gnu: grim: Move scdoc to native-inputs.

* gnu/packages/image.scm (scdoc)[inputs]: Remove scdoc.
[native-inputs]: Add scdoc.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: rust-bindgen: Add missing space to synopsis.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bindgen-0.50)[synopsis]: Add a space
  between "C++" and "libraries".

gnu: docker-compose: Update to 1.25.4.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40015>.

* gnu/packages/docker.scm (docker-compose): Update to 1.25.4.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: emacs-magit: Remove obsolete make flags.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Remove make flags that were jadis
required to reference external Elisp libraries.  These are now made available
through EMACSLOADPATH.

doc: Update to reflect the current installation prefix of Emacs packages.

* doc/guix.texi (Application Setup)[Emacs Packages]: No longer mention the
guix.d Elisp installation prefix.  Do not treat the user profile specially, as
it is not special anymore.
(Build Systems): Document the correct Elisp installation prefix.

gnu: emacs-mew: Remove guix.d from the Elisp installation directory.

* gnu/packages/mail.scm (emacs-mew)[arguments]: Update the Elisp installation
prefix.

gnu: cedille: Remove guix.d from the Elisp installation directory.

* gnu/packages/cedille.scm (cedille)[phases]{patch-cedille-path-el}: Update
the Elisp installation prefix used.
{copy-cedille-mode}: Likewise.

gnu: ghc-hindent: Remove guix.d from the Elisp installation directory.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-hindent)[phases]{emacs-install}: Update
the installation prefix directory.

gnu: emacs-forge: Use the emacs-build-system.

This streamlines the package definition nicely and bring benefits, such as
having the Elisp files scanned for potential /bin/ programs and patched,
compressing the info manual, being able to compile the autoload file, and
installing the byte compiled files to the correct location (under site-lisp/).

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge)[build-system]: Switch from the
gnu-build-system to the emacs-build-system.
[arguments]: Remove the #:modules and #:imported-modules arguments.  Delete
all the custom phases except the 'chdir-lisp one, and add a new
'build-info-manual phase.

gnu: emacs-guix: Remove unnecessary configure flags.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix)[arguments]: Remove.

gnu: emacs-magit-svn: Use the emacs-build-system.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit-svn)[build-system]: Use the
emacs-build-system.
[arguments]: Remove.

gnu: waybar: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/wm.scm (waybar): Update to 0.9.1.
[inputs]: Add date and gtk-layer-shell dependencies.
[synopsis]:Remove period.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gtk-layer-shell.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-layer-shell): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: spdlog: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Update to 1.5.0

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add date.

* gnu/packages/wm.scm (date): New variable.
* gnu/packages/patches/date-output-pkg-config-files.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add patch.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix package: Remove unneeded import.

This is a followup to 55e1dfa4dd189e010c541e3997b65434c702b4a5.

* guix/scripts/package.scm: Remove unneeded #:use-module.

inferior: '&inferior-exception' includes a stack trace.

* guix/inferior.scm (port->inferior): Bump protocol to (0 1 1).
(&inferior-exception)[stack]: New field.
(read-repl-response): Recognize 'exception' form for protocol (0 1 1).
* tests/inferior.scm ("&inferior-exception"): Check the value returned
by 'inferior-exception-stack'.

repl: Return stack traces along with exceptions.

* guix/repl.scm (repl-prompt): New variable.
(stack->frames): New procedure.
(send-repl-response)[frame->sexp, handle-exception]: New procedure.
Pass HANDLE-EXCEPTION as a pre-unwind handler.
(machine-repl): Define 'tag'.  Bump protocol version to (0 1 1).
Wrap 'loop' call in 'call-with-prompt'.

inferior: Adjust to protocol (0 1).

* guix/inferior.scm (port->inferior): For protocol (0 x ...), where x >= 1,
send the (() repl-version ...) form.

repl: Allow clients to send their protocol version.

* guix/repl.scm (send-repl-response): Add #:version.
(machine-repl): Make 'loop' an internal define with a
'version' parameter.  Pass VERSION to 'send-repl-response'.
Send (0 1) as the protocol version.
If the first element read from INPUT matches (() repl-version _ ...),
interpret it as the client's protocol version.

gnu: system: Remove guile-wm from skeleton.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Remove guile-wm (especially as a
dependency).

gnu: Fix typo.

This is a follow-up to 83a4ab4e4213eaf10289f0abd8a43979178701d7.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Fix typo in patch name.

gnu: Add korganizer.

* gnu/packages/kde-pim.scm (korganizer): New variable.

gnu: Add kincidenceeditor.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kincidenceeditor): New variable.

gnu: Add keventviews.

* gnu/package/kde-pim.scm (keventviews): New variable.

gnu: Add kcalendarsupport.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kcalendarsupport): New variable.

gnu: Add kdiagram.

* gnu/packages/kde.scm (kdiagram): New variable.
* packages/patches/kdiagram-Fix-missing-link-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add kmail.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kmail): New variable.
* gnu/packages/patches/kmail-Fix-missing-link-libraries.patch:
  New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add knotes.

* gnu/packages/kde-pim.scm (knotes): NEw variable.

gnu: Add kaddressbook.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kaddressbook): New variable.

gnu: Add kdepim-runtime.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kdepim-runtime): New variable.
* gnu/packages/patches/kdepim-runtime-Fix-missing-link-libraries.patch:
  New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add kdav.

This is in kde-pim.scm since it explicitly offers the "KPimKDAV".

* gnu/package/kde-pim.scm (kdav): New variable.

gnu: Add kblog.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kblog): New variable.

gnu: Add kmailcommon.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kmailcommon): New variable.

gnu: Add kmessagelib.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kmessagelib): New variable.

gnu: Add libksieve.

* gnu/packages/kde-pim.scm (libksieve): New variable.
* gnu/packages/patches/libksieve-Fix-missing-link-libraries.patch:
  New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: gpa: Add phase wrap-program.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36109>

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa)[arguments]: Add phase wrap-program.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: r-modelmetrics: Update to 1.2.2.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-modelmetrics): Update to 1.2.2.2.

gnu: r-matrixstats: Update to 0.56.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): Update to 0.56.0.

gnu: r-quanteda: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-quanteda): Update to 2.0.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-isocodes: Update to 2020.03.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-isocodes): Update to 2020.03.16.

gnu: r-accept: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-accept): Update to 0.7.1.

gnu: r-uwot: Update to 0.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-uwot): Update to 0.1.8.
[propagated-inputs]: Remove r-rcppparallel.

gnu: r-ggraph: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggraph): Update to 2.0.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-units: Update to 0.6-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-units): Update to 0.6-6.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-nonnest2: Update to 0.5-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-nonnest2): Update to 0.5-3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-waveslim: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-waveslim): Update to 1.8.2.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.14.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-glmmtmb: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-glmmtmb): Update to 1.0.1.

gnu: r-pwr: Update to 1.3-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-pwr): Update to 1.3-0.

gnu: r-officer: Update to 0.3.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.8.
[propagated-inputs]: Remove r-digest.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.10.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rmysql: Update to 0.10.20.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmysql): Update to 0.10.20.

gnu: r-ffbase: Update to 0.12.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-ffbase): Update to 0.12.8.

gnu: r-rcpp: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpp): Update to 1.0.4.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-glue: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-glue): Update to 1.3.2.

gnu: r-crosstalk: Update to 1.1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-crosstalk): Update to 1.1.0.1.
[propagated-inputs]: Remove r-ggplot2 and r-shiny.

gnu: r-biocpkgtools: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocpkgtools): Update to 1.4.6.
[propagated-inputs]: Add r-biocfilecache, r-rappdirs, r-rlang, and
r-tidyselect.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biosigner: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.14.2.
[native-inputs]: Remove r-rmarkdown, pandoc, and pandoc-citeproc.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 80.0.3987.149-0.516e2d9 [security fixes].

This releases fixes CVE-2020-6422, CVE-2020-6424, CVE-2020-6425,
CVE-2020-6426, CVE-2020-6427, CVE-2020-6428, CVE-2020-6429, CVE-2019-20503,
and CVE-2020-6449.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 80.0.3987.149.
(%ungoogled-revision): Set to 516e2d990a50a4bbeb8c583e56333c2935e2af95.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin): Update hashes.

gnu: python2-cython: Exclude parallel tests on i686 systems.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-cython)[arguments]: When building on
i686-linux, override the 'check' phase.

gnu: git: Enable parallel tests.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[arguments]: Remove #:parallel-testS?.

gnu: varnish: Update to 6.4.0.

* gnu/packages/web.scm (varnish): Update to 6.4.0.

gnu: RocksDB: Update to 6.7.3.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 6.7.3.

gnu: wpebackend-fdo: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/webkit.scm (wpebackend-fdo): Update to 1.6.0.

gnu: libwpe: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/webkit.scm (libwpe): Update to 1.6.0.

gnu: dav1d: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.6.0.

gnu: libsoup: Update to 2.70.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.70.0.

gnu: libsecret: Update to 0.20.2.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): Update to 0.20.2.

gnu: git: Update to 2.25.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.25.2.

gnu: OpenSSL: Update replacement to 1.1.1e [fixes CVE-2019-1551].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.1.1d): Rename to ...
(openssl-1.1.1e): ... this.  Update to 1.1.1e.
(openssl)[replacement]: Adjust accordingly.

build-self: Import (ice-9 threads) in the compute-guix-derivation script.

This is required for CALL-WITH-NEW-THREAD in Guile 3.0.

* build-aux/build-self.scm (build-program): Import (ice-9 threads).

gnu: sbcl-cl-webkit: Update to 20200319.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 20200319.

gnu: glances: Deprecate python- prefix.

* gnu/package/python-xyz.scm (glances): New public variable renamed
from……
(python-glances): …this now-deprecated one.

gnu: Remove python2-glances variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-glances): Remove variable.

gnu: python-glances: Update to 3.1.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-glances): Update to 3.1.4.

gnu: aircrack-ng: Update to 1.6.

* gnu/packages/networking.scm (aircrack-ng): Update to 1.6.

gnu: neomutt: Update to 20200313.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20200313.

gnu: Use HTTPS for supported psyc.eu subdomains.

* gnu/packages/messaging.scm (libpsyc)[home-page]: Use HTTPS.
(perl-net-psyc)[source, description, home-page]: Likewise.

gnu: camlp5: Update home page.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp5)[home-page]: Update.

gnu: jrnl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/jrnl.scm (jrnl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: libmygpo-qt: Update home page.

* gnu/packages/gpodder.scm (libmygpo-qt)[home-page]: Update.

gnu: camlzip: Update home page.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlzip)[home-page]: Update.

gnu: lablgtk: Update to 2.18.10.

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk): Update to 2.18.10.

gnu: bind: Update to 9.16.1.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.16.1.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.0.38-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.0.38-1.

gnu: chafa: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (chafa): Update to 1.2.2.

gnu: workrave: Update to 1.10.37.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave): Update to 1.10.37.
[arguments]: Disable #:tests?.

gnu: dovecot: Use libsodium.

This adds support for ARGON2I and ARGON2ID password hashing in exchange
for a <1% increase in closure size.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[inputs]: Add libsodium.
(dovecot-libsodium-plugin)[description]: Note its use.

gnu: dovecot: Use SQLite.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[arguments]: Add "--with-sqlite"
to #:configure-flags.

gnu: extempore: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/music.scm (extempore)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: r-rhpcblasctl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/cran.scm (r-rhpcblasctl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: r-snowfall: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/cran.scm (r-snowfall)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for non.tuxfamily.org home pages.

* gnu/packages/music.scm (non-timeline, non-mixer, non-session-manager)
(non-sequencer)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-org-static-blog: Fix typo in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-static-blog)[description]: Fix typo.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.26.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.26.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.111.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.111.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

doc: Correctly state the size of the glibc-locales package.

* doc/guix.texi (Application Setup): Give the correct size.

gnu: tor: Update to 0.4.2.7.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.2.7.

gnu: pioneer: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/games.scm (pioneer)[home-page]: Use HTTPS.