linux-initrd: Delete files from the initrd ramfs when switching roots.

* guix/build/linux-initrd.scm (switch-root): Delete file from the old
  root.  Chdir to / after 'chroot' call.  Re-open file descriptors 0, 1,
  and 2.
  (boot-system): Move 'loading' message after the 'switch-root' call.
* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Add loop that closes
  file descriptor before calling 'execl'.

gnu: pius: Use Python 2.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius): Use Python 2.

gnu: make-bootstrap: Add missing export.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm: Export '%guile-static-stripped'.  The
  problem was hidden because of <http://bugs.gnu.org/17418>.

gnu: e2fsprogs: Install the libext2fs Info manual.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs)[native-inputs]: Add TEXINFO.

gnu: e2fsprogs: Use 'static-package' for the statically-linked variant.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs/static): Remove.
  (e2fsck/static): Use (static-package e2fsprogs) instead.

gnu: gdb: Upgrade to 7.7.1.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Upgrade to 7.7.1.

gnu: gdb: Add dependency on libxml2.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb)[inputs]: Add LIBXML2.

gnu: Add libgsf.

* gnu/packages/gnome.scm (libgsf): New variable.

gnu: Add libcroco.

* gnu/packages/gnome.scm (libcroco): New variable.

gnu: pybugz: Add fixlet patches.

* gnu/packages/python.scm (python2-pybugz)[source]: Add 'patches'
  field.
* gnu/packages/patches/pybugz-encode-error.patch,
  gnu/packages/patches/pybugz-stty.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu-maintenance: Add missing type check.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?): Only call 'mirror-type' when
  URL is a string.

linux-initrd: Improve root file system switching.

* guix/build/linux-initrd.scm (move-essential-file-systems,
  switch-root): New procedures.
  (MS_MOVE): New variable.
  (boot-system): Remove 'mount-essential-file-systems' call for ROOT.
  Use 'switch-root' instead of chdir + chroot.

services: networking: Fix typo in static networking service.

* gnu/services/networking.scm (static-networking-service): Use
  $inetutils/bin/ifconfig, not $inetutils/sbin/ifconfig.

gnu: Add missing import in (gnu packages maths).

* gnu/packages/maths.scm: Use (guix utils), which was needed since
  b9100e2f.

linux-initrd: Check the root and other early file systems.

* gnu/system.scm (operating-system-derivation)[boot-file-systems]: Keep "/".
* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system->spec): Keep the 'check?'
  flag.
  (qemu-initrd)[helper-packages]: New variable.  Pass it as #:to-copy.
  <gexp>: Add 'set-path-environment-variable' call.  Remove #:unionfs
  argument for 'boot-system'.
* gnu/system/vm.scm (%linux-vm-file-systems): Add 'check?' field/
  (virtualized-operating-system): Likewise for the "9p" file system.
* guix/build/linux-initrd.scm (mount-root-file-system): Change #:unionfs
  default.  Call 'check-file-system' before mounting ROOT, when
  VOLATILE-ROOT? is false.
  (check-file-system): New procedure.
  (mount-file-system): Honor 'check?' element in list; add
  'check-file-system' call.
  (boot-system): Remove #:root-fs-type and #:unionfs parameters.
  [root-mount-point?, root-fs-type]: New variables.
  Call 'mount-file-system' on all MOUNTS but "/".

activation: Fix deletion of setuid programs.

* guix/build/activation.scm (activate-setuid-programs): When
  %SETUID-DIRECTORY exists, pass the right file names to 'delete-file'.

gnu: Add statically-linked versions of e2fsprogs and the fsck.* commands.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs/static, e2fsck/static): New
  variables.

vm: Provide a root partition for the freestanding VM image.

Fixes a regression introduced in 83bcd0b.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Override the 'file-systems'
  field of OS.  Add #:file-system-type parameter and honor it.

vm: Make root file system type a parameter, and default to ext4.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add #:file-system-type parameter.
  Pass it to 'initialize-hard-disk'.
* guix/build/linux-initrd.scm (mount-root-file-system): Always honor
  TYPE.
  (boot-system): Change #:root-fs-type to default to "ext4".  Update
  docstring.
* guix/build/vm.scm (initialize-hard-disk): Remove #:mkfs parameter; add
  #:file-system-type.  Adjust 'mkfs' invocation and 'mount' call to
  honor #:file-system-type.

doc: Minor improvements in "G-Expressions".

* doc/guix.texi (G-Expressions): Show coreutils version number in store
  file name.  Add xref to "Derivations", in documentation of
  'gexp->derivation'.  Fix typo.

gnu: Add diffstat.

* gnu/packages/version-control.scm (diffstat): New variable.

ftp-client: Add missing CR in "USER" command.

* guix/ftp-client.scm (%ftp-login): Add #\return before #\newline.
  Fixes access to some FTP servers, such as
  ftp://invisible-island.net ("ProFTPD 1.3.4a Server").

system: Add first-class file system declarations.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[initrd]: Default to
  'qemu-initrd'.
  (<file-system>): New record type.
  (operating-system-root-file-system): New procedure.
  (operating-system-derivation): Take the device name for GRUB from
  'operating-system-root-file-system'.  Pass the
  'operating-system-initrd' procedure the list of boot file systems.
* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system->spec): New procedure.
  (qemu-initrd): Add 'file-systems' parameter, and remove #:mounts
  parameter.
  [file-system-type-predicate]: New procedure.
  [linux-modules]: Use it.
  Adjust #:mounts argument in 'boot-system' call.
  (gnu-system-initrd): Remove.
* gnu/system/vm.scm (%linux-vm-file-systems): New variable.
  (expression->derivation-in-linux-vm): Adjust call to 'qemu-initrd'.
  (virtualized-operating-system): New procedure.
  (system-qemu-image/shared-store-script)[initrd]: Remove.  Use
  'virtualized-operating-system'.  Get the 'initrd' file from OS-DRV.
* guix/build/linux-initrd.scm (mount-qemu-smb-share, mount-qemu-9p):
  Remove.
  (MS_RDONLY, MS_BIND): New global variables.
  (bind-mount): Remove local 'MS_BIND' definition.
  (mount-root-file-system): New procedure, with code formerly in
  'boot-system'.
  (mount-file-system): New procedure.
  (boot-system): Add #:root-fs-type parameter.  Remove 'MS_RDONLY' local
  variable.  Use 'mount-root-file-system' and 'mount-file-system'.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Add 'file-system'
  declaration.

gnu: Add missing copyright line

* gnu/packages/maths.scm: Add copyright line missing from 3de01d3.

gnu: petsc: Add input superlu.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Configure with superlu support.

gnu: Add superlu

* gnu/packages/maths.scm (superlu): New variable

gnu: qemu: Upgrade to 2.0.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu-headless): Upgrade to 2.0.0.

download: Rewrite using gexps.

* guix/download.scm (gnutls-derivation): Remove.
  (gnutls-package): New procedure.
  (url-fetch): Rewrite using 'gexp->derivation'.

monads, gexp: Remove unintended dependency on (gnu packages …).

* guix/gexp.scm (gexp->derivation, gexp->script): Use 'default-guile'
  instead of an explicit reference to 'guile-final'.
  (default-guile): New procedure.
* guix/monads.scm (run-with-store)[default-guile]: New procedure.
  Use it.

gexp: Add support for 'origin?' objects in 'ungexp' forms.

* guix/gexp.scm (lower-inputs, gexp-inputs, gexp->sexp,
  canonicalize-reference): Add 'origin?' case.
* guix/monads.scm (origin->derivation): New procedure.
* tests/gexp.scm ("one input origin"): New test.

system: Add 'sudo' to the setuid programs, and handle /etc/sudoers.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[groups]: Change default to just
  the 'root' group.
  [sudoers]: New field.
  (etc-directory): Add #:sudoers parameter.  Add 'sudoers' to the
  file union.
  (operating-system-etc-directory): Pass #:sudoers to 'etc-directory'.
  (%setuid-programs): Add 'sudo'.
  (%sudoers-specification): New variable.
* gnu/system/linux.scm (base-pam-services): Add 'sudo'.
* build-aux/hydra/demo-os.scm: Add 'groups' field; add 'guest' to the
  'wheel' group.

gnu: Add petsc

* gnu/packages/maths.scm (petsc): New variable.
  (petsc-complex): New variable.
* gnu/packages/patches/petsc-fix-threadcomm.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add abbaye.

* gnu/packages/games.scm (abbaye): New variable.

gnu: Propagate necessary inputs for sdl-image.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-image): Propagate jpeg, png, and tiff
  libraries.

gexp: Add pretty printer.

* guix/gexp.scm (write-gexp): New procedure.
  <top level>: Add call to 'set-record-type-printer!'.

gnu: Add sudo.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): New variable.

system: Add support for setuid binaries.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[pam-services, setuid-programs]:
  New fields.
  (etc-directory)[bashrc]: Prepend /run/setuid-programs to $PATH.
  (operating-system-etc-directory): Honor
  'operating-system-pam-services'.
  (%setuid-programs): New variable.
  (operating-system-boot-script): Add (guix build utils) to the set of
  imported modules.  Call 'activate-setuid-programs' in boot script.
* gnu/system/linux.scm (base-pam-services): New procedure.
* guix/build/activation.scm (%setuid-directory): New variable.
  (activate-setuid-programs): New procedure.
* build-aux/hydra/demo-os.scm: Add 'pam-services' field.

linux-initrd: Allow setuid binaries from the unionfs to run.

* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): Pass the 'suid' option to
  UNIONFS.

system: Add (guix build activation).

* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file): Remove 'etc'
  parameter.  Move /etc activation code to...
* guix/build/activation.scm: ... here; new file.
* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Augment script: add
  (guix build activation) to the load path; call 'activate-etc'.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/build/activation.scm.

gnu: calcurse: Fix module definition.

* gnu/packages/calcurse.scm: Define calcurse module correctly.

gnu: gmsh: Fix typos

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Fix typo and space aftern
  end-of-sentence.

gnu: Add gmsh

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): New variable

derivations: Micro-optimize 'derivation'.

* guix/derivations.scm (derivation->string): New procedure.
  (derivation-hash, derivation): Use it.
  Memoization here yields a 5% improvement on "guix build -e '(@ (gnu
  packages emacs) emacs)' -n --no-substitutes".

gnu: guile-ncurses: Build with Unicode support.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses)[arguments]: Pass
  "--with-ncursesw".

gnu-maintenance: Avoid network access in 'gnu-package?'.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?): Add 'mirror-type' procedure.
  Resort to 'official-gnu-packages' only when 'mirror-type' returns #f.

Update 'TODO'.

gexp: Remove leftover parameter.

* guix/gexp.scm (gexp->sexp): Remove #:outputs parameter.  Adjust
  callers accordingly.

gnu: screen: Upgrade to 4.2.1.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Upgrade to 4.2.1.

gnu: mcron: Upgrade to 1.0.7.

* gnu/packages/guile.scm (mcron): Upgrade to 1.0.7.
  Use GUILE-2.0 instead of GUILE-1.8; add 'native-inputs' field.

monads: Hide 'derivation-expression' and 'lower-inputs'.

* guix/monads.scm: Unexport 'lower-inputs' and 'derivation-expression'.
  (text-file*): Add comment about the switch to 'gexp->derivation'.
  (lower-inputs): Add comment about its doom.
  (derivation-expression): Likewise.
* guix/gexp.scm (lower-inputs*): Rename to...
  (lower-inputs): ... this.  Update callers.
* tests/monads.scm (derivation-expression): New procedure.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Use 'gexp->derivation' instead of
  'derivation-expression'.  Remove documentation of
  'derivation-expression'.
* guix/ui.scm (read/eval): Use THE-ROOT-MODULE so that macros are
  properly expanded.
* tests/guix-build.sh: Use 'gexp->derivation' instead of
  'derivation-expression'.monads: Hide 'derivation-expression' and 'lower-inputs'.

linux-initrd: Rewrite using gexps.

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd): Rename 'inputs'
  parameter to 'to-copy'.  Remove 'files-to-copy'.  Rewrite 'builder' as
  a gexp, and use 'gexp->derivation'.
  (qemu-initrd): Adjust accordingly.

system: Rewrite 'union' using gexps.

* gnu/system.scm (union): Rewrite using 'gexp->derivation'.

services: xorg: Rewrite using gexps.

* gnu/services/xorg.scm (xorg-start-command): Rewrite in terms of
  'gexp->script'.
  (xinitrc): Likewise.

system: grub: Rewrite using gexps.

* gnu/system/grub.scm (grub-configuration-file): Rewrite using
  'gexp->derivation'.
* gnu/system.scm (operating-system-derivation): Adjust accordingly.

system: Change 'file-union' to use gexps.

* gnu/system.scm (file-union): Make 'name' the first parameter; remove
  'inputs' parameter.  Rewrite using 'gexp->derivation'.
  (etc-directory): Adjust accordingly.
  (operating-system-derivation): Ditto.

services: Rewrite using gexps.

* gnu/services.scm (<service>)[inputs]: Remove.
* gnu/system.scm (links): Remove.
  (etc-directory): Add PASSWD and SHADOW to #:inputs.
  (operating-system-boot-script): Pass ETC to 'dmd-configuration-file'.
  (operating-system-derivation): Remove EXTRAS from the union.
* gnu/system/linux.scm (pam-service->configuration): Rewrite in terms of
  'gexp->derivation'.  Compute the contents on the build side.  Expect
  'arguments' to contain a list of gexps.
  (pam-services->directory): Rewrite in terms of 'gexp->derivation'.
  (unix-pam-service): Change 'arguments' to a list of one gexp.
* gnu/system/shadow.scm (<user-account>)[inputs]: Remove.
  [shell]: Change default value to a gexp.
  (passwd-file): Rewrite in terms of 'gexp->derivation'.  Compute
  contents on the build side.
* gnu/services/base.scm (host-name-service, mingetty-service,
  nscd-service, syslog-service, guix-service): Change 'start' and 'stop'
  to gexps; remove 'inputs' field.
  (guix-build-accounts): Change 'shell' field to a gexp.
* gnu/services/networking.scm (static-networking-service): Change
  'start' and 'stop' to gexps; remove 'inputs' field.
* gnu/services/xorg.scm (slim-service): Likewise.
* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file): Expect ETC to be a
  derivation.  Change 'config' to a gexp.  Use 'gexp->file' instead of
  'text-file'.
* doc/guix.texi (Defining Services): Update nscd example with gexps, and
  without 'inputs'.  Add xref to "G-Expressions".

vm: Rewrite support procedures to use gexps.

* gnu/system/vm.scm (%imported-modules): Remove.
  (expression->derivation-in-linux-vm): Remove 'inputs' parameter.
  Rename 'imported-modules' to 'modules'.  Rewrite using gexps and
  'gexp->derivation'.
  (qemu-image): Add 'qemu' parameter.  Pass NAME to
  'expression->derivation-in-linux-vm'.  Rewrite using gexps.  Remove
  #:inputs argument to 'expression->derivation-in-linux-vm'.
  (operating-system-default-contents): Rewrite using gexps.
* gnu/system.scm (operating-system-profile-derivation): Rename to...
  (operating-system-profile): ... this.  Adjust callers.
  (operating-system-profile-directory): Remove.

store: (direct-store-path? (%store-prefix)) returns #f.

* guix/store.scm (direct-store-path?): Return #f if PATH
  is (%store-prefix).
* tests/store.scm ("direct-store-path?"): Add test.

gnu: Use gexps in obvious places in (gnu system ...).

* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Use 'gexp->file'
  instead of 'text-file*'.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Likewise.
  (system-qemu-image/shared-store-script)[builder]: Turn into a gexp.
  Use 'gexp->derivation' instead of 'derivation-expression'.

Add (guix gexp).

* guix/gexp.scm: New file.
* tests/gexp.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/gexp.scm.
  (SCM_TESTS): Add tests/gexp.scm.
* doc/guix.texi (Derivations): Add #:inputs in 'derivation' example.
  Mark 'build-expression->derivation' as deprecated, refer to
  "G-Expressions".  Remove paragraph about code strata.
  (G-Expressions): New node.

gnu: soprano: Add input clucene.

* gnu/packages/rdf.scm (soprano): Add input clucene and patch the cmake
    file looking for it.
* gnu/packages/patches/soprano-find-clucene.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register the patch.

gnu: soprano: Upgrade to 2.9.4.

* gnu/packages/rdf.scm (soprano): Upgrade to 2.9.4.

guix: cmake: Add input and package libraries to the rpath, and adapt package
  definitions accordingly.

* guix/build/cmake-build-system.scm (configure): Add flags.
* gnu/packages/maths.scm (lapack): Drop special code.
* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Drop special code.
* gnu/packages/slim.scm (slim): Drop special code and enable shared library.

Co-authored-by: Eric Bavier <bavier@member.fsf.org>

gnu: soprano: Add native input doxygen.

* gnu/packages/rdf.scm (soprano): Add native input doxygen.

gnu: doxygen: Add propagated input graphviz.

* gnu/packages/doxygen.scm (doxygen): Add propagated input graphviz.

gnu: libkate: Add native input doxygen and make input pkg-config native.

* gnu/packages/xiph.scm (libkate): Add native input doxygen.
    Make input pkg-config native.

gnu: libmpdclient: Add native input doxygen.

* gnu/packages/mpd.scm (libmpdclient): Add native input doxygen.

gnu: libdbusmenu-qt: Add native input doxygen for building the documentation,
  and make input qjson native.

* gnu/packages/kde.scm (libdbusmenu-qt): Add native input doxygen for
    building the documentation.
    Make input qjson native, as it is needed only for the tests.

gnu: Add doxygen.

* gnu/packages/doxygen.scm: New file.
* gnu/packages/patches/doxygen-test.patch,
  gnu/packages/patches/doxygen-tmake.patch: New files.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES, dist_patch_DATA): Register the new files.

build: Add missing function checks for optional daemon features.

* config-daemon.ac: Check for lchown, posix_fallocate, vfork,
  sched_setaffinity, statvfs, nanosleep, and strsignal.  As a side
  effect, this enables daemon features depending on the corresponding
  feature test macros.

gnu: gp2c: Upgrade to 0.0.9pl1.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Upgrade to 0.0.9pl1.

vm: Clarify 'system-qemu-image/shared-store-script'.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): Move
  'initrd' definition to the top-level.  Have a single definition of
  'initrd', 'image', and 'os-drv'.

system: Add 'operating-system-boot-script'.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): New procedure.
  (operating-system-derivation): Use it.  Remove DMD-CONF from the
  file union.  Add BOOT-DRV to the inputs.

system: Factorize (gnu system).

* gnu/system.scm (operating-system-accounts,
  operating-system-etc-directory): New procedures.
  (operating-system-derivation): Use them.
* gnu/services/base.scm (%base-services): Add 'host-name-service'
  invocation.

gnu: cyrus-sasl: Add alternate source URL.

* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[source]: Add alternate URL;
  the previous one is currently unreachable.

gnu: mplayer: Add mpg123 as an input.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[inputs]: Add mpg123.

gnu: Add mpg123.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): New variable.

gnu: Add GCC 4.9.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): New variable.
* gnu/packages/base.scm (gcc-toolchain-4.9): New variable.

gnu: openssl: Fixes for CVE-2010-5298 and extension checking.

* gnu/packages/patches/openssl-CVE-2010-5298.patch: New file.
* gnu/packages/patches/openssl-extension-checking-fixes.patch: New file.
* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Add them.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

pk-crypto: Add pretty-printer to 'gcry-error' exceptions.

* guix/pk-crypto.scm (string->canonical-sexp, sign, generate-key): Pass
  the procedure name as the first argument to 'throw'.
  (gcrypt-error-printer): New procedure.
  <top level>: Add call to 'set-exception-printer!'.
* guix/nar.scm (restore-one-item): Add 'proc' parameter to 'catch'
  handler for 'gcry-error.
* guix/scripts/archive.scm (%options, generate-key-pair, authorize-key):
  Likewise.
* guix/scripts/substitute-binary.scm (narinfo-signature->canonical-sexp):
  Likewise.

authenticate: Allow signatures with binary data to be written to stdout.

Fixes <http://bugs.gnu.org/17312>.

* guix/scripts/authenticate.scm (guix-authenticate): Add calls to
  'set-port-encoding!' and 'set-port-conversion-strategy!'.  Wrap body
  in 'with-fluids' form that sets '%default-port-encoding' and
  '%default-port-conversion-strategy'.
* tests/guix-authenticate.sh: Add test.
* tests/pk-crypto.scm ("hash corrupt due to restrictive locale
  encoding"): Add reference to bug.

pk-crypto: Use ISO-8859-1 for strings passed to 'gcry_sexp_new'.

* guix/pk-crypto.scm (string->canonical-sexp): Pass "ISO-8859-1" as the
  2nd argument to 'string->pointer'.
* tests/pk-crypto.scm ("version"): New test.
  ("hash corrupt due to restrictive locale encoding"): New test.

nar: Really really protect the temporary store directory from GC.

This is a follow-up to 6071b55e10b7b6e67d77ae058c8744834889e0b4.
See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2014-04/msg00167.html>
for the original report, and
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2014-04/msg00198.html>
for an alternate solution that has been discussed.

* guix/nar.scm (temporary-store-file): Remove call to
  'add-permanent-root'; don't loop.
  (with-temporary-store-file): Rewrite using 'with-store' and
  'add-temp-root'.

gnu: Add mplayer.

* gnu/packages/video.scm (mplayer): New variable.

gnu: xorg: libxxf86dga: Propagate input xf86dgaproto.

* gnu/packages/xorg.scm (libxxf86dga): Propagate input xf86dgaproto.

gnu: Add vlc.

* gnu/packages/video.scm (vlc): New variable.

gnu: lua: Add older version 5.1.5.

* gnu/packages/lua.scm (lua-5.1): New variable.

gnu: lua: Upgrade to 5.2.3.

* gnu/packages/lua.scm (lua): Upgrade to 5.2.3.

gnu: lua: Compile with -fPIC.

* gnu/packages/lua.scm (lua): Add -fPIC to CFLAGS and LDFLAGS.

download: Improve progress report output.

* guix/build/download.scm (url-fetch): Make current-output-port
  unbuffered.

gnu: Add strigi.

* gnu/packages/kde.scm (strigi): New variable.

gnu: clucene: Add patch to indicate linking with clucene-shared, not only
   clucene-core, to pkgconfig.

* gnu/packages/patches/clucene-pkgconfig.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.
* gnu/packages/rdf.scm (clucene): Use patch.

gnu: Add clucene.

* gnu/packages/rdf.scm (clucene): New variable.

gnu: Add attica.

* gnu/packages/kde.scm (attica): New variable.

gnu: tcpdump: Add dependency on OpenSSL.

* gnu/packages/admin.scm (tcpdump)[inputs]: Add OpenSSL.

gnu: Add Rot[t]log.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog): New variable.

gnu: Add tcpdump.

* gnu/packages/admin.scm (tcpdump): New variable.

gnu: Add lftp.

* gnu/packages/ftp.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: man-db: Add specification for $MANPATH.

* gnu/packages/man.scm (man-db)[native-search-paths]: New field.

gnu: Add libdbusmenu-qt.

*  gnu/packages/kde.scm (libdbusmenu-qt): New variable.