gnu: highlight: Update to 3.54.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight): Update to 3.54.

gnu: lilv: Update to 0.24.6.

* gnu/packages/audio.scm (lilv): Update to 0.24.6.
[arguments]: Remove obsolete #:configure-flags.

gnu: sord: Update to 0.16.4.

* gnu/packages/rdf.scm (sord): Update to 0.16.4.

gnu: rng-tools: Update to 6.8.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools): Update to 6.8.

gnu: dialog: Update to 1.3-20191110.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20191110.

gnu: lyx: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/tex.scm (lyx): Update to 2.3.3.
[native-inputs]: Remove bc.

gnu: lyx: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/tex.scm (lyx)[source]: Hard-code NAME.

services: Add pagekite-service-type.

* gnu/services/networking.scm (pagekite-service-type): New service type.
(<pagekite-configuration>): New record type.
(pagekite-shepherd-service): New procedure.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: Add pagekite.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): New variable.

gnu: Add python-socksipychain.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-socksipychain, python2-socksipychain):
New variables.

gnu: crawl: Update to 0.24.0.

* gnu/packages/games.scm (crawl): Update to 0.24.0.

gnu: emacs-forge: Use right home-page URL.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge)[home-page]: Set home-page to
  https://github.com/magit/forge/.

services: Add knot-resolver-service-type.

* gnu/services/dns.scm (<knot-resolver-configuration>): New record type.
(knot-resolver-activation, knot-resolver-shpherd-services): New procedures.
(%knot-resolver-accounts, %kresd.conf, knot-resolver-service-type): New
variables.
* doc/guix.texi (DNS Services): Document it.

gnu: Add knot-resolver.

* gnu/packages/dns.scm (knot-resolver): New package.

gnu: Add python-breathe.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-breathe): New package.

gnu: patchelf: Update to 0.10.

* gnu/packages/elf.scm (patchelf): Update to 0.10.
[source]: Remove patches.
[arguments]: Remove patch/rework-for-arm phase. Add phase to modify
tests for our modified GCC package.
[native-inputs]: Add gcc:lib.
* gnu/packages/patches/patchelf-page-size.patch,
* gnu/packages/patches/patchelf-rework-for-arm.patch: Remove files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.10.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.83.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.83.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.153.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.153.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.200.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.200.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.200.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.200.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: ibus-libpinyin: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin): Update to 1.11.1.

gnu: multitail: Update to 6.5.0.

* gnu/packages/logging.scm (multitail): Update to 6.5.0.

gnu: thunar: Update to 1.8.10.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.10.

gnu: perl-datetime-calendar-julian: Update to 0.102.

* gnu/packages/perl.scm (perl-datetime-calendar-julian): Update to 0.102.

gnu: python-scipy: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scipy): Update to 1.3.2.

gnu: perl-cpanel-json-xs: Update to 4.17.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpanel-json-xs): Update to 4.17.

gnu: r-quantreg: Update to 5.52.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.52.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-31.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-31.

gnu: perl-io-compress: Update to 2.090.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-io-compress): Update to 2.090.

gnu: perl-compress-raw-zlib: Update to 2.090.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-compress-raw-zlib): Update to 2.090.

gnu: perl-compress-raw-bzip2: Update to 2.090.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-compress-raw-bzip2): Update to 2.090.

gnu: eyed3: Update to 0.8.11.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.8.11.

gnu: r-kernlab: Update to 0.9-28.

* gnu/packages/cran.scm (r-kernlab): Update to 0.9-28.

gnu: r-rvest: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-rvest): Update to 0.3.5.

gnu: jalv: Fix gtkmm, add gtk+-2 and qtbase.

The gtkmm passed to inputs was unused. Jalv does not support gtkmm 3 at the moment.

* gnu/packages/audio.scm (jalv)[inputs]:
Add gtk+-2 and qtbase.
Change unused gtkmm to gtkmm-2.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: zita-convolver: Update to 4.0.3.

* gnu/packages/audio.scm (zita-convolver): Update to 4.0.3.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add boost-with-python3.

* gnu/packages/boost.scm (boost-with-python3): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gnome: Add gnome-screenshot to default apps.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]:
Add gnome-screenshot.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: qemu: Add upstream patch for failing test.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37860>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[patches]: Add upstream patch
to fix tests on linux-libre >= 5.3.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Move numix-theme to gnome-xyz.scm.

* gnu/packages/gnome.scm (numix-theme): Move from here ...
* gnu/packages/gnome-xyz.scm (numix-theme): ... to here.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: limnoria: Update to 2019.11.09 [security fix].

See <https://github.com/ProgVal/Limnoria/wiki/math-eval-vulnerability>
(CVE number pending).

* gnu/packages/irc.scm (limnoria): Update to 2019.11.09.

Reported-by: Val Lorentz <progval@progval.net>

gnu: xfce4-whiskermenu-plugin: Download over HTTPS.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-whiskermenu-plugin)[source]: Use HTTPS.

gnu: qtwebkit: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit)[source]: Hard-code NAME.

gnu: Add 'file-name' where appropriate.

* gnu/packages/admin.scm (detox, neofetch),
gnu/packages/algebra.scm (python-fpylll),
gnu/packages/bioinformatics.scm (tbsp, genrich),
gnu/packages/crypto.scm (hpenc),
gnu/packages/digest.scm (xxhash),
gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tiny, emacs-ergoemacs-mode,
emacs-make-it-so, emacs-poet-theme, emacs-deft, emacs-scribble-mode,
emacs-helm-mu, emacs-unidecode, emacs-diff-hl, emacs-helm-exwm,
emacs-gif-screencast, emacs-exec-path-from-shell),
gnu/packages/engineering.scm (gpx),
gnu/packages/freedesktop.scm (waylandpp),
gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sirupsen-logrus,
go-github-com-shirou-gopsutil),
gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-studio, guile-picture-language,
jupyter-guile-kernel),
gnu/packages/image-viewers.scm (qview),
gnu/packages/java-maths.scm (java-jblas),
gnu/packages/llvm.scm (libclc),
gnu/packages/logging.scm (spdlog),
gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cstruct, ocaml-zarith),
gnu/packages/terminals.scm (libtsm),
gnu/packages/tigervnc.scm (tigervnc-client),
gnu/packages/xdisorg.scm (xcalib, xbanish) [source]: Add file-name.

gnu: polkit-qt: Use https for home-page.

* gnu/packages/polkit.scm (home-page): Use https.

gnu: polkit-qt: Use 'mirror-url'.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit-qt)[source]: Use 'mirror-url' over
direct kde url. Don't use name in source uri.

gnu: raincat: Use 'mirror-url'.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (raincat)[source]: Use 'mirror-url' over
direct hackage url.

gnu: delta: Use 'mirror-url'.

* gnu/packages/debug.scm (delta)[source]: Use 'mirror-url' over direct
Debian download.

gnu: haskell-apps.scm: Add missing import.

This is a follow-up to 52915062b9a5af4a1663a2d39f88626d9f3fc29d.

* gnu/packages/haskell-apps.scm: Import (gnu packages ncurses).

gnu: Add scroll.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (scroll): New variable.

gnu: Add ghc-ncurses.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-ncurses): New variable.

gnu: LibreSSL: Make search paths single-entry.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36817>.
Reported by Katherine Cox-Buday <cox.katherine.e@gmail.com>.

* gnu/packages/tls.scm (libressl)[native-search-paths]: Add SEPARATOR #F in
search path specifications.

gnu: monero-gui: Update to 0.15.0.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.15.0.0.
  [home-page]: Update url.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: monero: Update to 0.15.0.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.15.0.0.
  [arguments]: Add 'install-librandomx' phase.
  [home-page]: Update url.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Remove monero-miniupnpc.

This package was only needed for an older version of monero; nothing else
depends on it.

* gnu/packages/upnp.scm (monero-miniupnpc): Remove variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: cgal: Update to 4.14.2.

* gnu/packages/graphics.scm (cgal): Update to 4.14.2.

gnu: cgal: Use HTTPS home page.

gnu/packages/graphics.scm (cgal)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: faad2: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (faad2)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: faad2: Update to 2.8.6.

* gnu/packages/audio.scm (faad2): Update to 2.8.6.
[native-inputs, arguments]: Remove obsolete fields.

gnu: xfce4-whiskermenu-plugin: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-whiskermenu-plugin): Update to 2.3.4.

gnu: xfce4-whiskermenu-plugin: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-whiskermenu-plugin)[source]: Hard-code NAME.

gnu: gimp: Update to 2.10.14.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.14.

gnu: gegl: Update to 0.4.18.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.18.
[build-system]: Switch to Meson.
[arguments]: Disable GObject introspection.  Remove LDFLAGS fix.

gnu: gegl: Add source URIs.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl)[source]: Add URIs.

gnu: babl: Update to 0.1.72.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.72.
[build-system]: Switch to Meson.
[arguments]: Disable GObject introspection.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[propagated-inputs]: Add lcms.

gnu: fvwm: Update to 2.6.9.

* gnu/packages/fvwm.scm (fvwm): Update to 2.6.9.

gnu: fvwm: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/fvwm.scm (fvwm)[source]: Hard-code NAME.

gnu: qtractor: Update to 0.9.11.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.9.11.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.11.05.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.11.05.

gnu: Add artyfx

* gnu/packages/music.scm: (artyfx): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add matcha-theme.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (matcha-theme): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention value /var to localstatedir option.

* README (Installing Guix from Guix): Mention value /var to localstatedir option.
* doc/contributing.texi (Building from Git): Likewise.
* doc/guix.texi (Requirements): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: make-bootstrap: Slightly clarify 'package-with-relocatable-glibc'.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (package-with-relocatable-glibc)
[cross-bootstrap-libc]: Take an explicit 'target' argument.  Remove
redundant 'parameterize' form.
[inputs, native-inputs]: Adjust accordingly.

gnu: make-bootstrap: Memoize GCC variant.

This reduces the number of nodes in "guix graph guile-static-stripped"
from 165 to 150.  Likewise, the hit rate in the 'add-data-to-store'
cache for "guix build guile-static-stripped -nd" goes from 24% to 12%.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (gcc-for-bootstrap): New procedure.
(package-with-relocatable-glibc): Use it.

services: 'fold-services' memoizes service values.

Previously 'fold-services' could end up traversing the same services in
the graph several times, which is what this change addresses.

The hit rate on the 'add-data-to-store' cache goves from 9% to 8% on
"guix system build desktop.tmpl -nd", and the number of lookups in that
cache goes from 4458 to 4383.

* gnu/services.scm (fold-services): Turn 'loop' into a monadic procedure
in %STATE-MONAD and use it to memoize values of visited services.

tests: Update references to the now-deprecated 'guile-json' variable.

* gnu/tests/docker.scm (build-tarball&run-docker-test): Refer to
'guile-json-3' instead of 'guile-json'.
* gnu/tests/singularity.scm (build-tarball&run-singularity-test):
Likewise.

services: hpcguix-web: Delete lock files during activation.

* gnu/services/web.scm (%hpcguix-web-activation): Delete ".lock" files
from HOME-DIR.

services: hpcguix-web: Explicitly import (guix build utils).

* gnu/services/web.scm (%hpcguix-web-activation): Add explicit
'with-imported-modules'.

gnu: perl-file-configdir: Update to 0.021.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-configdir): Update to 0.021.
[propagated-inputs]: Add perl-test-without-module.

gnu: perl-class-inspector: Update to 1.36.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-inspector): Update to 1.36.

gnu: parcimonie: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (parcimonie): Update to 0.11.0.
[inputs]: Remove gnupg-1. Add gnupg, perl-moox-strictconstructor,
perl-strictures-2.
[native-inputs]: Add xorg-xerver.
[arguments]: Add prepare-for-tests phase. Roll in set-HOME phase and
start an X server. Delete tests known to fail. In fix-references phase,
update for new version.

gnu: Add perl-moox-strictconstructor.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moox-strictconstructor): New variable.

gnu: fribidi: Fix CVE-2019-18397.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi): Replace with fribidi/fixed.
(fribidi/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/fribidi-CVE-2019-18397.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: rdesktop: Update to 1.9.0.

Fixes CVE-2019-15682.

* gnu/packages/rdesktop.scm (rdesktop): Update to version 1.9.0
[native-inputs]: New field.
[inputs]: Remove openssl.  Add gnutls, libxcursor, and nettle as new baseline
requirements.
[arguments]: Remove #:phases argument.  Remove "--with-openssl" from
configure-flags.

gnu: python-reportlab: Update to 3.5.32.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlab): Update to 3.5.32.

gnu: botan: Use getentropy().

* gnu/packages/crypto.scm (botan)[arguments]: Enable the ‘getentropy’
OS feature.

gnu: botan: Optimise.

* gnu/packages/crypto.scm (botan)[arguments]: Compile with -O3
optimisation.

gnu: miniupnpc: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[source]: Hard-code NAME.

gnu: signify: Update to 27.

* gnu/packages/crypto.scm (signify): Update to 27.

gnu: neovim: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.4.3.

gnu: Add homebank.

* gnu/packages/finance.scm (homebank): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Warn about etc/indent-code.el when Emacs is absent.

* configure.ac: Warn when 'emacs' is not found, and emit
'etc/indent-code.el' otherwise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

news: Add Spanish translation.

* etc/news.scm: Add spanish translation.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Emit hyperlinks for 'license' in package search results.

* guix/ui.scm (package->recutils): When HYPERLINKS is true, call
'hyperlink' for the 'license' field.

ui: Produce hyperlinks for the 'location' field of search results.

This affects the output of 'guix show', 'guix search', and 'guix system
search'.

* guix/ui.scm (hyperlink, supports-hyperlinks?, location->hyperlink):
New procedures.
(package->recutils): Add #:hyperlinks? and honor it.
(display-search-results): Pass #:hyperlinks? to PRINT.
* guix/scripts/system/search.scm (service-type->recutils): Add
 #:hyperlinks? and honor it.

gnu: botan: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/crypto.scm (botan): Update to 2.12.1.

gnu: python-latexcodec: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-latexcodec): Update to 1.0.7.

gnu: python-mpi4py: Update to 3.0.3.

* gnu/packages/mpi.scm (python-mpi4py): Update to 3.0.3.

gnu: perl-data-compare: Update to 1.27.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-compare): Update to 1.27.
[propagated-inputs]: Add perl-clone.