gnu: python-flask-babel: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-babel): Update to 1.0.0.
[arguments]: New field.

gnu: python-flask-login: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-login): Update to 0.5.0.
[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Remove PYTHON-NOSE and PYTHON-PEP8.  Add PYTHON-COVERAGE,
PYTHON-PYCODESTYLE. and PYTHON-PYTEST.

gnu: python-flask: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask): Update to 1.1.1.

gnu: python-werkzeug: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-werkzeug): Update to 1.0.0.
[source](uri): Capitalize PyPI project name.
[native-inputs]: Add PYTHON-PYTEST-TIMEOUT.

gnu: python-stem: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-stem): Update to 1.8.0.

gnu: Add libgccjit.

* gnu/packages/gcc.scm (libgccjit): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: nfs: Ensure 'rpcinfo' can be found.

The test was failing since 8b9cad01e9619f53dc5a65892ca6a09ca5de3447.

* gnu/tests/nfs.scm (run-nfs-test)[test]("RPC service running"): Add
'setenv' call for PATH.

tests: opensmtpd: Check /var/spool/mail instead of /var/mail.

The test had been failing since the upgrade to 6.6.3p1 in commit
2dbfd8eec43b602d23cee3fdd2842cc333e36c24.

* gnu/services/mail.scm (opensmtpd-activation): Create /var/spool/mail.
* gnu/tests/mail.scm (run-opensmtpd-test): Check /var/spool/mail instead
of /var/mail.

tests: opensmtpd: Gracefully handle test failure.

Previously the 'wait' loop would run for ~1024 seconds, at which point
we'd reach the file descriptor limit due to the leak in 'queue-empty?'.

* gnu/tests/mail.scm (run-opensmtpd-test)[test]("mail arrived"): In
'queue-empty?', close PIPE to avoid file descriptor leak.  In 'wait'
loop, arrange to run at most 20 times.

services: dhcpd: Use 'invoke/quiet' when validating the config file.

This avoids the lengthy copyright/config message from dhcpd.

* gnu/services/networking.scm (dhcpd-activation): Use 'invoke/quiet'
instead of 'invoke'.

tests: dhcpd: Adjust network interface name.

This is a followup to 8e53fe2b91d2776bc1529e7b34967c8f1d9edc32.

* gnu/tests/networking.scm (dhcpd-v4-configuration)
(%dhcpd-os): Use "ens3" instead of "eth0".

tests: rsync: Set PATH.

This is a followup to 8b9cad01e9619f53dc5a65892ca6a09ca5de3447, which
would leave PATH unset.

* gnu/tests/rsync.scm (run-rsync-test)[test]("service running"): Add
call to 'setenv' for PATH.

gnu: star: Update to 2.7.3a.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.7.3a.

services/web: Export nginx-configuration-global-directives.

This is a follow-up to commit b420e6deb96e0760f12e3d941b76e690c4235e47.

* gnu/services/web.scm (nginx-configuration-global-directives): Export
procedure.

services: nginx: Fix broken default configuration.

* gnu/services/web.scm (nginx-configuration): Emit an empty events{}
block by default.
* doc/guix.texi (Web Services): Document it.

Revert "gnu: BlueZ: Update to 5.54."

This reverts commit f24aaa81de8c709adfda2e89271c562a5ca8d959.

This change caused too many rebuilds for the master branch.

gnu: java-snakeyaml: Update hash.

Compared to the the old tarfile available on ci.guix.gnu.org, only the file
'.hg_archival.txt' was removed.

* gnu/packages/java.scm (java-snakeyaml)[source]: Update hash.

gnu: java-xsdlib: Use archived home page URI, update source URI.

* gnu/packages/xml.scm (java-xsdlib)[home-page]: Use archived URI.
[source]: Update URI.

gnu: java-qdox: Move version 2.0-M2 side by side with version 1.12.1.

* gnu/packages/java.scm (java-qdox): Move package definition up,
such that it is side by side with version 1.12.1.

gnu: java-qdox: Update source and home-page URI.

* gnu/packages/java.scm (java-qdox)[source]: Update URI.
[home-page]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-packageadmin: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-packageadmin)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-cm: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-cm)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-util-tracker: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-util-tracker)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-resolver: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-resolver)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-jdbc: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-jdbc)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-log: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-log)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-framework: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-framework)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-repository: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-repository)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-metatype-annotations: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-metatype-annotations)[source]:
Update URI.

gnu: java-osgi-util-promise: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-util-promise)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-util-function: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-util-function)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-namespace-service: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-namespace-service)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-namespace-extender: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-namespace-extender)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-resource: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-resource)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-dto: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-dto)[source]: Update URI.

gnu: java-osgi-service-component-annotations: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-component-annotations)[source]:
Update URI.

gnu: Add lv2lint.

* gnu/packages/audio.scm (lv2lint): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add ghcid.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (ghcid): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-debbugs: update to 0.22

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.22.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: BlueZ: Update to 5.54.

* gnu/packages/linux.scm (bluez): Update to 5.54.
[replacement]: Remove field.
(bluez/fixed): Remove variable.
* gnu/packages/patches/bluez-CVE-2020-0556.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add nvme-cli

* gnu/packages/linux.scm (nvme-cli): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: nose2: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/check.scm (python-nose2): Update to 0.9.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: eolie: Update to 0.9.98.1.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie): Update to 0.9.98.1.

gnu: Add rapid-photo-downloader

* gnu/packages/photo.scm (rapid-photo-downloader): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-tenacity

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tenacity): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-colorlog

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-colorlog): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-pyprind

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyprind): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-gphoto2

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gphoto2): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-colour

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-colour): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-d2to1

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-d2to1): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-rawkit

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-rawkit): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-easygui

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-easygui): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-pymediainfo

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pymediainfo): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: mesa-opencl: Build with clang@9.

This is a follow-up to commit cf4fdbcb0bf8ef4639dc162e09d152666fc6b89e.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-opencl)[native-inputs]: Change from CLANG-8 to CLANG-9.
(mesa)[inputs]: Add reminder.

gnu: python-tblib: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tblib): Update to 1.6.0.

gnu: python-alembic: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/patches/python-alembic-exceptions-cause.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/databases.scm (python-alembic): Update to 1.4.1.
[source](patches): New field.
[arguments]: New field, override check phase.

gnu: python-editor: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-editor): Update to 1.0.4.
[arguments]: New field.
[home-page, synopsis]: Adjust indentation.

gnu: python-jedi: Update to 0.16.

* gnu/packages/patches/python-jedi-deleted-variables.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi): Update to 0.16.
[source](patches): New field.

gnu: python-psycopg2: Update to 2.8.4.

* gnu/packages/databases.scm (python-psycopg2): Update to 2.8.4.

gnu: python-sqlalchemy: Update to 1.3.15.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy): Update to 1.3.15.

gnu: python-parso: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso): Update to 0.6.2.

gnu: Update python-natsort to 7.0.1, python2-natsort to 6.2.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-natsort): Update to 7.0.1.
(python2-natsort): Update to 6.2.1.

gnu: Update python-seaborn to 0.10.0, python2-seaborn to 0.9.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-seaborn): Update to 0.9.0.
[source](patches): Remove.
[arguments]: Remove obsolete phase.
[properties]: New field.
(python2-seaborn): Update to 0.9.1.

gnu: python-joblib: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-joblib): Update to 0.14.1.

gnu: python-networkx: Update to 2.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-networkx): Update to 2.4.
[source](uri): Download tarball instead of zipball.
[arguments]: New field.
[native-inputs]: Remove PYTHON-NOSE and UNZIP.  Add PYTHON-PYTEST.
[properties]: New field.
(python2-networkx): Stick with version 2.2.

gnu: python-pyrsistent: Update to 0.15.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyrsistent): Update to 0.15.7.

gnu: python2-pandas: Fix build with Python 2.7.17.

While at it, fix the inheritance.

* gnu/packages/python-science.scm (python2-pandas): Use INHERIT instead of
PACKAGE/INHERIT.
[source](modules, snippet): New fields.

gnu: python2-scikit-learn: Downgrade to 0.20.4.

This is a follow-up to commit 546893c2965c8114e4d7cfe1de46c46664ec4b9e.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn)[properties]: New field.
(python2-scikit-learn)[version, source]: New fields.

gnu: libarea: Build with cmake-minimal.

* gnu/packages/engineering.scm (libarea)[native-inputs]: Change from CMAKE to
CMAKE-MINIMAL.

gnu: python-pyside: Update to 5.12.6.

* gnu/packages/qt.scm (python-shiboken-2): Update to 5.12.6.
[source]: Download tarball release instead of git repository.
[arguments]: Add phase to make files writable and update timestamps.
(python-pyside-2): Inherit version and source from PYTHON-SHIBOKEN-2.
[native-inputs]: Remove LIBCXX-6.  Rename "python-wrapper" input to "python".
Change from CMAKE to CMAKE-MINIMAL.
[arguments]: Remove libcxx substitution.  Add "-DPYTHON_EXECUTABLE" in
 #:configure-flags.
(python-pyside-2-tools)[native-inputs]: Add PYTHON-WRAPPER.
[arguments]: Set "-DPYTHON_EXECUTABLE" in #:configure-flags.  Add phase
'go-to-source-dir'.

gnu: zabbix-agentd: Update to 4.4.6.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd): Update to 4.4.6.

gnu: guile-gi: Embed absolute file name of extension library.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-gi)[arguments]: Add phase
patch-references-to-extension.

services/web: nginx-configuration: Add support for global directives.

* gnu/services/web.scm (<nginx-configuration>)[global-directives]: Add field.
(emit-global-directive): New procedure.
(default-nginx-config): Use it.
* doc/guix.texi (Web Services): Document it.

services/web: Remove empty events directive from default-nginx-config.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-config): Remove empty events directive.

gnu: Add python-pytest-vcr.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-vcr): New variable.

gnu: Add python-blurhash.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-blurhash): New variable.

gnu: Add bidiv.

* gnu/packages/fribidi.scm (bidiv): New variable.
* gnu/packages/patches/bidiv-update-fribidi.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: LibreOffice: Update to 6.4.1.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 6.4.1.2.

Revert "gnu: VIGRA: Try to fix a build failure on the build farm."

This doesn't have any effect on our build farm, because Cuirass does not
honor the 'timeout' and 'max-silent-time' properties:

https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00209.html

This reverts commit 9e89b4196605457cff6ca14b21f86c7b25a22671.

* gnu/packages/image.scm (vigra)[properties]: Remove field.

gnu: gauche: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/scheme.scm (gauche)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: librep: Update home page.

* gnu/packages/sawfish.scm (librep)[home-page]: Follow (HTTPS)
redirection.

gnu: librep: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/sawfish.scm (librep)[source]: Hard-code NAME.

gnu: sudo: Update to 1.8.31p1.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.31p1.

gnu: java-osgi-cmpn: Update source URI.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-cmpn)[source]: Update URI.

gnu: java-qdox-1.12: Update source and home-page URI.

* gnu/packages/java.scm (java-qdox-1.12)[source]: Update URI.
[home-page]: Update URI.

gnu: pangomm: Update home page.

* gnu/packages/gtk.scm (pangomm)[home-page]: Follow (HTTPS)
redirection.

gnu: giblib: Use archived home page.

* gnu/packages/image.scm (giblib)[home-page]: Use Web Archive snapshot.

gnu: giblib: Add mirror URL.

* gnu/packages/image.scm (giblib)[source]: Add another URL.

gnu: ant: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (ant)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: fio: Update to 3.19.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.19.

gnu: cube: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/profiling.scm (cube)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: talkfilters: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/games.scm (talkfilters)[source]: Hard-code NAME.

gnu: hyperrogue: Update to 11.3a.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 11.3a.

gnu: openlibm: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/maths.scm (openlibm)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: define dune-*-openmpi packages

* gnu/packages/maths.scm (dune-common-openmpi, dune-geometry-openmpi,
dune-istl-openmpi, dune-typetree-openmpi, dune-uggrid-openmpi,
dune-grid-openmpi, dune-alugrid-openmpi, dune-subgrid-openmpi,
dune-localfunctions-openmpi, dune-functions-openmpi,
dune-pdelab-openmpi): New variables.
(add-openmpi-to-dune-package): New function to add openmpi to the
inputs of a dune-* package and replace all dune-* packages in its
input with the corresponding dune-*-openmpi package.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dune-*: remove openmpi dependency

* gnu/packages/maths.scm (dune-*)[inputs]: Remove openmpi dependency.
  [arguments]: remove code to setup openmpi for tests.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gcc-9: Update to 9.3.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-9): Update to 9.3.0.

gnu: Add guile3.0-chickadee.

* gnu/packages/game-development.scm (guile3.0-chickadee): New variable.

gnu: Add guile3.0-opengl.

* gnu/packages/gl.scm (guile3.0-opengl): New variable.

gnu: Add guile3.0-sdl2.

* gnu/packages/sdl.scm (guile3.0-sdl2): New variable.