gnu: chicken: Update to 4.12.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 4.12.0.

gnu: dovecot: Update to 2.2.28.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.28.

gnu: rustc: Honor max line length.

* gnu/packages/rust.scm (rustc)[arguments]: patch-tests: Honor max line
length.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 73a4645.

gnu: binutils-vc4: Set source file-name.

* gnu/packages/embedded.scm (binutils-vc4)[source]: Add file-name field.

build: 'test-driver.scm' prints Scheme values with 'write'.

Previously it would print them with 'display', which was inconvenient.

* build-aux/test-driver.scm (test-display): Use ~S for VALUE.
(test-runner-gnu): Use 'format' instead of 'test-display' for the test
name, location, and result kind.

tests: Skip 'guix pack' test when networking is unavailable.

* tests/pack.scm ("self-contained-tarball"): Skip unless (network-reachable?).

tests: Fix 'cond-expand' clause for 2.2/2.0.

Fixes a mistake in a9a0227c0127e1813190a7664f7ad858e791480d.

* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Inverse the 'cond-expand' clauses since the 'guile-2.0' feature doesn't
exist.

gnu: autoconf-archive: Update to 2017.03.21.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-archive): Update to 2017.03.21.

publish: Add '--nar-path'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add '--nar-path'.
(%default-options): Add 'nar-path'.
(guix-publish): Honor it.

publish: Make the nar URL prefix a parameter.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Add #:nar-path and honor it.
(render-narinfo): Likewise.
(make-request-handler): Likewise.
(run-publish-server): Likewise.
* tests/publish.scm ("custom nar path"): New test.

publish: Add '--public-key' and '--private-key'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add --public-key and
--private-key.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document it.

publish: The public and private keys are now SRFI-39 parameters.

* guix/scripts/publish.scm (%default-options): Add 'public-key-file' and
'private-key-file'.
(lazy-read-file-sexp): Remove.
(%private-key, %public-key): Turn into SRFI-39 parameters.
(signed-string, render-narinfo): Adjust accordingly.
(guix-publish): Honor 'public-key-file' and 'private-key-file' from
OPTS.  Use 'parameterize'.
* guix/pk-crypto.scm (read-file-sexp): New procedure.
* tests/publish.scm: Initialize '%public-key' and '%private-key'.

gnu: guile: Add 'guile-next' as a deprecated alias.

This is a followup to f6396d862f9f8ce0c0e6894ce30599773167af0c.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): New variable.

gnu: rustc: End resultless phases in #t.

* gnu/packages/rust.scm (rustc): End resultless phases in #t.

gnu: python-pysam: Run tests in parallel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Run nose tests in
parallel.

gnu: python-pysam: Run tests before installation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Adjust check
phase to be run before installation.

gnu: python-pysam: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to 0.10.0.

gnu: perl-mojolicious: Update to 7.29.

* gnu/packages/perl-web.scm (perl-mojolicious): Update to 7.29.

gnu: perl-io-compress: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-io-compress): Update to 2.074.
[propagated-inputs]: Update minimum versions to 2.074.

gnu: perl-compress-raw-bzip2: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-compress-raw-bzip2): Update to 2.074.

gnu: perl-compress-raw-zlib: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-compress-raw-zlib): Update to 2.074.

gnu: openssh: Update to 7.5p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.5p1.

gnu: ntp: Update to 4.2.8p10 [security fixes].

Fixes CVE-2016-9042 and CVE-2017-{6451,6452,6455,6458,6459,6460,6462,6463,6464}
and others. See 'NEWS' in the source code for more information.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8p10.

gnu: python-psycopg2: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python.scm (python-psycopg2): Update to 2.6.2.

gnu: python-zope-component: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-zope-component): Update to 4.3.0.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-atomicwrites: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/python.scm (python-atomicwrites): Update to 1.1.5.

gnu: python-texttable: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/python.scm (python-texttable): Update to 0.8.7.

gnu: python-feedgenerator: Update to 1.9.

* gnu/packages/python.scm (python-feedgenerator): Update to 1.9.

gnu: python-wrapt: Update to 1.10.8.

* gnu/packages/python.scm (python-wrapt): Update to 1.10.8.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-py: Update to 1.4.32.

* gnu/packages/python.scm (python-py): Update to 1.4.32.

gnu: python-sphinx-cloud-sptheme: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-cloud-sptheme): Update to 1.8.0.

gnu: python-wcwidth: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/python.scm (python-wcwidth): Update to 0.1.7.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-markdown: Update to 2.6.8.

* gnu/packages/python.scm (python-markdown): Update to 2.6.8.

gnu: dns: Return #t instead of something undefined.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa, knot)[arguments]: Return #t after calling
‘substitute*’.
(knot)[source]: Return #t after calling ‘delete-file-recursively’.

file-systems: Add missing docstring.

* gnu/system/file-systems.scm (file-system-type-predicate): Add
docstring.

file-systems: Do not use (gnu packages …).

Fixes a regression introduced in
7208995426714c9fc3ad59cadc3cc0f52df0f018 whereby (gnu system
file-systems) would pull in (gnu packages …) module, which in turn
breaks when importing things like (gnu build shepherd).

* gnu/system/file-systems.scm (file-system-type-predicate): Export.
(file-system-packages): Move to...
* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system-packages): ... here.  Add
docstring.
* gnu/services/base.scm: Use it.
* tests/file-systems.scm ("does not pull (gnu packages …)"): New test.

gnu: vapoursynth: Update to 37.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 37.

gnu: zimg: Update to 2.5.

* gnu/packages/image.scm (zimg): Update to 2.5.

tests: ssh: Add a test for SFTP.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Introduce "SFTP file writing and reading".
Make 'sftp?' a keyword parameter.
(%test-openssh): Pass #:sftp? #t to 'run-ssh-test'.

tests: ssh: Abstract session connection and authentication.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Introduce make-session-for-test,
call-with-connected-session and call-with-connected-session/auth.
(run-ssh-test)["connect"]: Rename to "shell command".  Abstract its session
connection and authentication work into the above three functions.

services: openssh: Add 'subsystems' option.

* gnu/services/ssh.scm (openssh-config-file): Add it.
(<openssh-configuration>)[subsystems]: Add it.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

services: openssh: Cosmetic changes.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>): Reformat to fit in 80
columns.

gnu: Add lmms.

* gnu/packages/music.scm (lmms): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add megaglest.

* gnu/packages/games.scm (megaglest): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add megaglest-data.

* gnu/packages/games.scm (megaglest-data): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ots: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/ots.scm (ots)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: ots: Add download mirror.

* gnu/packages/ots.scm (ots)[source]: Add Debian mirror.

gnu: Adjust asciidoc-related build options.

Commits 9099a45792306fade2d9ca55138e49ef4f01f1ea and
3078821d1380c26c738be6b5d430c595327d401f make many package inputs and
build configurations related to asciidoc obsolete.

* gnu/packages/compton.scm (compton)[inputs]: Remove docbook-xml,
libxml2 and libxslt.
* gnu/packages/mail.scm (offlinemap)[native-inputs]: Remove libxslt.
* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[native-inputs]: Remove docbook-xml.
(perf)[inputs]: Remove docbook-xml and libxslt.
* gnu/packages/text-editors.scm (kakoune)[native-inputs]: Remove libxslt.
* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[native-inputs]: Remove
docbook-xml, docbook-xsl, libxml2 and libxslt.
(cvs-fast-export)[native-inputs]: Remove docbook-xml, docbook-xsl,
libxml2 and libxslt.
* gnu/packages/web.scm (qutebrowser)[native-inputs]: Remove docbook-xml,
docbook-xsl, libxml2, and libxslt.
(tinyproxy)[native-inputs]: Remove docbook-xml, docbook-xsl, libxml2 and
libxslt.
* gnu/packages/wm.scm (awesome)[make-flags]: Remove XML_CATALOG_FILES flag.
(i3-wm)[inputs]: Remove docbook-xml.
[native-inputs]: Add libxml2.

gnu: Add swaks.

* gnu/packages/mail.scm (swaks): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: git: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.12.1.

gnu: Add perl-ole-storage-lite.

* gnu/packages/perl.scm (perl-ole-storage-lite): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add perl-crypt-rc4.

* gnu/pakages/perl.scm (perl-crypt-rc4): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: kodi: Wrap executable so it finds libcurl.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[arguments]: Add 'wrap' phase.

download: Handle username and password properties for FTP URIs.

* guix/build/download.scm (ftp-fetch): Process username and password from a URI.

ftp-client: Allow custom username and password for FTP servers.

* guix/ftp-client.scm (ftp-open): Add username and password arguments.

gnu: dtc: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.4.4.
[source]: Use mirror://kernel.org.

gnu: greenisland: Update to 0.9.0.1.

* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland): Update to 0.9.0.1.

gnu: vim: Update to 8.0.0494.

* gnu/packages/patches/vim-CVE-2017-5953.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0494.
[source]: Remove patch.
(vim-full)[arguments]: Add two phases to drop tests and start xorg.
[native-inputs]: Add XORG-SERVER.

gnu: kodi: Update to 18.0_alpha-0-b35147e.

* gnu/packages/kodi.scm (libdvdnav/kodi, libdvdread/kodi, libdvdcss/kodi): New
variables.
(kodi): Update to 18.0_alpha-0-b35147e.
[source]: Download from git. Unbundle more stuff.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Add #:configure-flag to disable nonfree components. Rework phases
to patch bundled software and bootstrap more libraries.
[native-inputs]: Remove CMAKE, DOXYGEN, GAWK and WHICH. Add LIBDVDCSS/KODI,
LIBDVDNAV/KODI and LIBDVDREAD/KODI.
[inputs]: Remove BOOST, BZIP2, ENCA, GPERF, JASPER, LIBMODPLUG, LIBSAMPLERATE,
LIBXMU, LIBXT, MESA-UTILS, SDL2 and UNZIP. Add FMT, GIFLIB, LCMS and LIBDRM.
[license]: Update for remaining software bundles.

gnu: Add fmt.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): New variable.

build: Install .go files to $libdir/guile/X.Y.

* configure.ac: Define and substitute 'guileobjectdir'.
* Makefile.am (nobase_nodist_guilemodule_DATA): Remove $(GOBJECTS).
(nobase_nodist_guileobject_DATA): New variable.
(guix_install_go_files): Adjust accordingly.
(install-data-hook): Likewise.
* scripts/guix.in (config-lookup): Add 'exec_prefix' and
'guileobjectdir'.  Add '_' in VAR-REF-REGEXP.
(maybe-augment-load-paths!): Distinguish OBJECT-DIR from MODULE-DIR.

gnu: ngircd: Use HTTPS.

* gnu/packages/messaging.scm (ngircd)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: ngircd: Use the phrase ‘IRC’ in its description.

* gnu/packages/messaging.scm (ngircd)[description]: Use ‘IRC’ with @dfn.

gnu: ngircd: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/messaging.scm (ngircd)[arguments]: Use ‘modify-phases’.

gnu: ngircd: Update to 24.

* gnu/packages/messaging.scm (ngircd): Update to 24.
[source]: Remove upstreamed DNS lookup patch.
* gnu/packages/patches/ngircd-no-dns-in-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: znc: Run test suite.

* gnu/packages/messaging.scm (znc)[arguments]: Enable tests.  Add an
‘unpack-googletest’ phase and add ‘--with-gtest=’ to #:configure-flags.
[native-inputs]: Add googletest source.

gnu: simple-scan: Update to 3.24.0.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.24.0.

gnu: Add r-cairo.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cairo): New variable.

gnu: Add comments on why setting QT_QPA_PLATFORM for tests.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Add comment.
* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland): dito.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kguiaddons, kwidgetsaddons,
  kcompletion, baloo, kbookmarks, kconfigwidgtes, kdesignerplugin,
  kemoticons, kglobalaccel, kiconthemes, kio, knewstuff, kparts,
  kpeople, krunner, kservice, ktexteditor, ktextwidgets, kxmlgui,
  plasma-framework): dito.
* gnu/packages/qt.scm (qtsvg): dito.

gnu: Add freedoom.

* gnu/packages/games.scm (freedoom): New variable.

gnu: Remove wxwidgets@2.8.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets@2.8): Remove variable.

gnu: audacity: Use gtk+@3.

* gnu/packages/audacity.scm (audacity)[inputs]: Remove wxwidgets-gtk2,
gtk+@2, add wxwidgets and gtk+.

gnu: wxwidgets: Build with webkitgtk.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets)[inputs]: Remove webkitgtk@2.4,
add webkitgtk.

gnu: snakemake: Add runtime dependencies.

* gnu/packages/python.scm (snakemake)[propagated-inputs]: Add python-wrapt and
python-requests.

gnu: mpd: Update to 0.20.6.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.20.6.

gnu: Add deutex.

gnu/packages/game-development.scm (deutex): New variable.

download: Remove non-existent kernel mirror.

* guix/download.scm (%mirrors) <kernel.org>: Remove www.all.kernel.org.

gnu: obnam: Enable tests.

* gnu/packages/backup.scm (obnam)[arguments]: Replace 'check' phase with
  custom function.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-pylint.

* gnu/packages/python.scm (python-pylint, python2-pylint): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python2-coverage-test-runner.

* gnu/packages/python.scm (python2-coverage-test-runner): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-configparser.

* gnu/packages/python.scm (python-configparser, python2-configparser): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python2-backports-functools-lru-cache.

* gnu/packages/python.scm (python2-backports-functools-lru-cache): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-isort.

* gnu/packages/python.scm (python-isort, python2-isort): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-astroid.

* gnu/packages/python.scm (python-astroid, python2-astroid): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add libircclient.

* gnu/packages/messaging.scm (libircclient): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add pdfgrep.

* guix/gnu/packages/pdf.scm (pdfgrep): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: linux-libre: Update to 4.10.4.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.4.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.16.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.55.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.55.

services: Remove Tab character from source code whitespace.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Remove Tab character
from source code whitespace.

gnu: u-boot: Update to 2017.03.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2017.03.

gnu: icecat: Add selected fixes from upstream mozilla-esr45.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Add selected fixes from
the upstream mozilla-esr45 repository.

gnu: libevent@2.0: Add fix from upstream.

This fix was cherry-picked by Mozilla from upstream libevent-2.1 to its
bundled copy of libevent-2.0.21 in mozilla-esr45.

* gnu/packages/patches/libevent-2.0-evbuffer-add-use-last-with-datap.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/libevent.scm (libevent-2.0)[source][patches]: Add it.

services: file-system-shepherd-service: Make it find the fsck programs.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25917>.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Use
file-system-packages.

gnu: guile-commonmark: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-commonmark)[inputs]: Replace GUILE-2.0
with GUILE-2.2.
(guile2.0-commonmark): New variable.
(guile2.2-commonmark): Mark as deprecated.
(haunt)[propagated-inputs]: Use GUILE-COMMONMARK.

gnu: guile-reader: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-reader)[inputs]: Change GUILE-2.0 to
GUILE-2.2.
(guile2.0-reader): New variable.
(guile2.2-reader): Mark as deprecated.
(haunt)[propagated-inputs]: Use GUILE-READER instead of
GUILE2.2-READER.

gnu: haunt: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (haunt)[inputs]: Replace GUILE-2.0 with
GUILE-2.2.
[propagated-inputs]: Replace GUILE-READER and GUILE-COMMONMARK with
their 2.2 variant.
(guile2.0-haunt): New variable.
(guile2.2-haunt): Mark as deprecated.

gnu: Add 'package-for-guile-2.0'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2-package-name): Rename to...
(guile-variant-package-name): ... this.  Change to return a lambda.
(package-for-guile-2.2): Adjust accordingly.
(package-for-guile-2.0): New procedure.

gnu: Rename "guile-next" to "guile".

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Rename to...
(guile-2.2): ... this.  Update users.
[name]: Change to "guile".
[synopsis]: Remove.
[properties]: Remove 'upstream-name', 'ftp-server', and
'ftp-directory'.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web): Update accordingly.
* gnu/packages/tls.scm (gnutls/guile-2.2): Likewise.
* tests/guix-build.sh: Use 'guile@2.2' instead of 'guile-next'.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Update examples that
referred to "guile-next".