gnu: Refactor renpy build.

* gnu/packages/game-development.scm (python2-renpy)[arguments]: Use directory
excursions instead of invoking `chdir' directly in phases.

gnu: xmoto: Slight description rewording.

* gnu/packages/games.scm (xmoto)[description]: Slight rewording.

gnu: Add xmoto.

* gnu/packages/games.scm (xmoto): New variable.
* gnu/packages/patches/xmoto-remove-glext.patch: New file.
* gnu/packages/patches/xmoto-reproducible.patch: New file.
* gnu/packages/patches/xmoto-utf8.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Reference new files.

gnu: guile-fibers: Add "guile3.0-fibers" variant.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-fibers)[source]: Add 'modules' and
'snippet'.
(guile3.0-fibers): New variable.

import: elpa: Rewrite test to use an HTTP server instead of mocking.

* guix/import/elpa.scm (elpa-url): Add 'gnu/http'.
(elpa->guix-package): Handle it.
* tests/elpa.scm (elpa-package-info-mock, auctex-readme-mock)
(elpa-version->string, package-source-url, ensure-list)
(package-home-page, make-elpa-package): Remove.
<top level>: Call '%http-server-port'.
(eval-test-with-elpa): Remove uses of 'mock'.  Use 'with-http-server'
and parameterize 'current-http-proxy' instead.

import: cran: Avoid uses of '@@' in the tests.

* guix/import/cran.scm (description->alist, description->package): Export.
<top level>: Set! 'listify'.
* tests/cran.scm (description-alist, "description->package"): Remove use
of '@@' to access the relevant bindings.

import: crate: Export 'string->license'.

* guix/import/crate.scm (string->license): Export.
* tests/crate.scm (string->license): Remove.

lzlib: Define 'dictionary-size+match-length-limit'.

* guix/lzlib.scm (%compression-levels): Splice the rest of each element.
(dictionary-size+match-length-limit): New procedure.
(make-lzip-output-port, make-lzip-input-port/compressed): Use it.
* tests/lzlib.scm ("Bytevector of size relative to Lzip internal buffers (2 * dictionary)"):
Use 'dictionary-size+match-length-limit' instead of 'assoc-ref'.

gnu: asymptote: Add missing input.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote)[inputs]: Add missing input for GUI.

gnu: Add python-git-multimail.

* gnu/packages/version-control.scm (python-git-multimail): New variable.

gnu: translate-shell: Fix emacs install phase.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell)[arguments]: Update the
'emacs-install phase to install the .el files into the correct folder.

gnu: cgit: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit): Update to 1.2.2.
[inputs]: Update git-source to 2.25.0.

gnu: handbrake: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/video.scm (handbrake): Update to 1.3.1.

gnu: ecasound: Update to 2.9.3.

* gnu/packages/audio.scm (ecasound): Update to 2.9.3.

gnu: ecasound: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (ecasound)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: global: Update to 6.6.4.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.6.4.

gnu: multipath-tools: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/linux.scm (multipath-tools): Update to 0.8.3.

gnu: mcelog: Update to 168.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 168.

gnu: noweb: Update to 2.12.

* gnu/packages/noweb.scm (noweb): Update to 2.12.
[source]: Switch to git repository.
[arguments]: Remove obsolete substitution.
[license]: Add BSD-2.

gnu: noweb: Embed store references to external binaries.

* gnu/packages/noweb.scm (noweb)[argument]: Add ‘bind-early’ phase.
[inputs]: Add perl.

gnu: noweb: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/noweb.scm (noweb)[home-page, license]: Use HTTPS.

gnu: ethtool: Update to 5.4.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 5.4.

gnu: Add python2-objgraph.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-objgraph): New public variable.

gnu: python-objgraph: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-objgraph): Update to 3.4.1.

gnu: python-graphviz: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-graphviz): Update to 0.13.2.
[native-inputs]: Add GRAPHVIZ, PYTHON-MOCK, PYTHON-PYTEST, PYTHON-PYTEST-COV,
and PYTHON-PYTEST-MOCK.
[arguments]: Replace 'check' phase.

gnu: caribou: Build with Python 3.

* gnu/packages/gnome.scm (caribou)[native-inputs]: Change from PYTHON-2 to
PYTHON.
[inputs]: Change from PYTHON2-PYGOBJECT to PYTHON-PYGOBJECT.

gnu: libpeas: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libpeas): Update to 1.24.1.
[build-system]: Change to MESON-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: New field.
[native-inputs]: Remove INTLTOOL.  ADD GETTEXT-MINIMAL and
XORG-SERVER-FOR-TESTS.

gnu: ldb: Downgrade to 1.5.6.

1.5.6 is actually newer and fixes problems with Python 3.8.

* gnu/packages/samba.scm (ldb): Downgrade to 1.5.6.

gnu: python-importlib-metata: Delay python2 variant.

This is a follow-up to commit 5efa04dd935ecf6f7803501b1b8952810f4330ad.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-importlib-metadata)[properties]: New
field.

gnu: python-packaging: Fix test failures on non-x86_64 architectures.

* gnu/packages/patches/python-packaging-test-arch.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-packaging)[source](patches): New field.

gnu: kentutils: Build with OpenSSL 1.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kentutils)[inputs]: Change from OPENSSL to
OPENSSL-1.0.

gnu: poetry: Remove redundant input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (poetry)[propagated-inputs]: Remove PYTHON-PATHLIB2.

gnu: python-zipp: Remove redundant inputs.

The Python 3 variant do not need these.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zipp)[native-inputs]: Remove
PYTHON-CONTEXTLIB2, PYTHON-PATHLIB2, and PYTHON-UNITTEST2.
[properties]: New field.
(python2-zipp)[native-inputs]: Add PYTHON2-CONTEXTLIB2, PYTHON2-PATHLIB2, and
PYTHON2-UNITTEST2.

gnu: rust-scopeguard-1.0: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-scopeguard-1.0)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-scopeguard-0.3: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-scopeguard-0.3)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Don't inherit field.

gnu: rust-scoped-tls-1.0: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-scoped-tls-1.0)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-scoped-tls-0.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-scoped-tls-0.1)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Don't inherit field.

gnu: rust-getopts-0.2: Update to 0.2.21.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-getopts-0.2): Update to 0.2.21.
[arguments]: Add rust-unicode-width-0.1,
rust-rustc-std-workspace-core-1.0, rust-rustc-std-workspace-std-1.0 to
cargo-inputs.

gnu: rust-getopts-0.2: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-getopts-0.2)[arguments]: Skip build.
Add rust-log-0.3 to cargo-development-inputs.
[home-page]: Update home-page.
[properties]: Remove field.

gnu: Add rust-rustc-std-workspace-std-1.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rustc-std-workspace-std-1.0): New variable.

gnu: rust-futures-0.1: Update to 0.1.29.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-futures-0.1): Update to 0.1.29.

gnu: rust-futures-0.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-futures-0.1)[arguments]: Skip build.
[home-page]: Update home-page.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fuchsia-zircon-sys-0.3: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fuchsia-zircon-sys-0.3)[arguments]:
Skip build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fuchsia-zircon-0.3: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fuchsia-zircon-0.3)[arguments]: Skip
build. Add rust-bitflags-1, rust-fuchsia-zircon-sys-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fuchsia-cprng-0.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fuchsia-cprng-0.1)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fs-extra-1.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fs-extra-1.1)[arguments]: Skip build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fnv-1.0: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fnv-1.0)[arguments]: Skip build.
[synopsis]: Appease 'guix lint'.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fixedbitset-0.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fixedbitset-0.1)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-findshlibs-0.5: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-findshlibs-0.5)[arguments]: Skip
build. Add rust-lazy-static-1.3, rust-libc-0.2 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-filetime-0.2: Update to 0.2.8.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-filetime-0.2): Update to 0.2.8.
[arguments]: Remove rust-tempdir-0.3 from cargo-development-inputs. Add
rust-tempfile-3.0.

gnu: rust-filetime-0.2: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-filetime-0.2)[arguments]: Skip build.
Add rust-cfg-if-0.1, rust-libc-0.2, rust-redox-syscall-0.1,
rust-winapi-0.3 to cargo-inputs. Add rust-tempdir-0.3 to
cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-fallible-iterator-0.2: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fallible-iterator-0.2)[arguments]:
Skip build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-cmake-0.1: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cmake-0.1)[arguments]: Skip build.
Add rust-cc-1.0 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-clicolors-control-1.0: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clicolors-control-1.0): Update to 1.0.1.

gnu: rust-clicolors-control-1.0: Don't hide package.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clicolors-control-1.0)[arguments]:
Skip build. Add rust-atty-0.2, rust-lazy-static-1.3, rust-libc-0.2,
rust-winapi-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: guile-syntax-highlight: Add "guile3.0-syntax-highlight" variant.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-syntax-highlight)[source]: Add
'snippet' and 'modules'.
(guile3.0-syntax-highlight): New field.

gnu: guile-picture-language: Add "guile3.0-picture-language" variant.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-picture-language): New variable.

gnu: guile: Add 3.0.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0): New variable.
(guile-next): Turn into an alias for GUILE-3.0.

records: Improve reporting of "invalid field specifier" errors.

Previously users would just see:

  error: invalid field specifier

without source location or hints.

* guix/records.scm (expand): Add optional 'parent-form' parameter and
pass it to 'syntax-violation' when it is true.
(make-syntactic-constructor): Pass S as a third argument to
'report-invalid-field-specifier'.
* guix/ui.scm (report-load-error): For 'syntax-error', show SUBFORM or
FORM in the message.
* tests/records.scm ("define-record-type* & wrong field specifier"): Add
a 'subform' parameter and adjust test accordingly.
("define-record-type* & wrong field specifier, identifier"): New test.
* tests/guix-system.sh: Add test.

guix package: Export 'transaction-upgrade-entry'.

* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): Add 'store'
parameter and use it instead of (%store).  Export.
* tests/packages.scm ("transaction-upgrade-entry, zero upgrades")
("transaction-upgrade-entry, one upgrade")
("transaction-upgrade-entry, superseded package"): Adjust accordingly.

publish: Export 'signed-string'.

* guix/scripts/publish.scm (signed-string): Export and improve docstring.
* tests/publish.scm ("/*.narinfo")
("/*.narinfo with properly encoded '+' sign"): Adjust accordingly.

gnu: Update copyright header.

* gnu/packages/python-xyz.scm: Update copyright header.

gnu: neomutt: Update to 20191207.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20191207.

gnu: lmdb: Update to 0.9.24.

* gnu/packages/databases.scm (lmdb): Update to 0.9.24.

gnu: asymptote: Fix GUI.

Fixes bug#39147.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote)[inputs]: Add missing inputs.
[arguments]: Wrap GUI executable "xasy".

gnu: Add python-cson.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cson): New variable.

gnu: Add python-speg.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-speg): New variable.

repl: Fix '--help' message.

* guix/scripts/repl.scm: (show-help): Add '--listen' option message.

repl: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/repl.scm (%option): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.

edit: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/edit.scm (%option): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.

refresh: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/refresh.scm (%option): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.

size: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/size.scm (%option): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.

graph: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/graph.scm (%option): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.
* tests/guix-graph.sh: Test it.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-27.46f73b6.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-27.46f73b6.

gnu: r-variancepartition: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): Update to 1.16.1.

gnu: r-flowworkspace: Update to 3.34.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowworkspace): Update to 3.34.1.

gnu: r-ropls: Update to 1.18.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ropls): Update to 1.18.6.

gnu: r-mlinterfaces: Update to 1.66.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mlinterfaces): Update to 1.66.2.
[propagated-inputs]: Remove r-rda.

gnu: r-clusterprofiler: Update to 3.14.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-clusterprofiler): Update to 3.14.3.

gnu: r-inspect: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-inspect): Update to 1.16.2.

gnu: r-regioner: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.18.1.

gnu: r-affycoretools: Update to 1.58.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycoretools): Update to 1.58.4.
[propagated-inputs]: Add r-glimma.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.12.2.

gnu: r-iranges: Update to 2.20.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.20.2.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.24.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.24.2.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.14.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocstyle): Update to 2.14.4.

gnu: r-poibin: Update to 1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-poibin): Update to 1.5.

gnu: r-gdina: Update to 2.7.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-gdina): Update to 2.7.8.

gnu: r-desolve: Update to 1.27.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-desolve): Update to 1.27.1.

gnu: r-parameters: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.4.0.

gnu: r-umap: Update to 0.2.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.4.1.

gnu: r-batchtools: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-batchtools): Update to 0.9.12.

gnu: r-rttf2pt1: Update to 1.3.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rttf2pt1): Update to 1.3.8.

gnu: r-bookdown: Update to 0.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.17.

gnu: r-shinyjs: Update to 1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyjs): Update to 1.1.

gnu: r-future-apply: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future-apply): Update to 1.4.0.

gnu: r-tmb: Update to 1.7.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-tmb): Update to 1.7.16.

gnu: r-multcomp: Update to 1.4-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-multcomp): Update to 1.4-12.

gnu: r-proc: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-proc): Update to 1.16.1.

gnu: r-sjmisc: Update to 2.8.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjmisc): Update to 2.8.3.