Merge branch 'master' into staging

gnu: xpad: Build against gtksourceview@3.

* gnu/packages/gnome.scm (xpad)[inputs]: Change GTKSOURCEVIEW to GTKSOURCEVIEW-3.

gnu: jsoncpp: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.9.0.

gnu: jsoncpp: Fetch sources through git.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: libraw: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.19.3.

gnu: python-soupsieve: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-soupsieve): Update to 1.9.2.

gnu: python-setuptools: Update to 41.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools): Update to 41.0.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-olefile: Update to 0.46.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-olefile): Update to 0.46.
[source]: Switch to release tarball instead of git snapshot.

Remove references to non-existent 'tests/machine.scm'.

* Makefile.am (SCM_TESTS): Remove 'tests/machine.scm' line.

tests: encrypted-root-os: Increase root partition size.

1.2G had become slightly too small on x86_64.

* gnu/tests/install.scm (%encrypted-root-installation-script): Increase
root partition size to 1.3G.

ci: 'channel-build-system' honors the target system.

Fixes a bug made evident e79281be105b16153c375af5506db31fd1e32698: the
x86_64-linux derivation of 'current-guix' would be cached and reused for
i686-linux, leading to test
failures.

Namely, /run/current-system/profile/bin/guix would have an x86_64
binary in its shebang, and thus it would end up being interpreted by
/bin/sh, which would fail like this:

  + guix --version
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 2: !#: command not found
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 3: syntax error near unexpected token `set!'
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 3: `(begin (set! %load-path …

See <https://ci.guix.gnu.org/build/1431119/details>.

* gnu/ci.scm (channel-build-system)[build]: Pass #:system to
'run-with-store'.

channels: Simplify 'channel-instances->manifest'.

* guix/channels.scm (channel-instances->manifest)[instance->entry]:
Change to take two arguments instead of a tuple.  Turn into a
non-monadic procedure.
Call it via 'map' instead of 'mapm'.

gnu: wine-staging: Update to 4.12.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.12.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.12.

linux-container: Mount a new /dev/pts instance in the container.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36463>.
Reported by Steffen Rytter Postas <nc@scalehost.eu>.

* gnu/build/linux-container.scm (mount-file-systems): When /dev/ptmx
exists on the host, explicitly mount a new instance of devpts and make
/dev/ptmx a symlink to /dev/pts/ptmx.

gnu: grammalecte: Update to 1.2.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.2.

doc: Add section for 'guix deploy'.

* doc/guix.texi: Add section "Invoking guix deploy".

Add 'guix deploy'.

* guix/scripts/deploy.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add machine type for deployment specifications.

* gnu/machine.scm: New file.
* gnu/machine/ssh.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

ssh: Add 'identity' keyword to 'open-ssh-session'.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Add 'identity' keyword argument.

Revert "gnu: Add sbcl-cl-xmlspam."

The sbcl-cl-xmlspam package currently has no license information, which
makes it non-free.

Furthermore, the invalid 'license' field prevents evaluation from
completing.

This reverts commit ec982546941b59fdd14e0b08f023baf2e75d71a3.

Revert "gnu: Add sbcl-dbus."

Remove sbcl-dbus because it depends on sbcl-cl-xmlspam, which is
currently non-free.

This reverts commit 7af213fefe3608a80c9f0a7e91f0c79051aff16f.

gnu: emacsy: Remove big 'texlive' dependency.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy)[inputs]: Replace TEXLIVE by a
'texlive-union' call.

gnu: hugin: Build against Exiv2 0.26.

* gnu/packages/image.scm (exiv2-0.26): New variable.
* gnu/packages/photo.scm (hugin)[inputs]: Use it instead of EXIV2.

gnu: nanopolish: Update to 0.11.1-1.6331dc4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (nanopolish): Update to 0.11.1-1.6331dc4.

gnu: Add sbcl-dbus.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-dbus): New variable.

gnu: Add sbcl-cl-xmlspam.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-xmlspam): New variable.

gnu: sbcl-trivia.trivial: Resolve Lisp type dynamically.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.trivial)[arguments]: Use %lisp-type
instead of hard-coding "sbcl".

gnu: Add sbcl-cxml.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml): New variable.

gnu: Add sbcl-cxml+test.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml+test): New variable.

gnu: Add sbcl-cxml+klacks.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml+klacks): New variable.

gnu: Add sbcl-cxml+dom.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml+dom): New variable.

gnu: Add sbcl-cxml+xml.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml+xml): New variable.

gnu: sbcl-closure-common: Use official home-page.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-closure-common)[home-page]: Do it.

gnu: sbcl-iolib: Add CFFI to list of inputs and fix spacing.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-iolib)[inputs]: Do it.

gnu: Add qlogo.

* gnu/packages/logo.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.
* gnu/packages/logo.scm (qlogo): New variable.

gnu: patchwork: Update to 2.1.4.

* gnu/packages/patchutils.scm (patchwork): Update to 2.1.4.

store: 'run-with-store' gracefully deals with #f store.

This is a followup to dd0ee954c4fa965023fd887452927c02edb8b52f, which
introduced a failure in tests/graph.scm.

* guix/store.scm (run-with-store): Check whether STORE and NEW-STORE are
true before calling 'store-connection-object-cache' etc.  Fixes a
failure in tests/graph.scm related to %REVERSE-PACKAGE-NODE-TYPE, which
uses #f as the store.

derivations: Simplify 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle)[valid?, dependencies]:
Remove.
[closure]: New procedure.
Rename parameter from 'drv' to 'inputs-or-drv' and adjust accordingly.
(derivation-build-plan): Pass INPUTS directly to 'substitution-oracle'.
* guix/ui.scm (show-what-to-build)[substitutable-info]: Likewise.

derivations: 'derivation-build-plan' recurses on substituables.

This fixes a bug whereby "guix build texlive -n" would report:

  0.0 MB would be downloaded:
     /gnu/store/…-texlive-20180414

instead of:

  The following derivation would be built:
     /gnu/store/…-texlive-texmf-20180414.drv
  2,595.2 MB would be downloaded:
     /gnu/store/…-texlive-20180414-texmf.tar.xz
     /gnu/store/…-texlive-20180414

where 'texlive-texmf' is a non-substitutable dependency of 'texlive'.

* guix/derivations.scm (dependencies-of-substitutables): New procedure.
(derivation-build-plan): When 'input-substitutable-info' returns true,
append the subset of DEPS that corresponds to SUBSTITUABLES to the first
argument of 'loop'.
* guix/ui.scm (show-what-to-build): Remove half-baked traversal of
DOWNLOAD.
* tests/derivations.scm ("derivation-build-plan and substitutes,
non-substitutable dep"): New test.

gnu: Add sbcl-trivia.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.cffi.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.cffi): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.quasiquote.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.quasiquote): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.ppcre.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.ppcre): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.balland2006.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.balland2006): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.trivial.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.trivial): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.level2.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.level2): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.level1.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.level1): New variable.

gnu: Add sbcl-trivia.level0.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.level0): New variable.

gnu: Add sbcl-fare-quasiquote-readtable.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-fare-quasiquote-readtable): New variable.

gnu: Add sbcl-fare-quasiquote.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-fare-quasiquote): New variable.

gnu: Add sbcl-optima.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-optima): New variable.

gnu: Add sbcl-type-i.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-type-i): New variable.

gnu: Add sbcl-introspect-environment.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-introspect-environment): New variable.

gnu: Add sbcl-trivial-cltl2.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivial-cltl2): New variable.

gnu: Add sbcl-lisp-namespace.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-lisp-namespace): New variable.

gnu: Add pulseaudio-dlna.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pulseaudio-dlna): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python2-zeroconf.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-zeroconf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python2-pyroute2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pyroute2): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-notify2, python2-notify2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-notify2): New variable.
(python2-notify2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pack: 'squashfs' backend records the profile's search paths.

* guix/scripts/pack.scm (singularity-environment-file): New procedure.
(squashfs-image): Use it, and create /.singularity/env/90-environment.sh.
* gnu/tests/singularity.scm (run-singularity-test)["singularity run,
with environment"]: New test, currently skipped.
* gnu/tests/singularity.scm (build-tarball&run-singularity-test): Add
GUILE-JSON to the profile.

pack: 'docker' backend records the profile's search paths.

* guix/docker.scm (config): Add #:environment parameter and honor it.
(build-docker-image): Likewise, and pass it to 'config'.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Import (guix profiles) and (guix
search-paths).  Call 'profile-search-paths' and pass #:environment to
'build-docker-image'.
* gnu/tests/docker.scm (run-docker-test)["Load docker image and run it"]:
Add example that expects (json) to be available.
* gnu/tests/docker.scm (build-tarball&run-docker-test): Replace
%BOOTSTRAP-GUILE by GUILE-2.2 and GUILE-JSON in the environment.

Add (guix remote).

* guix/remote.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

inferior: Add 'read-repl-response'.

* guix/inferior.scm (read-repl-response): New procedure.
(read-inferior-response): Use it.

Add (guix repl).

* guix/scripts/repl.scm: Use (guix repl).
(self-quoting?, machine-repl): Remove.
* guix/repl.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gexp: Add 'lower-gexp' and express 'gexp->derivation' in terms of it.

* guix/gexp.scm (gexp-input-thing, gexp-input-output)
(gexp-input-native?): Export.
(lower-inputs): Return <gexp-input> records instead of tuples.
(lower-reference-graphs): Adjust accordingly.
(<lowered-gexp>): New record type.
(lower-gexp, gexp-input->tuple): New procedure.
(gexp->derivation)[%modules]: Remove.
[requested-graft?]: New variable.
[add-modules]: New procedure.
Rewrite in terms of 'lower-gexp'.
(gexp-inputs): Add TODO comment.
* tests/gexp.scm ("lower-gexp"): New test.

Merge branch 'master' into staging

gnu: Add sbcl-dexador.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-dexador): New variable.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.8.

gnu: Remove duplicate 'ruby-crass' package.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-crass): Remove duplicate shadowed definition.

gnu: Add ruby-backport.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-backport): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add qtpass.

* gnu/packages/password-utils.scm (qtpass): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Update to 5.1.16.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.16.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.57.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.57.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.132.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.132.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: lpd8editor: Update to 0.0.13.

* gnu/packages/music.scm (lpd8editor): Update to 0.0.13.

store: 'run-with-store' preserves the functional object cache.

This increases the hit rate of the object cache from 56% to 85% when
running something like 'guix build libreoffice -nd'.

* guix/store.scm (set-store-connection-object-cache!): New procedure.
(run-with-store): Copy 'object-cache' field of the new store into the
original one.

derivations: 'substitution-oracle' no longer calls 'read-derivation-from-file'.

This is a followup to 5cf4b26d52bcea382d98fb4becce89be9ee37b55.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use
'derivation-input-derivation' instead of calling
'read-derivation-from-file'.

derivations: Avoid another call to 'read-derivation-from-file'.

This is a followup to 5cf4b26d52bcea382d98fb4becce89be9ee37b55.

* guix/derivations.scm (derivation-path->base16-hash): Rename to...
(derivation-base16-hash): ... this, and take a <derivation> rather than
a file name.  Use 'mlambdaq' instead of 'mlambda'.
(derivation/masked-inputs): Adjust accordingly.
(invalidate-derivation-caches!): Likewise.

derivations: 'map-derivation' no longer calls 'read-derivation-from-file'.

This is a followup to 5cf4b26d52bcea382d98fb4becce89be9ee37b55.

* guix/derivations.scm (map-derivation)[rewritten-input]: Avoid call to
'read-derivation-from-file'.

gnu: MPD: Update to 0.21.11.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.11.

gnu: GraphicsMagick: Update to 1.3.32.

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Update to 1.3.32.

gnu: irssi: Update to 1.1.3. [fixes CVE-2019-13045].

* gnu/packages/irc.scm (irssi): Update to 1.1.3.

derivations: Work around pathological memoization behavior.

This works around <https://bugs.gnu.org/36487>.

* guix/derivations.scm (invalidate-derivation-caches!): Comment out
'hash-clear!' call.

gnu: python-pygit2: Update to 0.28.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygit2): Update to 0.28.2.

gnu: snd: Update to 19.5.

* gnu/packages/audio.scm (snd): Update to 19.5.

gnu: xkeyboard-config: Update to 2.27.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config): Update to 2.27.

gnu: wireguard: Update to 0.0.20190702.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20190702.

gnu: geeqie: Update to commit c220dde.

* gnu/packages/image-viewers.scm (geeqie): Update to commit c220dde.
[source]: Use 'git-fetch' and 'git-reference'.
[arguments] <pre-bootstrap>: Add 'substitute*' calls for 'configure.ac'
and 'po/POTFILES.in'.

profiles: Adjust packages->manifest pattern for inferior packages.

* guix/profiles.scm (packages->manifest): Add package? predicate to `(package
output)' pattern to avoid incorrectly matching `(inferior-package output)',
which should be handled by a later clause.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-minions.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-minions): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero-gui: Update to 0.14.1.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.14.1.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero: Update to 0.14.1.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.14.1.0.
* gnu/packages/patches/monero-use-system-miniupnpc.patch: Update file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: thunar-volman: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar-volman): Update to 0.9.3.

gnu: thunar: Update to 1.8.7.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.7.

gnu: audacity: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/audio.scm (audacity): Update to 2.3.2.

gnu: xlockmore: Update to 5.57.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.57.

gnu: libvirt: Update to 5.5.0 [security fixes].

This release includes fixes for CVE-2019-10161, CVE-2019-10166,
CVE-2019-10167, and CVE-2019-10168.

If you think these sound familiar, you are[0] correct[1]…

[0]: https://www.redhat.com/archives/libvirt-announce/2019-June/msg00000.html
[1]: https://www.redhat.com/archives/libvirt-announce/2019-July/msg00000.html

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 5.5.0.

gnu: python-libvirt: Update to 5.5.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (python-libvirt): Update to 5.5.0.

gnu: alpine: Build reproducibly.

This follows up commit 54278e225e99707c3bd6f9eb37b8906851251b49.

* gnu/packages/mail.scm (arguments): Replace Makefile.in substitution
with the new ‘--with-date-stamp’ configure-flag.

gnu: alpine: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/mail.scm (alpine)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.