gnu: Add r-genelendatabase.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genelendatabase): New variable.

gnu: Add r-argparse.

* gnu/packages/cran.scm (r-argparse): New variable.

gnu: Add r-findpython.

* gnu/packages/cran.scm (r-findpython): New variable.

gnu: r-getopt: Move from bioinformatics to cran.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-getopt): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-getopt): ...to here.

gnu: Add r-goplot.

* gnu/packages/cran.scm (r-goplot): New variable.

gnu: Add r-biasedurn.

* gnu/packages/cran.scm (r-biasedurn): New variable.

gnu: qtox: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.16.1.

gnu: emacs-async: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-async): Update to 1.9.3.
[source]: Update URI.

gnu: nml: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/game-development.scm (nml): Update to 0.4.5.

gnu: nml: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/game-development.scm (nml)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: r-lava: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): Update to 1.6.2.

gnu: r-broom: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.4.5.

gnu: r-broom: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom)[home-page]: Use HTTPS.

Don't force colour in aliases.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Substitute ‘--color=auto’
for ‘--color’ (which implies ‘=always’) in aliases.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Also adjust examples as that makes
more sense.

gnu: gtkwave: Mark up description.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave)[description]: Use @dfn.

gnu: exempi: Mark up description.

* gnu/packages/freedesktop.scm (exempi)[description]: Use @dfn.

gnu: keepalived: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/cluster.scm (keepalived): Update to 2.0.5.

gnu: inxi: Update to 3.0.14-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.0.14-1.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.4.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.4.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.53.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.53.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.111.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.111.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.139.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.139.

gnu: Remove linux-libre@4.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Remove variable.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.1-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.1-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

gnu: pigx-scrnaseq: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): Update to 0.0.6.
[arguments]: Remove "wrap-executable" phase.

gnu: maven: Fix maven crash when compiling java8 code.

* gnu/packages/maven.scm (maven)[arguments]: Configure classloading
properly instead of adding jars to maven's classpath.

gnu: maven-compat: Fix test failure.

* gnu/packages/maven.scm (maven-compat)[arguments]: Add
recreate-removed-jar phase.

gnu: maven-artifact: Update to 3.5.4.

* gnu/packages/maven.scm (maven-artifact): Update to 3.5.4.
(maven-core)[arguments]: Use new version.

gnu: maven-wagon-provider-api: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/maven.scm (maven-wagon-provider-api): Update to 3.1.0.

gnu: java-plexus-compiler-api: Update to 2.8.4.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-compiler-api): Update to 2.8.4.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: ledger: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/finance.scm (ledger)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: ledger: Use invoke and fix #t return.

* gnu/packages/finance.scm (ledger)[arguments]: Replace system* with invoke in
build-doc phase. Remove #t return from relocate-elisp phase since
emacs-generate-autoloads already returns #t.

gnu: ledger: Skip failing test.

* gnu/packages/finance.scm (ledger)[arguments]: Set #:make-flags to skip
failing test BaselineTest_cmd-org. Replace check phase with the check phase
from gnu-build-system.

gnu: qtox: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.16.0.

gnu: clutter-gtk: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/gnome.scm (clutter-gtk): Update to 1.8.4.

gnu: totem: Update to 3.26.1.

I did not re-enable #:parallel-build? because I was unable to reproduce
the original failure in the first place.

* gnu/packages/gnome.scm (totem): Update to 3.26.1.

gnu: exempi: Update to 2.4.5.

* gnu/packages/freedesktop.scm (exempi): Update to 2.4.5.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.91.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.91.

gnu: kicad-library: Update to 4.0.7.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-library): Update to 4.0.7.

gnu: kicad-library: Return #t from phases.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-library)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: r-learnr: Update to 0.9.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-learnr): Update to 0.9.2.1.

gnu: Add r-loomr.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-loomr): New variable.

gnu: Add r-itertools.

* gnu/packages/cran.scm (r-itertools): New variable.

gnu: Update stellarium to 0.18.0.

[[PGP Signed Part:Good signature from BF286CB6593E5FFD Björn Höfling <bjoern.hoefling@bjoernhoefling.de> (trust undefined) created at 2018-06-29T20:39:51+0200 using DSA]]

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.18.0.
[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-helm-system-packages: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-system-packages): Update to 1.10.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add pocl.

* gnu/packages/opencl.scm (pocl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: basic: Wait for /var/run/shepherd/socket to be ready.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["shepherd socket ready"]: New test.

Revert "packages: Optimize 'package-transitive-supported-systems'."

This reverts commit 24420f5ffabfbdbe913a5765e5c00e17de18fb4c.

This broke 'package-transitive-supported-systems', which would return
the union of supported systems instead of the intersection.

guix system: Make 'init' idempotent again.

This fixes a regression introduced in
df2f6400b1fbc282ef4d6dd7124ea1c17adc23c2: since the new
'register-path' (actually 'reset-timestamps') would make files
read-only, 'delete-file-recursively' would fail to delete them.  Thus,
re-running 'guix system init' on an already-populated store would fail
with a 'delete-file' EPERM.

* guix/scripts/system.scm (copy-item): Use 'lstat' instead of
'file-exists?'.  Call 'make-file-writable' on each directory below
DEST.

ui: Report file names in 'system-error' exceptions from 'delete-file'.

* guix/ui.scm (delete-file): New error-reporting wrapper.

database: 'reset-timestamps' now correctly handles symlinks.

* guix/store/database.scm (reset-timestamps): Use 'utime' with
AT_SYMLINK_NOFOLLOW for symlinks.

syscalls: Define AT_SYMLINK_NOFOLLOW et al.

* guix/build/syscalls.scm (AT_FDCWD, AT_SYMLINK_NOFOLLOW, AT_REMOVEDIR)
(AT_SYMLINK_FOLLOW, AT_NO_AUTOMOUNT, AT_EMPTY_PATH): New variables.
* tests/syscalls.scm ("utime with AT_SYMLINK_NOFOLLOW"): New test.

deduplication: Remove 'false-if-system-error', now unused.

* guix/store/deduplication.scm (false-if-system-error): Remove.

gnu: pigx-bsseq: Update to 0.0.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq): Update to 0.0.10.
[arguments]: Remove "wrap-executable" phase.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.4.
[arguments]: Remove "wrap-executable" phase.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.20.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.20.

gnu: ikiwiki: Include auto setup files in output.

* gnu/packages/web.scm(ikiwiki)[arguments]: Add patch-Makefile phase.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: emacs-use-package: Update to commit da8c9e2.

This update is needed because the release tarball from github does not
contain all the files needed for us to build the package.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-use-package): Update to commit da8c9e2.
[source]: change to git.
[arguments]: Enable tests.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add emacs-atom-one-dark-theme.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-atom-one-dark-theme): New variable

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: libuninameslist: Update to 20180701.

* gnu/packages/fontutils.scm (libuninameslist): Update to 20180701.
[source]: Change URI to use release tarball.  Remove FILE-NAME.
[native-inputs]: Remove.

gnu: libuninameslist: Correct license.

* gnu/packages/fontutils.scm (libuninameslist)[license]: Remove GPL2.  Add
BSD-3 and X11-STYLE.

gnu: Add vsftpd.

* gnu/packages/ftp.scm (vsftpd): New variable.

gnu: vkd3d: Add vulkan-headers.

* gnu/packages/vulkan.scm (vkd3d)[inputs]: Add vulkan-headers.

gnu: vkquake: Add vulkan-headers.

* gnu/packages/games.scm (vkquake)[inputs]: Add vulkan-headers.

gnu: mpv: Add vulkan-headers.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Add vulkan-headers.

gnu: vulkan-loader: Update to 1.1.77.0.

* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-loader): Update to 1.1.77.0.
[inputs]: Add 'vulkan-headers.
[home-page]: Correct URL.

gnu: Add vulkan-headers.

* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-headers): New variable.

gnu: openrct2: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/games.scm (openrct2): Update to 0.2.0.
[configure-flags]: Add -DDOWNLOAD_OBJECTS=OFF configure flag.
[arguments]: Add 'fixgcc7, 'get-rid-of-errors phases.
[native-inputs]: Add gcc@7.

gnu: dolphin-emu: Update to commit 806c1ee.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit 806c1ee.
[source]: Don't delete removed externals.
[arguments]: Remove unused variables.
[inputs]: Add 'pugixml. Remove 'wxwidgets-gtk2-3.1.

gnu: Add keynav.

* gnu/packages/xorg.scm (keynav): New variable.

import: elpa: Check if 'fetch-elpa-package' rest argument is null.

* guix/import/elpa.scm (fetch-elpa-package): Check if 'rest' is null.

bash completion: Complete files names after 'guix weather -m'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete): Complete files names after 'guix
weather -m'.

bash completion: Complete files names after 'guix build -L'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete): Complete files names after 'guix
build -L'.

gnu: units: Update to 2.17.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.17.

gnu: icedtea Work around gcc segfault.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8)[native-inputs]: Add icedtea-7
patch to hotspot.

gnu: libgit2: Update to 0.26.4 [fixes CVE-2018-11235].

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.26.4.
(source): Adjust patch name.
* gnu/packages/patches/libgit2-0.25.1-mtime-0.patch: Rename to ...
* gnu/packages/patches/libgit2-mtime-0.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: icedtea: Work around gcc segfault.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-7)[native-inputs]: Add patch to hotspot.
* gnu/packages/patches/icedtea-7-hotspot-gcc-segfault-workaround.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

deduplication: Place link files under /gnu/store/.links.

Previously they'd always be placed next to TO-REPLACE, which would lead
to EPERM in some cases.

* guix/store/deduplication.scm (replace-with-link): Add #:swap-directory
parameter and honor it.  Add call to 'make-file-writable'.  Catch
'system-error' around 'rename-file'.
(deduplicate): Pass #:swap-directory and remove uses of
'false-if-system-error'.
* tests/store-deduplication.scm ("deduplicate"): Add 'chmod' call.

deduplication: Fix incorrect use of 'throw'.

* guix/store/deduplication.scm (get-temp-link): In handler, fix call to
'throw'.

guix system: init: Check the available space before copying.

* guix/scripts/system.scm (copy-closure): Call 'query-path-info*' on
TO-COPY and REFS.  Compute the total size.  Call 'check-available-space'.

ui: Make 'check-available-space' public.

* guix/ui.scm (check-available-space): Add optional 'directory'
parameter, defaulting to (%store-prefix).  Honor it.  Make public.

store: Add 'query-path-info*'.

* guix/scripts/size.scm (query-path-info*): Move to...
* guix/store.scm (query-path-info*): ... here.

packages: Optimize 'package-transitive-supported-systems'.

This version is 13% faster than the one above when timing:

  (fold-packages (lambda (p x)
   (package-transitive-supported-systems p))
 '())

* guix/packages.scm (package-transitive-supported-systems): Make
'systems' a set instead of calling 'lset-intersection' repeatedly.

gnu: python-duniterpy: Change module.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-duniterpy): Move...
* gnu/packages/finance.scm: ... here.

gnu: python-pylibscrypt: Improve speed.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pylibscrypt): Use "libscrypt"
  implementation instead of "openssl".

"hashlib.scrypt" requires Python 3.6+ and OpenSSL 1.1+.  Since Python is built
with OpenSSL 1.0, the library is unavailable. "pylibscrypt" defaults to a slow
pure Python implementation.  Instead, rely on the much faster "libscrypt".

gnu: Add libscrypt.

* gnu/packages/crypto.scm (libscrypt): New variable.

gnu: Add freedink-dfarc.

* gnu/packages/games.scm (freedink-dfarc): New variable.

gnu: bambam: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (bambam)[source]: Use GIT-FETCH.

gnu: zstd: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.3.5.
[source]: Add two patches to make the test suite pass.
* gnu/packages/patches/zstd-fix-stdin-list-without-tty.patch,
gnu/packages/patches/zstd-fix-stdin-list-test.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add both.

gnu: acpica: Update to 20180629.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20180629.

gnu: Remove duplicate imports from (gnu packages graphics).

* gnu/packages/graphics.scm (define-module): Remove duplicate module
imports.  Order the remainers alphabetically.

gnu: bambam: Update to 0.6.

* gnu/packages/games.scm (bambam): Update to 0.6.

gnu: teeworlds: Add missing dependency.

* gnu/packages/games.scm (teeworlds)[native-inputs]: Add pkg-config.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add silkaj.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): New variable.

gnu: Add python-scrypt.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-scrypt): New variable.

gnu: Add python-commandlines.

* gnu/packages/python.scm (python-commandlines): New variable.

gnu: java-hamcrest-all: Add java-hamcrest-core to inputs.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/31390>, probably.

* gnu/packages/java.scm (java-hamcrest-all)[inputs]: Add java-hamcrest-core.
[arguments]: Add java-hamcrest-core to the build-time classpath.

self: Build with Guile 2.2.4.

* guix/self.scm (guile-for-build): In the "2.2" case, choose
GUILE-2.2.4.

self: Use #:guile-for-build in the shebang of the 'guix' executable.

* guix/self.scm (guix-command): Add #:guile and pass it to 'program-file'.
(whole-package): Add #:guile and pass it to 'guix-command'.
(compiled-guix): Pass #:guile to 'guix-command' and 'whole-package'.

utils: Micro-optimize 'source-properties->location'.

* guix/utils.scm (source-properties->location): Destructure LOC with
'match', adding a fast path without 'assq-ref' calls.