gnu: move miscfiles into gnu-doc.scm

* gnu/packages/miscfiles.scm: Remove file.
* gnu-sytem.am: Remove it.
* gnu/packages/gnu-doc.scm (miscfiles): Move here.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gnu-standards.

* gnu/packages/gnu-doc.scm: New file.
* gnu-system.am: Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

cvs: Disable compression.

Reported by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* guix/build/cvs.scm (cvs-fetch): Use -z0.

cvs: Allow checkouts when /tmp is a different device.

* guix/build/cvs.scm (cvs-fetch): Use 'copy-recursively' instead of
'rename-file'.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: font-gnu-freefont-ttf: Update to 20120503 and build from source.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont-ttf): Update to 20120503.
[arguments]: Build from source.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Use the right 'package-name->name+version'.

* guix/profiles.scm: Use 'package-name->name+version' from (guix build
utils).  Fixes 'find-among-store-items' in 'gtk-icon-themes'.

gnu: gnupg-2.0: Update to 2.0.30.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-2.0): Update to 2.0.30.

ant-build-system: Keep jar manifest.

* guix/build/ant-build-system.scm (default-build.xml): Generate default
manifest.
(strip-jar-timestamps): Repack jar archive with zip.

build-system/ant: Add zip.

* guix/build-system/ant.scm (default-zip): New variable.
(lower): Add zip to native inputs.

build-system/r: Support "substitutable?" flag.

* guix/build-system/r.scm (r-build): Support the "substitutable?" flag.

gnu: Add nmap.

* gnu/packages/admin.scm (nmap): New variable.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

licenses: Add the nmap license.

* guix/licenses.scm (nmap): New variable.

import: Add Hackage updater.

* guix/import/hackage.scm (guix-package->hackage-name, hackage-package?)
  (latest-release): New procedures.
  (%hackage-updater): New variable.
* guix/scripts/refresh.scm (%updaters): Add it.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Mention it.

import: hackage: Silence download output.

* guix/import/hackage.scm (hackage-fetch): Use http-fetch to avoid
  progress output from url-fetch.

import: hackage: Factorize url synthesis.

* guix/import/hackage.scm (hackage-source-url, hackage-cabal-url): New
  procedures.
  (hackage-fetch, hackage-module->sexp): Use them.

doc: Small fixes for typos and missing words.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Add a dot at the end of a sentence.
  (The Store Monad): Add "are" to make a complete sentence.
  (G-Expressions): Fix typo.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Clarify how to use the '#:python' parameter.

* doc/guix.texi (Build Systems): Clearly distinguish between the package that
provides the Python interpreter for the build and the package that is to be
built.  Also, mention why one might want to use a specific Python version.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python2-s3cmd.

* gnu/packages/python.scm (python2-s3cmd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-magic.

* gnu/packages/python.scm (python-magic, python2-magic): New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Add comment on the translation of "current".

* guix/ui.scm (display-generation): Add "TRANSLATORS" comment.

doc: Fix URL of gnutls-guile one-page-per-node manual.

* doc/htmlxref.cnf: Fix gnutls-guile 'node' URL.

gnu: Add MilkyTracker.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: python2-pbcore: Update to 1.2.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-pbcore): Update to 1.2.8.
[native-inputs]: Add python2-docutils, python2-nose, python2-sphinx.

gnu: linux-libre: Avoid introducing timestamps into the build.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[build-phase]: Set the
KCONFIG_NOTIMESTAMP and KBUILD_BUILD_TIMESTAMP environment variables to
avoid introducing timestamps into the build outputs.

environment: Set a default value for PS1.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Set PS1
  during container initialization.

gnu: libcue: Fix source url.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcue)[source]: Fix url.
[home-page]: Project has moved to Github.

gnu: r-devtools: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-devtools): Update to 1.10.0.
   (r-devtools)[propagated-inputs]: Add r-withr.

gnu: Add r-withr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-withr): New variable.

gnu: r-genomation: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): Update to 1.2.2.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.22.13.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to
  1.22.13.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.30.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.30.4.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to
  1.6.3.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to
  1.0.2.

gnu: r-biostrings: Update to 2.38.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Update to 2.38.4.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.22.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.22.4.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.6.3.

gnu: libpaper: Update source url.

Reported by shanemikel_ on irc.

* gnu/packages/ghostscript.scm (libpaper)[source]: Update source url to
download from Fedora.
[home-page]: Use https.

gnu: guix: Ignore the user's 'GUILE_LOAD_COMPILED_PATH'.

Reported by <rain1@openmailbox.org>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.10.0)[arguments]: Use '=
instead of 'prefix in call to 'wrap-program'.

gnu: Add libzapojit.

* gnu/packages/gnome.scm (libzapojit): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: khal: Disable failing tests.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[arguments]: Disable failing tests in
'disable-tests' phase.

gnu: gst-plugins-good: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good): Update to 1.8.0.
[home-page]: Use https.
[arguments]: Disable tests that fail non-deterministically.

gnu: gst-plugins-ugly: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-ugly): Update to 1.8.0.
[home-page]: Use https.

gnu: python-gst: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/gstreamer.scm (python-gst, python2-gst): Update to 1.8.0.
[home-page]: Use https.

gnu: gst-plugins-base: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-base): Update to 1.8.0.
[home-page]: Use https.

gnu: gstreamer: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer): Update to 1.8.0.

Merge branch 'version-0.10.0'

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 7611393.
(guix): Set to GUIX-DEVEL.

gnu: Add uwsgi.

* gnu/packages/web.scm (uwsgi): New variable.

gnu: Add cgit.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit): New variable.

gnu: guix: Default to 0.10.0.

This updates 58f0aae.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Set to GUIX-0.10.0.

gnu: guix: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.8.3): Rename to...
(guix-0.10.0): ... this.  Adjust users.
(guix): Set to GUIX-0.10.0.

Update NEWS.

guix system: Warn against missing 'guix pull'.

Suggested by Leo Famulari and others.

* guix/scripts/system.scm (maybe-suggest-running-guix-pull): New
procedure.
(perform-action): Call it when ACTION is 'reconfigure.

doc: We have even more than 3,000 packages.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Limitations): Increase package count.

store: Prepend mirror.hydra.gnu.org to %DEFAULT-SUBSTITUTE-URLS.

This allows GuixSD to default to the right list of URLs, with
mirror.hydra.gnu.org coming first.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* guix/store.scm (%default-substitute-urls): Prepend
"mirror.hydra.gnu.org."

doc: Explain why the config file should be stored on the target.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Proceeding with the Installation): Explain why the
config file should be on the target file system.

doc: Suggest 'dhclient -v'.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Add "-v" for dhclient.

doc: Suggest running "info info" during system installation.

Based on a suggestion by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (System Installation): Suggest running "info info".

doc: Clarify 'cow-store'.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Proceeding with the Installation): Clarify what
'cow-store' is about.

doc: Make it clear that networking is needed for GuixSD installation.

Suggested by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Make it clear that
networking is required.

doc: Augment documentation about security updates.

* doc/guix.texi (Security Updates): Add paragraph on the big picture of
security updates.  Cross-reference 'guix lint'.
(Invoking guix lint): Add CVE URLs.

nls: Update 'da' translation.

gnu: qtractor: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.7.5.

gnu: beets: Run tests with python-nose.

* gnu/packages/music.scm (nose)[native-inputs]: Add python-nose.
[arguments]: Replace 'check' and use python-nose.

environment: Properly handle SIGINT.

Switching to execlp means that the process spawned in a container is PID
1, which obsoleted one of the 'guix environment --container' tests
because the init process can't be killed in the usual manner.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/fork): New procedure.
(launch-environment): Switch from system* to execlp.  Add handler for
SIGINT.
(guix-environment): Use launch-environment/fork.
* tests/guix-environment-container.sh: Replace abnormal exit test with
one that works now that the spawned process is PID 1.

Update 'NEWS'.

gnu: python-pyechonest: Clean up description.

* gnu/packages/music.scm (pyechonest)[description]: Remove "open source" from
the description.

gnu: pspp: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/maths.scm (pspp): Update to 0.10.0.
[inputs]: Switch gtk+-2 to gtk+, gtksourceview-2 to gtksourceview.

gnu: sdl2-ttf: Update to 2.0.14.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-ttf): Update to 2.0.14 and remove bundled
  libraries from source tarball.

gnu: sdl2-image: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-image): Update to 2.0.1.

gnu: sdl2-mixer: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer): Update to 2.0.1 and remove bundled
  libraries in source tarball.

gnu: sdl-mixer: Add ModPlug support.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[inputs]: Add libmodplug.

gnu: sdl2: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2): Update to 2.0.4.

doc: Fix typo: "wpa_supplication" --> "wpa_supplicant".

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Fix typo.

gnu: crossguid: Set explicit file name for source checkout.

* gnu/packages/kodi.scm (crossguid)[source]: Set explicit file-name to
  satisfy linter.

environment: container: Create dummy home directory and /etc/passwd.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Change
$HOME to the current user's home directory instead of
/homeless-shelter.  Create a dummy /etc/passwd with a single entry for
the current user.
* doc/guix.texi ("invoking guix environment"): Add a note about the
dummy home directory and /etc/passwd.

doc: Mention 'guix challenge' in "Features".

* doc/guix.texi (Features): Mention trust and 'guix challenge'.

doc: Rephrase introduction to give a better overview.

Suggested by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Introduction): Rephrase to mention features and use
cases first, and foundations last.
(Features): Mention "GuixSD".
(Utilities): Change intro: not all the tools are for packagers.

Revert "gnu: expat: Replace with 2.1.1 [fixes CVE-2015-1283]."

This reverts commit 6458876597d292ea06f0d41048948fd801cedb8a.

gnu: diffoscope: Update to 51.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 51.

gnu: python-atomicwrites: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-atomicwrites, python2-atomicwrites):
Update to 1.0.0.

gnu: expat: Replace with 2.1.1 [fixes CVE-2015-1283].

* gnu/packages/xml.scm (expat)[replacement]: New field.
(expat-2.1.1): New variable.

syscalls: 'interface-address' can return #f.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22612>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* tests/syscalls.scm ("network-interfaces returns one or more
interfaces"): Accept 'interface-address' value of #f.

syscalls: <interface> printer correctly handles lack of sockaddr.

Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
in <http://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=22612#16>.

* guix/build/syscalls.scm (write-interface): Check whether ADDRESS is
true.

gnu: guix: Update development snapshot to dd21308.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to dd21308.

gnu: lilypond: Fix check for fontforge version.

* gnu/packages/music.scm (lilypond)[arguments]: Patch configure script
  to find actual fontforge version.

gnu: postgresql: Substitute hard coded "/bin/sh".

* gnu/packages/databses.scm (postgresql): substitute /bin/sh
with location of bash binary.

gnu: htop: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/admin.scm (htop): Update to 2.0.1.

doc: We now need 1 GiB for the installation USB image.

* doc/guix.texi (Building the Installation Image): Change image size to 1G.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs): Likewise.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.10.0.

doc: Update reference to the Info reader's manual.

* doc/guix.texi (System Installation): Refer to 'info-stnd' instead of
'info'.
(Preparing for Installation): Likewise.

install: Use 'info-reader' instead of Texinfo 4.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Remove TEXINFO-4
since %BASE-PACKAGES already provides the Info reader.
(log-to-info): Use INFO-READER instead of TEXINFO-4.

system: Use 'info-reader' instead of Texinfo to avoid dragging Perl.

* gnu/system.scm (%base-packages): Use INFO-READER instead of TEXINFO.

gnu: Add 'info-reader'.

* gnu/packages/texinfo.scm (info-reader): New variable.

install: Remove cgroup and elogind file systems.

* gnu/system/install.scm (installation-os): Explicitly list three file
systems instead of using %BASE-FILE-SYSTEMS.

activation: Copy account skeletons silently.

* gnu/build/activation.scm (copy-account-skeletons): Pass #:log to
'copy-recursively'.

install: Add /tmp as a tmpfs.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23056>.
Reported by Michael Downey <shaggy814@yandex.com>
and Kei <kei@openmailbox.org>.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[file-systems]: Add "/tmp".

services: nscd: Make respawnable.

* gnu/services/base.scm (nscd-shepherd-service): Remove 'respawn?' field.

gnu: python-llfuse-0.41: Update to 0.41.1.

* gnu/packages/python.scm (python-llfuse-0.41): Update to 0.41.1.

gnu: Add borg.

* gnu/packages/backup.scm (borg): New variable.