gnu: python-pygments: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygments): Update to 2.5.2.

gnu: dejagnu: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/dejagnu.scm (dejagnu): Update to 1.6.2.

gnu: libical: Update to 3.0.7.

* gnu/packages/calendar.scm (libical): Update to 3.0.7.

gnu: libxkbcommon: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libxkbcommon): Update to 0.10.0.

gnu: libwebp: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/image.scm (libwebp): Update to 1.1.0.

gnu: mesa: Update to 19.3.2.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update to 19.3.2.

gnu: libva: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/video.scm (libva): Update to 2.6.1.

gnu: libinput: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.15.0.

gnu: OpenSSL@1.0: Update to 1.0.2u.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.0): Update to 1.0.2u.

gnu: MariaDB: Remove workaround package.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb)[arguments]: Add substitution for the
'mysql_install_db' script.
(mariadb/fixed-install-db): Remove variable.
(libdbi-drivers)[native-inputs]: Change from MARIADB/FIXED-INSTALL-DB to MARIADB.

gnu: cups-filters: Update to 1.26.2.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters): Update to 1.26.2.

gnu: cups: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/cups.scm (cups-minimal): Update to 2.3.1.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.49.1.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.49.1.
* gnu/packages/nss.scm (nss): Likewise.

gnu: procps: Update to 3.3.16.

* gnu/packages/linux.scm (procps): Update to 3.3.16.

gnu: source-highlight: Update to 3.1.9.

* gnu/packages/pretty-print.scm (source-highlight): Update to 3.1.9.

gnu: qtbase: Open links properly without xdg-utils in profile

* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[inputs]: Add XDG-UTILS.
  [arguments](patch-xdg-open): New phase.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

Merge branch 'master' into staging

gnu: xdg-utils: Don't use propagated inputs.

* gnu/packages/freedesktop.scm (xdg-utils)[propagated-inputs]: Remove.
[inputs]: Add awk, coreutils, grep, inetutils, perl-file-mimeinfo and sed.
[arguments]: Wrap the installed programs with the specified inputs in PATH.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: nss-certs: Update to 3.48.

This is a follow-up to commit 90076d2ce17d5b3c44ea663a44b40fa3084ead97.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.48.

gnu: gst-plugins-base: Do not propagate Orc on armhf systems.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-base)[propagated-inputs]:
Conditionally add ORC.

gnu: wavpack: Do not build the static library.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack)[arguments]: New field.

gnu: wavpack: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/patches/wavpack-CVE-2018-6767.patch,
gnu/packages/patches/wavpack-CVE-2018-7253.patch,
gnu/packages/patches/wavpack-CVE-2018-7254.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/audio.scm (wavpack): Update to 5.2.0.
[source](patches): Remove.

gnu: jsoncpp: Fix test failure on armhf-linux and aarch64-linux.

* gnu/packages/patches/jsoncpp-fix-inverted-case.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp)[source](patches): New field.

gnu: chez-scheme: Remove obsolete snippet.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme)[source](modules, snippet): Remove.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.49.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.49.
* gnu/packages/nss.scm (nss): Likewise.

gnu: emacs-telega: Update to 0.5.4-3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Update to 0.5.4-3.

This change reflects several bug fixes that allows for better integration with
the latest changes provided by `tdlib` 1.5.4 -- 1.6.0.

gnu: sbcl-trivial-backtrace: Fix build reproducibility.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivial-backtrace)[arguments]: Add
  'delete-test-results' phase.

build: asdf-build-system: Improve reproducibility.

* guix/build/asdf-build-system.scm (copy-files-to-output): Reset timestamps of
  source files before compiling.

gnu: audacity: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/audio.scm (audacity): Update to 2.3.3.
[source](snippet): Remove bundled "lame".
[arguments]: Adjust "use-upstream-headers" phase.
* gnu/packages/patches/audacity-build-with-system-portaudio.patch: Adjust patch.

gnu: Fix license of several GNOME packages.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-color-manager)[license]: Change to GPL2+.
(gnome-online-miners)[license]: Likewise.
(gnome-menus)[license]: Change to LGPL2.0+.

doc: Make sure 'htmlxref.cnf' is honored.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39060>.
Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* doc/build.scm (html-manual)[build]: Copy 'htmlxref.cnf' to the current
directory so that 'makeinfo' honors it.

doc: Update htmlxref.cnf.

* doc/htmlxref.cnf: Update from Texinfo.  Add entries for "mes",
"guix.ru", and "guix.zh_CN".

gnu: Add libolm.

* gnu/packages/messaging.scm (libolm): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: timidity++: Add libvorbis as input

* gnu/packages/audio.scm (timidity++)[inputs] Add libvorbis as input

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: entr: Fix references to external programs.

* gnu/packages/entr.scm (entr)[arguments](remove-fhs-file-names): Use 'which'
instead of relying on the runtime PATH.  Patch /bin/sh too.
[inputs]: Add NCURSES.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: Drop net-tools from %BASE-PACKAGES (replaced by iproute2).

* gnu/system.scm (%base-packages): Remove net-tools.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: Fix the displayed GC estimated progress.

* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::deletePathRecursive): Fix computation
of 'fraction'.  Take 'bytesInvalidated' into account.

daemon: Account for deleted store files when deduplication is on.

Previously, a store item that is a regular file would not be accounted
for in the 'bytesFreed' value computed by 'deletePath' because its
'st_nlink' count would always be >= 2.  This commit fixes that.

* nix/libutil/util.hh (deletePath): Add optional 'linkThreshold' argument.
* nix/libutil/util.cc (_deletePath): Add 'linkThreshold' argument and
honor it.  Pass it down in recursive call.
(deletePath): Add 'linkThreshold' and honor it.
* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::deleteGarbage): Pass 'linkThreshold'
argument to 'deletePath', with a value of 2 when PATH is a store item
and deduplication is on.

gnu: cmake@3.15.5: Honor 'SSL_CERT_DIR' and 'SSL_CERT_FILE'.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-3.15.5)[native-search-paths]: New field.

gnu: cmake@3.15.5: Apply "cmake-curl-certificates.patch".

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-3.15.5)[source]: Add 'patches' field.
(cmake/fixed): Turn into a deprecated alias for CMAKE-3.15.5.

gnu: Use the two-element 'define-deprecated' form where applicable.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json): Use the two-element
'define-deprecated' form.
* gnu/packages/kde.scm (kdevplatform): Likewise.
* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2.0): Likewise.
* gnu/packages/qt.scm (qt): Likewise.

deprecation: Add a two-element form for simple aliases.

* guix/deprecation.scm (define-deprecated): Add a two-element form for
simple aliases: (define-deprecated old new).

gnu: freeglut: Do not build static libraries.

* gnu/packages/gl.scm (freeglut)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: freeglut: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/gl.scm (freeglut): Update to 3.2.1.
[inputs]: Remove MESA, XORGPROTO and XINPUT.

gnu: xkeyboard-config: Update to 2.28.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config): Update to 2.28.

gnu: xinput: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xinput): Update to 1.6.3.

gnu: Add emacs-metal-mercury-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-metal-mercury-mode): New variable.

gnu: python-keyring: Update to 21.0.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-keyring): Update to 21.0.0.
[source]: Add snippet to backport test failure.
[arguments]: Use custom 'check phase.
[native-inputs]: Remove python-pytest-runner. Add
python-pytest-checkdocks, python-pytest-cov, python-pytest-flake8.
[propagated-inputs]: Remove python-pycrypto. Add
python-importlib-metadata, python-secretstorage.
[properties]: New field.
(python2-keyring): Rewrite package to stay at 8.7.

gnu: Add python-secretstorage.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-secretstorage): New variable.

gnu: Add python-jeepney.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-jeepney): New variable.

gnu: python2-contextlib2: Inherit from python-contextlib2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-contextlib2): Inherit from
python-contextlib2.
(python-contextlib2)[properties]: New field.

gnu: pcmanfm-qt: Fix opening files by double-click.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38926>.

* gnu/packages/lxqt.scm (pcmanfm-qt)[arguments]: Add phase to wrap the
executable with the GIO_LAUNCH_DESKTOP environment variable.
[inputs]: Add GLIB:BIN.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: make-gcc-toolchain: Fix typo in description.

* gnu/packages/commencement.scm (make-gcc-toolchain)[description]: Fix typo
and triple spacing.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add wla-dx.

* gnu/packages/assembly.scm (wla-dx): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

services: Add pulseaudio to %desktop-services.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38172>.
Reported by raingloom <raingloom@riseup.net>.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Add pulseaudio service.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

doc: Add pulseaudio documentation.

* doc/guile.texi: Add documentation for pulseaudio-service-type and
pulseaudio-configuration.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

services: Split ladspa-service-type from pulseaudio-service-type.

* gnu/services/sound.scm (ladspa-configuration): New record.
(ladspa-environment): New procedure.
(ladspa-service-type): New service type.
(pulseaudio-environment): Remove LADSPA_PATH.
* doc/guix.texi: Adjust documentation.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

services: pulseaudio-configuration: Set flat-volumes to no.

* gnu/services/sound (pulseaudio-configuration) [daemon-conf]: Disable
flat-volumes, which causes unpleasant experiences to users when applications
inadvertently max out the system volume (e.g. as in #38172).

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

services: Add pulseaudio-configuration.

* gnu/services/sound (<pulseaudio-configuration>): New record.
(pulseaudio-etc): New procedure.
(pulseaudio-environment): Add PULSE_CONFIG and PULSE_CLIENTCONFIG.
(pulseaudio-service-type): Update accordingly.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: qtwebengine: Purge unnecessary bundled software from the source.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebengine)[source](modules, snippet): New fields.
[inputs]: Add CURL and VALGRIND.

gnu: Add qtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebengine): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: emacs-undo-tree: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-undo-tree): Update to 0.7.1.

Signed-off-by: David Wilson <david@daviwil.com>

gnu: Add picolisp.

* gnu/packages/lisp.scm (picolisp32, picolisp): New variables.

gnu: cdemu-daemon: Split excessively long line.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdemu-daemon)[source]: Wrap at 80 characters.

gnu: cdemu-client: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdemu-client): Update to 3.2.4.

gnu: cdemu-daemon: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdemu-daemon): Update to 3.2.4.

gnu: libmirage: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (libmirage): Update to 3.2.4.

gnu: impressive: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/pdf.scm (impressive): Update to 0.12.1.

gnu: kdevelop: Update to 5.4.6.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): Update to 5.4.6.

gnu: upower: Update to 0.99.11.

* gnu/packages/gnome.scm (upower): Update to 0.99.11.
[source]: Follow home page download URI.

gnu: python-glances: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-glances): Update to 3.1.2.

gnu: ddcutil: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/hardware.scm (ddcutil): Update to 0.9.8.

gnu: python-smmap2: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-smmap2): Update to 2.0.5.

gnu: thunar: Update to 1.8.11.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.11.

gnu: xf86-input-wacom: Update to 0.39.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xf86-input-wacom): Update to 0.39.0.

gnu: libwacom: Update to 1.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 1.2.

gnu: mercurial: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 5.2.1.
[arguments]: Remove hard dependency on Python 2. Replace check phase to work
around known failing tests.
[native-inputs]: Add python-nose, and unzip.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

doc: Clarify description of the PageKite service.

* doc/guix.texi (Networking Services): Make clear PageKite is not necessary
with port forwarding.

gnu: hdf5@1.10: Update to 1.10.6.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5-1.10): Update to 1.10.6.

gnu: reuse: Download from PyPI.

* gnu/packages/license.scm (reuse)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: reuse: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/license.scm (reuse): Update to 0.7.0.

gnu: opensc: Eliminate obsolete test disablement.

This follows up on commit 508d5c5fa883a3cee53f8da358d853d4b245496c,
I guess.

* gnu/packages/security-token.scm (opensc)[arguments]: Remove the
‘disable-broken-test’ phase.

gnu: rng-tools: Update to 6.9.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools): Update to 6.9.

gnu: gnucash: Update to 3.8.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash, gnucash-doc): Update to 3.8.

gnu: aqbanking: Update to 5.99.44beta.

* gnu/packages/gnucash.scm (aqbanking): Update to 5.99.44beta.
  [argmuents]<configure-flags>: Remove.
  [native-inputs]. Add gettext-minimal.

gnu: gwenhywfar: Update to 4.99.25rc9.

* gnu/packages/gnucash.scm (gwenhywfar): Update to 4.99.25rc9.

gnu: lepton-eda: Fix build.

This is a follow-up to commit 1101c73c7fb2e0dbba00b45c05bf36ae08bdb6f2.

* gnu/packages/engineering.scm (lepton-eda)[arguments]: Ignore inherited
phases.

gnu: nfs-utils: Build rpc.svcgssd.

* gnu/packages/nfs.scm (nfs-utils)[arguments]: Enable building of rpc.svcgssd.

gnu: monero-gui: Update to 0.15.0.3.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.15.0.3.
  [build-system]: Use qt-build-system.
  [inputs]: Remove qtwebchannel and qtx11extras.
  [arguments]: Merge fix-library-paths, fix-monerod-path, fix-qt-paths and
  fix-install-path phases into a fix-paths phase. Remove custom build,
  change-dir and wrap-program phases. Add configure and build-zxcvbn-c phases.

gnu: rrdtool: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/rrdtool.scm (rrdtool): Update to 1.7.2.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.8.26.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.8.26.

gnu: pcsc-lite: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite)[source]: Hard-code NAME.

gnu: font-iosevka-slab: Update source hash.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka-slab)[source]: Update sha256.

gnu: python-lxml: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lxml)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-lxml: Update to 4.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lxml): Update to 4.4.2.

gnu: hplip: Fix scanner model detection.

* gnu/packages/cups.scm (hplip)[arguments]<#:phases>[install-models-dat]: New
phase.

gnu: Add libmediaart.

* gnu/packages/gnome.scm (libmediaart): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-monky.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-monky): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add a cooptation policy for commit access.

* doc/contributing.texi (Commit Access): Draft a cooptation policy.

doc: Encourage patch review.

* doc/contributing.texi (Commit Access): Add note about patch review.