gnu: cross-base: Do not strip cross-gcc.

Fixes a regression introduced in 9063ef0 whereby #:strip-binaries? would be
left to #t, leading to an invalid cross-built libgcc.a (see
<http://hydra.gnu.org/build/492479/nixlog/1/tail-reload>.)

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Add #:strip-binaries? #f
  unconditionally.  Replace 'install' phase to use "make install-strip".

gnu: commencement: Remove "debug" output of GCC-FINAL.

Fixes a regression introduced in 9063ef0.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-final)[outputs]: New field.

gnu: gcc: Build libbacktrace without -Werror.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments] <pre-configure>: Remove -Werror
  from libbacktrace/configure.

gnu: gcc: Add "debug" output, debugging symbols of libraries.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[install-target]: Remove.
  [outputs]: Add "debug".
  [arguments]: Remove #:strip-binaries?.  Remove 'install' phase.

gnu: gcc: Do not add -rpath=LIBDIR/lib64 to the "lib" spec.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7): Remove unneeded LIBDIR/lib64 from
  GNU_USER_TARGET_LIB_SPEC.

gnu: make-bootstrap: Adjust gawk patch to 4.1.3.

* gnu/packages/patches/gawk-shell.patch: Update for gawk 4.1.3.

gnu: guile-static: Use Linux syscalls only on Linux-based systems.

* gnu/packages/patches/guile-linux-syscalls.patch: Use Linux
  syscalls only on Linux-based systems.

gnu: commencement: Use our Binutils as soon as possible.

* gnu/packages/commencement.scm (binutils-boot0)[arguments]: Add
  'add-symlinks' phase.

gnu: sed: Set PATH_MAX for Hurd systems.

* gnu/packages/patches/sed-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Switch to GCC 4.9 as the default cross-compiler.

* gnu/packages/cross-base.scm: Replace all occurrences of "gcc-4.8" with
  "gcc-4.9".

gnu: Switch to GCC 4.9 as the default compiler.

* gnu/packages/commencement.scm: Replace all occurrences of "gcc-4.8" with
  "gcc-4.9".
  (gcc-boot0)[arguments]: Add --disable-libcilkrts --disable-libvtv.

gnu: linux-libre-headers: Do not retain reference to the bootstrap tools.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-headers)[install-phase]: Remove
  ".install" files from the output.
  [arguments]: Add #:allowed-references.

gnu: findutils: Use /var as the localstatedir, for 'updatedb'.

* gnu/packages/patches/findutils-localstatedir.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/base.scm (findutils)[source]: Use it.
  [arguments]: Pass --localstatedir=/var.

gnu: perl: Strip the DSOs.

* gnu/packages/perl.scm (perl)[arguments]: Add 'make-shared-objects-writable'
  phase.

gnu: perl: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/perl.scm (perl)[arguments]: Use 'modify-phases' instead of
  'alist-replace'.

gnu: gcc: Move patch upstream status in the patch itself.

* gnu/packages/patches/gcc-arm-link-spec-fix.patch: Add bug and patch URLs.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Remove them.

gnu: gawk: Update to 4.1.3.

* gnu/packages/gawk.scm (gawk): Update to 4.1.3.

gnu: flex: Fix native-inputs field.

This is a followup to ba42199eb3 and dedaf76f66.

* gnu/packages/flex.scm (flex)[native-inputs]: Add another layer of
  parentheses.

gnu: libxml2: Build python bindings separately.

* gnu/packages/xml.scm (libxml2)[native-inputs]: Remove python.
  [arguments]: Remove.
  (python-libxml2, python2-libxml2): New variables.

gnu: libxml2: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/xml.scm (libxml2): Update to 2.9.2.

gnu: base: Fix a bug that occurs in non-Linux systems.

* gnu/packages/base.scm (tar): Apply patch.
* gnu/packages/patches/tar-d_ino_in_dirent-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: flex: Add missing quasiquote.

* gnu/packages/flex.scm (flex): Add missing quasiquote at native-inputs.

gnu: flex: Add m4 as a native input.

* gnu/packages/flex (flex): Add m4 as a native input.

gnu: bison: Add m4 as a native input.

* gnu/packages/bison (bison): Add m4 as a native input.

packages: Use packages from '%final-inputs' as the default patch inputs.

Reported by Manolis Ragkousis <manolis837@gmail.com>
at <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-05/msg00059.html>.

* guix/packages.scm (%standard-patch-inputs): Add 'canonical', and use
  it in 'ref'.

packages: Use %store-directory.

* guix/packages.scm (patch-and-repack): Call %store-directory instead of
  duplicating its code.

gnu: mesa: Update to 10.5.4.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update version to 10.5.4.  Add libxvmc to
  inputs.  Remove python, gettext, flex, and bison from native-inputs.  Remove
  hack that was necessary to prevent rebuilding parts of the build system.

gnu: mesa: Add libva input.

There is a circular dependency between Mesa and libVA, so we use a
libva-no-mesa package that builds libVA without GLX and EGL support, and use
that for building Mesa.

* gnu/packages/gl.scm (libva-for-mesa): New variable.
(mesa): Add as input.

bash completion: Complete long options with no short variant.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_option): Change grep regexp
  to match options that don't have a short option name.

gnu: polkit-qt: Add $libdir to RUNPATH.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit-qt)[arguments]: Add
  #:configure-flags.

check-available-binaries: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS
  instead of %SUPPORTED-SYSTEMS.

gnu: mariadb: Remove now unneeded workaround.

This has been redundant since 21e583d.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb)[arguments]: Remove LDFLAGS
  definition.

list-packages: Add status link only for systems supported on Hydra.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml)[status]:
  Intersect (package-transitive-supported-systems package) with
  %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

packages: Add '%hydra-supported-systems'.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%hydra-supported-systems): Remove.
* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): New variable.

gnu: ganv: Set the RUNPATH of binaries to $libdir.

* gnu/packages/gtk.scm (ganv)[arguments]: Add 'set-ldflags' phase.

Merge branch 'master' into core-updates

serialization: Adjust the permissive UTF-8 decoder to Guile 2.0.12ish.

* guix/serialization.scm (read-maybe-utf8-string): Use
  'set-port-encoding!' and 'set-port-conversion-strategy!' instead of
  setting '%default-port-encoding' and
  '%default-port-conversion-strategy'.  This accounts for Guile commit
  d574d96, which changes bytevector input ports to use ISO-8859-1.

substitute: Fix file descriptor leak in 'http-multiple-get'.

In practice we would not leak much since we reconnect after ~100
requests (with nginx running on hydra.gnu.org.)

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Call 'close-port'
  before 'connect'.

gnu: qt: Add patch for i686 build problem.

See <https://bugreports.qt.io/browse/QTBUG-45205>.

* gnu/packages/patches/qt5-conflicting-typedefs.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qt): Add the patch.

Thank Joshua.

download: Honor the 'http_proxy' and 'https_proxy' env. vars.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/download.scm (url-fetch): Pass #:leaked-env-vars to
  'gexp->derivation'.

derivations: Add #:leaked-env-vars parameter.

Suggested by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>
in <http://bugs.gnu.org/20402>.

* guix/derivations.scm (derivation): Add #:leaked-env-vars parameter.
  [user+system-env-vars]: Honor it.
* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:leaked-env-vars and pass it to
  'raw-derivation'.
* doc/guix.texi (Derivations, G-Expressions): Adjust accordingly.

download: Simplify 'open-connection-for-uri' to support HTTP proxies.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Rewrite to be a
  small wrapper around 'open-socket-for-uri'.  This procedure was
  initially introduced in d14ecda to work around the lack of NSS modules
  during bootstrap but that has become unnecessary since 0621349, which
  introduced a bootstrap Guile that uses static NSS modules (from commit
  d3b5972.)
  On Guile >= 2.0.10, this allows the 'http_proxy' environment variable
  to be used.

gnu: Add orcus.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): New variable.

gnu: lilv: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20040>.

* gnu/packages/audio.scm (lilv): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: sord: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20044>.

* gnu/packages/rdf.scm (sord): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: serd: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20051>.

* gnu/packages/rdf.scm (serd): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: wxwidgets: Set rpath in LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20049>.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets): Add a make flag to set rpath to
  $out/lib via LDFLAGS.

gnu: gcc: Add link to upstream bug report.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Add link to bug report in comment.

gnu: gcc: Add $libdir to the RUNPATH of libvtv.so.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): Inherit from GCC-4.8.
  [source]: Add 'gcc-libvtv-runpath.patch'.
  (gcc-5.1): Inherit from GCC-4.9.
  [source]: Use patches from GCC-4.9.
* gnu/packages/patches/gcc-libvtv-runpath.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: libva: Patch a dlopen call, set drivers path.

* gnu/packages/video.scm (libva): Patch the reference to libva-x11.so (passed
  to dlopen()) to use an absolute path.  Add --with-drivers-path= to
  #:configure-flags with a value pointing to mesa's $prefix/lib/dri.

install: Make /var/lock.

Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/build/install.scm (directives): Add /var/lock.

gnu: jack2: Add $libdir to the RUNPATH of all the binaries.

* gnu/packages/audio.scm (jack2)[arguments]: Add #:phases.

gnu: Remove gstreamer-0.10 and gst-plugins-base-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10, gst-plugins-base-0.10):
  Remove variables.
* gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-bison3.patch,
  gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-silly-test.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add xmp.

* gnu/packages/audio.scm (xmp): New variable.

gnu: Add libxmp.

* gnu/packages/audio.scm (libxmp): New variable.

gnu: Add libmodplug.

* gnu/packages/audio.scm (libmodplug): New variable.

gnu: Add python-tornado.

* gnu/packages/python.scm (python-tornado, python2-tornado): New variables.

gnu: Add python2-backport-ssl-match-hostname.

* gnu/packages/python.scm (python2-backport-ssl-match-hostname): New variable.

gnu: Add icedtea7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): New variable.

gnu: cmake: Disable parallel tests.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[arguments]: Add #:parallel-tests?.
  Set 'CTEST_OUTPUT_ON_FAILURE' to 'TRUE' in 'set-paths phase.

gnu: cmake: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Update to 3.2.2.
* gnu/packages/patches/cmake-fix-tests.patch: Skip test for BundleUtilities.

gnu: Add ixion.

* gnu/packages/libreoffice.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: Add extremetuxracer.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): New variable.

gnu: imlib2: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.4.7.

gnu: icedtea6: Split test fixing phases.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6)[arguments]: Split phase 'fix-tests into
  three phases 'fix-test-framework, 'fix-hotspot-tests, and 'fix-jdk-tests.

gnu: flexbar: Enable tests.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flexbar): Enable tests.

gnu: tbb: Set rpath in LDFLAGS.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[arguments]: Set rpath to "/lib" output directory
  in LDFLAGS.

gnu: Add sfml.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): New variable.

gnu: mpv: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.9.0.

gnu: ffmpeg: Don't use patchelf.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Remove patchelf.
  [arguments]: Remove #:modules, #:imported-modules and 'add-lib-to-runpath
  phase.  Pass '--extra-ldflags=-Wl,-rpath=$libdir' to `configure'.

gnu: ffmpeg: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.6.2.

gnu: Add guile-minikanren.

* gnu/packages/guile.scm (guile-minikanren): New variable.

Merge branch 'master' into core-updates.

gnu: evas-generic-loaders: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evas-generic-loaders): Update to 1.13.2.
  Use https for the URL to avoid a redirection.

gnu: gpgme: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.5.4.

Merge branch 'wip-glib' into master.

Conflicts:
gnu/packages/package-management.scm

gnu: Add calf plugins.

* gnu/packages/audio.scm (calf): New variable.

gnu: Add fluidsynth.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): New variable.

gnu: Add mdds.

* gnu/packages/boost.scm (mdds): New variable.

gnu: Add gitolite.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite): New variable.
* gnu/packages/patches/gitolite-openssh-6.8-compat.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: nginx: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.8.0.

gnu: wpa-supplicant: Add fix for CVE-2015-1863.

* gnu/packages/patches/wpa-supplicant-CVE-2015-1863.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): Add patch.

build-system/{cmake,glib-or-gtk}: Add #:validate-runpath? parameter.

* guix/build-system/cmake.scm (cmake-build): Add #:validate-runpath?
  parameter and pass it to BUILDER.
* guix/build-system/glib-or-gtk.scm (glib-or-gtk-build): Likewise.

build-system/gnu: #:validate-runpath? now defaults to #t.

* guix/build/gnu-build-system.scm (validate-runpath): Change default
  value of VALIDATE-RUNPATH? to #t.

build-system/gnu: Gracefully handle dangling symlinks.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20081>.
Reported by Tomáš Čech <tcech@suse.cz>.

* guix/build/gnu-build-system.scm (patch-source-shebangs): Remove files
  that don't pass 'file-exists?'.
  (patch-generated-file-shebangs): Likewise.

gremlin: Add support for the expansion of $ORIGIN in RUNPATH.

* guix/build/gremlin.scm (expand-variable, expand-origin): New
  procedures.
  (validate-needed-in-runpath): Map 'expand-origin' to the RUNPATH field
  of DYNINFO.
* tests/gremlin.scm ("expand-origin"): New test.

gnu: r: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.0.

gnu: r: Set library rpath.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Add the rpath for lib directory
  of output to LDFLAGS.

gnu: postgresql: Update to 9.3.6.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.3.6.  Use .bz2 tarball.

gnu: notmuch: Update to 0.19; add man pages and bash completion.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch)[source]: Update to 0.19.
  [arguments]: In 'configure' phase, set CC environment variable.  Arrange to
  use rst2man.py instead of rst2man.
  [native-inputs]: Add python-2, python2-docutils, and bash-completion.

gnu: Add gcc-5.1.0 and gcc-toolchain-5.1.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5.1): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-5.1): New variable.

gnu: Add missing (gnu packages gettext) module import.

This is a followup to 6162b95d21a7b75fe3753c22c7755c5d12a8302f.

* gnu/packages/base.scm: Import (gnu packages gettext).

gnu: xfce4-settings: Add more inputs.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-settings)[inputs]: Add libxklavier,
  upower and xf86-input-libinput.

gnu: libinput: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 0.14.1.

gnu: Add xf86-input-libinput.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): New variable.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to fc34dee.

gnu: gcc: Do not always disable RUNPATH validation.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Remove explicit
  #:validate-runpath? #f.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0)[arguments]: Remove case for
  #:validate-runpath?.
  (gcc-final)[arguments]: Add literal #:validate-runpath? #f.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Remove case for
  #:validate-runpath?.

gnu: gcc: Add a RUNPATH to libstdc++.so so that it finds libgcc_s.so.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20358>.
Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Add 'substitute*' form for
  "libstdc++-v3/src/Makefile.in".

gnu: commencement: Remove unneeded configure flag for bootstrap gettext.

* gnu/packages/commencement.scm (gettext-boot0): Remove unneeded
  --disable-threads.