Update NEWS.

doc: Update "Limitations".

* doc/guix.texi (Limitations): Update package count.

gnu: quilt: Use shorter file names for patches.

We were reaching the 99-character limit of POSIX tar.

* gnu/packages/patches/quilt-compat-getopt-fix-option-with-nondigit-param.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/quilt-getopt-nondigit-param.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/quilt-compat-getopt-fix-second-separator.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/quilt-getopt-second-separator.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/patchutils.scm (quilt)[source](patches): Likewise.

tests: Increase root partitions size to 1.2G.

The system closure has grown slightly above 1GiB so adjust accordingly.

* gnu/tests/install.scm (%simple-installation-script): Increase vdb2 size of
1.2G,
(%extlinux-gpt-installation-script); ditto
(%simple-installation-script-for-/dev/vda): ditto,
(%separate-store-installation-script): ditto for vdb3,
(%encrypted-root-installation-script): ditto.

doc: Update substitute server.

Fixes an accidental revert in commit
0a5fa004f7f21dc3e01747b8e94fbb21e056e4ca.

* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): Really change to ci.guix.info.

gnu: emacs-irony-mode: Fetch source using git.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-irony-mode)[source]: Rewrite in terms of GIT-FETCH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: enlightenment: Use absolute path to 'edje_cc'.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[arguments]: In
'set-system-actions', set absolute file name to 'edje_cc'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: fenics: Skip extra demo in 'check' phase.

* gnu/packages/simulation.scm (fenics)[arguments]: Add 'curl-curl'
demo to list of demos that require meshes supplied by git-lfs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: petsc-openmpi: Configure with support for HYPRE preconditioner.

* gnu/packages/maths.scm (petsc-openmpi)[inputs]: Add hypre-openmpi.
[arguments]: Add 'with-hypre=1' flag.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

grafts: Mark as non substitutable.

* guix/grafts.scm (graft-derivation/shallow): Pass #:substitutable? to
'build-expression->derivation'.

refresh: '--list-dependents' ignores deprecated packages.

* guix/scripts/refresh.scm (all-packages): Filter out deprecated packages.

build: Default to https://ci.guix.info for substitutes.

* config-daemon.ac (guix_substitute_urls): Always default to
"https://ci.guix.info".
* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): Switch to ci.guix.info.
* guix/scripts/build.scm (%default-log-urls): Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm (%default-substitute-urls): Likewise.
* guix/store.scm (%default-substitute-urls): Likewise.

Remove most references to hydra.gnu.org.

* Makefile.am (assert-binaries-available): Don't mention hydra.gnu.org
in comment.
* build-aux/check-available-binaries.scm: Likewise.
* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm: Likewise.
* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): New variable.
Use it throughout instead of "mirror.hydra.gnu.org".
* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Likewise.
* gnu/services/base.scm (hydra-key-authorization)
(guix-activation): Remove mentions of "hydra.gnu.org" in comments and
messages.
* gnu/system/install.scm (%installation-services): Likewise.
* guix/scripts/size.scm (guix-size): Likewise.

etc: Add "ci.guix.info.pub" public key file.

* etc/substitutes/ci.guix.info.pub: New file.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Add it.
* guix/self.scm (miscellaneous-files): Add
"share/guix/ci.guix.info.pub".

gnu: dolphin-emu: Update to commit 2c57e70.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit 2c57e70.

services: ddclient: Fix unrecognized keywords.

This patch fixes warnings about unrecognized keywords in logs.

* gnu/services/dns.scm (serialize-field): Skip some field names.

gnu: Beets: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.7.

gnu: python-unidecode: Update to 1.0.23.

* gnu/packages/python.scm (python-unidecode, python2-unidecode): Update to
1.0.23.

gnu: Beets: Fix compatibility with Python 3.7.

* gnu/packages/patches/beets-python-3.7-fix.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
*  gnu/packages/music.scm (beets)[source]: Use it.

gnu: Add hnsd.

Thank you, Handshake!

* gnu/packages/dns.scm (hnsd): New variable.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: python-cryptography: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.4.2.

gnu: python-statsmodels: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/statistics.scm (python-statsmodels): Update to 0.9.0.
[arguments]: Remove obsolete workaround.

gnu: python-scikit-learn: Update source hash.

The upstream git tag moved from 6ccb5e44b188059e9b7459ac02ec97e32a9ab7ba to
55bf5d93e5674f13a1134d93a11fd0cd11aabcd1 two days later...

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn)[source](sha256):
Update for upstream tag change.

gnu: python-scikit-image: Propagate six and numpy.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-image)[native-inputs]: Move
PYTHON-NUMPY and PYTHON-SIX ...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: python-scikit-image: Update to 0.14.1.

Also add explicit Python2 variants for its dependency closure.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-image): Update to 0.14.1.
[source](uri): Use PYPI-URI.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-CLOUDPICKLE, PYTHON-DASK, PYTHON-MATPLOTLIB
and PYTHON-PYWAVELETS.
(python2-toolz, python2-cloudpickle, python2-locket, python2-blosc,
python2-partd, python2-dask): New public variables.

gnu: python-dask: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-dask): Update to 1.0.0.
[arguments]: Disable one test for Python2, and override 'check' phase.

gnu: python-cloudpickle: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/python.scm (python-cloudpickle): Update to 0.6.1.

gnu: Add python-pywavelets.

* gnu/packages/python.scm (python-pywavelets, python2-pywavelets): New public
variables.

gnu: kicad: Fix build with Boost >= 1.68.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[arguments]: Add phase 'adjust-boost-include'.

gnu: python-greenlet: Update to 0.4.15.

* gnu/packages/python.scm (python-greenlet): Update to 0.4.15.

gnu: python-geventhttpclient: Fix test failure.

* gnu/packages/python-web.scm (python-geventhttpclient)[arguments]: Add
"--import-mode=append" to pytest invokation.

doc: Remove footnotes about guile-json requirements.

Follow-up to 6efccabe4e2e3ea1bd14cd0e81bdb83d5f6baaea.

* doc/guix.texi (Invoking guix import)[pypi, gem, cpan, json]: Remove
footnotes mentioning requirement for Guile-JSON.

doc: Fix "desktop" OS config example.

* gnu/system/examples/desktop.tmpl (file-systems): Add
'file-system-label' call in 'device' field.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

hg-fetch: Remove .hg directories of sub-repositories.

* guix/build/hg.scm (hg-fetch): Remove all .hg directories recursively.

gnu: emacs-helm-company: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-company): Update to 0.2.3.

Merge branch 'core-updates'

repl: Load user's initialization file.

* guix/scripts/repl.scm (guix-repl): Load user's initialization file.

guile-json: Download source from savannah.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json)[source]: Download tarball from
savannah.  Remove 'file-name' field.
[native-inputs]: Remove autoconf and automake; tarball is bootstrapped.

Make Guile-JSON a required dependency.

* README (Requirements): Remove "optional" verbiage.
* doc/guix.texi (Requirements): Move Guile-JSON from optional to required.
* configure.ac (HAVE_GUILE_JSON): Remove Automake conditional.
(have_guile_json): Error if not "yes".
* Makefile.am (MODULE, SCM_TESTS)[HAVE_GUILE_JSON]: Add modules and tests
unconditionally.
* gnu/packages/package-mangement.scm (guix-minimal)[propagated-inputs]: Leave
guile-json input.

gnu: emacs-js2-mode: Update to 20180301.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-js2-mode): Update to 20180301.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-google-translate: Update to 0.11.16.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-google-translate): Update to 0.11.16.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add git-imerge.

* gnu/packages/version-control.scm (git-imerge): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Typos in guix.texi manual.

* doc/guix.texi (USB Stick and DVD Installation): use @var{system}
consistently.
(Proceeding with the Installation): use @email markup instead of @file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

nls: Update 'de' translation of the manual.

self: Provide UTF-8 locales when building the manual.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33580>.
Reported by <znavko@tutanota.com>.

* guix/self.scm (info-manual)[glibc-utf8-locales]: New variable.
[build]: Add call to 'setenv' for "GUIX_LOCPATH".

gnu: emacs-mu4e-conversation: Update to 20181126.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-conversation): Update to 20181126.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: rust: Remove flaky test.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.22)[arguments]<#:phases>[remove-flaky-test]:
New phase.

gnu: Add sbcl-next.

* gnu/packages/web-browsers.scm (sbcl-next): New variable.

gnu: Add next-gtk-webkit.

* gnu/packages/web-browsers.scm (next-gtk-webkit): New variable.

gnu: ocaml@4.01: Enable building on aarch64-linux.

This reverts 454e7132d6fffb5c9a5ce086ffd1b687416feb83.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml@4.01)[supported-systems]: Remove field.
[arguments]: When building on aarch64-linux, replace the custom
'configure script.

gnu: ansible: Update to 2.7.4.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.7.4.

doc: Even more spacing typos.

* doc/guix.texi (Binary Installation):
(Invoking guix pack):
(Build Systems):
(Invoking guix graph):
(Invoking guix environment):
(Networking Services):
(Mail Services):
(Web Services):
(Invoking guix system): Prevent Texinfo from ending a sentence too early.

doc: Fix more spacing typos.

* doc/guix.texi (Channels):
(Additional Build Options):
(Invoking guix lint):
(Base Services):
(Networking Services):
(Mail Services):
(Messaging Services):
(Web Services):
(Certificate Services):
(Version Control Services):
(Python Modules): Prevent Texinfo from ending a sentence too early.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Prevent spurious space after "e.g.".

gnu: python-pip: Update to 18.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pip): Update to 18.1.

gnu: linux-libre: Update to 4.19.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.19.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.85.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.85.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.142.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.142.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.166.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.166.

gnu: emacs-calfw: Update to 1.6.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-calfw): Update to 1.6.

gnu: emacs-howm: Add make-autoloads phase after install phase.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-howm)[arguments]: Add make-autoloads phase
after install phase, not after the non-existent rename-lispdir phase.

gnu: python-duniterpy: Update to 0.50.0.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy): Update to 0.50.0.
[arguments]: Drop tests, which are failing.
[propagated-inputs]: Add python-attr.

gnu: Add python-attr.

* gnu/packages/python.scm (python-attr): New variable.

gnu: python-aiohttp: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp): Update to 3.4.4.
[native-inputs] Remove test-related inputs since tests are not run.

gnu: python-async-timeout: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/python.scm (python-async-timeout): Update to 3.0.1.

gnu: silkaj: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): Update to 0.6.0.
[arguments]: Remove #:phases since upstream improved install process.

gnu: openfoam: Adjust for glibc 2.28.

* gnu/packages/simulation.scm (openfoam)[source](modules, snippet): New
fields.

gnu: Add rclone (take 2)

* gnu/packages/sync.scm (rclone): New variable.

gnu: maven-resolver: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/maven.scm (maven-resolver-api): Update to 1.3.1.
(maven-resolver-impl)[arguments]: Fix sisu file.
(maven-connector-basic, maven-transport-wagon)[inputs]: Add java-slf4j-api.

gnu: maven: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/maven.scm (maven-artifact): Update to 3.6.0.
(maven-model-builder)[native-inputs]: Add java-xmlunit-matchers, remove
java-xmlunit-legacy.

gnu: Add java-xmlunit-matchers.

* gnu/packages/java.scm (java-xmlunit-matchers): New variable.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Networking Services): Fix double `the`.

gnu: debootstrap: Update to 1.0.111.

* gnu/packages/debian.scm (debootstrap): Update to 1.0.111.

gnu: debootstrap: Update build.

* gnu/packages/debian.scm (debootstrap)[arguments]: Update the
substitutes during the custom 'patch-source phase. Add custom
'wrap-executable phase.
[inputs]: Remove coreutils, wget. Add tzdata.
[propagated-inputs]: Remove binutils, gnupg. Move perl ...
[native-inputs]: ... to here.
[description]: Add implementation hint.

gnu: ocaml@4.01: Remove aarch64-linux from supported-systems.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml@4.01)[supported-systems]: New field.

tuxpaint: Fix .desktop and icon installation.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint)[arguments]: 'GNOME_PREFIX' ->
'KDE_PREFIX'.  Add 'no-sys-cache phase.

gnu: vim-fugitive: Update to 2.5.

* gnu/packages/vim.scm (vim-fugitive): Update to 2.5.
[arguments]: Also install the autoload and ftdetect folders.

handbrake: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/video.scm (handbrake): Update to 1.1.2.
[source]: Use direct download url.  Remove upstreamed patch.  Patch make
fragments in snippet.
[inputs]: Use latest ffmpeg.  Add jansson and opus.
[arguments]: Remove 'disable-contrib phase, which is now in source snippet.
Move 'fix-x265-linking phase fix to #:configure-flags.
[license]: Use 'gpl2' as clarified in LICENSE.
* gnu/packages/patches/handbrake-pkg-config-path.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: uncrustify: Use git reference instead of GitHub archive.

* gnu/packages/code.scm (uncrustify): Use git reference instead of GitHub archive.

gnu: sbcl-cl-webkit: Update repo owner to jmercouris.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-webkit): Update repo owner to jmercouris.

gnu: Add emacs-irony-eldoc.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-irony-eldoc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-flycheck-irony.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-flycheck-irony): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git: Nicely report '--with-commit' errors.

* guix/git.scm (latest-repository-commit*): Rewrite to catch
'git-error'.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/git.scm.
* tests/guix-build-branch.sh: Test --with-commit errors.

guix build: Add '--with-commit'.

* guix/git.scm (<git-checkout>)[commit]: New field.
(git-checkout-compiler): Honor it.
* guix/scripts/build.scm (evaluate-git-replacement-specs): Add 'proc'
parameter and honor it.
(transform-package-source-branch)[replace]: New procedure.
Adjust 'evaluate-git-replacement-specs' accordingly.
(transform-package-source-commit): New procedure.
(%transformations, %transformation-options)
(show-transformation-options-help): Add 'with-commit'.
* tests/guix-build-branch.sh: Add test.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Document it.

guix build: Add '--with-branch' transformation option.

* guix/scripts/build.scm (evaluate-git-replacement-specs)
(transform-package-source-branch): New procedures.
(%transformations, %transformation-options): Add 'with-branch'.
(show-transformation-options-help): Likewise.
* tests/guix-build-branch.sh: New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Document it.

git: Add <git-checkout> record type.

* guix/git.scm (<git-checkout>): New record type.
(latest-repository-commit*): New procedure.
(git-checkout-compiler): New gexp compiler.

git: 'latest-repository-commit' logs its progress.

* guix/git.scm (latest-repository-commit): Add #:log-port and honor it.

gnu: wine: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 3.0.4.

gnu: blender: Use newer ffmpeg.

* gnu/packages/graphics.scm (blender)[source]: Add patch for newer
ffmpeg compatability.
[inputs]: Replace ffmpeg-2.8 with ffmpeg.
* gnu/packages/patches/blender-newer-ffmpeg.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: Add lynis.

* gnu/packages/admin.scm (lynis): New variable.

hugin: Update to 2018.0.0.

* gnu/packages/photo.scm (hugin): Update 2018.0.0.

radicale: Update to 1.1.6.

* gnu/packages/dav.scm (radicale): Update to 1.1.6.

neovim: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.3.1.
[arguments]: Add #:configure-flags.

terminology: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (terminology): Update to 1.3.0.

patchutils: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/patchutils.scm (patchutils): Update to 0.3.4.
[arguments]: Simplify 'patch-test-scripts' phase.
* gnu/packages/patches/patchutils-xfail-gendiff-tests.patch: Rename to...
* gnu/packages/patches/patchutils-test-perms.patch: ...this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

tuxpaint-config: Update to 0.0.14.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint-config): Update to 0.0.14.

tuxpaint-stamps: Update to 2018.09.01.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint-stamps): Update to 2018.09.01.

tuxpaint: Update to 0.9.23.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint): Update to 0.9.23.