): New variable.

gnu: Add r-acsnminer.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-acsnminer): New variable.

gnu: Add r-gridextra.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gridextra): New variable.

gnu: Add r-gtable.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtable): New variable.

gnu: Add r-rmarkdown.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): New variable.
* gnu/packages/haskell.scm: Do not select libxml2 from the xml module to
  prevent circular package module imports.

gnu: Add r-catools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): New variable.

gnu: Add r-bitops.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bitops): New variable.

gnu: Add AdaptiveSparsity.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-adaptivesparsity): New variable.

gnu: Add r-rcpparmadillo.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo-for-rcpparmadillo): New variable.
* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): New variable.

gnu: Add armadillo.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo): New variable.

doc: Fix outdated claim about CRAN importer.

* doc/guix.texi: The CRAN importer no longer extracts information from
  the HTML package description but from the package's DESCRIPTION file.

import: Drop empty list items.

* guix/import/cran.scm (listify): Remove empty strings from result list.

http-client: Support basic authentication.

* guix/http-client.scm (http-fetch): Add Authorization header to request
  when the URI contains userinfo.

gnu: Add libgit2.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): New variable.

gnu: mafft: Update to 7.267.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mafft): Update to 7.267.
[arguments]: Don't include mafft-homologs manpage.
[inputs]: Add gawk and grep.
[propagated-inputs]: Add coreutils.

gnu: rxvt-unicode: Install the terminal capability data.

This provides the necessary terminal capability data, which are required
by ncurses-based applications.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rxvt-unicode)[native-inputs]: Add ncurses.
[arguments]: Set the destination of the terminfo files.
[native-search-path]: New field.  Make them automatically available to
the user.

gnu: msmtp: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.6.3.
[inputs]: Add libsecret.

gnu: claws-mail: Update to 3.13.1.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.13.1.

gnu: python-cython: Update to 0.23.4.

* gnu/packages/python.scm (python-cython): Update to 0.23.4.

gnu: ruby: Update to 2.2.4.

This version fixes CVE-2015-7551.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby): Update to 2.2.4.

lint: The CPE name of GRUB is "grub2".

Reported by Leo Famulari.

* guix/scripts/lint.scm (package-name->cpe-name): Add "grub".

packages: Remove now redundant graph procedures.

These procedures are now redundant with those in (guix graph) and are no
longer used since commit a51cbecb.

* gnu/packages.scm (vhash-refq, package-dependencies)
(package-direct-dependents, package-transitive-dependents)
(package-covering-dependents): Remove.

profiles: Honor search paths of propagated inputs.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22073>.
Reported by Federico Beffa <beffa@ieee.org>.

* guix/profiles.scm (package->manifest-entry): Use
'package-transitive-native-search-paths' when computing
'search-paths' field.
* tests/profiles.scm ("package->manifest-entry, search paths"): New test.

packages: Add 'package-transitive-native-search-paths'.

* guix/packages.scm (package-transitive-native-search-paths): New
procedure.
* tests/packages.scm ("package-transitive-native-search-paths"): New
test.

gnu: offlineimap: Update to 6.6.0.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 6.6.0.

gnu: gnupg: Update to 1.4.20.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-1): Update to 1.4.20.

gnu: Add gnome-shell.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell): New variable.

gnu: Add gnome-control-center.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-control-center): New variable.

gnu: Add gnome-bluetooth.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-bluetooth): New variable.

gnu: Add libgtop.

* gnu/packages/gnome.scm (libgtop): New variable.

gnu: Add colord-gtk.

* gnu/packages/freedesktop.scm (colord-gtk): New variable.

gnu: Add telepathy-logger.

* gnu/packages/freedesktop.scm (telepathy-logger): New variable.

gnu: tilda: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/terminals.scm (tilda): Update to 1.3.1.

gnu: Add tlsdate.

* gnu/packages/ntp.scm (tlsdate): New variable.

gnu: mpv: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.14.0.

gnu: mpv: Fix build by using pkg-config for smbclient.

This is a followup to commit 710964d.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[arguments]: Remove 'patch-wscript' phase.

gnu: agg: Update URLs.

* gnu/packages/graphics.scm (agg)[source, home-page]: Add up-to-date
URLs.

gnu: Use #:prefix when importing (guix licenses).

This works around a problem with #:hide, whereby Guile would report
'zlib', 'openssl', and/or 'expat as colliding bindings at run time
despite the #:hide.

* gnu/packages/linux.scm: Use #:prefix license for (guix licenses).
* gnu/packages/haskell.scm: Likewise.

gnu: Do not #:select from (gnu packages …) modules.

This is to avoid <http://bugs.gnu.org/15540>.

* gnu/packages/bittorrent.scm: Do not #:select from (gnu packages
compression).
* gnu/packages/dictionaries.scm: Likewise.
* gnu/packages/disk.scm: Likewise.
* gnu/packages/gimp.scm: Likewise.
* gnu/packages/haskell.scm: Likewise.

gnu: key-mon: Remove unnecessary propagated inputs.

* gnu/packages/key-mon.scm (key-mon)[propagated-inputs]: Rename to...
[inputs]: ... this.  Propagated was unnecessary since the 'key-mon'
program is wrapped.

gnu: python2-pygtk: Add "doc" output.

* gnu/packages/gtk.scm (python2-pygtk)[outputs]: New field.
[arguments]: Add 'set-gtk-doc-directory' phase.

gnu: python2-pygtk: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/gtk.scm (python2-pygtk)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: gimp: Add "doc" output.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp)[outputs, arguments]: New fields.

gnu: goffice: Add "doc" output.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice)[outputs, arguments]: New fields.
(goffice-0.8)[arguments]: Append arguments from GOFFICE.

gnu: Add dovecot service

* gnu/services/mail.scm: New file.
(&dovecot-configuration-error, dovecot-configuration-error?)
(dovecot-service, dovecot-configuration, dict-configuration)
(passdb-configuration, userdb-configuration)
(unix-listener-configuration, fifo-listener-configuration)
(inet-listener-configuration, service-configuration)
(protocol-configuration, plugin-configuration, mailbox-configuration)
(namespace-configuration, opaque-dovecot-configuration): New public
variables.

* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add (gnu services mail).

* doc/guix.texi (Mail Services): New node.

gnu: dovecot: Add linux-pam to inputs.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Add linux-pam to inputs, enabling the
  PAM auth driver.

gnu: sdl-image: Add libwebp input.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-image)[propagated-inputs]: Add libwebp.

gnu: Add sdl2-ttf.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-ttf): New variable.

gnu: Add sdl2-mixer.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer): New variable.

gnu: Add sdl2-image.

* gnu/packages/sdl.scm (propagated-inputs-with-sdl2): New procedure.
(sdl2-image): New variable.

gnu: samba: Update to 4.3.2.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.3.2.  Add more inputs.
[arguments]: Remove #:modules and #:imported-modules.  Remove 'chdir'
and 'add-lib-to-runpath' from #:phases.  Use 'modify-phases' syntax.

gnu: Add ldb.

* gnu/packages/samba.scm (ldb): New variable.