Revert "gnu: ed: Update to 1.15."

This reverts commit 3ff75b6403fa3be7378d42fb6127ea6b933159a0.

Too many dependents packages for master.

gnu: ed: Update to 1.15.

* gnu/packages/ed.scm (ed): Update to 1.15.

gnu: git: Update to 2.23.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.23.0.

gnu: xrandr: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xrandr): Update to 1.5.1.  Change archive type
to ".tar.xz".

gnu: setxkbmap: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/xorg.scm (setxkbmap): Update to 1.3.2.

upstream: Gracefully handle archive type changes.

Previously, if the currently used archive type (e.g., "bz2") was
unavailable for the new version, 'guix refresh -u' would crash instead
of updating to the archive with the new type.

* guix/upstream.scm (package-update/url-fetch): When URL is #f, pick the
first of URLS; likewise for SIGNATURE-URL.

refresh: Use the standard diagnostic procedures.

* guix/scripts/refresh.scm (warn-no-updater): Use 'warning' instead of
'format'.
(update-package): Use 'info' and 'warning' instead of 'format'.

import: gnome: Update for Guile-JSON 3.x.

This is a followup to 81c3dc32244a17241d74eea9fa265edfcb326f6d.

* guix/import/gnome.scm (jsonish->upstream-source): Use 'assoc-ref'
instead of 'hash-ref'.
(latest-gnome-release): Match a vector containing an alist, not a hash
table.  Use 'fold' instead of 'hash-fold' over RELEASES.

gnu: guile-email: Fix source hash.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-email)[source]: Fix hash.

build: 'GUIX_CHECK_GUILE_JSON' really checks for Guile-JSON 3.x.

Until now the 'guile' process would always exit with 0, as long
as Guile-JSON is installed, whether it's version 1 or version 3.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_JSON): Fix array syntax and remove
catch-all 'match' clause.

derivations: Fix typo in docstring.

* guix/derivations.scm (derivation-build-plan): Fix typo in the
docstring.

gnu: guix, cuirass: Update to c902458 and 858b6b8 with Guile-JSON 3.x.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to c902458.
[inputs]: Switch to GUILE-JSON-3.
(guix-daemon)[inputs]: Switch to GUILE-JSON-3.
* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 858b6b8.
[inputs]: Switch to GUILE-JSON-3.

gnu: Add elm-compiler 0.19.0

This adds the elm compiler, version 0.19.0. This provides the
`elm` command, with the exception of the `elm reactor` subcommand.

Named `elm-compiler`, to leave space for `elm` as the full elm
including reactor.

* gnu/packages/elm.scm: New module.
(elm-compiler): New package.
* gnu/packages/patches/elm-disable-reactor.patch: New patch.
* gnu/packages/patches/elm-fix-map-key.patch: New patch.
* gnu/packages/patches/elm-relax-glsl-bound.patch: New patch.
* gnu/local.mk: Add new files.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: geeqie: Build sequentially.

* gnu/packages/image-viewers.scm (geeqie)[arguments]: Add #:parallel-build?.

tests: Move 'guix environment -C --no-cwd' test where it belongs.

This ensures that this test is skipped in contexts where user namespaces
are not supported, instead of failing.

This is a followup to commit b6dc08393e6a8313b88ce422fc3c1e4e9c0efc6f.

* tests/guix-environment.sh: Move '--container --no-cwd' test to...
* tests/guix-environment-container.sh: ... here.

tests: Relax expectations for the 'home-page' checker.

Fixes a regression introduced in
50fc2384feb3bb2677d074f8f0deb5ae3c56b4d8.

* tests/lint.scm (warning-contains?): New procedure.
("home-page: host not found"): Use 'warning-contains?' instead of
testing for equality, as was the case before commit 50fc2384feb.
This handles the case where the 'getaddrinfo' error is not "Name or
service not known" but instead something like "System error" or
"Servname not supported for ai_socktype", as is the case in the build
environment.

machine: ssh: Fix sanity checks.

* gnu/machine/ssh.scm
(machine-check-file-system-availability)[check-labeled-file-system]: Use
'source-module-closure' for '(gnu build file-systems)'.
(machine-check-initrd-modules): Unquote 'file-system-label->string' instead of
'device'.

gnu: wine-staging: Update to 4.14.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.14.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.14.
* gnu/packages/wine.scm (wine64-staging): Remove obsolete comment.

gnu: Add libgit2-glib.

* gnu/packages/gnome.scm (libgit2-glib): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gramps: Update to 5.0.2.

* gnu/packages/genealogy.scm (gramps): Update to 5.0.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: txr: Update to 223.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 223.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wpa-supplicant: install documentation.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant)[arguments]: Rename
'install-man-pages' phase to 'install-documentation'; install READMEs
and the example config file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

linux-modules: Define and use a module name database.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34902>.
Reported by Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>.

* gnu/build/linux-modules.scm (module-formal-name): New procedure.
(load-linux-modules-from-directory)[lookup-module]: Remove.
[module-name->file-name]: New variable.  Use it.
(module-name->file-name/guess, module-name-lookup)
(write-module-name-database): New procedures.
* gnu/system/linux-initrd.scm (flat-linux-module-directory): Call
'write-module-name-database'.

linux-modules: Add 'load-linux-modules-from-directory'.

* gnu/build/linux-modules.scm (load-linux-modules-from-directory): New
procedure.
* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system)[lookup-module]: Remove.
Use 'load-linux-modules-from-directory' instead.

linux-modules: Add "modules.devname" writer.

* gnu/build/linux-modules.scm (aliases->device-tuple)
(write-module-device-database): New procedures.
(%not-dash): New variable.

Co-authored-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

linux-modules: Add "modules.alias" writer.

* gnu/build/linux-modules.scm (write-module-alias-database): New
procedure.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

derivations: Delete duplicate inputs when computing derivation hash.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36777>.
Reported by Carl Dong <contact@carldong.me>.

* guix/derivations.scm (derivation/masked-inputs): Call
'delete-duplicates' on INPUTS.
* tests/derivations.scm ("derivation with duplicate fixed-output inputs"):
New test.

channels: Add 'profile-channels'.

* guix/channels.scm (profile-channels): New procedure.
* guix/scripts/describe.scm (display-profile-info)[channels]: Define in
terms of 'profile-channels'.

gnu: r-edger: Update to 3.26.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.26.7.

gnu: font-ibm-plex: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/fonts.scm (font-ibm-plex): Update to 2.0.0.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: wcslib: Update to 6.4.

* gnu/packages/astronomy.scm (wcslib): Update to 6.4.

import: cran: Support experiment and annotation packages.

* guix/import/cran.scm (%bioconductor-packages-list-url): Replace variable...
(bioconductor-packages-list-url): ...with this procedure.
(bioconductor-packages-list): Accept optional TYPE argument.
(latest-bioconductor-package-version): Same.
(fetch-description): Determine package type and use it in calls to
LATEST-BIOCONDUCTOR-PACKAGE-VERSION and BIOCONDUCTOR-URI.
(description->package): Pass package type to URI helper procedure; include
package type in annotation or experiment packages from Bioconducter.

build-system/r: bioconductor-uri: Take optional package type.

* guix/build-system/r.scm (bioconductor-uri): Take optional TYPE argument to
return annotation or experiment URLs.

machine: Use 'become-command'.

* gnu/machine/ssh.scm (managed-host-remote-eval): Pass an appropriate
'become-command' to 'remote-eval'.
* guix/ssh.scm (remote-authorize-signing-key): Add optional
'become-command' argument.
All callers changed.

remote: Resolve missing 'G_'.

* guix/remote.scm: Require (guix i18n).

gnu: linux-libre: Update to 5.2.9.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.2-version): Update to 5.2.9.
(linux-libre-5.2-pristine-source)[hash]: Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.67.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.67.
(linux-libre-4.19-pristine-source)[hash]: Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.139.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.139.
(linux-libre-4.14-pristine-source)[hash]: Update hash.

gnu: Add swagger-diff.

* gnu/packages/ruby.scm (swagger-diff): New variable.

gnu: Add ruby-json-schema.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-json-schema): New variable.

gnu: einstein: Use mirror for source download.

* gnu/packages/games.scm (einstein)[source]: Use 'mirror' syntax.

gnu: Remove python2-internetarchive.

This trivial package fails to build and has no reverse dependencies.

* gnu/packages/web.scm (python2-internetarchive): Remove variable.
(python-internetarchive)[properties]: Remove.

gnu: python-responses: Update to 0.10.6.

* gnu/packages/python-web.scm (python-responses): Update to 0.10.6.

gnu: Add r-cistopic.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cistopic): New variable.

gnu: Add r-rcistarget.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rcistarget): New variable.

gnu: Add r-lda.

* gnu/packages/cran.scm (r-lda): New variable.

gnu: Add r-liger.

* gnu/packages/cran.scm (r-liger): New variable.

gnu: Add r-patchwork.

* gnu/packages/cran.scm (r-patchwork): New variable.

gnu: Add r-rann-l1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rann-l1): New variable.

Revert "gnu: libinput: Update to 1.14.0."

This reverts commit dfdd7380a164217fec6bca0f91ebcf32ade33cb4.
libinput-minimal causes too many rebuilds.

gnu: libinput: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.14.0.

gnu: Add itk-snap.

* gnu/packages/image-processing.scm (itk-snap): New variable.

gnu: Add insight-toolkit-4.12.

* gnu/packages/image-processing.scm (insight-toolkit-4.12): New variable.

gnu: Add insight-toolkit-4.

* gnu/packages/image-processing.scm (insight-toolkit-4): New variable.

gnu: Add insight-toolkit.

* gnu/packages/image-processing.scm (insight-toolkit): New variable.

gnu: Add vxl-1.

* gnu/packages/image-processing.scm (vxl-1): New variable.

gnu: Add vxl.

* gnu/packages/image-processing.scm (vxl): New variable.

gnu: Add vtk-6.

* gnu/packages/image-processing.scm (vtk-6): New variable.

remote: Use (%daemon-socket-uri) rather than hard-coded path.

* guix/remote.scm (remote-eval): Use (%daemon-socket-uri) as the default
value of 'socket-name' rather than hard-coded path.

doc: Add description of 'build-locally?'.

* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Add section describing the
'build-locally?' field of 'managed-host-environment-type'.

machine: Automatically authorize the coordinator's signing key.

* guix/ssh.scm (remote-authorize-signing-key): New variable.
* gnu/machine/ssh.scm (deploy-managed-host): Authorize coordinator's
signing key before any invocations of 'remote-eval'.
(deploy-managed-host): Display an error if a signing key does not exist.
* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Remove section describing manual
signing key authorization.
(Invoking guix deploy): Add section describing the 'authorize?' field.

machine: Implement 'roll-back-machine'.

* gnu/machine.scm (roll-back-machine, &deploy-error, deploy-error?)
(deploy-error-should-roll-back)
(deploy-error-captured-args): New variable.
* gnu/machine/ssh.scm (roll-back-managed-host): New variable.
* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Roll-back systems when a
deployment fails.

machine: Allow non-root users to deploy.

* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Add section describing
prerequisites for deploying as a non-root user.
* guix/remote.scm (remote-pipe-for-gexp): New optional 'become-command'
argument.
(%remote-eval): New optional 'become-command' argument.
(remote-eval): New 'become-command' keyword argument.
* guix/ssh.scm (remote-inferior): New optional 'become-command'
argument.
(inferior-remote-eval): New optional 'become-command' argument.
(remote-authorize-signing-key): New optional 'become-command' argument.
* gnu/machine/ssh.scm (machine-become-command): New variable.
(managed-host-remote-eval): Invoke 'remote-eval' with the
'#:become-command' keyword.
(deploy-managed-host): Invoke 'remote-authorize-signing-key' with the
'#:become-command' keyword.

remote: Remove '--system' argument.

* gnu/services.scm (activation-script): Return a <program-file> rather
than a <scheme-file>.
* gnu/deploy.scm (guix-deploy): Remove handling for '--system'.
(show-help): Remove documentation for '--system'.
(%default-options): Remove default setting for 'system'.

remote: Build derivations appropriate for the remote's

* gnu/machine/ssh.scm (machine-ssh-configuration): Add 'system' field.
(managed-host-remote-eval): Pass 'system' field to 'remote-eval'.
(machine-check-building-for-appropriate-system): New variable.
(check-deployment-sanity): Add call to
'machine-check-building-for-appropriate-system'.
* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Describe new 'system' field.
* guix/ssh.scm (remote-system): New variable.
* guix/remote.scm (remote-eval): Use result of 'remote-system' when
lowering the G-Expression.
(remote-eval): Add 'system' keyword argument.
(trampoline): Return a <program-file> rather than a <scheme-file>.

gnu: mingw: Add x86_64 support.

This patch parameterizes previously hard-coded instances of
i686-w64-mingw32, adding support for x86_64-w64-mingw32.

* gnu/packages/mingw.scm (make-mingw-w64): New procedure.
(mingw-w64-i686, mingw-w64-x86_64): New variables.
(%mingw-triplet): Remove.
(mingw-w64): Update to point to 'mingw-w64-i686'.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc): Use 'libc' keyword argument
if specified, instead of treating it as a boolean.
(native-libc): Return the correct mingw-w64 depending on machine
specified in target.
* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add "x86_64-mingw".
* gnu/build/cross-toolchain.scm (set-cross-path/mingw): Replace
hardcoded 'i686-w64-mingw32' instances with 'target' keyword argument.
(cross-gcc-build-phases): Update accordingly; use 'target-mingw?'
implementation of target checking and add commentary.
* gnu/ci.scm (%cross-targets): Add "x86_64-w64-mingw32".

gnu: onionshare: Upgrade to 2.1.

* gnu/packages/tor.scm (onionshare): Upgrade to 2.1.
[arguments]: Rename "tests" phase to "check".  Set home directory for tests.
Remove reference to closed upstream bug.
[inputs]: Add python-pycrypto and python-pysocks.
[license]: Remove bsd-3 license; relevant file no longer present.

gnu: Blender: Use opensubdiv.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36977>.

* gnu/packages/graphics.scm (blender)[inputs]: Add opensubdiv.
[arguments]: Add "-DWITH_OPENSUBDIV=ON" to #:configure-flags.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add opensubdiv.

* gnu/packages/graphics.scm (opensubdiv): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

Merge branch 'staging'

gnu: xapian: Update to 1.4.12.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.12.

gnu: ccid: Update to 1.4.31.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid): Update to 1.4.31.

gnu: zathura-pdf-mupdf: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-pdf-mupdf): Update to 0.3.5.

gnu: mupdf: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Update to 1.16.1.

gnu: git: Update to 2.22.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.22.1.

gnu: tremc: Update to 0.9.1-0.4d50dab.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc): Update to 0.9.1-0.4d50dab.

gnu: emacs-relint: Update to 1.10.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-relint): Update to 1.10.

gnu: scribus: Update to 1.5.5.

* gnu/packages/scribus.scm (scribus): Update to 1.5.5.
[source]: Remove unnecessary patches and snippet.
[description]: Change freetype to FreeType.
* gnu/packages/patches/scribus-poppler.patch: Remove file.
* gnu/local.mk: Apply removal.

gnu: Add emacs-ebdb.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebdb): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-inf-ruby: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-inf-ruby): Update to 2.5.2.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Syncthing: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.2.1.

gnu: go-github-com-syncthing-notify: Update to 0.0.0-5.69c7a95.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-syncthing-notify): Update to
0.0.0-5.69c7a95.

gnu: go-github-com-lib-pq: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-lib-pq): Update to 1.2.0.

gnu: go-github-com-maruel-panicparse: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-maruel-panicparse): Update to 1.3.0.

gnu: go-golang-org-x-sys-unix: Update to 0.0.0-4.04f50cd.

* gnu/packages/golang.scm (go-golang-org-x-sys-unix): Update to 0.0.0-4.04f50cd.

gnu: MPD: Update to 0.21.13.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.13.

gnu: dav1d: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.4.0.

gnu: mame: Fix build.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Apply upstream patch.
* gnu/packages/patches/mame-rapidjson-fix.patch: New file.
* gnu/local.mk: Register file.

gnu: Add rust-winapi.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi): New variable.

gnu: Add rust-winapi-x86-64-pc-windows-gnu.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-x86-64-pc-windows-gnu): New
variable.

gnu: Add rust-winapi-i686-pc-windows-gnu.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-i686-pc-windows-gnu): New
variable.

gnu: Add rust-wasm-bindgen-shared.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-wasm-bindgen-shared): New variable.

gnu: Add rust-unindent.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-unindent): New variable.

gnu: Add rust-unicode-width.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-unicode-width): New variable.

gnu: Add rust-ucd-util.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-ucd-util): New variable.

gnu: Add rust-typenum.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-typenum): New variable.

gnu: Add rust-synstructure-test-traits.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-synstructure-test-traits): New
variable.

gnu: Add rust-strsim.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strsim): New variable.

gnu: Add rust-stdweb-internal-runtime.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-stdweb-internal-runtime): New
variable.

gnu: Add rust-spin.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-spin): New variable.