doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Add missing 'to'.

gnu: tremc: Update URLs.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc)[source, home-page]: Update URLs.

gnu: eyeD3: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.8.7.

gnu: clementine: Build with relevant GStreamer plugins.

* gnu/packages/music.scm (clementine)[inputs]: Add gst-plugins-good and
gst-libav.

gnu: clementine: Fix creating initial database.

It seems a recent version of sqlite broke Clementine's first startup. It turns
out we can patch clementine to fix the problem instead of providing a different
sqlite package:
<https://github.com/clementine-player/Clementine/pull/5669>

* gnu/packages/databases.scm (sqlite-with-fts3): Remove.
* gnu/packages/music.scm (clementine)[inputs]: Replace sqlite-with-fts3 with
sqlite.
[source]: Add clementine-fix-sqlite.patch.
* gnu/packages/patches/clementine-fix-sqlite.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: clementine: Drop dependency on qtwebkit.

QtWebkit is optionally included in CMakeList.txt but isn't actually used
anywhere in the code.

* gnu/packages/music.scm (clementine)[inputs]: Remove qtwebkit.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: aubio: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (aubio)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: acpid: Update to 2.0.30.

* gnu/packages/linux.scm (acpid): Update to 2.0.30.

gnu: ghc-setlocale: Update to 1.0.0.6.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-setlocale): Update to 1.0.0.6.

gnu: cvs-fast-export: Update to 1.44.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs-fast-export): Update to 1.44.
[arguments]: Add ‘fix-setpython-PATH’ phase to do just that.
Remove obsolete python3 work-around from ‘remove-optimizations’ phase.

gnu: python-txamqp: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/python.scm (python-txamqp): Update to 0.8.2.

gnu: inxi: Update to 3.0.20-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi): Update to 3.0.20-1.

gnu: tremc: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc): Update to 0.9.1.
[source]: Use release tag.

gnu: tremc: Fix shebang.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc)[inputs]: Add python.

gnu: python-lzstring: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/compression.scm (python-lzstring): Update to 1.0.4.

gnu: subversion: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion): Update to 1.10.2.

gnu: licensecheck: Update to 3.0.36.

* gnu/packages/license.scm (licensecheck): Update to 3.0.36.
(perl-regexp-pattern-license): Update to 3.1.92.

gnu: restic: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/backup.scm (restic): Update to 0.9.2.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: python-django: Update to 1.11.15 [fixes CVE-2018-14574].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.15.

gnu: yubico-piv-tool: Update to 1.6.0 [fixes CVE-2018-14779, CVE-2018-14780].

* gnu/packages/security-token.scm (yubico-piv-tool): Update to 1.6.0.
[inputs]: Add GENGETOPT.
[native-inputs]: Add HELP2MAN.

gnu: opensc: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/security-token.scm (opensc): Update to 0.18.0.
[arguments]: Add phase to disable test which fails in this release.

gnu: libx264: Update to 20180810-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20180810-2245.

gnu: ocaml-gsl: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/maths.scm (ocaml-gsl): Update to 1.22.0.

gnu: cataclysm-dda: Allow localization.

* gnu/packages/games.scm (cataclysm-dda): Allow localization.

gnu: openssl@1.1: Update to 1.1.0i [fix CVE-2018-0737].

Also includes a fix for CVE-2018-0732, and a different approach to
fixing CVE-2018-0495.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.0i.
[sources]: Remove CVE patches.
* gnu/packages/patches/openssl-1.1.0-CVE-2018-0495.patch: Delete...
* gnu/packages/patches/openssl-1.1.0-CVE-2018-0732.patch: ...both files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: perl-http-tiny: Update to 0.076.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-tiny): Update to 0.076.

gnu: f3: Update to 7.1.

* gnu/packages/disk.scm (f3): Update to 7.1.
[arguments]: Remove ‘fix-makefile’ phase.
Move installation of experimental (now called ‘extra’) tools to their
own phases instead of cleverly patching Makefile.

gnu: f3: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/disk.scm (f3)[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.

gnu: perl-db-file: Update to 1.842.

* gnu/packages/databases.scm (perl-db-file): Update to 1.842.

gnu: aubio: Update to 0.4.6.

* gnu/packages/audio.scm (aubio): Update to 0.4.6.
[arguments]: Set reflexive RUNPATH.

gnu: lilv: Update to 0.24.4.

* gnu/packages/audio.scm (lilv): Update to 0.24.4.

gnu: sratom: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/audio.scm (sratom): Update to 0.6.2.

gnu: serd: Update to 0.30.0.

* gnu/packages/rdf.scm (serd): Update to 0.30.0.

gnu: memcached: Fix typos in description.

* gnu/packages/databases.scm (memcached)[synopsis, description]:
Hyphenate.

gnu: gdm: Fix CVE-2018-14424.

* gnu/packages/patches/gdm-CVE-2018-14424.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gdm): Use it.

gnu: samba: Update to 4.8.4 [fixes CVE-2018-{1139,1130,10858,10918,10919}].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.8.4.

gnu: Add r-orddom.

* gnu/packages/cran.scm (r-orddom): New variable.

gnu: memcached: Update to 1.5.10.

* gnu/packages/databases.scm (memcached): Update to 1.5.10.

gnu: ola: Update to 0.10.7.

* gnu/packages/lighting.scm (ola): Update to 0.10.7.

gnu: deutex: Update to 5.1.2.

* gnu/packages/game-development.scm (deutex): Update to 5.1.2.

gnu: password-store: Use INSTALL-FILE.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)[arguments]:
Substitute a more concise INSTALL-FILE invocation for COPY-FILE.

gnu: discount: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/markup.scm (discount)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-ndg-httpsclient: Tweak description.

* gnu/packages/python-web.scm (python-ndg-httpsclient)[description]:
Add some punctuation.

gnu: acpica: Update to 20180810.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20180810.

gnu: translate-shell: Update to 0.9.6.8.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell): Update to 0.9.6.8.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/translate-shell-fix-curl-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: the-silver-searcher: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/code.scm (the-silver-searcher)[source, home-page]: Use
HTTPS.

gnu: the-silver-searcher: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/code.scm (the-silver-searcher): Update to 2.2.0.

gnu: calf: Update to 0.90.1.

* gnu/packages/audio.scm (calf): Update to 0.90.1.
[source]: Use HTTPS.

gnu: qsynth: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/audio.scm (qsynth): Update to 0.5.2.

gnu: gnuastro: Update to 0.7.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.7.

gnu: iproute2: Update to 4.18.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 4.18.0.

gnu: di: Update to 4.47.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.47.

gnu: perl-libwww: Update to 6.35.

* gnu/packages/web.scm (perl-libwww): Update to 6.35.
[native-inputs]: Add perl-test-fatal, perl-test-needs, and
perl-test-requiresinternet.
[propagated-inputs]: Add perl-try-tiny.

gnu: libpcap: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/admin.scm (libpcap): Update to 1.9.0.
[arguments]: Drop ‘--with-pcap=linux’ ./configure flag.
[license]: Update list.

gnu: Add gffread.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (gffread): New variable.

gnu: Add hcxdumptool.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool): New variable.

gnu: Add hcxtools.

* gnu/packages/networking.scm (hcxtools): New variable.

gnu: Add hashcat-utils.

* gnu/packages/password-utils.scm (hashcat-utils): New variable.

gnu: Add hashcat.

* gnu/packages/password-utils.scm (hashcat): New variable.

gnu: Add r-circus.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-circus): New variable.

gnu: Add r-hash.

* gnu/packages/cran.scm (r-hash): New variable.

gnu: texlive-latex-l3packages: Fix missing files.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-l3packages): Actually install the files.

gnu: coda: Update to 2.19.

* gnu/packages/maths.scm (coda): Update to 2.19.

services: nginx: Use 'invoke' rather than 'system*'.

* gnu/services/web.scm (nginx-shepherd-service): Replace SYSTEM* with INVOKE.

services: postgresql: Get the Shepherd to respawn PostgreSQL.

* gnu/services/databases.scm (postgresql-shepherd-service): Change 'start' to
return the PID.

gnu: BIND: Use HTTPS source URL.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind)[source]: Use HTTPS URL.

gnu: isc-dhcp: Update bundled BIND to 9.11.4-P1.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update bundled BIND to 9.11.4-P1.
[home-page, inputs, source]: Use HTTPS URLs.

services: prosody: Get the Shepherd to respawn Prosody.

* gnu/services/messaging.scm (prosody-shepherd-service): Return the PID when
the action is "start".

services: prosody: Use 'invoke' rather than 'system*'.

* gnu/services/messaging.scm (prosody-shepherd-service): Replace SYSTEM* with
INVOKE.

gnu: aegisub: Fix build.

* gnu/packages/patches/aegisub-icu59-include-unistr.patch: New file.
* gnu/lokal.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/video.scm (aegisub)[source]: Use patch.
[arguments]: Add CXXFLAGS, Return #t from fix-ldflags phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ansible: update to 2.5.7

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.5.7.
[arguments, native-inputs, inputs]: Use Python 3.
[native-inputs, inputs]: Replace python-pycrypto with python-cryptography.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-racket-mode: Update to 0.0.2-2.1b78827.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-racket-mode): Update to 0.0.2-2.1b78827.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: r-ggplot2: Update to 3.0.0

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.0.0
[propagated-inputs]: Add r-mgcv, r-rlang, r-viridislite, and r-withr.
[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-helm-eww: Update to 20180725.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-eww): Update to 20180725.

gnu: racket: Ignore bytecode checksums in the store.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/30680>.

* gnu/packages/patches/racket-store-checksum-override.patch: New file.
* gnu/packages/scheme.scm (racket)[sources]: Add it.

gnu: borg: Update to 1.1.7.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.7.

gnu: fortune-mod: Clean up empty directory.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[arguments]: RMDIR ‘games/’ after
emptying it.

gnu: libwacom: Update to 0.31.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 0.31.

gnu: python-wsgiproxy2: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/python-web.scm (python-wsgiproxy2): Update to 0.4.4.
[arguments]: Remove. Restkit is not longer supported.
[native-inputs]: Remove unzip, python-nose, and python-coverage.
Add python-webtest.
[propagated-inputs]: Add python-requests and python-urllib3.

gnu: python-ndg-httpsclient: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-ndg-httpsclient): Update to 0.5.1.

gnu: python-pep8: Use HTTPS home page.

Also add a comment about 1.7.1. This doesn't warrant a changelog entry,
so you never read this.

* gnu/packages/python.scm (python-pep8)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: strongswan: Update to 5.6.3 [fixes CVE-2018-{10811,5388}].

* gnu/packages/networking.scm (strongswan): Update to 5.6.3.

gnu: ethtool: Update to 4.17.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 4.17.

gnu: ghc-parsec-numbers: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec-numbers)[home-page]: Use HTTPS.

services: cgit: Disable repo booleans having a global counterpart.

Otherwise the global counterpart is never taken into account.

* doc/guix.texi (Version Control Services): Update accordingly.
* gnu/services/cgit.scm (repo-boolean?, serialize-repo-boolean): Use the
DEFINE-MAYBE macro to allow for the 'disabled value.
(repository-cgit-configuration)[enable-commit-graph?, enable-log-filecount?,
enable-log-linecount?, enable-remote-branches?, enable-subject-links?,
enable-html-serving?]: Change default value to 'disabled.

nls: Update 'da' translation.

gnu: git-annex: Update to 6.20180807.

* gnu/packages/version-control.scm (git-annex): Update to 6.20180807.

gnu: xmobar: Update to 0.27.

* gnu/packages/wm.scm (xmobar): Update to 0.27.
[inputs]: Add ghc-parsec-numbers.

gnu: Add ghc-parsec-numbers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec-numbers): New public variable.

gnu: ccid: Move pcsc-lite from inputs to native-inputs.

pcsc-lite only provides the headers to build ccid. So, it is sufficient that
it be a native-input.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid)[inputs]: Move pcsc-lite to ...
[native-inputs]: ... here.

gnu: discount: Update to 2.2.4.

* gnu/packages/markup.scm (discount): Update to 2.2.4.

gnu: discount: Remove bogus FILE-NAME.

The upstream name is fine.

* gnu/packages/markup.scm (discount)[source]: Remove FILE-NAME.

gnu: jpegoptim: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/image.scm (jpegoptim): Update to 1.4.6.

gnu: angband: Update to 4.1.3.

* gnu/packages/games.scm (angband): Update to 4.1.3.

gnu: fortune-mod: Return #t from all phases.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[arguments]: Return #t rather than
undefined from phases.

gnu: perl-email-simple: Update to 2.216.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-simple): Update to 2.216.

gnu: perl-lingua-en-tagger: Update to 0.29.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-en-tagger): Update to 0.29.

gnu: perl-glib: Update to 1.327.

* gnu/packages/glib.scm (perl-glib): Update to 1.327.

import: hackage: Support recursive importing.

* guix/import/hackage.scm (hackage-recursive-import): New procedure.
(hackage-module->sexp): Return dependencies alongside dependencies.
(hackage->guix-package): Memoize results.
* guix/scripts/import/hackage.scm (show-help, %options, guix-import-hackage):
Support recursive importing.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document option.