gnu: Add HTTP-Parser-XS.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-parser-xs): New variable.

gnu: Add HTTP-Parser.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-parser): New variable.

gnu: Add Catalyst-View-TT.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-view-tt): New variable.

gnu: Add Template-Timer.

* gnu/packages/perl.scm (perl-template-timer): New variable.

gnu: bash-completion: Remove completions redundant with those of util-linux.

* gnu/packages/bash.scm (bash-completion)[arguments]: New field.

guix package: Fix 'readlink*' implementation.

* guix/scripts/package.scm (readlink*): Fix to handle symlinks with
  relative targets.  Taken from ld-wrapper2.in.

gnu: ld-wrapper2: Make 'readlink*' tail-recursive.

* gnu/packages/ld-wrapper2.in (readlink*): Make tail-recursive.

guix package: -A and -s take supported systems into account.

* guix/scripts/package.scm (guix-package)[process-query]
  <list-available>: Restrict results to packages matching
  'supported-package?".
* guix/ui.scm (package->recutils): Print "systems:".
* tests/guix-package.sh: Add tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Adjust description of
  '--list-available' accordingly.

packages: Add 'supported-package?'.

* guix/packages.scm (supported-package?): New procedure.
* tests/packages.scm ("supported-package?"): New test.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (package->job): Use it instead of
  'package-transitive-supported-systems'.

gnu: ccl: Fix inputs on non-Intel platforms.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[inputs]: Add default cases in 'match' forms.
  Fix pattern in "armhf-linux" case of sha256 field.

doc: Warn earlier about the risk of overwriting with the binary install.

Suggested by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Move warning about overwriting
  higher up.

gnu: gnome-settings-daemon: Use wacom packages.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon): Use the wacom packages.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xf86-input-wacom.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xf86-input-wacom): New variable.

gnu: Add libwacom.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

packages: Allow package lookups with version prefixes.

* gnu/packages.scm (find-packages-by-name): Sort MATCHING according to
  'version>?'.  Use 'string-prefix?' instead of 'string=?' to compare
  against VERSION.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Add example and explanation.

gnu: ucommon: Update to 6.3.1.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 6.3.1.

gnu: ccrtp: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/telephony.scm (ccrtp): Update to 2.1.2.

gnu: sipwitch: Update to 1.9.7.

* gnu/packages/telephony.scm (sipwitch): Update to 1.9.7.

gnu: nano: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.4.1.

gnu: calibre: Update to 2.25.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.25.0.

gnu: Add MariaDB.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): New variable.

gnu: Add libaio.

* gnu/packages/linux.scm (libaio): New variable.

gnu: Add jemalloc.

* gnu/packages/jemalloc.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: gst-plugins-good: Add more inputs and remove unneeded ones.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good): Move gst-plugins-base
  from 'native-inputs' to 'inputs'.
  [inputs]: Add aalib, jack, libavc1394, libcaca, libdv, libiec61833,
  libshout, libsoup, libvpx, orc, taglib and wavpack.  Remove glib,
  gstreamer, libogg, libx11, libxext, libxv, and zlib.
  [arguments]: Remove.

gnu: ntp: Update to 4.2.8p2.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8p2.

gnu: tor: Update to 0.2.5.12.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.5.12.

Merge branch 'core-updates'

gnu: ffmpeg: Drop old version 2.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.2): Remove variable.
  (ffmpeg)[arguments]: Drop LDFLAGS environment variable needed only for
  older versions.

monads: Optimize 'sequence'.

* guix/monads.scm (sequence): Rewrite as a macro.  This yields a 10%
  improvement in wall-clock time for 'guix system build'.

gnu: gnome-vfs: Tolerate 'test-async-cancel' failures, take two.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-vfs)[arguments]: Remove 'XFAIL_TESTS' make
  flag, which caused 'make check' to fail if the test unexpectedly passed.
  Add 'patch-test-async-cancel-to-never-fail' phase.

Merge branch 'master' into core-updates

Conflicts:
gnu-system.am
gnu/packages/gstreamer.scm

services: Explicitly refer to Shadow when requiring the 'nologin' shell.

* gnu/services/avahi.scm (avahi-service): Change 'shell' to a gexp
  referring to "nologin" in the SHADOW package.
* gnu/services/dbus.scm (dbus-service): Likewise.
* gnu/services/networking.scm (ntp-service, tor-service): Likewise.

system: Populate /etc/shells with the list of all the shells in use.

Reported by Andy Wingo <wingo@pobox.com>.

* gnu/system.scm (user-shells, shells-file): New procedures.
  (etc-directory): Add #:shell parameter.  Use 'shells-file' instead of
  'text-file'.
  (operating-system-etc-directory): Call 'user-shells' and pass #:shells
  to 'etc-directory'.

gnu: Add libsrtp.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icecat: Use system sqlite.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[inputs]: Add sqlite.
  [arguments]: Pass "--enable-system-sqlite" to configure.

gnu: gnome-vfs: Expect 'test-async-cancel' failure, and clean up.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-vfs)[arguments]: Add
  "XFAIL_TESTS=test-async-cancel" to make flags.  Remove ignored and
  undocumented 'DISABLE_DEPRECATED_CFLAGS' configure flag.  Simplify
  'ignore-deprecations' phase and return #t.  Reformat to fit within
  80 columns.

gnu: linux-libre: Set CONFIG_DEVMEM=y

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Set CONFIG_DEVMEM=y.

Signed-off-by: Jason Self <j@jxself.org>

refresh: Allow users to refer to specific package versions.

* guix/scripts/refresh.scm (guix-refresh): Use 'specification->package'
  instead of 'find-packages-by-name'.  This allows users to specify
  things like "qt-4.8.6".
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Add an example.

gnu: Add second ld-wrapper to work around readlink dereferencing bug.

Suggested by Mark H Weaver.

* gnu/packages/ld-wrapper2.in: New file.
* gnu-system.am (MISC_DISTRO_FILES): Add it.
* gnu/packages/commencement.scm (fixed-ld-wrapper): New procedure.

gnu: bigloo: Add RUNPATH to the libraries.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo)[arguments]: Pass --ldflags
  'configure' flag.

gnu: mig: Update to 1.5

* gnu/packages/hurd.scm (mig): Update to version 1.5.

gnu: hurd-headers: Update to 0.6

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-headers): Update to version 0.6.

gnu: gnumach-headers: Update to 1.5

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach-headers): Update to version 1.5.

gnu: vlc: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 2.2.0.
  [inputs]: Switch from ffmpeg-2.2 to latest one.

gnu: ffmpeg: Allow tests to run from the build tree.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]: Add 'set-ld-library-path'
  phase.

gnu: ffmpeg: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]: Use 'modify-phases'
  instead of 'alist-cons-after' et al.

gnu: Add FASTX Toolkit.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastx-toolkit): New variable.

gnu: Add libgtextutils.

* gnu/packages/textutils.scm (libgtextutils): New variable.

gnu: tbb: Set library rpath.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[arguments]: Add the rpath for lib directory of
  output to LDFLAGS.

hydra: Increase size of USB image.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs) <usb-image>: Increase from
  800 MiB to 850 MiB.

gnu: icecat: Disable RUNPATH validation.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[arguments]: Pass
  #:validate-runpath? #f.

gnu: mu: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to version 0.9.12.

build-system/haskell: Adjust to new 'modify-phases' syntax.

* guix/build/haskell-build-system.scm (%standard-phases): Add missing
  quotes, as needed since commit f8503e2.

build: Build and install (guix build haskell-build-system).

* Makefile.am (MODULES): Add guix/build/haskell-build-system.scm.

doc: Add section on installation from a binary tarball.

* doc/guix.texi (Binary Installation): New section.

profiles: Generalize "hooks" for 'profile-derivation'.

* guix/profiles.scm (info-dir-file): Remove (null? (manifest-entries
  manifest)) test.
  (ca-certificate-bundle): Likewise.
  (ghc-package-cache-file): Turn 'if' into 'and', and remove second
  arm.
  (%default-profile-hooks): New variable.
  (profile-derivation): Remove #:info-dir?, #:ghc-package-cache?, and
  #:ca-certificate-bundle?.  Add #:hooks.  Iterate over HOOKS.  Adjust
  'inputs' accordingly.
* guix/scripts/package.scm (guix-package): Adjust 'profile-derivation'
  call accordingly.
* tests/packages.scm ("--search-paths with pattern"): Likewise.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation",
  "profile-derivation, inputs"): Likewise.

gnu: qt-4: Add "doc" output; use more standard directory names.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[outputs]: New field.
  (qt-4)[arguments]: Pass '-docdir', '-demosdir', and '-examplesdir'.

gnu: qt-4: Do not set $LDFLAGS since that triggerred a build failure.

Fixes the build failure at <http://hydra.gnu.org/build/379884/log/raw>:

  g++ -licui18n -Wl,-O1 [...] -o ../../../../bin/assistant [...]
  ld: warning: libQtCLucene.so.4, needed by /tmp/nix-build-qt-4.8.6.drv-0/qt-everywhere-opensource-src-4.8.6/lib/libQtHelp.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
  /tmp/nix-build-qt-4.8.6.drv-0/qt-everywhere-opensource-src-4.8.6/lib/libQtHelp.so: undefined reference to `QCLucenePhraseQuery::getTerms() const'
  [...]

* gnu/packages/patches/qt4-ldflags.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[source]: Use it.
  [arguments]: Remove 'setenv' call in 'configure' phase.

gnu: icedtea6: Update to 1.13.7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6): Update to version 1.13.7.

gnu: wine: Add $libdir to the RUNPATH of binaries.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: wine: Update to 1.7.40.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 1.7.40.

gnu: calibre: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.24.0.

build-system/haskell: Refer to %GNU-BUILD-SYSTEM-MODULES.

Fixes a regression whereby haskell-build-system was using an incomplete
module list.

* guix/build-system/haskell.scm (%haskell-build-system-modules): New
  variable.
  (haskell-build): Use it as the default value of #:imported-modules.

packages: Refer to the native tools when handling sources and downloads.

* guix/packages.scm (patch-and-repack)[build]: Change most #$ to #+.
* guix/cvs-download.scm (cvs-fetch)[build]: Likewise.
* guix/download.scm (url-fetch)[builder]: Likewise.
* guix/git-download.scm (git-fetch)[build]: Likewise.
* guix/svn-download.scm (svn-fetch)[build]: Likewise.

gnu: fltk: Add $libdir to the RUNPATH of binaries.

* gnu/packages/fltk.scm (fltk)[arguments]: Add
  DSOFLAGS=-Wl,-rpath=$libdir to #:configure-flags.

gnu: fltk: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/fltk.scm (fltk): Update to 1.3.33

gnu: recode: Fix tests.

* gnu/packages/textutils.scm (recode): Rename phase 'fix-setup-py to 'pre-check.
  Set LD_LIBRARY_PATH to "$(pwd)/src/.libs" in pre-check phase.

build: Add missing 'make-binary-tarball.scm' script.

This script is used by the target added in 9d3fb6c.

* build-aux/make-binary-tarball.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

hydra: Add jobs for the self-contained tarball.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (tarball-jobs): New procedure.
  (hydra-jobs): Use it.

gnu: Don't use #:prefix in (gnu packages sdl).

* gnu/packages/sdl.scm: Remove #:prefix for (gnu packages fontutils)
  import, and adjust accordingly.  Add #:hide for (guix licenses)
  import.

Thank Pjotr.

install: Add a procedure to build a self-contained binary tarball.

Suggested by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>
at <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-04/msg00229.html>.

* gnu/build/install.scm (populate-single-profile-directory): New procedure.
* gnu/system/install.scm (self-contained-tarball): New procedure.
* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): New target.

build: Silence warnings about 'make' portability.

* configure.ac: Pass -Wno-portability to AM_INIT_AUTOMAKE.

gnu: calibre: Update to 2.23.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.23.0.

gnu: gst-libav: Use system ffmpeg instead of bundled libav.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav)[arguments]: Remove #:phases.
  Add #:configure-flags.
  [native-inputs]: Remove yasm.
  [inputs]: Add ffmpeg.

guix package: Add '--do-not-upgrade' option.

* guix/scripts/package.scm (%options): Add the '--do-not-upgrade' option.
  (show-help): Document it.
  (options->installable): Add 'do-not-upgrade-regexps' variable.
  Use it in 'packages-to-upgrade'.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Document the '--do-not-upgrade'
  option.

gnu: Add mdadm.

* gnu/packages/linux.scm (mdadm): New variable.

gnu: Add gnome-settings-daemon.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libgweather.

* gnu/packages/gnome.scm (libgweather): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qt-5: Allow the use of DT_RUNPATH for libQt5WebEngineCore.so.

* gnu/packages/patches/qt5-runpath.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qt)[source]: Use it.

gnu: miniupnpc: Allow executables to find libupnp.so.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[arguments]: Pass
  "LDFLAGS=-Wl,-rpath=...".

gnu: libtocc: Help the tests find libtocc.so.

* gnu/packages/search.scm (libtocc)[arguments] <check>: Pass
  -Wl,-rpath=../src/.libs for the tests.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.40.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.40.

gnu: Disable RUNPATH validation for packages that use $ORIGIN.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc)[arguments]: Add #:validate-runpath?.
* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/java.scm (icedtea6)[arguments]: Likewise.

gnu: glib: Move html documentation to $doc/share/gtk-doc/html.

* gnu/packages/glib.scm (glib)[arguments]<#:configure-flags>:
  Pass "--with-html-dir=$doc/share/gtk-doc/html".

gnu: openldap: Update to 2.4.40.

* gnu/packages/openldap.scm (openldap): Update to 2.4.40.

gnu: python: Use 'version-major+minor' to compute PYTHONPATH.

Fixes a regression introduced in 08c0450.

* gnu/packages/python.scm (python)[native-search-paths]: Use
  'version-major+minor' to compute PYTHONPATH.

gnu: linux-libre: Remove linux-libre-vblank-fix.patch.

* gnu/packages/patches/linux-libre-vblank-fix.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Remove patch.

gnu: ruby: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby): Update to 2.2.2.

gnu: emacs: Do not keep references to the entries of the build-time $PATH.

This reduces the number of references of the output from 54 to 31,
removing references notably to gcc, expat, glib:bin, ld-wrapper-0,
texinfo, pkg-config, make, gawk, binutils, etc.

Reported by David Thompson.

* gnu/packages/patches/emacs-exec-path.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[source]: Use it.

gnu: rseqc: Update hash.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rseqc): Update hash.

gnu: gst-libav: Add missing quotes in phase names passed to 'modify-phases'.

This should have been done in 1ca8ff285ba0f055fbaf314d8a23fadc25839135.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav): Add missing quotes in phase names
  passed to 'modify-phases'.

gnu: linux-libre: Update to 4.0

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 4.0.

gnu: libepoxy: Fix tests on arm.

* gnu/packages/gl.scm (libepoxy)[arguments]: When building for arm,
  patch test/dlwrap.c to fix the tests.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: p11-kit: Update to 0.23.1.

* gnu/packages/gnutls.scm (p11-kit): Update to 0.23.1.

gnu: net-tools: Adapt to linux-libre-headers-3.14.x.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools): Remove the HAVE_HWSTRIP and HAVE_HWTR
  options from the configuration.

services: Add upower.

* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add gnu/services/upower.scm.
* gnu/services/upower.scm: New file, defining a upower service.
* doc/guix.texi (Various Services): Mention it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add upower.

* gnu/packages/gnome.scm (upower): New variable.
* gnu/packages/patches/upower-builddir.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: Add a 'derivation' checker.

* guix/scripts/lint.scm (check-derivation): New procedure.
  (%checkers): Add 'derivation' checker.
* tests/lint.scm ("derivation: invalid arguments"): New test.