gnu: Add texlive-xcolor.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-xcolor): Bind to deprecated package
pointing...
(texlive-color): ...to this variable; implement in terms of
simple-texlive-package.
[arguments]: Add phase "move-files" to install xcolor.pro to the expected
location.

gnu: texlive-fonts-iwona: Use double spacing in description.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-iwona)[description]: Use double spacing.

gnu: vigra-c: Update to 0.0.0-1.66ff4fa.

* gnu/packages/image.scm (vigra-c): Update to 0.0.0-1.66ff4fa.
[inputs]: Add hdf5.

gnu: libbigwig: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libbigwig): Update to 0.4.4.

gnu: python-pyfaidx: Remove python-setuptools as an input.

As this is provided by the build system, and I'm assuming that it's not
necessary to have it as a propagated input.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pyfaidx)[propagated-inputs]: Remove
python-setuptools.

gnu: umi-tools: Remove python-setuptools as an input.

As this is provided by the build system.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (umi-tools)[inputs,native-inputs]: Remove
python-setuptools.

guix-install.sh: Work around locale issues in 'guix-daemon.service'.

* etc/guix-install.sh (sys_enable_guix_daemon): Modify
'guix-daemon.service' to work around locale issues not fixed in 1.0.1.

download: Pass 'http_proxy' et al. to git, hg, etc.

This allows 'git-fetch' etc. origins to honor the proxy and locale of
the daemon.

* guix/bzr-download.scm (bzr-fetch): Pass #:leaked-env-vars to
'gexp->derivation'.
* guix/cvs-download.scm (cvs-fetch): Likewise.
* guix/git-download.scm (git-fetch): Likewise.
* guix/hg-download.scm (hg-fetch): Likewise.
* guix/svn-download.scm (svn-multi-fetch): Likewise.

gnu: Syncthing: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.2.2.
[inputs]: Remove go-github-com-calmh-du and add go-github-com-shirou-gopsutil.

gnu: Add go-github-com-shirou-gopsutil.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-shirou-gopsutil): New variable.

gnu: go-github-com-urfave-cli: Update to 1.21.0.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-urfave-cli): Update to 1.21.0.

gnu: emacs-org-contrib: Update to 20190904.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-contrib): Update to 20190904.

gnu: emacs-org: Update to 9.2.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.2.6.

gnu: emacs-org-caldav: Update to 0.0.0-1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-caldav): Update to latest commit,
since there is no release yet.
[description]: Remove alpha status, no longer specified in README.

Revert "gnu: next: Compress the executable."

Some essential references (e.g. libfixposix) are lost in the process.

This reverts commit 0e8b91dbc45306984d682307d8b40b0e323bb4be.

gnu: gama: Update to 2.07.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.07.

gnu: bwa-meth: Capture one more reference to "bwa".

Reported by: Alexander.Blume <Alexander.Blume@mdc-berlin.de>

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bwa-meth)[arguments]: Capture invocation of
"bwa index" to retain reference to "bwa" package.

gnu: next: Compress the executable.

* gnu/packages/web-browsers.scm (next)[arguments]: Compressing the executable
  brings it from about 95 MiB to 22 MiB.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 0.0.2.

gnu: Add r-bigmelon.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmelon): New variable.

gnu: Add r-gdsfmt.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gdsfmt): New variable.

gnu: Add r-watermelon.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-watermelon): New variable.

gnu: Add r-illuminahumanmethylation450kanno-ilmn12-hg19.

* gnu/packages/bioconductor.scm
(r-illuminahumanmethylation450kanno-ilmn12-hg19): New variable.

gnu: Add r-roc.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-roc): New variable.

gnu: efl: Update to 1.22.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.22.4.

gnu: sbcl: Use CLISP instead of unboostrappable CCL to build.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl)[arguments]: Build with CLISP.

gnu: sbcl: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 1.5.6.

build-system/asdf: Add option to compress programs.

* guix/build/lisp-utils.scm (build-program): Add `compress?' key argument.
(generate-executable-for-system): Same.
(generate-executable): Same.

gnu: dolphin-emu: Update to commit a974540.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit a974540.
[source]: Delete unneeded MoltenVK map.
[arguments]: Properly hardcode libvulkan path.

gnu: docker: Add support for tini.

* gnu/packages/docker.scm (docker)[inputs]: Add tini.
[phases]{patch-paths}: Patch the path of the default init binary.

gnu: Add tini.

* gnu/packages/docker.scm (tini): New variable.

gnu: nginx: Update to 1.17.3 [security fixes].

This release fixes CVE-2019-9511, CVE-2019-9513, and CVE-2019-9516.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.3.

gnu: miniupnpc: Update to 2.1.20190824.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.1.20190824.

gnu: varnish: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/web.scm (varnish): Update to 6.2.1.

gnu: libnl: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/linux.scm (libnl): Update to 3.5.0.

gnu: samba: Update to 4.10.8 [fixes CVE-2019-10197].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.10.8.

gnu: tevent: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/samba.scm (tevent): Update to 0.10.1.

gnu: talloc: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.3.0.

gnu: tdb: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/databases.scm (tdb): Update to 1.4.2.

gnu: libvisio: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libvisio): Update to 0.1.7.

gnu: libabw: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libabw): Update to 0.1.3.
[arguments]: Remove.

gnu: LibRaw: Update to 1.19.5.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.19.5.

gnu: php: Build against Oniguruma 6.

* gnu/packages/php.scm (php)[inputs]: Change ONIGURUMA-5 to ONIGURUMA.
* gnu/packages/textutils.scm (oniguruma-5): Remove variable.

gnu: oniguruma: Update to 6.9.3 [fixes CVE-2019-13224, CVE-2019-13225].

* gnu/packages/textutils.scm (oniguruma): Update to 6.9.3.

build-system/julia: Avoid module cycles.

* guix/build-system/julia.scm: Remove unused imports.
(lower)[julia]: Default to (DEFAULT-JULIA).

build-system/julia: Fix syntax error.

* guix/build-system/julia.scm: Fix invalid module reference.

gnu: libxfce4util: Build Vala bindings.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util)[native-inputs]: Add vala.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libxfce4util: Add gobject-introspection support.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util): Add gobject-introspection to native-inputs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xfce4-screensaver.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-screensaver): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xfce4-screenshooter.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-screenshooter): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update 'README'.

* README: Update intro a bit.
(Installing Guix as non-root): Remove as it's largely outdated.
(Contact): Update.

services: nginx: Pass run-directory on config test.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36388>.
This fixes error logging errors in the activation script.

* gnu/services/web.scm (nginx-activation): Add "-p" flag.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghostscript: Keep the replacement private.

This avoids having two matches for the "ghostscript" spec.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript/fixed): Keep private.

gnu: ocaml-easy-format: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-easy-format): Update to 1.3.2.

gnu: ocaml-frontc: Update to 3.4.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-frontc): Update to 3.4.2.

gnu: ocaml-ssl: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ssl): Update to 0.5.9.

gnu: opam: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/ocaml.scm (opam): Update to 2.0.5.

gnu: ocaml-stringext: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-stringext): Update to 1.6.0.

gnu: ocaml-markup: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-markup): Update to 0.8.1.
(ocaml-bisect-ppx): Use propagated-inputs instead of inputs.

gnu: ocaml-lwt-log: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-lwt-log): Update to 1.1.1.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-biniou: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-biniou): Update to 1.2.1.

import: opam: Use propagated-inputs instead of inputs.

* guix/import/opam.scm (opam->guix-package): Use propagated-inputs instead of inputs.

import: opam: Remove initial "v" in some version numbers.

* guix/import/opam.scm (opam-fetch): Remove initial "v" in some version numbers.

gnu: julia: Set search path.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[native-search-paths]: Add
specification for JULIA_LOAD_PATH.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

build: Add julia-build-system.

* guix/build/julia-build-system.scm: New file.
* guix/build-system/julia.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add them.
* doc/guix.texi (Build Systems): Document julia-build-system.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

Revert "gnu: texinfo: Fix cross-compilation."

This causes too many rebuilds for the master branch.

This reverts commit 210b6412eeb915bba0848c1a947a24bfc51b9efc.

gnu: librepcb: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/engineering.scm (librepcb): Update to 0.1.2.

gnu: texinfo: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo)[arguments]: Do not reset environment
before running configure with the native compiler, in a cross-compilation
context,
[inputs]: move perl from here ...
[native-inputs]: ... to here. Also add ncurses that is needed in a
cross-compilation context to build texinfo native tools.

gnu: make-linux-libre: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[arguments]: Unset CROSS_CPATH to
make sure that cross-libc is not found. Otherwise, some of its header would
conflict with the one from linux (stdint.h and linux/types.h).

gnu: linux-libre: Enable built-in ext4 support.

When running qemu-img from (gnu system vm) with an aarch64 kernel, mounting
ext4 partitions fails because no modprobe of ext4 module is made. Like for
other kernel configs, provide built-in support for ext4 partitions.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm64.conf: Enable built-in ext4,
like in intel and armhf configs.

gnu: grub: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[arguments]: Search for unifont in both
native-inputs and inputs.

gnu: glibc-utf8-locales: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/base.scm (glibc-utf8-locales)[inputs]: Move to ...
[native-inputs]: ... here, in order to fix cross-compilation.
* gnu/packages/commencement.scm (glibc-utf8-locales-final)[inputs]: Move to ...
[native-inputs]: ... here, in order to fix cross-compilation.

gnu: guile-wm: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/guile-wm.scm (guile-wm): Add guile and guile-xcb to native-inputs.

linux-initrd: Use native gzip.

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd): Pass native gzip to
build-initrd procedure.

gnu: ungoogled-chromium: Allow microphone access.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36961>.

* gnu/packages/aux-files/chromium/master-preferences.json: Remove
"audio_capture_enabled" flag.

gnu: hdf4: Update to 4.2.14.

* gnu/packages/maths.scm (hdf4): Update to 4.2.14.

gnu: kitty: Update to 0.14.4.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.14.4.

gnu: twinkle: update to 1.10.2.

* gnu/packages/telephony.scm (twinkle): update to 1.10.2
* gnu/packages/patches/twinkle-include-qregexpvalidator.patch: Delete
it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: crate: Correct interpretation of dual-licensing strings.

* guix/import/crate.scm (%dual-license-rx): New variable.
(crate->guix-package)[string->license]: Rewrite to match it.
* tests/crate.scm (test-crate): Adjust "license" field to current
practice.

import: crate: Separate crates.io API from actual conversion.

This provides a clean separation between bindings to the
https://crates.io/api/v1 API and actual conversion to Guix package
sexps.

As a side-effect, it fixes things like "guix import blake2-rfc", "guix
refresh -t crates", etc.

* guix/import/crate.scm (<crate>, <crate-version>, <crate-dependency>):
New record types.
(lookup-crate, crate-version-dependencies): New procedures.
(crate-fetch): Remove.
(crate->guix-package): Rewrite to use the new API.
(latest-release): Likewise.
* guix/build-system/cargo.scm (%crate-base-url): New variable.
* tests/crate.scm (test-crate): Update accordingly.

fixlet

ci: Use (guix json) and adjust for Guile-JSON 3.x.

This is in part a followup to 81c3dc32244a17241d74eea9fa265edfcb326f6d.

* guix/ci.scm (<build>, <checkout>, <evaluation>): Define using
'define-json-mapping'.
(json->build, json->checkout, json->evaluation): Remove.
(queued-builds, latest-builds, latest-evaluations): Pass JSON arrays
through 'vector->list' to adjust for Guile-JSON 3.x.
(evaluations-for-commit): Fix typo to really export.

Add (guix json).

* guix/swh.scm (define-json-reader, define-json-mapping): Move to...
* guix/json.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

deploy: Add missing store options.

* guix/scripts/deploy.scm (%default-options): Add missing options such
as 'print-build-trace?', etc.

tests: Adjust '--with-commit' test.

This is a followup to 4d04bc50d2df32be326e0f48f378dc581f873989.

* tests/guix-build-branch.sh: Expect "v0.1.0" to lead to
"guile-gcrypt-0.1.0".

gnu: ocaml-fileutils: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-fileutils): Update to 0.6.0.

gnu: ocaml-utop: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-utop): Update to 2.4.1.
(ocaml-lamdba-term): Update to 2.0.2.
(ocaml-zed): Update to 2.0.3.

gnu: Add ocaml-stdlib-shims.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-stdlib-shims): New variable.

gnu: Add ocaml-charinfo-width.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-charinfo-width): New variable.

gnu: ocaml-camomile: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-camomile): Update to 1.0.2.
[arguments]: Fix profile and disable failing tests.

gnu: ocaml-zarith: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zarith): Update to 1.9.1.

gnu: ocaml-result: Update to 1.4.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-result): Update to 1.4.

gnu: ocaml-odoc: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-odoc): Update to 1.4.1.

gnu: dune: Update to 1.11.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (dune): Update to 1.11.3.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-qcheck: Update to 0.10.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-qcheck): Update to 0.10.

gnu: ocaml-migrate-parsetree: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-migrate-parsetree): Update to 1.4.0.
(ocaml-ppx-tools-versioned): Update to 5.2.3.
[source]: Use git-fetch.
(ocaml-bisect-ppx): Fix compilation error.

gnu: ocaml-cppo: Update to 1.6.6.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cppo): Update to 1.6.6.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-batteries: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-batteries): Update to 2.10.0.

gnu: Add emacs-pubmed.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pubmed): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-unidecode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-unidecode): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-org-tanglesync.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-tanglesync): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>