gnu: asciidoc: Use local docbook-xml package.

* gnu/packages/documentation.scm (asciidoc)[inputs]: Add docbook-xml.
[arguments]: Add 'make-local-docbook-xml' phase.

gnu: Add knot.

* gnu/packages/dns.scm (knot): New variable.

gnu: Add liburcu.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): New variable.

gnu: dns: Fix typo and use @dfn in descriptions.

* gnu/packages/dns.scm (bind)[description]: Use @dfn to expand acronyms.
(yadifa)[description]: Likewise, and fix a typo.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.3.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.3.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.54.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.54.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.15.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-{2620,2630}.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2620.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2630.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Use them.

gnu: virglrenderer: Fix CVE-2017-6386.

* gnu/packages/patches/virglrenderer-CVE-2017-6386.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/spice.scm (virglrenderer)[source]: Use it.

doc: Reorganize categories.

* doc/guix.texi: Move "guix build" to the "Software Development"
category; add "guix pack".

doc: Mention 'guix pack' reproducibility.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Mention reproducibility.

pack: Allow for "-S /opt/foo=".

Reported by Andy Wingo.

* guix/scripts/pack.scm (%options): Use 'string-split' instead of
'string-tokenize'.

pack: Honor symlinks in the Docker back-end.

* guix/docker.scm (symlink-source, topmost-component): New procedures.
(build-docker-image): Add #:symlinks parameter and honor it.  Remove
hard-coded /bin symlink.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Pass #:symlinks to
'build-docker-image'.

docker: Build images in a reproducible fashion.

* guix/docker.scm (%tar-determinism-options): New variable.
(build-docker-image): Use it on the two 'tar' invocations.

pack: Use a fixed timestamp in Docker images.

* guix/docker.scm (build-docker-image): Add #:creation-time parameter.
Use SRFI-19 'date->string' instead of 'strftime' et al.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Pass #:creation-time to
'build-docker-image'.

pack: Add '--format' option and Docker output support.

* guix/docker.scm: Remove dependency on (guix store) and (guix utils).
Use (guix build store-copy).  Load (json) lazily.
(build-docker-image): Remove #:system.  Add #:closure, #:compressor, and
'image' parameters.  Use 'uname' to determine the architecture.  Remove
use of 'call-with-temporary-directory'.  Use 'read-reference-graph' to
compute ITEMS.  Honor #:compressor.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): New procedure.
(%default-options): Add 'format'.
(%formats): New variable.
(%options, show-help): Add '--format'.
(guix-pack): Honor '--format'.
* guix/scripts/archive.scm: Remove '--format' option.  This reverts
commits 1545a012cb7cd78e25ed99ecee26df457be590e9,
01445711db6771cea6122859c3f717f130359f55, and
03476a23ff2d4175b7d3c808726178f764359bec.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document '--format'.
(Invoking guix archive): Remove documentation of '--format'.

pack: Honor command-line options related to the store.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Call
'set-build-options-from-command-line'.

memoization: Micro-optimize code produced by 'define-cache-procedure'.

* guix/memoization.scm (%nothing): Remove.
(define-cache-procedure): Make '%nothing' a local variable, with a
literal list.

services: connman: Rework service.

* gnu/services/networking.scm (connman-service): Remove.
(<connman-configuration>): New record specifying the package
to be used (connman) and whether vpn plugin shall be
disabled (disable-vpn?).
(connman-configuration): New exported variable.
(connman-configuration?): New exported variable.
(connman-service-type): Export it.

* doc/guix.texi (Networking Services): Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: Add '=>' syntax to import computed modules.

* guix/gexp.scm (imported-files)[file-pair]: Add case for pairs where
the cdr is not a string.
(imported-modules): Support '=>' syntax in MODULES.
* tests/gexp.scm ("imported-files with file-like objects")
("gexp->derivation & with-imported-module & computed module"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Document '=>' syntax for
'with-imported-modules'.

utils: Move base16 procedures to (guix base16).

* guix/utils.scm (bytevector->base16-string, base16-string->bytevector):
Move to...
* guix/base16.scm: ... here.  New file.
* tests/utils.scm ("bytevector->base16-string->bytevector"): Move to...
* tests/base16.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/base16.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/base16.scm.
* build-aux/download.scm, guix/derivations.scm,
guix/docker.scm, guix/import/snix.scm, guix/pk-crypto.scm,
guix/scripts/authenticate.scm, guix/scripts/download.scm,
guix/scripts/hash.scm, guix/store.scm, tests/hash.scm,
tests/pk-crypto.scm: Adjust imports accordingly.

gnu: password-store: Fix compatibility with GnuPG 2.1.19.

* gnu/packages/patches/password-store-gnupg-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)[source]: Use it.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: Add r-seurat.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: sra-tools: Update to 2.8.2-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools): Update to 2.8.2-1.
[arguments]: Add DEFAULT_CRT and DEFAULT_KFG to make flags.

gnu: ncbi-vdb: Install configuration files.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Add phase
"install-configuration-files".

gnu: ncbi-vdb: Override search path for java-ngs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Patch "package.prl"
to ensure that java-ngs is found by the configure script; remove configure
flag "--with-ngs-java-prefix".

gnu: ncbi-vdb: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Use modify-phases
syntax.

gnu: ncbi-vdb: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb): Update to 2.8.2.

gnu: ngs-sdk: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): Update to 1.3.0.

gnu: Add pzstd.

* gnu/packages/compression.scm (pzstd): New variable.

gnu: Add zstd.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): New variable.

gnu: python-publicsuffix2: Update to 2.20160818.

* gnu/packages/python.scm (python-publicsuffix2): Update to 2.20160818.

gnu: awscli: Update to 1.11.63.

* gnu/packages/python.scm (awscli): Update to 1.11.63.

gnu: python-botocore: Update to 1.5.26.

* gnu/packages/python.scm (python-botocore): Update to 1.5.26.

gnu: python-ptyprocess: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python.scm (python-ptyprocess): Update to 0.5.1.

gnu: Add prboom-plus.

* gnu/packages/games.scm (prboom-plus): New variable.

gnu: Add tftp-hpa.

* gnu/packages/networking.scm (tftp-hpa): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: guile-next: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.2.0.

gnu: profanity: Make the source URL version-agnostic.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[source]: Use (version) in the source
URL.

gnu: units: Update to 2.14.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.14.

gnu: no-more-secrets: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/games.scm (no-more-secrets): Update to 0.3.2.

gnu: mailutils: Update to 3.2.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.2.

gnu: Use INSTALL-FILE where appropriate.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-minimal): Substitute the simpler
INSTALL-FILE for COPY-FILE when invoked with redundant arguments.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (couger, aragorn, express-beta-diversity,
edirect, fasttree, rsem, samtools-0.1): Likewise.
* gnu/packages/code.scm (withershins): Likewise.
* gnu/packages/conky.scm (conky): Likewise.
* gnu/packages/debug.scm (delta, american-fuzzy-lop): Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mit-scheme-doc): Likewise.
* gnu/packages/engineering.scm (librecad): Likewise.

gnu: cryptsetup: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (cryptsetup): Update to 1.7.4.

gnu: man-pages: Update to 4.10.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.10.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add profanity.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libstrophe.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libmesode.

* gnu/packages/messaging.scm (libmesode): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: bitcoin-core: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.14.0.

build: Prefer Guile 2.2 over 2.0.

* configure.ac: In 'GUILE_PKG', prefer 2.2 over 2.0.  Remove warning
about 2.2 not being fully supported.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile 2.2.x.

tests: Expect less accurate location info in 2.2.0.

* tests/guix-system.sh: Work around inaccurate location info in 2.2.0.

store: Adjust UTF-8 test to Guile 2.2.

* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"): On
Guile 2.2, expect REPLACEMENT CHARACTER instead of '?'.

syscalls: Adjust 'clone' to Guile 2.2.

Before that, something like:

  (call-with-container
    (lambda ()
      (match (primitive-fork)
        …)))

would hang in 'primitive-fork' as the child process (the one started in
the container) would try to pthread_join the finalization thread in
'stop_finalization_thread' in libguile, not knowing that this thread is
nonexistent.

* guix/build/syscalls.scm (%set-automatic-finalization-enabled?!): New
procedure.
(without-automatic-finalization): New macro.
(clone): Wrap PROC call in 'without-automatic-finalization'.

zlib: Don't rely on EBADF being ignored by 'fport_close'.

In 2.2, 'fport_close' no longer swallows EBADF and instead raises a
'system-error' for this.  This commit adjusts for 2.2.

* guix/zlib.scm (close-procedure): Remove.
(make-gzip-input-port): Use 'port->fdes' instead of 'fileno'.
Use 'gzclose' instead of 'close-procedure'.
(make-gzip-output-port): Likewise.
* tests/zlib.scm ("compression/decompression pipe"): Don't check whether
PARENT is closed using 'port-closed?'.  Instead, use 'seek' on the
underlying FD and check for EBADF.

maint: Mention guix-patches@gnu.org in 'HACKING'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25899>.

* HACKING: Mention guix-patches@gnu.org.

gnu: mariadb: Update to 10.1.22 [fixes CVE-2017-3302 and CVE-2017-3313].

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.22.

gnu: python-waf: Update to 1.9.8.

* gnu/packages/python.scm (python-waf, python2-waf): Update to 1.9.8.
[home-page]: Use https.

gnu: direnv: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/shellutils.scm (direnv): Update to 2.11.3.

gnu: conky: Update to 1.10.6.

* gnu/packages/conky.scm (conky): Update to 1.10.6.

gnu: obs: Update to 18.0.1.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 18.0.1.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.15.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.15.

gnu: stress-make: Fix description.

* gnu/packages/debug.scm (stress-make)[description]: Fix typo.
Avoid ambiguous use of ‘in order’.

gnu: znc: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.6.5.

gnu: grue-hunter: Correctly install documentation.

* gnu/packages/games.scm (grue-hunter)[arguments]: Install and populate
‘/share/doc/grue-hunter’ as a directory, not a plain file.

gnu: samtools: End installation phases with truth.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools, samtools-0.1)[arguments]:
Return #T instead of the undefined results of COPY-FILE or INSTALL-FILE.

gnu: w3m: Update to 0.5.3+git20170102 [security fixes].

See 'NEWS' and 'ChangeLog' in the source distribution for more
information about the security-related bug fixes.

* gnu/packages/w3m.scm (w3m): Update to 0.5.3+git20170102.

Revert "gnu: gitolite: Fix shebangs in hooks."

This change embedded store references in the shebangs of scripts that
were meant to be copied out of the store. Those scripts would break when
the interpreters expected by the shebangs were garbage collected.

<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=25966#28>

This reverts commit d0c16adb190c7244ee3ef1329cba78a015ae5d10.

pack: Add unit test.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball): Add #:tar option.
[build](tar-supports-sort?): New variable.  Use it.
* tests/pack.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.

pack: Use maximum compression; use '-n' for gzip.

* guix/scripts/pack.scm (<compressor>)[tar-option]: Remove.
[command]: New field.
(%compressors): Provide complete commands.  Use '-9' or equivalent for
each compressor; use '-n' for gzip.
(self-contained-tarball)[build]: Adjust accordingly.

Revert "gnu: nss: Use 'modify-phases' syntax."

This reverts commit 87f1c7efc18f8996b0b2817a5f7b84eebe2ddf5a.

Revert "gnu: nss, nss-certs: Update to 3.29.3."

Hydra failed to build this version. See discussion at
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-03/msg00408.html.

This reverts commit 4f3dcdd99ba13ab3bdbf1e014afcd076cd95fac7.

gnu: Add ocaml-ppx-typerep-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-typerep-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-let.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-let): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-enumerate.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-enumerate): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-assert.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-assert): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-here.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-here): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-variants-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-variants-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-sexp-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-sexp-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-variantslib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-variantslib): New variable.

gnu: Add ocaml-typerep.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-typerep): New variable.

gnu: Add ocaml-sexplib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sexplib): New variable.

gnu: asciidoc: Add XML and XSLT support.

* gnu/packages/documentation.scm (asciidoc)[arguments]: Add
set-xml-binary-paths phase.
[inputs]: Add libxml2 and libxslt.

pack: Add '--symlink'.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball): Add #:symlinks
parameter.
[build](symlink->directives): New procedure
(directives): New variable.
Add call to 'evaluate-populate-directive'.  Pass the directories among
DIRECTIVES to 'tar'.
(%default-options): Add 'symlinks'.
(%options, show-help): Add '--symlink'.
(guix-pack): Honor it.
* gnu/build/install.scm (evaluate-populate-directive): Export.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document it.

nls: Mark (guix scripts pack) as translatable.

* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/scripts/pack.scm'.

pack: Add '--localstatedir' option.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball): Add #:localstatedir?
parameter and honor it.
(%options, show-help): Add '--localstatedir'.
(guix-pack): Honor it.
* gnu/build/install.scm (populate-single-profile-directory): Add
 #:register? parameter and honor it.
* doc/guix.texi (Binary Installation): Use '--localstatedir' in
example.
(Invoking guix pack): Document it.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.39.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.39.

gnu: windowmaker: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/gnustep.scm (windowmaker)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: windowmaker: Update to 0.95.8.

* gnu/packages/gnustep.scm (windowmaker): Update to 0.95.8.

gnu: aria2: Update to 1.31.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (aria2): Update to 1.31.0.

upstream: Avoid '_' as a pattern variable in 'match'.

* guix/upstream.scm (lookup-updater): Don't use '_' as a pattern
variable.

gnu: python-parsedatetime: Update to 2.3.

Version 2.1 was apparently time-sensitive and started failing like this:

  ======================================================================
  FAIL: testFloat (tests.TestDelta.test)
  ----------------------------------------------------------------------
  Traceback (most recent call last):
    File "/tmp/guix-build-python2-parsedatetime-2.1.drv-0/parsedatetime-2.1/tests/TestDelta.py", line 64, in testFloat
      self.cal.parse('1.4 months ago', self.source), months=-1.4)
    File "/tmp/guix-build-python2-parsedatetime-2.1.drv-0/parsedatetime-2.1/tests/TestDelta.py", line 37, in assertDelta
      self.assertTrue(diff < 0.05, '%s is not less than 0.05' % diff)
  AssertionError: 0.0666666666667 is not less than 0.05

  ----------------------------------------------------------------------

* gnu/packages/python.scm (python-parsedatetime): Update to 2.3.
[native-inputs]: Add PYTHON-PYTEST and PYTHON-PYTEST-RUNNER.
[propagated-inputs]: New field.

gnu: Add dovecot-libsodium-plugin.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot-libsodium-plugin): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add dovecot-trees.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot-trees): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: On 2.2, build package files with almost no optimizations.

* build-aux/compile-all.scm (%default-optimizations)
(%lightweight-optimizations): New variables.
(optimization-options): New procedure.
(compile-file*): Use it.

gnu: wireless-regdb: Update to 2017.03.07.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-regdb): Update to 2017.03.07.

gnu: guile-cairo: Honor the Guile effective version.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-cairo)[arguments]: Add #:modules.
Get the effective version of Guile and use that in installation
directory names.

gnu: guile-cairo: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-cairo)[arguments]: Use 'modify-phases'.

download: Export '%x509-certificate-directory'.

* guix/build/download.scm (%x509-certificate-directory): Export, as
expected by (guix scripts pull) since commit
7e81d699de7a2c924a048175516fe1ac3820d8e6.

gnu: Add guile2.2-lib.

* gnu/packages/guile.scm (guile2.2-lib): New variable.

gnu: Add python-flask-login.

* gnu/packages/python.scm (python-flask-login, python2-flask-login): New
variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>