gnu: linux-libre: Restrict ‘dmesg’ to privileged users.

* gnu/packages/linux.scm (%default-extra-linux-options):
Set CONFIG_SECURITY_DMESG_RESTRICT.

gnu: hpcguix-web: Update to f39c90b.

* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web): Update to f39c90b.
[propagated-inputs]: Use GUILE-JSON-3 instead of GUILE-JSON-1.

gnu: Add emacs-mastodon.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mastodon): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-wc-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wc-mode): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ox-pandoc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-pandoc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ox-epub.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-epub): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Add emacs-gnus-alias.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gnus-alias): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-bug-hunter.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-bug-hunter): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: 'program-file' honors the current system and cross-compilation target.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36813>.
Reported by Jakob L. Kreuze <zerodaysfordays.sdf.org@sdf.org>.

* guix/gexp.scm (program-file-compiler): Pass #:system and #:target to
'gexp->script'.
(load-path-expression): Add #:system and #:target and honor them.
(gexp->script): Likewise.
* tests/gexp.scm ("program-file #:system"): New test.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Adjust accordingly.

gexp: 'compiled-modules' can cross-compile.

* guix/gexp.scm (compiled-modules): Add #:target and honor it.

discovery: 'scheme-files' ignores hidden files.

* guix/discovery.scm (scheme-files)[dot-prefixed?]: New procedure.
Use it to exclude any file starting with ".".

tests: Add reconfigure system test.

[[PGP Signed Part:No public key for F506FD169D8FD95A created at 2019-07-24T18:35:10+0200 using RSA]]
* gnu/tests/reconfigure.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: Reimplement 'reconfigure'.

* guix/scripts/system.scm (switch-to-system)
(upgrade-shepherd-services, install-bootloader): Delete variable.
(local-eval): New variable.
(install): Remove 'bootloader-installer' and 'bootcfg-file' parameters.
(install): Add 'bootloader' parameter.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: Add 'reconfigure' module.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/scripts/system.scm (bootloader-installer-script): Export variable.
* gnu/machine/ssh.scm (switch-to-system, upgrade-shepherd-services)
(install-bootloader): Delete variable.
* gnu/machine/ssh.scm (deploy-managed-host): Rewrite procedure.
* gnu/services/herd.scm (live-service): Export variable.
* gnu/services/herd.scm (live-service-canonical-name): New variable.
* tests/services.scm (live-service): Delete variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdl2: Update to 2.0.10.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2): Update to 2.0.10.

guix build: '--with-commit' recognizes "v[0-9]" tags.

* guix/scripts/build.scm (transform-package-source-commit)[replace]:
Special case COMMIT that starts with "v[0-9]".

git: 'switch-to-ref' resolves tag targets.

* guix/git.scm (switch-to-ref): In the 'tag' case, resolve the target of
the tag.
* tests/guix-build-branch.sh: Adjust test accordingly.

git: <git-checkout> allows tags in its 'commit' field.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36371>.
Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* guix/git.scm (git-checkout-compiler): Pass 'tag-or-commit' to
'latest-repository-commit*'.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Update '--with-commit'
documentation accordingly.
* tests/guix-build-branch.sh: Add test.

git: 'update-cached-checkout' supports a 'tag-or-commit' type of ref.

* guix/git.scm (switch-to-ref)[obj]: Wrap in 'resolve' lambda.  Add
'tag-or-commit' case.
(update-cached-checkout): Document it.

gnu: jami-client-gnome: Rename to 'jami'.

* gnu/packages/telephony.scm (jami-client-gnome): Rename to...
(jami): ... this.  Update 'name' field accordingly.
(jami-client-gnome): New variable.

gnu: vlc: Update to 3.0.7.1.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.7.1.

gnu: clusterssh: Run.

* gnu/packages/admin.scm (clusterssh)[arguments]:
Add ’augment-library-path’ phase so libraries are found.
[propagated-inputs]: Make all of these…
[inputs]: …regular.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.07.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.07.16.

gnu: dkimproxy: Fix dkim_responder.pl.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy)[arguments]: Wrap dkim_responder.pl.
[inputs]: Add perl-mime-tools and perl-timedate.

gnu: dkimproxy: Factorise wrapping.

This is a follow-up to 66e39000c612a9e16e6db709954582c6c0db8499, in a
way, since it adds the forgotten *6 inputs.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy)[arguments]: Refactor ’make-wrapper’ phase.
Add perl-io-socket-inet6 and perl-socket6 to the list.

gnu: dkimproxy: Keyword-stuff descriptions.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy)[synopsis]: Do so.
[description]: Also.

gnu: perl-net-dns-resolver-mock: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns-resolver-mock)[synopsis]:
Remove unfortunate ‘a’.
[description]: Fix typo.  Edit for clarity.

gnu: perl-net-dns-resolver-mock: Unpropagate perl-net-dns.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns-resolver-mock)[inputs]:
Move perl-net-dns to here…
[propagated-inputs]: …from here.

gnu: dkimproxy: Correct licence.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy)[license]: Change to gpl2+.

gnu: dkimproxy: Add IPv6 support.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/dkimproxy-add-ipv6-support.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: libvirt: Don't use bogus cgroup.

Should fix <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=36634>.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/libvirt-remove-ATTRIBUTE_UNUSED.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: clusterssh: Don't propagate xterm.

* gnu/packages/admin.scm (clusterssh)[arguments]: Add ‘refer-to-inputs’ and ‘delete-failing-tests’ phases.
[inputs]: Move xterm to here…
[propagated-inputs]: …from here.

gnu: clustershh: Add missing perl-sort-naturally input.

* gnu/packages/admin.scm (clusterssh)[propagated-inputs]:
Add perl-sort-naturally.

gnu: Add dkimproxy.

* gnu/packages/mail.scm (dkimproxy): New variable.

gnu: Add perl-mail-dkim.

* gnu/packages/mail.scm (perl-mail-dkim): New variable.

gnu: Add perl-net-dns-resolver-mock.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns-resolver-mock): New
variable.

gnu: Add perl-mail-authenticationresults.

* gnu/packages/mail.scm (perl-mail-authenticationresults): New variable.

gnu: Go 1.12: Update to 1.12.7.

*  gnu/packages/golang.scm (go-1.12): Update to 1.12.7.

gnu: Go 1.11: Update to 1.11.12.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.11): Update to 1.11.12.

gnu: exim: Update to 4.92.1 [fixes CVE-2019-13917].

* gnu/packages/mail.scm (exim): Update to 4.92.1.

gnu: xpra: Update to 2.5.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.5.3.

gnu: Add xchm.

* gnu/packages/ebook.scm (xchm): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: starfighter: Update to 2.0.0.3.

* gnu/packages/games.scm (starfighter): Update to 2.0.0.3.
[source]: Use url-fetch and remove 'file-name' field.
[native-inputs]: Remove autoconf and automake.

gnu: Explicitly refer to 'guile-json-1' when needed.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web)[inputs]: Change
'guile-json' to 'guile-json-1'.
* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/guile-xyz.scm (artanis)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/guile-xyz.scm (jupyter-guile-kernel)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-mastodon)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/mail.scm (mumi)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web)[inputs]: Likewise.

gnu: guile-json: Define 'guile-json-1'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json-1): New variable.

maint: Switch to Guile-JSON 3.x.

Guile-JSON 3.x is incompatible with Guile-JSON 1.x, which we relied on
until now: it maps JSON dictionaries to alists (instead of hash tables),
and JSON arrays to vectors (instead of lists).  This commit is about
adjusting all the existing code to this new mapping.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_JSON): New macro.
* configure.ac: Use it.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention the Guile-JSON version.
* guix/git-download.scm (git-fetch)[guile-json]: Use GUILE-JSON-3.
* guix/import/cpan.scm (string->license): Expect vectors instead of
lists.
(module->dist-name): Use 'json-fetch' instead of 'json-fetch-alist'.
(cpan-fetch): Likewise.
* guix/import/crate.scm (crate-fetch): Likewise, and call 'vector->list'
for DEPS.
* guix/import/gem.scm (rubygems-fetch): Likewise.
* guix/import/json.scm (json-fetch-alist): Remove.
* guix/import/pypi.scm (pypi-fetch): Use 'json-fetch' instead of
'json-fetch-alist'.
(latest-source-release, latest-wheel-release): Call 'vector->list' on
RELEASES.
* guix/import/stackage.scm (stackage-lts-info-fetch): Use 'json-fetch'
instead of 'json-fetch-alist'.
(lts-package-version): Use 'vector->list'.
* guix/import/utils.scm (hash-table->alist): Remove.
(alist->package): Pass 'vector->list' on the inputs fields, and default
to the empty vector.
* guix/scripts/import/json.scm (guix-import-json): Remove call to
'hash-table->alist'.
* guix/swh.scm (define-json-reader): Expect pair? or null? instead of
hash-table?.
[extract-field]: Use 'assoc-ref' instead of 'hash-ref'.
(json->branches): Use 'map' instead of 'hash-map->list'.
(json->checksums): Likewise.
(json->directory-entries, origin-visits): Call 'vector->list' on the
result of 'json->scm'.
* tests/import-utils.scm ("alist->package with dependencies"): New test.
* gnu/installer.scm (build-compiled-file)[builder]: Use GUILE-JSON-3.
* gnu/installer.scm (installer-program)[installer-builder]: Likewise.
* gnu/installer/locale.scm (iso639->iso639-languages): Use 'assoc-ref'
instead of 'hash-ref', and pass vectors through 'vector->list'.
(iso3166->iso3166-territories): Likewise.
* gnu/system/vm.scm (system-docker-image)[build]: Use GUILE-JSON-3.
* guix/docker.scm (manifest, config): Adjust for Guile-JSON 3.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Use GUILE-JSON-3.
* guix/import/github.scm (fetch-releases-or-tags): Update docstring.
(latest-released-version): Use 'assoc-ref' instead of 'hash-ref'.  Pass
the result of 'fetch-releases-or-tags' to 'vector->list'.
* guix/import/launchpad.scm (latest-released-version): Likewise.

gnu: Add r-depecher.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-depecher): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-mixomics.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-flowsom.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowsom): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-flowmeans.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowmeans): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-consensusclusterplus.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-consensusclusterplus): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-flowutils.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowutils): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-flowcore.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowcore): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-all.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-all): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-kableextra.

* gnu/packages/cran.scm (r-kableextra): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-umap.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-gitpatch: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gitpatch): Update to 0.5.1.

gnu: terminator: Propagate gsettings-desktop-schemas.

* gnu/packages/gnome.scm (terminator)[propagated-inputs]: Add gsettings-desktop-schemas.

gnu: spice-gtk: Update to 0.37.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Update to 0.37.
[propagated-inputs]: Use latest spice-protocol.
(spice-protocol-0.12): Remove unused variable.

gnu: libvirt-glib: Propagate pkg-config requirements.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt-glib)[inputs]: Move glib,
libvirt, libxml2, and gobject-introspection…
[native-inputs]: …here.

gnu: libvirt-glib: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt-glib): Update to 2.0.0.
[arguments]: Remove ‘fix-tests’ phase.

doc: Warn about GPG warning.

* doc/guix.texi (Binary Installation, USB Stick and DVD Installation): Warn
users about the web-of-trust untrusted key warning from GPG.

deploy: Handle the '--system' command line option.

* guix/scripts/deploy.scm (show-help): Add help for '--system'.
(%options): Add '-s' and '--system'.
(guix-deploy): Parameterize %current-system.

deploy: Honor '--no-grafts'.

* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Parameterize '%graft?'.

gnu: julia: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/julia.scm (libuv-julia): Update to commit 26dbe56.
(libunwind-for-julia): Remove.
(llvm-patch-url, llvm-patch): New procedures.
(llvm-julia): New variable.
(julia): Update to 1.1.1.
[arguments]: Adjust 'prepare-deps' to new set of dependencies.
Adjust 'hardcode-soname-map': remove openlibm and libfftw handling.
Update file names in 'fix-include-and-link-paths' and 'hardcode-paths'.
Adjust 'disable-broken-tests'.
Pass PREFIX, LIBFLAS, and LIBBLASNAME in #:make-flags; update other
flags.
[inputs]: Replace LLVM-3.9.1 with LLVM-JULIA.  Replace
LIBUNWIND-FOR-JULIA with LIBUNWIND.  Add "rmath" and "libwhich".
[native-inputs]: Remove "unicode-data".

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: llvm: Add 'system->llvm-target' procedure.

* gnu/packages/llvm.scm (system->llvm-target): New procedure.

doc: Add example for generating a secret key with knot DNS.

* doc/guix.texi (DNS Services): Add an example and more context to the
includes field of the knot-configuration record.

gnu: terminology: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (terminology): Update to 1.5.0.

gnu: emacs-request: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-request): Update to 0.3.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-google-translate: Update to 0.11.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-google-translate): Update to 0.11.18.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

Makefile: Sort scheme tests alphabetically.

* Makefile.am (SCM_TESTS): Sort.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mallard-ducktype: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (mallard-ducktype) Update to 1.0.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: harmonist: Update to 0.2.

* gnu/packages/games.scm (harmonist): Update to 0.2.

gnu: vlc: Build against libvpx@1.8.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Change LIBVPX-1.7 to LIBVPX.

gnu: libvpx: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/video.scm (libvpx): Update to 1.8.1.

gnu: zstd: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.4.1.

gnu: zstd: Move libraries to separate outputs.

* gnu/packages/compression.scm (zstd)[outputs]: New field.
[arguments]: Add phase 'adjust-libary-locations'.  Pass LIBDIR and INCLUDEDIR
in <#:make-flags>.
* gnu/packages/backup.scm (borg)[inputs]: Change ZSTD to ZSTD:LIB.
* gnu/packages/sync.scm (casync)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/tor.scm (tor)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[inputs]: Likewise.  Add ZSTD:STATIC.

gnu: whois: Update to 5.5.0.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.5.0.

gnu: jsoncpp: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.9.1.

gnu: ffmpeg: Update to 4.1.4.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.1.4.

gnu: x265: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/video.scm (x265): Update to 3.1.1.

gnu: ungoogled-chromium: Enable parallel build.

...but limit the memory usage.  Tested with --cores=8 on a 16 GiB RAM machine.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Remove <#:parallel-build?>.
Add "jumbo_file_merge_limit=8" in <#:configure-flags>.

gnu: htslib: Propagate zlib.

Reported by Vedran Franke <Vedran.Franke@mdc-berlin.de>.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htslib)[inputs]: Move zlib from here...
[propagated-inputs]: ...to here.

pack: Pass a list as the entry point for 'build-docker-image'.

* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Pass a list as
 #:entry-point, not a string.

swh: Add basic tests.

* guix/swh.scm (%swh-base-url): Turn into a parameter and export it.
* tests/swh.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.

doc: Update 'guix import json' example.

This is a followup to d78010b81ee6ef4fd8803082e2f401b9e55b44db.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Change 'guix import json'
example to refer to "gettext", not "gcc".

gnu: perl-net-http: Update to 6.19.

* gnu/packages/web.scm (perl-net-httpd): Update to 6.19.

gnu: perl-test-simple: Update to 1.302164.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-simple): Update to 1.302164.

gnu: perl-cpan-meta: Update to 2.150010.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpan-meta): Update to 2.150010.

gnu: perl-clone: Update to 0.42.

* gnu/packages/perl.scm (perl-clone): Update to 0.42.

gnu: perl-hash-merge: Update to 0.300.

* gnu/packages/perl.scm (perl-hash-merge): Update to 0.300.
[inputs]: Add perl-clone-choose.

gnu: mallard-ducktype: Run tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (mallard-ducktype)[arguments]: Replace
'check phase to run test suite.

gnu: oil-shell: Update to 0.6.0

* gnu/packages/shells.scm (oil-shell): Update to 0.6.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libreoffice: Fix xdg-open absolute paths.

Fixes: <https://bugs.gnu.org/36728>.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice) [inputs]: Add xdg-utils.
[arguments][#:phases][prepare-src]: Replace hard-coded absolute paths to
xdg-open in the source with the path to xdg-open in the xdg-utils input.

gnu: libosinfo: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo): Update to 1.5.0.
[arguments]: Remove ‘disable-broken-test’ phase.
[native-inputs]: Remove check.

gnu: linux-libre: Update to 5.2.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.2-version): Update to 5.2.2.
(linux-libre-5.2-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.60.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.60.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.134.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.134.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.186.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.186.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.186.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.186.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.