gnu: libbluray: Remove java as native-input.

* gnu/packages/video.scm (libbluray)[inputs]: Remove "ant" and "icedtea"
  as native-inputs.
  [arguments]: Remove environmental variable "JAVA_HOME". Add configure
  flag to disable java.

gnu: libdvdcss: Update to 1.3.99.

* gnu/packages/video.scm (libdvdcss): Update to 1.3.99.

gnu: libbluray: Upgrade to 0.9.1.

* gnu/packages/video.scm (libbluray): Upgrade to 0.9.1.
  [inputs]: Add "ant" and "icedtea7" to native-inputs.
  [arguments]: Set environment variable "JAVA_HOME".

import: pypi: Remove unused procedure.

* guix/import/pypi.scm (join): Remove.

gnu: wine: Update to 1.7.52, add more inputs.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 1.7.52.
  [inputs]: Add cups, glu and openal.

gnu: feh: Update to 2.14.

* gnu/packages/feh.scm (feh): Update to 2.14.

gnu: calibre: Update to 2.40.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.40.0.

gnu: qt: Remove bundled copy of sqlite.

* gnu/packages/qt.scm (qt)[source]: Add snippet to remove the bundled
  copy of sqlite.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/21288>.

gnu: qt: Compile with system harfbuzz.

* gnu/packages/qt.scm (qt)[source]: Add a snippet to remove one of the two
  bundled copies of harfbuzz.
  [arguments]: Pass a configure flag to use harfbuzz from the system.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/21288>.

gnu: qt: Remove the sources of qtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (qt)[source]: Add snippet to remove the qtwebengine
  code, which was already not built anymore, and drop one patch used
  previously only for qtwebengine.
  [arguments]: Drop the configuration flag "-skip qtwebengine", since
  deleted modules cannot be skipped.
* gnu/packages/patches/qt5-runpath.patch: Delete file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister patch.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/21288>.

gnu: Add autobuild.

* gnu/packages/autotools.scm (autobuild): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.2.3.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.3.

gnu: rtorrent: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/bittorrent.scm (rtorrent): Update to 0.9.6.
  [source]: Use new URL.

gnu: libtorrent: Update to 0.13.6.

* gnu/packages/bittorrent.scm (libtorrent): Update to 0.13.6.
  [source]: Use new URL.
  [native-inputs]: Uncomment "cppunit" (for tests).
  [argument]: Remove (to enable tests).

gnu: libtorrent, rtorrent: Update home pages.

* gnu/packages/bittorrent.scm (libtorrent): Update 'home-page'.
  (rtorrent): Likewise.

gnu: lirc: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/lirc.scm (lirc): Update to 0.9.3.
  [native-inputs]: Add "libxslt".

gnu: qt-4: Disable webkit build.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[source]: Add snippet to remove the webkit code
  and drop one patch used previously for webkit.
  [arguments]: Add configure flag to disable building the webkit module.
* gnu/packages/patches/qt4-tests.patch: Delete file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister patch.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/21288>.

gnu: libqtxdg: Fix download location.

* gnu/packages/lxqt.scm (libqtxdg)[source]: Fix download location.

gnu: liblxqt: Fix download location.

* gnu/packages/lxqt.scm (liblxqt)[source]: Fix download location.
  [description]: Fix typo.

gnu: Add lxqt-session.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-session): New variable.

gnu: Add lxqt-common.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-common): New variable.

gnu: liblxqt: Fix download location.

* gnu/packages/lxqt.scm (liblxqt)[source]: Use the .tar.xz release
  exclusively; drop the alternative URI for .tar.gz and correct the hash.

gnu: Add file-roller.

* gnu/packages/gnome.scm (file-roller): New variable.

gnu: vsearch: Restrict supported systems to x86_64-linux.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch)[supported-systems]: Restrict
  to x86_64-linux.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.44.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.44.

gnu: eigen: Update to 3.2.6.

* gnu/packages/algebra.scm (eigen): Update to 3.2.6.

gnu: valgrind: Enable the arm architecture during configuration.

* gnu/packages/patches/valgrind-enable-arm.patch: New file.
* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind)[source]: Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Enable patch.

gnu: valgrind: Update to 3.11.0.

* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind): Update to 3.11.0.
  [source]: Remove the patches
* gnu/packages/patches/valgrind-glibc-2.22.patch,
  gnu/packages/patches/valgrind-linux-libre-4.x.patch: Delete files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister the patches.

gnu: glpk: Update to 4.56.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): Update to 4.56.

gnu: freeimage: Add fix for CVE-2015-0852.

* gnu/packages/patches/freeimage-CVE-2015-0852.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (freeimage)[source]: Add patch.

gnu: freeimage: Update to 3.17.0.

* gnu/packages/image.scm (freeimage): Update to 3.17.0.
  [source]: Use 'string-concatenate' in URI computation.

gnu: openjpeg-2.x: Add fix for use-after-free in opj_j2k_write_mco.

* gnu/packages/patches/openjpeg-use-after-free-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg, openjpeg-2.0)[source]: Add patch.
  [home-page]: Update.

gnu: clipper: Add 'file-name' field to source origin.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (clipper)[source]: Add file-name.

gnu: orc: Update to 0.4.24.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc): Update to 0.4.24.

gnu: Add python-xlrd.

* gnu/packages/python.scm (python-xlrd, python2-xlrd): New variables.

Signed-off-by: Mathieu Lirzin <mthl@openmailbox.org>

gnu: powertop: Fix url.

* gnu/packages/linux.scm (powertop): Fixed incorrect url.

gnu: openblas: Fix configure flags on armhf and take target system into account for cross building.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Make package substitutable
  and enable runtime cpu detection only on x86 systems. Take the target
  system into account when cross compiling.

gnu: powertop: Update to 2.7.

* gnu/packages/linux.scm (powertop): Update to 2.7.
  [arguments]: Add "pciutils" to inputs.

gnu: graphviz: Add "doc" output.

* gnu/packages/graphviz.scm (graphviz)[outputs, arguments]: New fields.

gnu: graphviz: Update to 2.38.0.

* gnu/packages/graphviz.scm (graphviz): Update to 2.38.0.

gnu: mpg123: Update to 1.22.4.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.22.4.

gnu: mpv: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.11.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2015.09.28.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2015.09.28.

gnu: terminology: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (terminology): Update to 0.9.1.

gnu: enlightenment: Update to 0.19.11.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.19.11.

gnu: Add GNU Unifont.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): New variable.

gnu: shroud: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/password-utils.scm (shroud): Update to 0.1.1.

gnu: Add shroud.

* gnu/packages/password-utils.scm (shroud): New variable.

gnu: xterm: Update to 320.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 320.

download: Check whether HORIZONTAL ELLIPSIS can be encoded.

* guix/build/download.scm (ellipsis): New procedure.
  (store-path-abbreviation): Use it.

gnu: emacs: Claim 'INFOPATH'.

Reported by Konrad Hinsen <konrad.hinsen@fastmail.net>.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[native-search-path]: New field.

gnu: Add vsearch.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add cityhash.

* gnu/packages/textutils.scm (cityhash): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Update to 4.2.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.2.

gnu: Add gzochi.

* gnu/packages/game-development.scm (gzochi): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add pigz.

* gnu/packages/compression.scm (pigz): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lsh: 'lsh-authorize' uses the absolute file name of 'sexp-conv'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21516>.
Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* gnu/packages/lsh.scm (lsh)[arguments]: In 'pre-configure' phase,
  change 'src/lsh-authorize' to use the absolute file name of
  'sexp-conv'.

guix gc: Add '--list-failures' and '--clear-failures'.

Suggested by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/gc.scm (show-help, %options): Add --list-failures and
  --clear-failures.
  (guix-gc): Honor them.
* doc/guix.texi (Invoking guix gc): Document them.
  (Invoking guix-daemon): Mention them.

store: Add 'query-failed-paths' and 'clear-failed-paths' RPCs.

Suggested by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/store.scm (query-failed-paths, clear-failed-paths): New
  procedures.
* tests/guix-daemon.sh: Add test with daemon started with
  --cache-failures.

tests: 'open-connection-for-tests' takes an optional parameter.

* guix/tests.scm (open-connection-for-tests): Add optional FILE
  parameter; pass it to 'open-connection'.

gnu: Add bio-blastxmlparser.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bio-blastxmlparser): New variable.

gnu: Add r-data.table.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data.table): New variable.

gnu: Add r-chron.

* gnu/packages/statistics.scm (r-chron): New variable.

gnu: Add r-servr.

* gnu/packages/web.scm (r-servr): New variable.

gnu: Add r-jsonlite.

* gnu/packages/web.scm (r-jsonlite): New variable.

gnu: Add r-httpuv.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): New variable.

doc: Fix spelling.

This is a followup to commit ba7d6c763c6adac4cf26fef656c7f98296601d0b.

* doc/guix.texi (Synopses and Descriptions): Fix spelling.

lint: Fix 'check-texinfo-markup'.

Fixes a regression introduced in 5d8d8f3.

* guix/scripts/lint.scm (check-description-style): When no exception is
  thrown in 'check-texinfo-markup', return the rendered description.

doc: Add more recommandations for package descriptions.

* doc/guix.texi (Synopses and Descriptions): Warn about special
  characters in Texinfo.  Indicate how to help the translators.

gnu: Add arandr.

* gnu/packages/xdisorg.scm (arandr): New variable.

gnu: avidemux: Build with Qt 5 instead of Qt 4.

* gnu/packages/video.scm (avidemux)[inputs]: Replace qt-4 by qt.
  [arguments]: Add build flag.

gnu: global: Update to 6.5.1.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.5.1.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.43.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.43.

gnu: ddrescue: Update to 1.20.

* gnu/packages/disk.scm (ddrescue): Update to 1.20.

gnu: sipwitch: Update to 1.9.10.

* gnu/packages/telephony.scm (sipwitch): Update to 1.9.10.

gnu: ucommon: Update to 6.6.0.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 6.6.0.

gnu: parallel: Update to 20150922.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150922.

gnu: xapian: Update to 1.2.21.

* gnu/packages/search.scm (xapian): Update to 1.2.21.

emacs: devel: Highlight 'modify-phases' keywords.

* emacs/guix-guile.el (guix-guile-keyword-regexp): New function.
* emacs/guix-devel.el (guix-devel-faces): New custom group.
  (guix-devel-modify-phases-keyword): New face.
  (guix-devel-modify-phases-keyword-regexp,
  guix-devel-font-lock-keywords): New variables.
  (guix-devel-modify-phases-font-lock-matcher,
  guix-devel-modify-phases-font-lock-pre): New functions.
  (guix-devel-mode): Adjust to add/remove font-lock-keywords.

gnu: mu: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 0.9.13.

gnu: ncmpcpp: Update to 0.6.7.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpcpp): Update to 0.6.7.

gnu: qemu: Update to 2.4.0.1.  Include fix for CVE-2015-6855.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-3209.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4037.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4103.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4104.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4105.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt4.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt5.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt6.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt7.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt8.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-5745.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-6855.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the new patch and delete the old ones.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu-headless): Update to 2.4.0.1.  Add the new patch
  and delete the old ones.

Merge branch 'core-updates'

lint: Improve 'check-texinfo-markup'.

* guix/scripts/lint.scm (check-description-style): Set 'field' parameter
  when emitting a warning in 'check-texinfo-markup'.  Catch any error
  that may occur in during the 'texi->plain-text' conversion.  This is a
  followup to commit 2748ee3.

gnu: ibus: Add input gtk+-3.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[inputs]: Add the required gtk+-3.

http-client: Backport Guile fix for 'read-chunk-header'.

Fixes the wrong-type-arg exception initially reported
at <http://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=19976#5>
by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/http-client.scm (read-chunk-header): Backport Guile commit 53b8d5f.

gnu: Add squashfs-tools.

* gnu/packages/compression.scm (squashfs-tools): New variable.

offload: Use gzip instead of xz for compression on the 

* guix/scripts/offload.scm (send-files): Use gzip --fast instead of xz.

utils: Add #:options parameter for compression output ports.

* guix/utils.scm (compressed-output-port,
  call-with-compressed-output-port): Add #:options parameter and honor
  it.

gnu: Add Gajim.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): New variable.

gnu: Add python-nbxmpp.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp, python2-nbxmpp): New
  variables.

gnu: Add python-gnupg.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gnupg, python2-gnupg): New variables.

gnu: Add pyOpenSSL.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl, python2-pyopenssl): New
  variables.

gnu: Add python-cryptography.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography, python2-cryptography):
  New variables.

gnu: Add python-cryptography-vectors.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography-vectors,
  python2-cryptography-vectors): New variables.

gnu: Add python-pretend.

* gnu/packages/python.scm (python-pretend, python2-pretend): New
  variables.

gnu: Add python-idna.

* gnu/packages/python.scm (python-idna, python2-idna): New variables.

gnu: Add python-ipaddress.

* gnu/packages/python.scm (python2-ipaddress): New variable.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to abbe2c6.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.9.0.