system: Add 'locale-libcs' field.

* gnu/system/locale.scm (localedef-command)[maybe-version-directory]:
  New procedure.
  Use it.
  (locale-directory): Rename to...
  (single-locale-directory): ... this.  Check the version of LIBC to
  determine whether to create a "X.Y" sub-directory or to make it a
  symlink to ".".  Add the version number in the derivation name.
  (locale-directory): New procedure.
  (%default-locale-libcs): New variable.
* gnu/system.scm (<operating-system>)[locale-libcs]: New field.
  (operating-system-locale-directory): Pass it to 'locale-directory'.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document 'locale-libcs'.
  (Locales)[Locale Data Compatibility Considerations]: New section.

gnu: glibc: Add version 2.21.

* gnu/packages/base.scm (glibc-2.21): New variable.

gnu: ffmpeg: Enable gnutls support.

* gnu/package/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Add gnutls.
  [arguments]: Enable it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

scripts: system: Add 'container' action.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Display 'container' action.
  (system-derivation-for-action, guix-system): Add 'container' case.
  (perform-action): Skip GRUB config generation when building a container.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document it.

system: container: Adjust to changes in gexps.

* gnu/system/linux-container.scm (system-container): 'etc' is no longer
  a monadic value, and the result of 'file-union' must be lowered.

gnu: openblas: Make substitutable on MIPS.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Make package
  substitutable when the system is MIPS.

gnu: openblas: Set TARGET to SICORTEX on MIPS.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Add "TARGET=SICORTEX" to
  make-flags when building for MIPS.

gnu: xfce4-session: Fix xflock4.

* gnu/packages/patches/xfce4-session-fix-xflock4.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-session)[source]: Add patch.

gnu: Add pcre2.

* gnu/packages/pcre.scm (pcre2): New variable.

gnu: freeipmi: Update to 1.4.11.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.4.11.

gnu: fish: Add python input.

* gnu/packages/fish.scm (inputs): Add python.

doc: Fix outdated description of the bare-bones example.

Reported by fps on #guix.

* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Replace mention of
  Emacs with tcpdump.

services: Add 'linux-bare-metal-service-type'.

* gnu/services.scm (modprobe-wrapper): Remove.
  (activation-script): Do not use it.  Remove calls to
  'activate-modprobe' and 'activate-ptrace-attach' in gexp.
  (%modprobe-wrapper, %linux-kernel-activation,
  linux-bare-metal-service-type, %linux-bare-metal-service): New
  variables.
* gnu/system.scm (essential-services): Add %LINUX-BARE-METAL-SERVICE to
  the list, unless CONTAINER? is true.

gnu: ffmpeg: Move flags into their own argument.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]: Move the configurable
  configure flag literals into the configure-flags argument. Call
  configure with these flags from the configure phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

scripts: environment: Allow mixing regular and ad-hoc packages.

This patch changes the --ad-hoc flag to be positional.  That is, the
packages that appear before --ad-hoc are interpreted as packages whose
inputs should be in the environment; the packages that appear after are
interpreted as packages to be directly added to the environment.

* guix/scripts/environment.scm (tag-package-arg, compact): New
  procedures.
  (%options): Tweak the handlers for --load and --expression options.
  (options/resolve-packages): Preserve package mode tag.
  (parse-args): Tweak argument handler to use package tagging procedure.
  (guix-environment): Apply ad-hoc behavior on a per package basis.
* tests/guix-environment.sh: Add test.
* doc/guix.texi ("invoking guix environment"): Document new behavior of
  --ad-hoc.

services: Add screen-locker service.

* gnu/system/linux.scm (base-pam-services): Remove "xlock" and
  "xscreensaver".
* gnu/services/xorg.scm (<screen-locker>): New record type.
  (screen-locker-pam-services, screen-locker-setuid-programs,
  screen-locker-service): New procedures.
  (screen-locker-service-type): New variable.
* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Use them.
* doc/guix.texi (X Window): Document 'screen-locker-service'.
  (Desktop Services): Mention it.

system: File systems depend on their corresponding device mappings.

Fixes a regression introduced in commit 0adfe95.

* gnu/system.scm (other-file-system-services)[requirements]: Remove.
  [add-dependencies]: New procedure.
  Use it.
* gnu/system/file-systems.scm (<file-system>)[dependencies]: Update
  comment.
* gnu/services/base.scm (mapped-device->dmd-service-name,
  dependency->dmd-service-name): New procedures.
  (file-system-service-type): Use it.

gnu: Add libchop.

* gnu/packages/backup.scm (libchop): New variable.

gnu: Move gdbm to (gnu packages databases).

* gnu/packages/gdbm.scm: Remove.
* gnu/packages/databases.scm (gdbm): New variable, from gdbm.scm.
* gnu/packages/avahi.scm, gnu/packages/cyrus-sasl.scm,
  gnu/packages/guile.scm, gnu/packages/mail.scm,
  gnu/packages/man.scm, gnu/packages/pulseaudio.scm,
  gnu/packages/python.scm, gnu/packages/ruby.scm,
  gnu/packages/sawfish.scm: Adjust accordingly.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove gdbm.scm.

doc: Mention Nix in the intro.

* doc/guix.texi (Introduction): Mention Nix with a xref to
  "Acknowledgments".
  (Acknowledgments): Add link to nixos.org.

system: grub: Let GRUB choose the best graphics mode.

On PCs, it means that it will typically choose resolutions higher
than 640x480, which is nicer.

* gnu/system/grub.scm (eye-candy)[setup-gfxterm-body]: Leave 'gfxmode'
  unset.

gnu: openblas: Update to 0.2.15.

* gnu/packages/maths.scm (openblas): Update to 0.2.15.

gnu: icedtea7: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Update to 2.6.2.

gnu: ghc-glut: Propagate freeglut input.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-glut): Move freeglut to
  propagated-inputs.

gnu: bluez: Update to 5.35.

* gnu/packages/linux.scm (bluez): Update to 5.35.

gnu: magit-svn: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/emacs.scm (magit-svn): Update to 2.1.1.

gnu: magit: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 2.3.0.

services: Add 'modify-services'.

* gnu/services.scm (%modify-service, modify-services): New macros.
* gnu/services/base.scm (mingetty-service-type, guix-service-type):
  Export.
* emacs/guix-devel.el (guix-devel-keywords): Add 'modify-services'.
  Ditto in 'guix-devel-scheme-indent' call.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Give an example of
  'modify-services'.
  (Service Reference): Document it.

services: 'guix-configuration' has a 'substitute-urls' field.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[substitute-urls]: New
  field.
  (guix-dmd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

refresh: Support comma-separated updater types.

* guix/scripts/refresh.scm (%options): Handle comma-separated types for
  '--type' option.
  (guix-refresh): Adjust accordingly.
  (show-help): Likewise.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

gnu: pbtranscript-tofu: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pbtranscript-tofu): Update to 2.2.3.
  [source]: Remove bundled Cython sources in a snippet.  Replace
  ".tar.gz" extension in file-name field with "-checkout".
  [arguments]: Replace "enter-directory-and-clean-up" phase with
  "enter-directory" phase, and add "patch-setuppy" phase.
  [inputs]: Add python2-h5py.  Move python2-cython ...
  [native-inputs]: ... to this field.

gnu: pari-gp: Add X11 input.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp)[inputs]: Add libx11, which enables
  plotting functions.

tests: Print the mounts visible in the container.

* tests/guix-environment-container.sh: Print the content of
  $tmpdir/mounts.

ui: Add 'make-regexp*'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21773>.
Reported by Jan Synáček <jan.synacek@gmail.com>.

* guix/ui.scm (make-regexp*): New procedure.
* guix/scripts/package.scm (options->installable, guix-package): Use it
  when processing user-provided regexps.

container: Remove unnecessary CLONE_CHILD_* flags.

* gnu/build/linux-container.scm (namespaces->bit-mask): Remove
  CLONE_CHILD_CLEARTID and CLONE_CHILD_SETTID, which are unneeded.
  Discussed at <http://bugs.gnu.org/21694>.

store: Use the daemon's substitute URLs by default.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20217>.

* guix/store.scm (set-build-options): Change #:substitute-urls to
  default to #f.  Send the 'substitute-urls' pair only if
  SUBSTITUTE-URLS is true.
* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Do not
  default to %DEFAULT-SUBSTITUTE-URLS for #:substitute-urls.
* guix/scripts/size.scm (%default-options): Remove 'substitute-urls'.

scripts: build: Add --file option.

* guix/scripts/build.scm (show-help): Add help text for --file option.
  (%options): Add --file option.
  (options/resolve-packages): Handle 'file' options.
* tests/guix-build.sh: Add tests.
* doc/guix.texi ("invoking guix build"): Add doc.

gnu: python-debian: Avoid @itemize in description.

* gnu/packages/python.scm (python-debian): Use @enumerate instead of
  @itemize.

substitute: Honor all the specified server URLs.

* guix/scripts/substitute.scm (lookup-narinfos/diverse): New procedure.
  (lookup-narinfo): Use it.
  (process-query): Change #:cache-url to #:cache-urls.
  [valid?]: Remove 'narinfo?' check, which is no longer necessary.
  Use 'lookup-narinfos/diverse' instead of 'lookup-narinfos'.
  (process-substitution): Change #:cache-url to #:cache-urls.
  (%cache-url): Rename to...
  (%cache-urls): ... this.  Turn into a list.
  (guix-substitute): Remove 'getaddrinfo' test with early exit.  Adjust
  calls to 'process-query' and 'process-substitution'.
* tests/substitute.scm: Change '%cache-url' to '%cache-urls'.

substitute: 'lookup-narinfos' returns exactly a list of narinfos.

* guix/scripts/substitute.scm (lookup-narinfos): Filter out #f values
  from CACHED, such that the end result is exactly a list of narinfos,
  not interspersed with #f.
* guix/scripts/challenge.scm (discrepancies): Assume REMOTE is a list of
  narinfos.

substitute: 'http-multiple-get' follows 'fold' style.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Add 'seed'
  parameter.  Call PROC in 'fold' style.
  (fetch-narinfos)[handle-narinfo-response]: Adjust accordingly.
  Update 'http-multiple-get' call accordingly.

gnu: grub: Install documentation.

* gnu/packages/grub.scm (grub)[native-inputs]: Add help2man and texinfo.

gnu: grub: Use modify-phases and other minor cleanups.

* gnu/packages/grub.scm (grub)[arguments]: Use modify-phases.  Return #t from
  'patch-stuff' phase.  Add 'patch-stuff' phase after 'unpack' instead of
  before 'patch-source-shebangs'.
  [inputs]: Add comment noting that 'fuse' would be a desirable input.

doc: Add texinfo to the requirements when building from git.

* doc/contributing.texi (Building from Git): Add GNU Texinfo to the list of
  additional requirements.

gnu: linux-libre: On MIPS, the linux image name is vmlinuz, not bzImage.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[install-phase]: Add vmlinuz to the list
  of file names to be copied.

gnu: linux-libre: Add case for ARCH=mips.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[build-phase]: When setting ARCH, add a
  case for MIPS.

gnu: linux-libre: Add 'supported-systems' field: Intel only for now.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[supported-systems]: New field.

gnu: linux-libre: Update to 4.2.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.5.

linux-initrd: Use pata_acpi, pata_atiixp, and isci modules only on Intel.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd)[linux-modules]: Include
  "pata_acpi", "pata_atiixp", and "isci" on Intel systems only.

system: grub: Adjust eye-candy to work on non-Intel systems.

* gnu/system/grub.scm (eye-candy): Accept additional 'system' argument.  Add
  local 'setup-gfxterm-body' variable.  Replace the 'load_video' grub function
  with 'setup_gfxterm', which includes everything in the 'if loadfont' form on
  Intel systems, but is empty on non-Intel.
  (grub-configuration-file): Pass 'system' to 'eye-candy.

system: grub: On MIPS, the linux image name is vmlinuz, not bzImage.

* gnu/system/grub.scm (grub-configuration-file): Add 'linux-image-name'
  internal procedure.  Use it from 'entry->gexp'.

gnu: Add Diffoscope.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): New variable.

gnu: Add python-chardet.

* gnu/packages/python.scm (python-chardet, python2-chardet): New
  variables.

gnu: Add python-debian.

* gnu/packages/python.scm (python-debian, python2-debian): New
  variables.

refresh: Add '--list-updaters' option.

* guix/scripts/refresh.scm (list-updaters-and-exit): New procedure.
  (%options, show-help): Add '--list-updaters' option.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

upstream: Add 'description' field to 'upstream-updater'.

Suggested by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* guix/upstream.scm (<upstream-updater>): Use 'define-record-type*'.
  [description]: New field.
  (lookup-updater): Adjust accordingly.
* guix/gnu-maintenance.scm (%gnu-updater): Likewise.
* guix/import/cran.scm (%cran-updater): Likewise.
* guix/import/elpa.scm (%elpa-updater): Likewise.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/scripts/import/cran.scm and
  guix/gnu-maintenance.scm.

emacs: Use 'switch-to-generation*'.

This is a followup to commit 06d45f4566469364b4c1fe6d3c71ecf58f5d4838.

* emacs/guix-base.el (guix-switch-to-generation): Replace
  'switch-to-generation' with 'switch-to-generation*'.

emacs: Add "Packages" option for 'guix challenge' popup.

* emacs/guix-command.el (guix-command-rest-argument): Add "challenge".

emacs: Add shell completions for 'guix challenge'.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-complete-command-arg): Add
  "challenge" to complete package names for it.

gnu: gcj: Run libjava tests.

* gnu/packages/gcc.scm (gcj)[native-inputs]: Add dejagnu.
  [arguments]: Enable tests and set test target to
  "check-target-libjava".

gnu: guile-next: Update to 20151025.e5bccb6

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 20151025.e5bccb6.

gnu: subread: Use SSE optimizations on x86_64 only.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (subread)[arguments]: Override CC and
  CCFLAGS conditionally dependent on target system.

gnu: crossmap: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (crossmap): Update to 0.2.1.

gnu: Add yapet.

* gnu/packages/password-utils.scm (yapet): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xcompmgr.

* gnu/packages/xorg.scm (xcompmgr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Add generation manipulation procedures.

* guix/scripts/package.scm (delete-generations): Use
  'delete-generation*' instead of 'delete-generation'.
  (guix-package)[process-actions]: Use 'roll-back*' instead of
  'roll-back' and 'switch-to-generation*' instead of
  'switch-to-generation'.
  (link-to-empty-profile, switch-to-generation,
  switch-to-previous-generation, roll-back, delete-generation): Move
  to...
* guix/profiles.scm: ... here.  Adjust to not print messages and to
  return values that can be used by user interfaces.
* guix/ui.scm (display-generation-change, roll-back*,
  switch-to-generation*, delete-generation*): New procedures.

utils: Add 'switch-symlinks', moved from (guix ui).

* guix/ui.scm (switch-symlinks): Move to...
* guix/utils.scm: ... here.  New procedure.
* guix/scripts/pull.scm: Use it.

guix system: Add the 'list-generations' command.

* guix/scripts/system.scm (display-system-generation, list-generations):
  New procedures.
  (process-action): Clarify docstring.
  (process-command): New procedure.
  (guix-system)[parse-sub-command]: Add 'list-generations'
  Call 'process-command' instead of 'process-action'.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Mention generations,
  rollback, and 'list-generations'.
  (Invoking guix system): Document 'list-generations'.

guix system: Factorize boot parameter parsing.

* guix/scripts/system.scm (<boot-parameters>): New record type.
  (read-boot-parameters): New procedure.
  (previous-grub-entries)[system->grub-entry]: Use it.

ui: Add procedures to display a profile generation.

* guix/scripts/package.scm (guix-package)[process-query](list-generations):
  Move part of the body to 'delete-generation' and
  'display-profile-content'.
* guix/ui.scm (display-generation, display-profile-content): New
  procedures.

utils: Add 'readlink*'.

* guix/scripts/package.scm (readlink*): Move to...
* guix/utils.scm (readlink*): ... here.  New procedure.

guix system: Extract action processing.

* guix/scripts/system.scm (process-action): New procedure.  Extracted
  from...
  (guix-system): ... here.  Use it.

ui: Add 'matching-generations'.

* guix/scripts/package.scm (matching-generations): Move to...
* guix/ui.scm (matching-generations): ... here.

doc: Add a REPL example.

* doc/contributing.texi (Running Guix Before It Is Installed): Add REPL
  example.
* doc/emacs.texi (Emacs General info): Add @cindex.

gnu: Add python-file.

* gnu/packages/python.scm (python-file, python2-file): New variables.

gnu: Add RPM.

* gnu/packages/package-management.scm (rpm): New variable.
* gnu/packages/backup.scm (libarchive): Add comment.

gnu: racket: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/scheme.scm (racket): Update to 6.2.1.

gnu: haskell: Remove CONFIG_SHELL patches.

A previous commit to the haskell-build-system made sure that if
necessary, the CONFIG_SHELL environment variable is set.  That obviates
the individual patches applied to some packages.  Remove them.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-network, ghc-old-time, ghc-sdl-image,
  ghc-sdl-mixer, ghc-sdl, ghc-unix-time, ghc-x11)[arguments]: Remove
  ‘fix-/bin/sh’ phase.

gnu: ghc-async: Fix description formatting.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-async): Formatting.

build-system/haskell: CONFIG_SHELL env variable.

For Cabal packages with "build-type: Configure", a configure shell
script is run to set up build parameters.  These scripts need the
CONFIG_SHELL environment variable to be set to function properly.

* guix/build/haskell-build-system.scm (configure): Set CONFIG_SHELL if
  necessary.

scripts: environment: Add --container option.

* guix/scripts/system.scm (specification->file-system-mapping): Move from
  here...
* guix/ui.scm (specification->file-system-mapping): ... to here.
* guix/scripts/enviroment.scm (show-help): Show help for new options.
  (%options): Add --container --network, --expose, and --share options.
  (%network-configuration-files): New variable.
  (launch-environment, launch-environment/container, requisites*,
  inputs->requisites): New procedures.
  (guix-environment): Spawn new process in a container when requested.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.
* tests/guix-environment-container.sh: New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.

gnu: youtube-dl: Upgrade to 2015.10.24.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Upgrade to 2015.10.24.

gnu: linux-libre: Update to 4.2.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.4.

import: hackage: Fix grammar.

Minor clarification regarding the test-dependencies command line option.

* guix/scripts/import/hackage.scm (show-help): Minor grammatical fix.

import: hackage: Update GHC libraries for 7.10.2.

Update ghc-standard-libraries to match the output of `ghc-pkg list` when
using GHC 7.10.2.

* guix/import/hackage.scm (ghc-standard-libraries): Sort and update list
  of core GHC libraries.

gnu: Add Raincat.

* gnu/packages/games.scm (raincat): New variable.

gnu: Add ghc-sdl-image.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-sdl-image): New variable.

gnu: Add ghc-sdl-mixer.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-sdl-mixer): New variable.

gnu: Add ghc-sdl.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-sdl): New variable.

gnu: Add ghc-glut.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-glut): New variable.

gnu: Add ghc-opengl.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-opengl): New variable.

gnu: Add ghc-objectname.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-objectname): New variable.

gnu: Add ghc-gluraw.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-gluraw): New variable.

gnu: Add ghc-openglraw.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-openglraw): New variable.

gnu: Add ghc-half.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-half): New variable.

gnu: Add ghc-regex-compat.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-regex-compat): New variable.

gnu: Add ghc-regex-posix.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-regex-posix): New variable.

gnu: Add ghc-xhtml.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-xhtml): New variable.

gnu: Add ghc-haskell-src.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-haskell-src): New variable.

gnu: Add ghc-html.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-html): New variable.